Инфекция и иммунитет

Хотя история существования вирусов гриппа насчитывает не одну тысячу лет, первый вирус гриппа человека (вирус гриппа А) был открыт только в 1933 г., когда в арсенале вирусологов появились адекватные модели и субстраты для выделения вирусов; вслед за ним был выделен вирус гриппа В и несколько позднее — вирус гриппа С. Наиболее быстро эволюционируют вирусы гриппа А. Вирусы гриппа B мутируют в 2–3 раза медленнее и самые консервативные — вирусы гриппа С. С момента выделения и до конца 1970-х гг. антигенная эволюция у вирусов гриппа В проходила плавно, выделяемые штаммы генетически были достаточно однородны. В 1970–1980-х гг. произошла дивергенция вирусов гриппа В на две генетические линии, названные в честь референс-вирусов как «линия B/Victoria/2/87-подобных вирусов» и «линия B/Yamagata/16/88-подобных вирусов». Какое-то время вирусы, принадлежащие линии B/Yamagata, были широко распространены по всему миру, в то время как ареал циркуляции вирусов линии B/Victoria ограничивался Восточной Азией. Затем вирусы викторианской линии начали триумфальное шествие по земному шару. С этого момента обе линии вируса гриппа B циркулировали совместно с доминированием той или другой линии в разных регионах и разных эпидемиологических сезонах. Позднее во многих странах господствовала линия B/Yamagata, но к началу пандемии COVID-19 уже преобладали викторианские вирусы. Тогда же были выявлены последние представители линии B/Yamagata. На сегодняшний день линия B/Yamagata настолько исчезла из циркуляции, что Всемирная организация здравоохранения пришла к выводу, что ее включение в состав гриппозных вакцин штаммов больше не является оправданным. Определяющую роль в эволюции вирусов несомненно играет антигенная изменчивость. Она сопровождается фенотипической изменчивостью, то есть изменением биологических характеристик, которые в той или иной мере определяют способность вируса к самосохранению. Каким бы антигенно новым не был очередной вариант вируса гриппа, он будет обладать определенным набором биологических свойств, комбинация которых позволит возбудителю наилучшим образом выживать в организме чувствительного хозяина. В настоящем обзоре мы суммировали информацию о наиболее ярких биологических свойствах вирусов гриппа В, таких как чувствительность и устойчивость к неспецифическим ингибиторам сыворотки крови, рецепторная специфичность гемагглютинина и его термостабильность, чувствительность к низким значениям рН, температурочувствительность репродукции.

Введение. Возникновение и распространение новых генетических вариантов SARS-CoV-2 является причиной периодического подъема заболеваемости COVID-19. Показано, что наиболее быстро распространяющиеся генетические варианты SARS-CoV-2, устойчивы к антителам, специфичным предшествующим вариантам коронавируса, что делает необходимым проведение анализа способности уклонения от антител к ранее циркулировавшим вариантам для вновь возникающих субвариантов. Целью работы явилось изучение кросс-реактивности штаммов коронавируса SARS-CoV-2, относящихся к разным генетическим субвариантам Омикрона, которые были выделены на территории РФ в период 2020–2023 гг. в реакции нейтрализации с использованием гипериммунных сывороток мышей. Материалы и методы. Мышиные гипериммунные сыворотки получены к 10 штаммам коронавируса SARS-CoV-2, относящимся к субвариантам ВА.1, ВА.2, CH.1.1, BN.1, ВА.5.1, CL.1.2, ВА.5.2, BQ.1.2.1 ХВВ 1,5 и ХВВ.3. Мышей линии BALBc иммунизировали инактивированным концентрированным антигеном в смеси с адъювантом 1:1, в качестве которого использовали вирусоподобные иммуностимулирующие комплексы на основе сапонинов Квиллайи мыльной (Quillaja saponaria). Титр антител определяли в реакции нейтрализации. Анализ нейтрализующей активности гипериммунных сывороток проводили в отношении к вирусам, к которым были получены сыворотки, а также к ранним генетическим вариантам SARS-CoV-2 (Ухань, Альфа, Бета, Гамма, Дельта). Результаты. Показано, наличие кросс-реактивности для всех штаммов Омикрон-варианта, использованных в эксперименте, степень кросс-реактивности зависела от степени родства штаммов. Выраженная кросс-реактивность показана для штаммов, которые являются субвариантами ВА.5, в отношении рекомбинантных линий SARS-CoV-2 их нейтрализующая активность существенно снижена. Нейтрализующие титры сывороток, полученных к штаммам, являющимися субвариантами ВА.5, в отношении генетических вариантов SARS-CoV-2, которые были выделены в ранние периоды пандемии снижены более чем в 60 раз. Выводы. Представленный метод получения и использования гипериммунных сывороток мышей для реакции нейтрализации позволяет оценить кросс-реактивность для штаммов, относящихся к разным субвариантам SARS-CoV-2.

Оценка клеточного иммунитета к SARS-CoV-2 является важным инструментом контроля эффективности вакцинации и формирования постинфекционного иммунитета. По данным литературы, вирусспецифические Т-клетки, в отличие от специфических антител, сохраняются более длительный срок и обеспечивают эффективную элиминацию вируса из организма человека. Существующие методы оценки специфических Т-клеток основаны на методике проточной цитометрии, что требует специализированного лабораторного оборудования и высококвалифицированного персонала. Альтернативой данного метода является проведение кожной пробы с оценкой реакции гиперчувствительности замедленного типа. Для проведения кожной пробы был разработан препарат «КоронаДерм-PS», являющийся стерильным изотоническим раствором для внутрикожного введения, содержащим рекомбинантный гибридный белок, включающий участки структурных белков S, M, N, E коронавируса SARS-CoV-2, продуцируемый генетически модифицируемой культурой клеток штамма Escherichia coli BL21. После проведения доклинических исследований, свидетельствовавших о безопасности препарата, было принято решение о проведение I и II фазы клинического исследования с целью оценки безопасности и специфической активности препарата «КоронаДерм-PS» у условно-здоровых добровольцев с поствакцинальным и постинфекционным иммунитетом к SARS-CoV-2. На I фазе проведенного клинического исследования с участием не болевших и не привитых добровольцев были получены данные о безопасности и хорошей переносимости препарата, что позволило провести II фазу исследования. По результатам II фазы получена информация о безопасности препарата у лиц с поствакцинальным и постинфекционным иммунитетом к коронавирусу путем оценки клинических и лабораторных данных. За период исследования серьезных нежелательных явлений не отмечалось, а в 93,5% нежелательные явления не потребовали никаких терапевтических или диагностических вмешательств. Для оценки специфической активности препарата проводилось сравнение результата кожной пробы с полученным индексом стимуляции продукции IFNγ CD4⁺ Т-лимфоцитами методом проточной цитометрии. По результатам ROC-анализа показатели чувствительности составили от 76,6% до 84%, а показатели специфичности — от 80% до 87,5%. Таким образом, препарат «КоронаДерм-PS» является информативным диагностическим тестом (AUC = 0,795), с высокой чувствительностью (79,8%) и специфичностью (80,8%), показывающий соответствующие результаты в различных группах добровольцев. По результатам анализа полученных данных показано, что препарат «КоронаДерм-PS» является качественной альтернативой лабораторных методов оценки специфического Т-клеточного иммунитета к SARS-CoV-2 с хорошей чувствительностью и специфичностью, в том числе для проведения массового скрининга.

В связи с высокой распространенностью острых респираторных инфекций у детей представляло интерес выяснить состав бактериальных и вирусно-бактериальных ассоциаций микроорганизмов, населяющих респираторный тракт. Для идентификации патогенов дыхательных путей, особенно вирусов и некультивируемых бактерий, целесообразно использовать молекулярно-генетические методы исследования, в частности, ПЦР. Цель работы — сравнительный анализ частоты обнаружения геномов патогенов дыхательного тракта у детей с острыми респираторными инфекциями и практически здоровых. Материалы и методы. Обследованы дети (97 человек), из которых 35 человек — с острыми респираторными инфекциями верхних дыхательных путей (назофарингит, фарингит, ларингит) (ОРИ ВДП), 32 человека — с острыми респираторными инфекциями нижних дыхательных путей (острый бронхит, острый обструктивный бронхит) (ОРИ НДП) и 30 человек — практически здоровые на момент обследования. В отделяемом ротоглотки с помощью ПЦР определяли РНК и ДНК вирусных и бактериальных патогенов. Использованы тест-системы производства ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора и АО «Вектор-Бест». Результаты. Анализ частоты выявления ДНК и РНК патогенов бактериальной и вирусной природы показал наличие их широкого спектра (20 различных видов/штаммов из 27 определяемых) в биоматериале из ротоглотки у всех обследованных детей. Наибольшее разнообразие и частота обнаружения геномов патогенов обнаружены у практически здоровых обследованных и детей с ОРИ ВДП (ДНК представителей семейства Herpesviridae, S. pneumoniae, H. influenzae, MSSA, MRCoNS). В составе микрофлоры превалировали ассоциации из 4–6 патогенов, а «ядром» как бактериальных, так и вирусно-бактериальных ассоциаций являлось сочетание S. pneumoniae и H. influenzae (в 93,3% и 60,0% случаев соответственно). В бактериальных ассоциациях у здоровых детей выявляли также стафилококки (MRSA и MRCoNS) и P. аeruginosa, у детей с ОРИ ВДП — MSSA и очень редко — другие виды бактерий. У детей с инфекциями НДП, большинство из которых (75,0±7,7%) относились к категории длительно болеющих и имели осложненное течение заболевания, обнаружено заметное обеднение (уменьшение таксономического разнообразия) назофарингеальной микробиоты. Заключение. Представленные данные свидетельствуют о присутствии в биоматериале обследованных детей молекулярно-генетических маркеров широкого спектра патогенов в виде вирусно-бактериальных и бактериальных ассоциаций, состав которых вариабелен и зависит от клинического статуса пациентов. Обнаружение геномов патогенов является важным для решения вопроса о выборе этиотропной терапии на ранних этапах заболевания, а также назначения пробиотических препаратов, способных восстановить баланс микрофлоры дыхательных путей.

«Сухая» иммерсия является одним из методов имитации ряда факторов космического полета. В проводимых ранее исследованиях микробиоты кишечника у испытателей в «сухой» иммерсии было выявлено существенное ухудшение состояния микрофлоры. В то же время показано, что регуляторные и метаболические изменения, происходящие во время «сухой» иммерсии, отражаются и на белковом составе крови. Целью настоящего исследования являлось изучение механизмов положительной корреляции количества E. coli и отрицательной корреляции S. aureus и Enterobacter spp., находящихся в кишечнике, с количеством белков в крови человека, изученных с помощью методов протеомики на основе масс-спектрометрии, в эксперименте с 3-суточной «сухой» женской иммерсией. В эксперименте с «сухой» иммерсией продолжительностью 3 суток приняли участие 6 женщин-добровольцев в возрасте от 25 до 40 лет. Во время эксперимента испытуемые не принимали антибактериальные препараты и иные средства, способные оказать влияние на микрофлору. Однократно за 1–2 суток до начала эксперимента и однократно на 1–3 сутки после окончания «сухой» иммерсии отбирались пробы фекалий, в которых оценивалось количество микроорганизмов. Образцы капиллярной крови были получены методом прокола концевой фаланги безымянного пальца у добровольцев за 2 дня до начала эксперимента, в 1, 2 и 3 сутки во время «сухой» иммерсии и через 2 дня после ее окончания. Биоматериал анализировался хромато-масс-спектрометрическим методом на масс-спектрометре «TimsTOF Pro» (Bruker Daltonics, США). Связь между уровнем белков в образцах и численностью микроорганизмов кишечника была описана с помощью регрессионной модели, где в качестве зависимой переменной выступал определенный белок в крови, а качестве независимой — количество микроорганизмов. Для обработки результатов использовалась программа STATISTICA 12.0. При анализе полученных данных было выявлено 30 белков, положительно коррелирующих с количеством E. coli и отрицательно — с количеством S. aureus и Enterobacter spp. При рассмотрении процессов, в которые вовлечены белки в организме человека, они были разделены на несколько групп в зависимости от характера процессов и локуса экспрессии. В данной работе рассмотрены 6 белков, связанных с инфекционными заболеваниями (PSMA2, PSMC3, PSME2, NCKAP1, LTF, ENO1), и 10 белков, связанных с функциями иммунной системы (упомянутые выше PSMA2, PSMC3, PSME2, NCKAP1, LTF, а также белки CCT2, APOB, FGB, CA1, STOM). Таким образом, необходимо продолжение изучения механизмов, лежащих в основе этой взаимосвязи, и влияния на нее условий, моделирующих эффекты космического полета в интересах обеспечения медицинской безопасности космических полетов.

Значительный вклад в поддержание общественного здоровья вносит контроль над зооантропонозными инфекциями — заболеваниями общими для животных и человека. Источником возбудителей для человека являются прежде всего те животные, с которыми он часто соприкасается во время сельскохозяйственных работ, на охоте, во время сбора грибов или ягод в лесу, а также в быту (собаки, кошки, другие домашние животные, грызуны). Исследование проведено на базе Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН совместно с ООО «Центр персонализированной медицины» (ООО »ЦПМ»), г. Новосибирск, включило 111 здоровых добровольцев. Cпецифический иммунный ответ определяли к следующим зооантропонозам: токсокароз, токсоплазмоз, бруцеллез, листериоз, лептоспироз, описторхоз, определяемых на основании специфических иммуноглобулинов класса G (IgG). Сопоставляли данный паразитарный иммунный ответ с анамнезом и наличием ответа в виде иммуноглобулина Е общего в сыворотке крови (оIgE). Из 111 обследуемых у 39 (35%) человек выявлены антипаразитарные IgG к следующим зоонозам: лептоспире, листерии, токсокаре, токсоплазме, описторху. Из данных 39 обследуемых 11 человек имели антитела к двум и более зооантропонозам, что составило 10% от общей когорты обследуемых. Уровень оIgE при наличии любого зооантропоноза значимо отличался от респондентов, не имеющих специфических IgG, р = 0,0001. Нормальный уровнь oIgE был у 47 обследованных, из которых у 8 (17%) человек выявлены IgG к одному из исследуемых зооантропонозов. Повышенный уровень oIgE был у 64 обследованных, из которых у 31 (48%) человека выявлены IgG к одному или нескольким зооантропонозам, р = 0,001. Уровень oIgE может быть предиктором наличия зооантропоноза у условно здоровых лиц при уровне oIgE более 0,226 ОП (площадь под кривой 0,73 [0,62–0,83], p = 0,0001; чувствительность 76%, специфичность 62%). Выявленные критерии диагностического скрининга зооантропонозов могут ускорить дифференциальную диагностику состояний, связанных с неспецифическими жалобами. Необходимо проведение крупных проспективных рандомизированных исследований для выявления ранних диагностических критериев патологии.

Настоящее исследование было разработано для определения у разных видов энтерококков профиля устойчивости к антибиотикам, выявления устойчивости к противомикробным препаратам и генов, связанных с вирулентностью. Материалы и методы. Всего было собрано 150 изолятов энтерококков из различных клинических образцов. Эти изоляты были идентифицированных с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Тестирование чувствительности к антибиотикам и определение минимальной ингибирующей концентрации (МИК) ванкомицина проводились в соответствии с рекомендациями Института клинических и лабораторных стандартов (CLSI). Серия реакций ПЦР использовалась для скрининга генов устойчивости к ванкомицину (vanA, vanB и vanD) и генов вирулентности (esp, ace, asa1, gelE и cylA) среди видов ванкомицинрезистентных энтерококков (ВРЭ). Результаты. Выделенные штаммы энтерококков включали 62,6% E. faecalis, 33,4% E. faecium и 4% других видов. В целом энтерококки показали высокий уровень устойчивости: 94% — к эритромицину, за которым следуют ципрофлоксацин (82,6%), левофлоксацин (70%) и ванкомицин (16%). 57,4% изолятов были получены от госпитализированных пациентов, 96% изолятов энтерококков имели множественную лекарственную устойчивость. МИК для ВРЭ штаммов большинства изолятов варьировали в диапазоне от 32 мкг/мл до 256 мкг/мл. ВРЭ фенотипы в виде vanA, vanB и vanD были обнаружены у 29,2%, 37,5% и 33,3% изолятов соответственно. В отношении факторов вирулентности, получены следующие распределения: esp — 16,6%, asa1 — 70,8%, gelE — 25%, ace — 33,3% и cylA — 25%. Заключение. Большинство изолятов были E. faecalis и имели множественную лекарственную устойчивость. ВРЭ изоляты несли гены устойчивости к противомикробным препаратам и гены, связанные с вирулентностью, а фенотипы vanA, vanB, vanD были наиболее распространены среди ВРЭ изолятов.

Болезнетворные микроорганизмы, в частности Brucella spp., представляют серьезную угрозу здоровью человека и животных. В комплексе противоэпидемических и санитарно-гигиенических мероприятий, направленных на профилактику инфекционных заболевание, важную роль играет химическая дезинфекция. Этот метод дезинфекции является одним из эффективных, надежных и распространенных способом борьбы с патогенными биологическими агентами. Важная роль отводится современным дезинфицирующим средствам на основе четвертичных аммониевых соединений (ЧАС). По отношению к химическим дезинфицирующим средствам возбудитель бруцеллеза относится к группе малоустойчивых микроорганизмов. Выраженной бактерицидной активностью по отношению к бруцеллам обладают растворы сулемы, креолина, фенола, серной, соляной, азотной и уксусной кислот, формалина, хлорамина, перекиси водорода, растворы дезинфицирующих средств на основе ЧАС, триамина и полигексаметиленгуанидина (ПГМГХ). Однако в инструкциях к коммерческим дезинфицирующим препаратам упоминается бактерицидная активность к возбудителям особо опасных инфекций (чума, туляремия, холера и сибирская язва), но не отмечены антимикробные свойства в отношении бруцелл. Целью работы было определение антимикробных свойств пяти коммерческих дезинфектантов: «Альфадез форте», «Аминаз-Плюс», «Велтолен», «Дезарин» и «Лайна-мед», применяемых при обеззараживании объектов при особо опасных инфекциях бактериальной этиологии. Исследования проводили суспензионным методом, согласно руководству «Методы лабораторных исследований и испытаний дезинфекционных средств для оценки их эффективности и безопасности». В качестве тест-штаммов применяли три вакцинных штамма B. melitensis Rev-1, B. abortus 19 ВА, B. suis 61. В результате проведенных исследований было установлено, что коммерческие дезинфицирующие препараты «Альфадез форте», «Аминаз-Плюс», «Велтолен», «Дезарин» и «Лайна-мед» в концентрациях, предложенных производителями в инструкциях для использования при работе с особо опасными инфекциями (чума, туляремия, холера) обладают бактерицидными свойствами относительно вакцинных штаммов.

Streptococcus equinus — неэнтерококковый стрептококк группы D, грамположительная, негемолитическая, молочнокислая бактерия. В сельской местности частота инфицирования людей увеличивается, поскольку там существует высокий риск контакта с фекалиями животных и ферментированными пищевыми продуктами. Streptococcus equinus ассоциирована со специфическими заболеваниями, такими как костно-суставные инфекции, менингит, инфекции желчных путей, инфекционный эндокардит и колоректальный рак. Пациент мужского пола 10 лет, с бессимптомным течением и без сопутствующих заболеваний, был направлен на плановый осмотр в амбулаторную педиатрическую клинику больницы общего профиля Никея, Пирей, Греция. Согласно истории болезни, он провел две недели в летнем лагере, где имел непосредственный контакт с лошадьми, например, в ходе верховой езды, кормления и поения лошадей, а также ухода за ними и т. д. Однако инфекция не выявлена у его брата с аналогичными контактами и занятиями. Осмотр глаз, рта, ушей, носа, горла и живота особенностей не выявил. Лабораторные анализы показали умеренный лейкоцитоз (12 000/мм³ с 80% нейтрофилов) и незначительное увеличение скорости оседания эритроцитов (30 мм/ч). Анализ мочи и микроскопия выявили бактериурию по нитритному тесту и пиурию, что обусловило проведение посева мочи (Multistix 10 SG Reagent Strips, Siemens Healthineers), где был обнаружен S. equinus > 10⁵ КОЕ/мл. Бактерию идентифицировали с помощью системы идентификации RapID™ REMEL ONE (Thermo Fisher Scientific). Тестирование чувствительности к противомикробным препаратам выявило устойчивость к клиндамицину, тетрациклину, цефотаксиму и высокую чувствительность к эритромицину. Пациент получал лечение эритромицином. Streptococcus equinus выделяется из кишечника примерно у 7% людей в общей популяции, а инфекции мочевыводящих путей встречаются реже. Факторами риска колонизации человека считаются проживание в сельской местности и контакт с фекалиями животных. Описанный в настоящем исследовании пациент, пребывавший в летнем лагере, вероятно, контактировал с фекалиями лошадей, что привело к развитию инфекции, вызванной Streptococcus equinus.