ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ШТАММОВ MYCOBACTERIUM AVIUM subsp. HOMINISSUIS, ВЫДЕЛЕННЫХ В ИТАЛИИ, НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ЛОКУСОВ VNTR

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Резюме. Mycobacterium avium subsp. hominissuis является наиболее актуальным возбудителем микобактериоза человека. За последние несколько десятилетий в Италии заболеваемость микобактериозом M. avium subsp. hominissuis растет, как и во многих странах мира. Целью исследования была молекулярно-генетическая характеристика и оценка генетического родства штаммов M. avium subsp. hominissuis, выделенных от больных микобактериозом в Италии, с использованием VNTR (variable number of tandem repeats)-типирования. Аллельный полиморфизм 108 штаммов M. avium subsp. hominissuis оценивали методом VNTR-типирования по 8 локусам — 32, 292, X3, 25, 3, 7, 10 и 47. С помощью VNTR-типирования было выявлено 25 вариантов VNTRтипов; из них 13 профилей были уникальными, а 12 профилей представлены кластерами (включающими 2 и более изолятов), в состав которых входило 95 изолятов. Дискриминирующая способность VNTRтипирования (индекс Хантера–Гастона, Hunter Gaston discriminatory index) составила 0.990, что указывает на высокую дискриминирующую способность использованной схемы VNTR. Связи между профилем VNTR и клинической формой микобактериоза (генерализованная, легочная или внелегочная) не обнаружено. Анализ минимального связывающего дерева профилей VNTR показал, что 21 VNTR-тип (как уникальные изоляты, так и кластеры двух и более изолятов) входили в единый клональный комплекс в котором соседние узлы различались по одному локусу. Полученные результаты VNTR-типирования выявили близкое родство изученных штаммов M. avium subsp. hominissuis. Высокий уровень филогенетического родства по локусам VNTR для штаммов, выделенных в течение длительного периода, подтверждает концепцию о том, что M. avium subsp. hominissuis очень гомогенен в нашей географической области в Италии, что, в свою очередь, подкрепляет гипотезу о наличии возможных источников инфекции и путей ее передачи на местном уровне.

Об авторах

М. Меникини

Университет Пизы, г. Пиза

Автор, ответственный за переписку.
Email: fake@neicon.ru
младший научный сотрудник отдела трансляционных исследований и новых технологий в медицине и хирургии Италия

Ф. Дженуа

Университет Пизы, г. Пиза

Email: fake@neicon.ru
младший научный сотрудник отдела трансляционных исследований и новых технологий в медицине и хирургии Италия

Н. Лари

Университет Пизы, г. Пиза

Email: fake@neicon.ru
технический специалист отдела трансляционных исследований и новых технологий в медицине и хирургии Италия

Л. Ринди

Университет Пизы, г. Пиза

Email: laura.rindi@med.unipi.it

профессор отдела трансляционных исследований
и новых технологий в медицине и хирургии

Виа Сан Зено, 35/39, 56127

Тел.: +39 050 2213688. Факс: +39 050 2213682

Италия

Список литературы

  1. Griffith D.E., Aksamit T., Brown-Elliott B.A., Catanzaro A., Daley C., Gordin F., Holland S.M., Horsburgh R., Huitt G., Iademarco M.F., Iseman M., Olivier K., Ruoss S., von Reyn C.F., Wallace R.J. Jr, Winthrop K. An official ATS/IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am. J. Respir. Crit. Care Med., 2007, vol. 175, pp. 367–416. doi: 10.1164/rccm.200604-571ST
  2. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J. Clin. Microbiol., 1988, vol. 26, pp. 2465–2466.
  3. Ichikawa K., van Ingen J., Koh W.J., Wagner D., Salfinger M., Inagaki T., Uchiya K.I., Nakagawa T., Ogawa K., Yamada K., Yagi T. Genetic diversity of clinical Mycobacterium avium subsp. hominissuis and Mycobacterium intracellulare isolates causing pulmonary diseases recovered from different geographical regions. Infect. Genet. Evol., 2015, vol. 36, pp. 250–255. doi: 10.1016/j.meegid.2015.09.029
  4. Imperiale B.R., Moyano R.D., Di Giulio A.B., Romero M.A., Alvarado Pinedo M.F., Santangelo M.P., Traveria G.E., Morbillo N.S., Romano M.I. Genetic diversity of Mycobacterium avium complex strains isolated in Argentina by MIRU-VNTR. Epidemiol. Infect., 2017, vol. 145, pp. 1382–1391. doi: 10.1017/S0950268817000139
  5. Inagaki T., Nishimori K., Yagi T., Ichikawa K., Moriyama M., Nakagawa T., Shibayama T., Uchiya K., Nikai T., Ogawa K. Comparison of a variable-number tandem-repeat (VNTR) method for typing Mycobacterium avium with mycobacterial interspersed repetitive-unit-VNTR and IS1245 restriction fragment length polymorphism typing. J. Clin. Microbiol., 2009, vol. 47, pp. 2156–2164. doi: 10.1128/JCM.02373-08
  6. Iwamoto T., Nakajima C., Nishiuchi Y., Kato T., Yoshida S., Nakanishi N., Tamaru A., Tamura Y., Suzuki Y., Nasu M. Genetic diversity of Mycobacterium avium subsp. hominissuis strains isolated from humans, pigs, and human living environment. Infect. Genet. Evol., 2012, vol. 12, pp. 846–852. doi: 10.1016/j.meegid.2011.06.018
  7. Kalvisa A., Tsirogiannis C., Silamikelis I., Skenders G., Broka L., Zirnitis A., Jansone I., Ranka R. MIRU-VNTR genotype diversity and indications of homoplasy in M. avium strains isolated from humans and slaughter pigs in Latvia. Infect. Genet. Evol., 2016, vol. 43, pp. 15–21. doi: 10.1016/j.meegid.2016.05.013
  8. Muwonge A., Oloya J., Kankya C., Nielsen S., Godfroid J., Skjerve E., Djønne B., Johansen T.B. Molecular characterization of Mycobacterium avium subspecies hominissuis isolated from humans, cattle and pigs in the Uganda cattle corridor using VNTR analysis. Infect. Genet. Evol., 2014, vol. 21, pp. 184–191. doi: 10.1016/j.meegid.2013.11.012
  9. Nishiuchi Y., Iwamoto T., Maruyama F. Infection sources of a common non-tuberculous mycobacterial pathogen, Mycobacterium avium complex. Front. Med., 2017, vol. 4: 27. doi: 10.3389/fmed.2017.00027
  10. Pate M., Kušar D., Zolnir-Dovč M., Ocepek M. MIRU-VNTR typing of Mycobacterium avium in animals and humans: heterogeneity of Mycobacterium avium subsp. hominissuis versus homogeneity of Mycobacterium avium subsp. avium strains. Res. Vet. Sci., 2011, vol. 91, pp. 376–381. doi: 10.1016/j.rvsc.2010.10.001
  11. Prevots D.R., Marras T.K. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria: a review. Clin. Chest Med., 2015, vol. 36, pp. 13–34. doi: 10.1016/j.ccm.2014.10.002
  12. Radomski N., Thibault V.C., Karoui C., de Cruz K., Cochard T., Gutiérrez C., Supply P., Biet F., Boschiroli M.L. Determination of genotypic diversity of Mycobacterium avium subspecies from human and animal origins by mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat and IS1311 restriction fragment length polymorphism typing methods. J. Clin. Microbiol., 2010, vol. 48, pp. 1026–1034. doi: 10.1128/JCM.01869-09
  13. Rindi L., Garzelli C. Genetic diversity and phylogeny of Mycobacterium avium. Infect. Genet. Evol., 2014, vol. 21, pp. 375–383. doi: 10.1016/j.meegid.2013.12.007
  14. Rindi L., Garzelli C. Increase in non-tubercolous mycobacteria isolated from humans in Tuscany, Italy, from 2004 to 2014. BMC Infect. Dis., 2016, vol. 16: 44. doi: 10.1186/s12879-016-1380-y
  15. Selander R.K., Caugant D.A., Ochman H., Musser J.M., Gilmour M.N., Whittam T.S. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematics. Appl. Environ. Microbiol., 1986, vol. 51, pp. 873–884.
  16. Shin S.J., Lee B.S., Koh W.J., Manning E.J., Anklam K., Sreevatsan S., Lambrecht R.S., Collins M.T. Efficient differentiation of Mycobacterium avium complex species and subspecies by use of five-target multiplex PCR. J. Clin. Microbiol., 2010, vol. 48, pp. 4057–4062. doi: 10.1128/JCM.00904-10
  17. Thibault V.C., Grayon M., Boschiroli M.L., Hubbans C., Overduin P., Stevenson K., Gutierrez M.C., Supply P., Biet F. New variable number tandem-repeat markers for typing Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis and M. avium strains: comparison with IS900 and IS1245 restriction fragment length polymorphism typing. J. Clin. Microbiol., 2007, vol. 45, pp. 2404–2410. doi: 10.1128/JCM.00476-07
  18. Tirkkonen T., Pakarinen J., Rintala E., Ali-Vehmas T., Marttila H., Peltoniemi O.A., Mäkinen J. Comparison of variable-number tandem-repeat markers typing and IS1245 restriction fragment length polymorphism fingerprinting of Mycobacterium avium subsp. hominissuis from human and porcine origins. Acta Vet. Scand., 2010, vol. 52: 21. doi: 10.1186/1751-0147-52-21
  19. Tortoli E. Clinical manifestation of nontuberculous mycobacteria infections. Clin. Microbiol. Infect., 2009, vol. 15, pp. 906–910. doi: 10.1111/j.1469-0691.2009.03014.x
  20. Turenne C.Y., Wallace R. Jr, Behr M.A. Mycobacterium avium in the postgenomic era. Clin. Microbiol. Rev., 2007, vol. 20, pp. 205–229. doi: 10.1128/CMR.00036-06
  21. Yano H., Iwamoto T., Nishiuchi Y., Nakajima C., Starkova D.A., Mokrousov I., Narvskaya O., Yoshida S., Arikawa K., Nakanishi N., Osaki K., Nakagawa I., Ato M., Suzuki Y., Maruyama F. Population structure and local adaptation of MAC lung disease agent Mycobacterium avium subsp. hominissuis. Genome Biol. Evol., 2017, vol. 9, pp. 2403–2417. doi: 10.1093/gbe/evx183

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Меникини М., Дженуа Ф., Лари Н., Ринди Л., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах