Colonization and azole resistance of oropharyngeal Candida fungi in intensive care patients with COVID-19

Cover Page


Cite item

Full Text

Abstract

Patients with COVID-19 are susceptible to developing oropharyngeal candidiasis and invasive candidiasis. Invasive fungal infections can complicate the clinical course of COVID-19 and are associated with a substantially increased mortality. An important reason for the successful treatment of candidiasis is to determine the sensitivity of clinical fungal isolates to antimycotics. A microbiological study of oropharyngeal swabs was performed in 54 patients aged 33 to 94 years (mean age 67.4 years) with severe and extremely severe COVID-19, who were treated in the intensive care unit at the height of clinical manifestations. Most patients (95%) had comorbidities: hypertension (68.5%), diabetes mellitus (24%), coronary artery disease (22.2%), chronic heart failure (38.9%), obesity (23.8%), cardiac arrhythmias (20.4%), chronic cerebral ischemia (56.1%), varicose veins of the lower extremities (5.5%), chronic kidney disease (20.4%), liver cirrhosis (5.5%), HIV infection (5.5%). A comparative analysis of oropharyngeal microbial biocenosis showed differences in the frequency of occurrence of opportunistic microbial species, as well as in the number of members in microbial associations. Polyspecific fungal-bacterial associations were more common and dominated polyspecific bacterial associations. According to the results, a high frequency of oropharyngeal colonization in patients with severe COVID-19 by strains of fungi of the genus Candida was established. The vast majority of strains of fungi of the genus Candida (85.2%) were resistant to antimycotics of the azole group. A high frequency (85.2%) of oropharyngeal colonization in resuscitation patients with azole-resistant strains of fungi of the genus Candida was revealed. C. albicans dominated among Candida. C. albicans was isolated in 37 (68.5%) patients, C. pararapsilosis — in 6 (11.1%), C. tropicalis — in 3 (5.5%), C. krusei — in 2 (3.7%)%), C. kefyr — in 1 (1.9%), C. glabrata — in 1 (1.9%) patient. In 11 (20.4%) patients, associations of C. albicans and other Candida species were identified. The level of fungi in the material was etiologically significant (> 104–105 CFU/tamp.) in 80% of patients. The vast majority of strains (more than 70%) were resistant to fluconazole and voriconazole, which should be taken into account when prescribing candidiasis therapy in patients with COVID-19. The MIC for fluconazole against C. albicans strains was > 1024 µg/ml for 4 isolates, 512 µg/ml for 7 isolates, and 128 µg/ml for 15 isolates. The maximum MIC values for voriconazole against C. albicans was 256 µg/ml.

Full Text

Введение

Коронавирус SARS-CoV-2 — причина текущей пандемии респираторной инфекции с частым развитием вирусной пневмонии и полиорганных нарушений. По данным Всемирной организации здравоохранения, во всем мире за время пандемии зарегистрировано более 574 млн заражений COVID-19, в том числе более 14 млн смертей. Высокая смертность от COVID-19 связана не только с обширным вирусным повреждением легких, но и присоединением вторичных бактериальных или грибковых инфекции [17]. На сегодняшний день недостаточно информации об оппортунистических грибковых инфекциях, развивающихся у пациентов с COVID-19, и связанным с ними осложнениями [8, 19, 20]. Для пациентов с COVID-19 актуальными являются аспергиллез, инвазивный кандидоз и мукормикоз [12]. Инвазивные грибковые инфекции могут осложнять клиническое течение COVID-19 и связаны со значительным ростом смертности, особенно у тяжелобольных пациентов, поступивших в отделение интенсивной терапии (ОИТ) [10]. Пациенты, госпитализированные с COVID-19, подвержены риску развития внутрибольничных инфекций, включая кандидемию [14].

Многие факторы могут быть связаны с развитием грибковых суперинфекций, включая вирусную иммуносупрессию, повреждение эпителия дыхательных путей, использование антибиотиков, стероидов, антицитокиновых препаратов, искусственную вентиляцию легких и длительное пребывание в отделениях интенсивной терапии и реанимации [10, 19]. Доказано, что колонизация дыхательных путей грибами у пациентов, находящихся на искусственной вентиляции легких, связана с большей длительностью пребывания пациента в отделении реанимации, повышенным риском развития ИВЛ-ассоциированной пневмонии, и более высокой смертностью [11, 13, 15].

В настоящее время серьезной проблемой является рост устойчивости клинических штаммов грибов к антимикотикам, что может быть причиной неэффективности проводимой эмпирической терапии микозов, особенно во внутрибольничных условиях. Согласно данным литературы, механизм формирования резистентности грибов рода Candida к азолам может быть связан с генетическими мутациями самого микроорганизма, а также способностью Candida spp. к образованию биопленок. В механизме устойчивости к антимикотическим препаратам важную роль играет мутантный ген ERG11, который считают маркером резистентности Candida spp. и идентифицируют на практике методами ПЦР и ПЦР-РВ [2].

Целью нашей работы было изучение состава микрофлоры и определение чувствительности к антимикотикам группы азолов (флуконазол и вориконазол) грибов рода Candida, выделенных из ротоглотки у пациентов с тяжелой формой COVID-19.

Материалы и методы

Объектами исследования были пациенты с тяжелой и крайне тяжелой формой COVID-19, получавшие лечение в реанимационном отделении Республиканской клинической инфекционной больнице г. Казани с декабря 2020 по апрель 2021 г. У всех пациентов диагноз COVID-19 был подтвержден положительным результатам ПЦР-теста на РНК SARS-CoV-2 в мазках со слизистой носа и ротоглотки. Все исследования выполнены с информированного согласия испытуемых и в соответствии с этическими нормами Хельсинкской Декларации 2011 г.

На каждого пациента заполнялась индивидуальная регистрационная карта, включающая жалобы, анамнез заболевания, данные объективного осмотра, данные иммунологического и микробиологического исследований. Обследовано 39 пациентов в возрасте от 33 до 94 лет. Средний возраст пациентов составил — 67,4 лет. Пациентов в возрасте до 60 лет было 9 (23,1%), ≥ 60 лет — 30 человек (76,9%). Среди обследованных женщин было 24 (61,5%), мужчин — 25 (38,5%). Большинство пациентов (95%) имели коморбидную патологию: гипертоническая болезнь (68,5%), сахарный диабет (24%), ИБС (22,2%), хроническая сердечная недостаточность (38,9%), ожирение (23,8%), нарушение ритма сердца (20,4%), хроническая ишемия головного мозга (56,1%), варикозная болезнь вен нижних конечностей (5,5%), хроническая болезнь почек (20,4%), цирроз печени (5,5%), ВИЧ-инфекция (5,5%)

По результатам проведения РКТ органов грудной клетки вирусная пневмония с объемом поражения легких КТ-1 диагностирована у (5,6%), КТ-2 — (22,3%), КТ-3 — (33,4%), КТ-4 — у пациентов (30,6%), у 14,5% пациентов диагностирована вирусно-бактериальная пневмония.

В кислородной поддержке нуждались 94,7% пациентов, из них на НИВЛ находились 83,9%, на ИВЛ — 6,8%.

Антибиотики на догоспитальном этапе принимали 23,5% пациентов. В стационаре все пациенты получали антибиотики и глюкокортикостероиды (дексаметазон, преднизолон, метипред). Большинство пациентов (61,9%) получали антицитокиновые препараты (олокизумаб, левилимаб, тоцилизумаб, сарилумаб, барицитиниб), 11,2% пациентам проводилось переливание антиковидной плазмы. Летальный исход наступил у 63,2% пациентов Основными причинами смерти являлись: острый респираторный дистресс синдром, острая сердечно-сосудистая недостаточность, ТЭЛА и синдром полиорганной недостаточности.

Взятие материала осуществляли до назначения антимикотиков стерильными ватными тампонами со слизистой зева. Тампон помещали в транспортную среду и в течение 2 ч доставляли в микологическую лабораторию. Микологическое исследование проводили на базе «Казанского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (КНИИЭМ). Микроскопические грибы идентифицировали общепризнанными микроскопическими, биохимическими методами. В работе использовали селективные хромогенные среды (Bio-Rad, США) и коммерческие тест-системы, основанные на исследовании ауксанограммы, — «Auxacolor 2» (Bio-Rad, США).

Определение чувствительности штаммов Candida spp. к препаратам in vitro выполняли по протоколу CLSI М27-А3 методом определения минимальных ингибирующих концентраций (МИК) с помощью метода разведения в жидкой питательной среде. В исследовании использовали сухую питательную среду RPMI 1640 с 0,2% глюкозы без бикарбоната (Sigma-Aldrich, США) [7]. Субстанции антимикотиков: флуконазол и вориконазол (Hetero Drugs Limited, Индия) растворяли в диметилсульфоксиде (ДМСО). Последующее разведение антимикотиков проводили в RPMI1640 в 96-луночных U-образных планшетах в концентрациях от 1000 до 0,9 мкг/мл.

Для приготовления взвесей Candida spp. культуры выращивали в течение 1–2 суток при 30°С и 37°С на агаре Сабуро. Затем клеточную массу снимали с поверхности агара бактериологической петлей, суспендировали в пробирке с 0,85% стерильным раствором натрия хлорида до густоты рабочих взвесей 0,5 КД по МакФарланду. Готовые взвеси разводили в 0,85% стерильном растворе натрия хлорида с дальнейшим разведением в RPMI 1640 до концентрации 103 клеток/мл. В каждую лунку вносили 0,1 мл рабочей взвеси. Для каждой культуры ставили следующие контроли: питательной среды (среда без культуры и без препарата), культуры (питательная среда с культурой без препарата) и качества исследования с использованием тест-культуры С. albicans АТСС 10231. Засеянные планшеты инкубировали при 37°С в течение 48 часов. Определение МИК осуществляли визуально. За МИК принимали минимальную концентрацию исследуемых соединений, обеспечивающую полное подавление видимого роста исследуемых штаммов микроорганизмов.

Согласно критериям интерпретации метода M27-A3 МИК чувствительных к флуконазолу штаммов < 8 мкг/мл, умеренно чувствительных — 16–32 мкг/мл, устойчивых > 64 мкг/мл; МИК чувствительных к вориконазолу штаммов — < 1 мкг/мл, умеренно чувствительных — 2 мкг/мл, устойчивых — > 4 мкг/мл [7].

Полученные в процессе исследования результаты различия между показателями микроорганизмов, выделенных из ротоглотки двух возрастных групп, обрабатывали с помощью программной системы STATISTICA for Windows ver. 6.0. Критерием статистической достоверности получаемых данных считали общепринятую в медицине величину р < 0,05.

Результаты

По результатам исследования выявлено, что микробный пейзаж ротоглотки у больных COVID-19 был представлен полимикробной флорой, состоящей из условно-патогенных бактерий и микроскопических грибов. Бактериальная микрофлора преобладала среди выделенных культур микроорганизмов у пациентов всех возрастных групп. Среди грамположительных видов доминировали Enterococcus faecalis (21,8%), Streptococcus pneumoniae (59,9%), Staphylococcus haemolyticus (35,9%), Staphylococcus аureus (15,9%), среди грамотрицательных микробов — Acinetobacter baumannii (15,9%), Serratia marcescens (5,9%), Pseudomonas aeruginosa (5,9%), Klebsiella pneumoniae (15,9%) (рис. 1).

 

Рисунок 1. Видовой состав микробного пейзажа ротоглотки у больных COVID-19

 

Грибы рода Candida выделены у 35 (89,7%) пациентов. Среди кандид доминировали C. albicans, которые обнаружены у 30 (85,7%) пациентов. C. pararapsilosis выделена у 9 (25,7%), C. tropicalis — у 1 (2,8%), С. krusei — у 1 (2,8%), C. kefyr — у 1 (2,8%), C. glabrata — у 1(2,8%) пациента (рис. 2) (p < 0,05).

 

Рисунок 2. Частота выделения различных видов грибов рода Candida из ротоглотки у пациентов с тяжелой и крайне тяжелой формой COVID-19

 

У 11 (20,4%) пациентов выделены ассоциации C. albicans и других видов Candida. Концентрация грибов в материале составила 102–105 КОЕ/мл, однако у большинства пациентов (81%), грибы выделены из ротоглотки в этиологически значимых количествах (> 104–105 КОЕ/тамп.) (p < 0,05).

Сравнительный анализ микробного биоценоза слизистой ротоглотки показал отличия в частоте встречаемости условно-патогенных видов микроорганизмов, а также в количестве участников микробных ассоциаций. Выявлены микробные ассоциации характерные для больных с тяжелой и крайне-тяжелой формой COVID-19 (рис. 3), где поливидовые грибково-бактериальные ассоциации встречались достоверно чаще и доминировали над поливидовыми бактериальными ассоциациями (p < 0,05). Причем в группе пациентов старше 60 лет ассоциации в отсутствии микроскопических грибов встречались в два раза реже (9,7%), чем в группе < 60 лет (20,0%).

 

Рисунок 3. Частота встречаемости бактериальных и бактериально-грибковых ассоциаций, выделенных от пациентов с тяжелой и крайне тяжелой формой COVID-19 в разных возрастных группах

 

На сегодняшний день существует несколько классов антимикотиков для лечения инфекций, вызванных грибами рода Candida. Полиены, азолы, эхинокандины, аналоги нуклеозидов и аллиламины используются с различной эффективностью в зависимости от клинической формы и локализации грибковой инфекции и чувствительности клинического изолята гриба. Азоловые антимикотики (флуконазол, вориконазол) являются основными препаратами для лечения инвазивного кандидоза.

По результатам оценки чувствительности клинических изолятов грибов к антимикотическим препаратам выявлено, что более 70% штаммов грибов Candida spp., выделенных от пациентов с тяжелой и крайне тяжелой формами COVID-19, были резистентны к флуконазолу и вориконазолу (табл.). Выявлено, что МИК для флуконазола к штаммам C. albicans составила: для 3 изолятов — 1024 мкг/мл, для 7 изолятов — 512 мкг/мл и для 11 изолятов — 128 мкг/мл. Таким образом, 21 (70,0%) штамм C. albicans был резистентен к флуконазолу. К вориконазолу были резистентны 32 (86,6%) штамма C. albicans. Максимальное значение МИК вориконазола в отношении C. albicans составило 256 мкг/мл. Штамм C. glabrata (n = 1) был чувствительным к флуконазолу и вориконазолу. Штаммы C. kefyr (n = 1) и С. krusei (n = 1) были устойчивы к флуконазолу и чувствительны к вориконазолу. Один штамм C. pararapsilosis (11,1%) был чувствительным к флуконазолу и 2 штамма C. pararapsilosis (22,2%) — к вориконазолу. Штамм C. tropicalis (n = 1) был устойчив к вориконазолу и флуконазолу.

 

Таблица. Определение МИК флуконазола и вориконазола в отношении штаммов Candida spp.

Table. Determination of MIC of fluconazole and voriconazole in relation to Candida spp. strains

Вид Candida

Candida species

Антимикотик

Antimycotic

Количество штаммов Candida чувствительных к антимикотикам при различных показателях МИК

The number of Candida strains sensitive to antimycotics at different MICs

МИК (мкг/мл)/MIC (µg/ml)

1

2

4

8

16

32

64

128

256

512

1024

C. albicans (n = 30)

Флуконазол

Fluconazole

–

–

–

4

–

5

–

11

–

7

3

Вориконазол

Voriconazole

–

5

1

6

–

–

8

–

10

–

–

С. рarapsilosis (n = 9)

Флуконазол

Fluconazole

–

–

–

–

–

1

3

4

1

–

–

Вориконазол

Voriconazole

–

2

–

3

–

4

–

–

–

–

–

С. tropicalis (n = 1)

Флуконазол

Fluconazole

–

–

–

–

–

–

1

–

–

–

–

Вориконазол

Voriconazole

–

–

–

–

–

–

1

–

–

–

–

С. krusei (n = 1)

Флуконазол

Fluconazole

–

–

–

–

–

–

–

–

–

–

1

Вориконазол

Voriconazole

–

–

–

–

–

1

–

–

–

–

–

C. kefyr (n = 1)

Флуконазол

Fluconazole

–

–

–

–

–

–

–

–

1

–

–

Вориконазол

Voriconazole

–

1

–

–

–

–

–

–

–

–

–

C. glabrata (n = 1)

Флуконазол

Fluconazole

–

–

–

–

1

–

–

–

–

–

–

Вориконазол

Voriconazole

–

1

–

–

–

–

–

–

–

–

–

 

Обсуждение

В условиях пандемии новой коронавирусной инфекции COVID-19 отмечается рост числа микозов, что может быть связано с иммуносупрессивным действием SARS-CoV-2, широким применением антибиотиков, глюкокортикостероидов (ГКС) и антицитокиновых препаратов у пациентов с тяжелой формой инфекции [9, 18]. Повреждение эпителия, вызванное SARS-CoV-2, также способствует прикреплению грибов Candida к базальной мембране, вызывая в дальнейшем развитие кандидоза слизистых оболочек. Факторы патогенности самого гриба играют ведущую роль в патогенезе кандидоза, поскольку способны противостоять иммунным защитным механизмам хозяина и действию противомикробных препаратов [6]. Преобладающее большинство пациентов с тяжелой формой COVID-19 cоставляют пожилые люди, имеющие коморбидную патологию (ожирение, сахарный диабет и др.), что также повышает риск развития микозов. Неблагоприятной тенденцией в настоящее время является рост устойчивости грибов к антифунгальным препаратам, что является серьезной клинической проблемой [17]. Исследователи акцентируют внимание на росте числа случаев летальных исходов от кандидозов в связи с поздним началом адекватной противогрибковой терапии [16]. Известно, что колонизация слизистых грибами рода Candida является независимым фактором риска развития инвазивного кандидоза у пациентов ОРИТ [3, 4, 5].

В нашем исследовании мы изучили состав микрофлоры ротоглотки у 39 пациентов ОРИТ с тяжелой формой COVID-19, среди которых преобладали пожилые люди (75,9%) с коморбидной патологией (метаболическими заболеваниями, болезнями сердечно-сосудистой системы, почек и печени), получавшие антибиотики, ГКС. Большинство пациентов (61,9%) получили антицитокиновые препараты, вызывающие иммуносупрессию.

По результатам исследования выделены различные условно-патогенные бактерии (E. faecalis, S. pneumoniae, S. аureus, A. baumannii, P. аeruginosa, K. рneumoniae и др.), которые доминировали в микробиоценозе ротоглотки и представляли угрозу в плане развития бактериальных суперинфекций. Подавляющее большинство 89,7% пациентов ОРИТ были колонизированы микроскопическими дрожжевыми грибами рода Candida. C. albicans занимали лидирующее место среди других видов грибов и обнаруживались не только в монокультуре, но и в ассоциации с другими видами Candida spp. Candida non-albicans были представлены следующими видами: C. pararapsilosis, C. tropicalis, С. krusei, C. glabrata, C. kefyr. Исследование показало, что в большинстве случаев грибы высевались в этиологически значимых количествах, что повышает риск развития поверхностного и инвазивного кандидоза у данных пациентов.

В ходе исследования нами было проведено определение чувствительности штаммов Candida spp. к препаратам азолового ряда (флуконазол и вориконазол), которые широко применяются в клинике для эмпирического лечения кандидоза. Ранее отечественными учеными проводились масштабные исследования по изучению чувствительности к антимикотикам клинических штаммов Candida spp. у пациентов с инвазивным кандидозом, и выявлено, что 78,3% штаммов кандид были чувствительны к флуконазолу и 86,9% — к вориконазолу [2]. Исследование, проведенное Ароновой Н.В. и др. (2021) в период пандемии COVID-19, выявило высокую частоту устойчивости C. albicans, выделенных у пациентов с коронавирусной инфекцией, к флуконазолу (80%) [1]. В нашем исследовании к флуконазолу были резистентны 70,0% штаммов C. albicans и 84,6% штаммов Candida non-albicans; к вориконазолу — 80,0% штаммов C. albicans и 69,2% штаммов Candida non-albicans.

Таким образом, по результатам проведенного исследования установлена высокая частота колонизации ротоглотки пациентов с тяжелой формой COVID-19 штаммами грибов рода Candida, устойчивыми к азолам, в связи с чем необходимо тестировать чувствительность выделенных штаммов грибов к антимикотикам. Эмпирическая терапия кандидоза, развившегося у пациентов с COVID-19, препаратами из группы азолов с высокой степенью вероятности будет неэффективной.

×

About the authors

Svetlana A. Lisovskaya

Kazan Scientifc Research Institute of Epidemiology and Microbiology; Kazan State Medical University; Kazan Federal University

Author for correspondence.
Email: S_Lisovskaya@mail.ru

PhD (Biology), Leading Researcher, Laboratory of Mycology; Associate Professor, Department of Microbiology; Leading Researcher, Biologically Active Terpenoids Laboratory

Россия, Kazan; Kazan; Kazan

Guzel Sh. Isaeva

Kazan Scientifc Research Institute of Epidemiology and Microbiology; Kazan State Medical University

Email: S_Lisovskaya@mail.ru

DSc (Medicine), Professor, Deputy Director for Innovation Development; Head of the Department of Microbiology

Россия, Kazan; Kazan

Irina V. Nikolaeva

Kazan State Medical University

Email: S_Lisovskaya@mail.ru

DSc (Medicine), Professor, Head of the Department of Infectious Diseases

Россия, Kazan

Sophia E. Guseva

Republican Clinical Infectious Diseases Hospital (RCIDH)

Email: S_Lisovskaya@mail.ru

Infectious Diseases Physician

Россия, Kazan

Lilia R. Gainatullina

Republican Clinical Infectious Diseases Hospital (RCIDH)

Email: S_Lisovskaya@mail.ru

Infectious Diseases Physician, Head of the Department

Россия, Kazan

Nikita S. Chumarev

Kazan State Medical University

Email: S_Lisovskaya@mail.ru

Assistant Professor, Department of Microbiology

Россия, Kazan

References

  1. Аронова Н.В., Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Полеева М.В., Анисимова А.С., Водопьянов С.О., Носков А.К. Видовое разнообразие и маркеры резистентности дрожжей рода Candida у коронапозитивных и коронанегативных больных с внебольничными пневмониями // Антибиотики и химиотерапия. 2021. Т. 66, № 7–8. С. 38–44. [Aronova N.V., Pavlovich N.V., Tsymbalistova M.V., Poleeva M.V., Anisimova A.S., Vodopyanov S.O., Noskov A.K. Species diversity and resistance markers of candida yeasts in COVID positive and COVID negative patients with community-acquired pneumonia. Antibiotiki i khimioterapiya = Antibiotics and Chemotherapy. 2021, vol. 66, no. 7–8, pp. 38–44. (In Russ.)] doi: 10.37489/0235-2990-2021-66-7-8-38-44
  2. Беженар М.Б., Плахова К.И. Механизмы развития резистентности к противогрибковым препаратам грибов рода Candida при рецидивирующем течении урогенитального кандидоза // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2020. Т. 38, № 1. С. 15–23. [Bezhenar M.B., Plakhova K.I. Antifungal drug resistance Candida spp. mechanisms in reccurent genital candidiasis. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya = Molecular Genetics, Microbiology and Virology, 2020, vol. 38, no. 1, pp. 15–23. (In Russ.)] doi: 10.17116/molgen20203801115
  3. Белоцерковский Б.З., Гельфанд Е.Б., Быков А.О., Мамонтова О.А., Проценко Д.Н. Критерии назначения системной антимикотической терапии в хирургическом отделении реанимации и интенсивной терапии (обзор литературы) // Тазовая хирургия и онкология. 2019. Т. 9, № 4. С. 11–20. [Belotserkovskiy B.Z., Gelfand E.B., Bykov A.O., Mamontova O.A., Protsenko D.N. Criteria for the administration of systemic antimicotic therapy in surgical intensive care units (literature review). Tazovaya khirurgiya i onkologiya = Pelvic Surgery and Oncology, 2019, vol. 9, no. 4, pp. 11–20. (In Russ.)] doi: 10.17650/2686-9594-2019-9-4-11-20
  4. Веселов А.В., Климко Н.Н., Кречикова О.И., Клясова Г.А., Агапова Е.Д., Мултых И.Г., Розанова С.М., Крайнова Л.Е., Дмитриева Н.В., Козлов Р.С. In vitro активность флуконазола и вориконазола в отношении более 10000 штаммов дрожжей: результаты 5-летнего проспективного исследования ARTEMIS Disk в России // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2008. T. 10, № 4. C. 345–354. [Veselov A.V., Klimko N.N., Krechikova O.I., Klyasova G.A., Agapova E.D., Multykh I.G., Rozanova S.M., Krainova L.E., Dmitrieva N.V., Kozlov R.S. In vitro activity of fluconazole and voriconazole against more than 10000 yeast strains: results of a 5-years prospective ARTEMIS disk study in Russia. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2008, vol. 10, no. 4, pp. 345–354. (In Russ.)]
  5. Веселов А.В. Прогностические правила для оценки риска инвазивного кандидоза у пациентов ОРИТ // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2017. Т. 19, № 4. С. 296–302. [Veselov A.V. Prognostic rules for invasive candidiasis risk assessment in ICU patients. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2017, vol. 19, no. 4, pp. 296–302. (In Russ.)]
  6. Назарова Н.М., Гусаков К.И., Павлович С.В., Довлетханова Э.Р. Рецидивирующий вульвовагинальный кандидоз на фоне пандемии COVID-19: алгоритм ведения пациенток // Медицинский Совет. 2021. № 13. С. 177–184. [Nazarova N.M., Gusakov K.I., Pavlovich S.V., Dovletkhanova E.R. Recurrent vulvovaginal candidiasis during COVID-19 pandemic: medical algorithm. Meditsinskiy sovet = Medical Council, 2021, no. 13, pp. 177–184. (In Russ.)] doi: 10.21518/2079-701X-2021-13-177-184
  7. Рауш Е.Р., Выборнова И.В., Шагдилеева Е.В., Васильева Н.В., Богомолова Т.С., Хостелиди С.Н., Климко Н.Н. Определение чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза к флуконазолу и вориконазолу по международным стандартам // Проблемы медицинской микологии. 2013. Т. 15, № 1. С. 60–63. [Raush E.R., Vybornova I.V., Shagdileeva E.V., Vasilyeva N.V., Bogomolova T.S., Khostelidi S.N., Klimko N.N. Susceptibility testing of invasive candidosis pathogens to Fluconazole and Voriconazole by international standards. Problemy meditsinskoi mikologii = Problems of Medical Mycology, 2013, vol. 15, no. 1, pp. 60–63. (In Russ.)]
  8. Akpan A., Morgan R. Oral candidiasis. Postgrad. Med. J., 2002, vol. 78, no. 922, pp. 455–459. doi: 10.1136/pmj.78.922.455
  9. Bertolini M., Ranjan A., Thompson A., Diaz P.I., Sobue T., Maas K., Dongari-Bagtzoglou A. Candida albicans induces mucosal bacterial dysbiosis that promotes invasive infection. PLoS Pathog., 2019, vol. 15, no. 4: e1007717. doi: 10.1371/journal.ppat.1007717.10
  10. Casalini G., Giacomelli A., Ridolfo A., Gervasoni C., Antinori S. Invasive fungal infections complicating COVID-19: a narrative review. J. Fungi, 2021, vol. 7, no. 11: 921. doi: 10.3390/jof7110921
  11. Delisle M.S., Williamson D.R., Albert M., Perreault M.M., Jiang X., Day A.G., Heyland D.K. Impact of Candida species on clinical outcomes in patients with suspected ventilator-associated pneumonia. Can. Respir. J., 2011, vol. 18, no. 3, pp. 131–136. doi: 10.1155/2011/827692
  12. Gangneux J.P., Bougnoux M.E., Dannaoui E., Cornet M., Zahar J.R. Invasive fungal diseases during COVID-19: we should be prepared. J. Mycol. Med., 2020, vol. 30, no. 2: e100971. doi: 10.1016/j.mycmed.2020.100971
  13. Jeronimo L.S., Esteves Lima R.P., Suzuki T.Y.U., Discacciati J.A.C., Bhering C.L.B. Oral candidiasis and COVID-19 in users of removable dentures: is special oral care needed? Gerontology, 2022, vol. 68, no. 1, pp. 80–85. doi: 10.1159/000515214
  14. Nucci M., Barreiros G., Guimarães L.F., Deriquehem V.A., Castiñeiras A.C., Nouér S.A. Increased incidence of candidemia in a tertiary care hospital with the Covid-19 pandemic. Mycoses, 2021, vol. 64, no. 2, pp. 152–156. doi: 10.1111/myc.13225
  15. Pendleton K.M., Dickson R.P., Newton D.W., Hoffman T.C., Yanik G.A., Huffnagle G.B. Respiratory tract colonization by Candida species portends worse outcomes in immunocompromised patients. Clin. Pulm. Med., 2018, vol. 25, no. 6, pp. 197–201. doi: 10.1097/CPM.0000000000000279
  16. Pote S.T., Sonawane M.S., Rahi P., Shah S.R., Shouche Y.S., Patole M.S., Thakar M.R., Sharma R. Distribution of pathogenic yeasts in different clinical samples: their identification, antifungal susceptibility pattern, and cell invasion. Infect. Drug. Resist., 2020, no. 13, pp. 1133–1145. doi: 10.2147/IDR.S238002
  17. Ripa M., Galli L., Poli A., Oltolini C., Spagnuolo V., Mastrangelo A., Muccini C., Monti G., De Luca G., Landoni G., Dagna L., Clementi M., Rovere Querini P., Ciceri F., Tresoldi M., Lazzarin A., Zangrillo A., Scarpellini P., Castagna A.; COVID-BioB study group. Secondary infections in patients hospitalized with COVID-19: incidence and predictive factors. Clin. Microbiol. Infect., 2021, vol. 27, no. 3, pp. 451–457. doi: 10.1016/j.cmi.2020.10.021
  18. Romo J.A., Kumamoto C.A. On commensalism of Candida. J. Fungi (Basel), 2020, vol. 6, no. 16. doi: 10.3390/jof6010016
  19. Salehi M., Ahmadikia K., Mahmoudi S., Kalantari S., Jamalimoghadamsiahkali S., Izadi A., Kord M., Dehghan Manshadi S.A., Seifi A., Ghiasvand F., Khajavirad N., Ebrahimi S., Koohfar A., Boekhout T., Khodavaisy S. Oropharyngeal candidiasis in hospitalised COVID-19 patients from Iran: species identification and antifungal susceptibility pattern. Mycoses, 2020, vol. 63, no. 8, pp. 771–778. doi: 10.1111/myc.13137
  20. Wang B., Zhang L., Wang Y., Dai T., Qin Z., Zhou F., Zhang L. Alterations in microbiota of patients with COVID-19: potential mechanisms and therapeutic interventions. Sig. Transduct. Target Ther., 2022, vol. 7, no. 143. doi: 10.1038/s41392-022-00986-0

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Figure 1. Species composition of oropharyngeal microbial landscape in patients with COVID-19

Download (82KB)
Indexing metadata
3. Figure 2. The frequency of oropharyngeal isolation of various types of Candida fungi in patients with severe and extremely severe COVID-19

Download (82KB)
Indexing metadata
4. Figure 3. Age-related frequency of occurrence of bacterial and bacterial-fungal associations isolated from patients with severe and extremely severe COVID-19

Download (60KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Lisovskaya S.A., Isaeva G.S., Nikolaeva I.V., Guseva S.E., Gainatullina L.R., Chumarev N.S.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies