Сравнительный анализ консервативности иммуногенных Т-клеточных эпитопов нуклеопротеина вирусов-доноров для живых и инактивированных гриппозных вакцин

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Антиген-специфические Т-клетки являются важным звеном противовирусного иммунитета при гриппозной инфекции, и современные вакцины разрабатываются как возможные индукторы данного звена иммунитета. Живая гриппозная вакцина (ЖГВ) является мощным стимулятором Т-клеточного иммунитета ввиду ее способности вызывать продуктивную инфекцию в верхних дыхательных путях. Инактивированные гриппозные вакцины (ИГВ) и новые разрабатываемые вакцинные кандидаты также могут вызывать образование вирус-специфических Т-клеток при использовании соответствующих адъювантов. При этом основной мишенью для развития Т-клеточного иммунитета являются неструктурные и внутренние антигены вакцинного донора, в частности нуклеопротеин (NP). Наиболее часто используемые в мире штаммы-доноры для ЖГВ и ИГВ были получены на основе вирусов, выделенных с 1933 по 1960 год. В связи с этим актуален вопрос о консервативности эпитопов, иммуногенных для CD8⁺ Т-лимфоцитов (ЦТЛ-эпитопов), в NP белках вакцинных доноров, то есть о способности Т-киллеров, специфичных к «донорному» NP, к распознаванию нуклеопротеинов актуальных штаммов вируса гриппа А. Целью исследования явилась оценка консервативности иммуногенных ЦТЛ-эпитопов NP белка вирусов-доноров подтипов H1N1 и H2N2, традиционно используемых для создания ЖГВ и ИГВ. Материалы и методы. Иммуноэпитопный анализ in silico NP белков был проведен для 1614 и 1767 штаммов вируса гриппа А подтипов H1N1 и H3N2, соответственно, циркулировавших в 2009–2023 гг. (по данным NCBI Influenza Virus Database), в сравнении с донорами аттенуации и высокой репродуктивности A/Ленинград/134/17/57 (H2N2), A/Ann Arbor/6/60 (H2N2), A/PR/8/34 (H1N1) и А/WSN/1933 (H1N1). Для этого использовалась база данных Immune Epitope Database (IEDB, www.iedb.org), встроенный алгоритм предсказания ЦТЛ-эпитопов NetCTL и инструмент предсказания сайтов протеолиза NetChop. Картирование эпитопов, содержащих не более 1 сайта протеолиза, на аминокислотные последовательности NP антигена проводили с помощью алгоритма выравнивания ClustalO в программе JalView 2.8.1. Иммуногенность и консервативность отобранных эпитопов далее оценивали с помощью инструментов IEDB T-cell Immunogenicity predictor tool и Epitope Conservancy Assay, соответственно. Результаты. Было установлено, что большинство обнаруженных иммуногенных ЦТЛ-эпитопов NP белка вирусов-доноров для ЖГВ и ИГВ не встречается в последовательностях NP циркулирующих вирусов гриппа. И наоборот, большая часть иммуногенных ЦТЛ-эпитопов NP белка современных вирусов отсутствует в донорных вирусах и не может быть индуцирована путем вакцинации с использованием традиционных вакцин. Полученные данные свидетельствуют о необходимости актуализации NP антигена в составе вакцин путем направленного мутагенеза гена «донорного» NP или внесения в вакцинные штаммы гена, кодирующего NP циркулирующих вирусов гриппа.

Полный текст

Введение

Грипп является одной из наиболее распространенных в мире респираторных инфекций, вызываемой высококонтагиозным вирусным патогеном (чаще всего вирусами гриппа подтипа А) и часто характеризующейся осложненным течением. По данным ВОЗ, ежегодные эпидемии гриппа вызывают от 3 до 5 млн случаев тяжелой формы заболевания, смертность от которых достигает 22% [4].

Одним из наиболее эффективных средств борьбы с гриппозной инфекцией является вакцинопрофилактика, чаще всего осуществляемая с использованием таких инструментов, как сплит-, рекомбинантные и инактивированные (ИГВ) вакцины, в том числе на основе наночас тиц, а также живая гриппозная вакцина (ЖГВ). Показано, что в отличие от других способов вакцинации, иммунизация ЖГВ индуцирует как местный, так и Т-клеточный гетеросубтипический иммунный ответ к внутреннему белку вириона — нуклеопротеину (NP), наиболее богатому иммуногенными эпитопами для CD8⁺ Т-лимфоцитов компоненту вируса гриппа [3].

Штаммы, составляющие основу сезонных ЖГВ и ИГВ, являются продуктами генетической реассортации циркулирующих вирусных вариантов и вакцинных доноров [9]. Как правило, их геном представлен сегментами, кодирующими поверхностные белки (гемагглютинин и нейраминидазу) актуальных эпидемических вирусов гриппа, а также генами неструктурных белков и внутренних компонентов вириона (в частности, NP антигена), наследуемыми от вакцинного донора. Наиболее популярными донорными штаммами для создания гриппозных вакцин во всем мире являются вирусы 1933–1960 гг. выделения, а именно А/WSN/1933 (H1N1) (используемый для получения современных вакцин на основе наночастиц), A/PR/8/34 (H1N1) (донор высокой репродуктивности для создания ИГВ), А/Ленинград/134/17/57 (H2N2), лицензированный для производства ЖГВ [7], а также донор аттенуации для американской ЖГВ A/Ann Arbor/6/60 (H2N2), аминокислотный состав NP белка которых мог значительно отдалиться от такового у циркулирующих вирусов за более чем 60 лет. В случае если возникающие в NP замены затрагивают иммуногенные эпитопы, которые в комплексе с MHC I служат активаторами цитотоксических CD8⁺ Т-клеток (ЦТЛ-эпитопы), различия в составе «донорного» и «эпидемического» NP антигенов могут снижать эффективность стимуляции Т-клеточного иммунитета с помощью вакцин, содержащих антигенно устаревший белок нуклеокапсида.

Целью данного исследования стал анализ консервации in silico ЦТЛ-иммуноэпитопов NP антигена вирусов гриппа А, чаще всего используемых в качестве доноров для разработки и производства кросс-протективных вакцин (А/Ленинград/134/17/57 (H2N2), A/Ann Arbor/6/60 (H2N2), A/PR/8/34 (H1N1) и А/WSN/1933 (H1N1)) в составе NP вирусов гриппа А (H1N1 и H3N2), циркулировавших в человеческой популяции с 2009 по 2023 год.

Материалы и методы

Для проведения иммуноэпитопного анализа из базы данных NCBI Influenza Virus Sequence Database [11] были отобраны аминокислотные последовательности NP антигена вакцинных доноров (А/Ленинград/134/17/57 (H2N2), A/Ann Arbor/6/60 (H2N2), A/PR/8/34 (H1N1) и А/WSN/1933 (H1N1), а также уникальные последовательности NP 1614 современных вирусов гриппа А подтипа H1N1 и 1767 — подтипа H3N2, циркулировавших среди людей в 2009–2023 гг. Из рассмотрения были исключены лабораторные штаммы, а также полностью гомологичные последовательности, выявленные при выравнивании алгоритмом ClustalO [8]. Поиск ЦТЛ-эпитопов в последовательностях NP вакцинных доноров проводили в базе данных Immune Epitope Database (IEDB, www.iedb.org) с использованием алгоритма предсказания NetCTL, поэтапно для всех HLA-супертипов [5]. Параметры вклада С-концевого протеолиза, эффективности TAP-опосредованного транспорта пептидов в просвет эндоплазматического ретикулума (с участием транспортера, ассоциированного с процессингом антигена) и порога отбора эпитопов составляли 0,15, 0,05 и 0,75 соответственно. Затем последовательности NP вакцинных доноров были проанализированы на наличие протеолитических сайтов с помощью инструмента NetChop [6] и метода C-terminal proteolysis assay 3.0 при пороговом значении 0,5. Картирование ЦТЛ-эпитопов на последовательности NP вирусов гриппа А с учетом локализации сайтов протеолиза проводили с помощью программы JalView 2.8.1. Эпитопы, имею щие не более одного сайта протеолиза, были включены в дальнейший анализ. Предсказание иммуногенности отобранных ЦТЛ-эпитопов проводили в IEDB с использованием алгоритма предсказания Immunogenicity predictor tool [2]. Для дальнейшего исследования отбирали эпитопы с баллом иммуногенности более 0. Анализ консервации эпитопов проводили в IEDB с использованием соответствующего алгоритма Epitope Conservancy Assay [1] в режиме оценки линейных эпитопов с порогом идентичности последовательностей, равным 100. Степень консервативности эпитопов выражали как процент вирусных штаммов с полностью гомологичными последовательностями среди всех штаммов вируса гриппа А, включенных в анализ.

Результаты и обсуждение

Данные, представленные в табл. 1, показывают, что только 2 из 12 отобранных ЦТЛ-эпитопов (16,7%) для NP вакцинного донора А/WSN/1933 (H1N1) оказались высококонсервативными. Примечательно, что половина отобранных иммуногенных эпитопов была выявлена только у 0,1–2,0% циркулирующих в настоящее время вирусов гриппа А.

 

Таблица 1. Консервация экспериментально определенных и предсказанных ЦТЛ-эпитопов NP вакцинного донора А/WSN/1933 (H1N1) у вирусов гриппа А, циркулировавших в человеческой популяции с 2009 по 2023 год

Table 1. Conservation of experimentally defined and predicted CTL-epitopes of the NP of vaccine donor A/WSN/1933 (H1N1) in influenza A viruses circulating in the human population from 2009 to 2023

Эпитопы NP вируса гриппа А/WSN/1933 (H1N1)

NP epitopes of influenza virus А/WSN/1933 (H1N1)

Консервация ЦТЛ-

эпитопов NP

 в штаммах вируса

гриппа А (2009–2023), %

Conservancy of NP

CTL-epitopes in

 influenza A strains

(2009–2023), %

Предсказание ЦТЛ-

иммуногенности

 эпитопа, баллы

Prediction of epitope

CTL-immunogenicity,

 score

Номер эпитопа

 в IEDB

Epitope IEDB ID

Позиция на

транскрипте NP

Position in NP

 transcript

Связывающий эпитоп

 HLA-супертип

Epitope-binding

 HLA supertype

Аминокислотная

последовательность

Amino acid sequence

p

174–182

B27

RRSGAAGAA

98,13

0,11

p

317–325

A3

RPNENPAHK

97,86

0,13

41691

32–40

A1, A26

MIDGIGRFY

52,31

0,32

11696

114–122

B44

EEIRRIWRQ

53,30

0,49

p

113–121

A3

KEEIRRIWR

53,27

0,51

p

30–38

A3

GKMIDGIGR

50,99

0,26

p

211–219

A26

NGRRTRIAY

1,97

0,29

p

213–221

B27

RRTRIAYER

1,97

0,29

p

214–222

B7

RTRIAYERM

1,97

0,30

19421

17–25

B44

GERQNATEI

1,53

0,02

p

125–133

B39

NGDDATAGL

1,40

0,16

p

245–253

B27, B39

SRNPGNAEF

0,10

0,11

Примечание. p — эпитоп предсказан.

Note. p — epitope is predicted.

 

Таблица 2. Консервация экспериментально определенных и предсказанных ЦТЛ-эпитопов NP вакцинного донора A/PR/8/34 (H1N1) у вирусов гриппа А, циркулировавших в человеческой популяции с 2009 по 2023 год

Table 2. Conservation of experimentally defined and predicted CTL-epitopes of the NP of vaccine donor A/PR/8/34 (H1N1) in influenza A viruses circulating in the human population from 2009 to 2023

Эпитопы NP вируса гриппа A/PR/8/34 (H1N1)

NP epitopes of influenza virus A/PR/8/34 (H1N1)

Консервация ЦТЛ-

эпитопов NP

 в штаммах вируса

гриппа А (2009–2023), %

Conservancy of NP

CTL-epitopes in

 influenza A strains

(2009–2023), %

Предсказание ЦТЛ-

Иммуногенности

 эпитопа, баллы

Prediction of epitope

 CTL-immunogenicity,

score

Номер эпитопа

 в IEDB

Epitope IEDB ID

Позиция на

 транскрипте NP

Position in NP

 transcript

Связывающий

 эпитоп HLA-супертип

Epitope-binding

 HLA supertype

Аминокислотная

 последовательность

Amino acid sequence

p

333–341

A24, B39

CHSAAFEDL

98,13

0,23

p

174–182

B27

RRSGAAGAA

98,13

0,11

p

317–325

A3

RPNENPAHK

97,86

0,13

11696

114–122

B44

EEIRRIWRQ

53,30

0,49

63408

23–31

A3, B44

TEIRASVGK

51,63

0,03

164131

32–40

A3, B62

MIGGIGRFY

44,72

0,32

19421

17–25

B44

GERQNATEI

1,53

0,02

p

125–133

B39

NGDDATAGL

1,40

0,16

p

211–219

A26, B62

NGRKTRIAY

1,36

0,02

p

213–221

B27

RKTRIAYER

1,29

0,29

p

31–39

A2, A24

KMIGGIGRF

0,44

0,29

p

30–38

A3

GKMIGGIGR

0,44

0,27

Примечание. p — эпитоп предсказан.

Note. p — epitope is predicted.

 

Аналогичные результаты были получены для A/PR/8/34 (H1N1), где только 3 из 13 предсказанных NP-эпитопов (23,1%) сохранились практически у всех циркулирующих в настоящее время вирусов (табл. 2).

Как и ожидалось, большая доля ЦТЛ-эпи топов NP донора аттенуации А/Ленин град/ 134/17/57 (H2N2), сохраняется у современных вирусов H1N1 и H3N2 (5 из 12, 41,7%), поскольку этот вирус был выделен на два десятилетия позже, чем первые два рассмотренных вакцинных донора (табл. 3).

 

Таблица 3. Консервация экспериментально определенных и предсказанных ЦТЛ-эпитопов NP донора аттенуации А/Ленинград/134/17/57 (H2N2) у вирусов гриппа А, циркулировавших в человеческой популяции с 2009 по 2023 год

Table 3. Conservation of experimentally defined and predicted CTL-epitopes of the NP of attenuation donor А/Leningrad/134/17/57 (H2N2) in influenza A viruses circulating in the human population from 2009 to 2023

Эпитопы NP вируса гриппа A/Ленинград/134/17/57 (H2N2)

NP epitopes of influenza virus A/Ленинград/134/17/57 (H2N2)

Консервация ЦТЛ-

эпитопов NP в

штаммах вируса

гриппа А

(2009–2023), %

Conservancy of

NP CTL-epitopes

 in influenza A

strains (2009–2023), %

Предсказание ЦТЛ-

иммуногенности

 эпитопа, баллы

Prediction

of epitope

 CTL-immunogenicity,

 score

Номер

эпитопа

в IEDB

Epitope

IEDB ID

Позиция на

 транскрипте

NP

Position

in NP

 transcript

Связывающий

эпитоп HLA-

супертип

Epitope-binding

HLA supertype

Аминокислотная

последовательность

Amino acid

sequence

167950

198–206

A24, B27

KRGINDRNF

99,01

0,20

53890

199–207

B58

RGINDRNFW

99,01

0,17

p

174–182

B27

RRSGAAGAA

98,13

0,11

p

245–253

B27, B39

SRNPGNAEI

96,43

0,11

p

250–258

A1, A3

NAEIEDLIF

96,36

0,35

p

114–122

B44

EEIRRIWRQ

53,30

0,49

п p

276–284

B7

LPACVYGPA

2,11

0,02

19421

17–25

B44

GERQNATEI

1,53

0,02

p

125–133

B39

NGDDATAGL

1,40

0,16

p

211–219

A26, B62

NGRKTRIAY

1,36

0,02

p

333–341

A24

CNSAAFEDL

1,33

0,23

p

213–221

B27

RKTRIAYER

1,29

0,29

Примечание. p — эпитоп предсказан.

Note. p — epitope is predicted.

 

Сходные данные были получены при анализе консервативности ЦТЛ-эпитопов NP антигена донора аттенуации А/Ann Arbor/6/60 (H2N2), что ожидаемо ввиду практически совпадающего времени выделения и подтипа данного вируса с таковым у А/Ленинград/134/17/57 (H2N2) (табл. 4).

 

Таблица 4. Консервация экспериментально определенных и предсказанных ЦТЛ-эпитопов NP донора аттенуации А/Ann Arbor/6/60 (H2N2) у вирусов гриппа А, циркулировавших в человеческой популяции с 2009 по 2023 год

Table 4. Conservation of experimentally defined and predicted CTL-epitopes of the NP of attenuation donor А/Ann Arbor/6/60 (H2N2) in influenza A viruses circulating in the human population from 2009 to 2023

Эпитопы NP вируса гриппа A/Ann Arbor/6/60 (H2N2)

NP epitopes of influenza virus A/Ann Arbor/6/60 (H2N2)

Консервация ЦТЛ-

эпитопов NP в

 штаммах вируса

 гриппа А (2009–2023), %

Conservancy of

NP CTL-epitopes

in influenza A

strains (2009–2023), %

Предсказание ЦТЛ-

иммуногенности

эпитопа, баллы

Prediction of epitope

 CTL-immunogenicity,

score

Номер эпитопа в IEDB

Epitope IEDB ID

Позиция на

транскрипте NP

Position in

NP transcript

Связывающий эпитоп

 HLA-супертип

Epitope-binding

HLA supertype

Аминокислотная

 последовательность

Amino acid sequence

p

174–182

B27

RRSGAAGAA

98,13

0,11

p

317–325

A3

RPNENPAHK

97,86

0,13

p

245–253

B27

SRNPGNAEI

96,43

0,11

984

251–259

B44

AEIEDLIFL

96,29

0,34

p

114–122

B44

EEIRRIWRQ

53,30

0,49

41691

32–40

A1, A3, A26

MIDGIGRFY

52,31

0,32

p

438–446

A3

SDMRAEIIR

51,74

0,32

p

30–38

A3

GKMIDGIGR

50,99

0,26

19421

17–25

B44

GERQNATEI

1,53

0,02

p

125–133

B39

NGDDATAGL

1,40

0,16

p

333–341

A24

CNSAAFEDL

1,33

0,23

p

174–182

B27

RRSGAAGAA

98,13

0,11

Примечание. p — эпитоп предсказан.

Note. p — epitope is predicted.

 

Таблица 5. Анализ представленности иммуногенных ЦТЛ-эпитопов современных вирусов гриппа А в последовательностях NP вакцинных доноров

Table 5. Analysis of the representation of immunogenic CTL epitopes of contemporary influenza A viruses in the NP sequences of vaccine donors

Иммуногенные ЦТЛ-эпитопы

Immunogenic CTL-epitopes

Вирусы-доноры для создания вакцин

Donor viruses for vaccine development

Подтип вируса гриппа

Influenza virus subtype

Аминокислотная

последовательность

Amino acid sequence

Номер эпитопа

Epitope ID

ЦТЛ-иммуногенность

 эпитопа, баллы

Epitope CTL-

immunogenicity, score

A/WSN/

1933

A/Leningrad

/ 134/17/57

A/ Ann Arbor/

 6/60

A/PR/8/34

H1N1

RMIGGIGRF

p

0,29

H1N1

GRMIGGIGR

p

0,27

H1N1

KRGINDRNF

167950

0,20

+

H1N1

GENGRRTRV

p

0,19

H1N1

NGEDATAGL

p

0,18

H1N1

IQNSITIER

p

0,17

H1N1

GEDATAGLT

p

0,14

H1N1

AMELIRMIK

p

0,13

H1N1

SVGRMIGGI

p

0,07

H1N1

AVKGIGTMV

p

0,06

H1N1

GERQDTTEI

p

0,05

H1N1

MELIRMIKR

41392

0,01

H1N1, H3N2

MIDGIGRFY

41691

0,32

+

+

H1N1, H3N2

GINDRNFWR

20377

0,29

H1N1, H3N2

RGINDRNFW

53890

0,17

+

H1N1, H3N2

RRSGAAGAA

p

0,11

+

+

+

+

H1N1, H3N2

SRNPGNAEI

p

0,11

+

+

H3N2

EEIRRIWRQ

p

0,49

+

+

+

+

H3N2

NAEIEDLIF

p

0,35

+

H3N2

SDMRAEIIR

p

0,32

+

H3N2

GKMIDGIGR

p

0,26

+

+

H3N2

AANPIVPSF

p

0,05

H3N2

GDRQNATEI

p

0,02

H3N2

AAVKGIGTM

p

0,01

H3N2

NGEDATSGL

p

0,01

Представленность ЦТЛ-эпитопов в последовательности

NP различных вакцинных доноров, %

Representation of CTL-epitopes in the NP

sequence of different vaccine donors, %

16

24

24

8

Примечание. p — эпитоп предсказан.

Note. p — epitope is predicted.

 

Однако, в отличие от этого вакцинного донора, в пределах NP А/Ann Arbor/6/60 (H2N2) были выявлены два уникальных консервативных эпитопа (251–259 и 438–446) и не обнаружены такие эпитопы как 198–206, 199–207, 276–284, 211–219, 213–221, присутствующие в NP антигене родственного вируса А/Ленинград/134/17/57 (H2N2).

Далее мы провели поиск иммуногенных ЦТЛ-эпитопов, содержащих не более одного сайта протеолиза, в последовательностях NP современных штаммов вирусов гриппа А подтипа H1N1 и H3N2, рекомендованных ВОЗ для включения в состав поливалентных вакцин для применения в эпидемические сезоны 2018–2024 гг. в Северном полушарии, а затем оценили представленность обнаруженных эпитопов в NP вакцинных доноров (табл. 5).

В целом проведенный анализ показал, что большинство NP-специфических иммунодоминантных ЦТЛ-эпитопов вакцинных прототипов, разработанных на основе антигенно устаревших вирусов гриппа А, не присутствуют в современных штаммах, и напротив, представленность иммуногенных ЦТЛ-эпитопов NP антигена современных вирусов гриппа А у четырех наиболее популярных вакцинных доноров не превышает 24% (табл. 5), что может иметь по крайней мере два негативных последствия. Во-первых, массовое применение вакцин на основе неактуальных NP доноров приведет к клональной экспансии эффекторных CD8⁺ Т-лимфоцитов, не способных к распознаванию и уничтожению клеток, инфицированных недавними вариантами вируса гриппа, что неоправданно истощит иммунную систему вакцинируемых. Во-вторых, большинство новых эпитопов NP современных вирусов гриппа не будет распознаваться индуцированными вакциной T-клетками, поскольку эти эпитопы еще не были представлены в вакцинах на основе классических доноров.

Среди проанализированных ЦТЛ-эпитопов NP четырех наиболее популярных вакцинных доноров по степени консервативности можно выделить три группы пептидов: высококонсервативные (для которых процент консервации составляет более 90%), среднеконсервативные (сохраняющиеся у 40–55% современных штаммов вируса гриппа А) и низкоконсервативные (с консервацией 3% и менее). Выявленные различия в степени консервативности отдельных эпитопов NP могут свидетельствовать о дифференциальном действии естественного отбора со стороны иммунной системы хозяина в процессе вирусной эволюции. Это предположение может быть в дальнейшем дополнительно проверено с помощью алгоритмов оценки молекулярной эволюции [10, 12].

Полученные в работе данные свидетельствуют о том, что NP-специфические CD8⁺ Т-клетки, генерируемые в ответ на вакцинацию штаммами, полученными на основе классичес ких доноров, будут способны распознавать лишь небольшую часть иммуногенных ЦТЛ-эпитопов NP антигена современных вариантов вируса гриппа. Этот недостаток может быть устранен либо введением в состав штаммов цельновирионных гриппозных вакцин, помимо генов поверхностных белков (гемагглютинина и нейраминидазы), гена NP актуальных вирусных вариантов, либо направленным точечным мутагенезом последовательностей NP вакцинных доноров для приведения ее в соответствие антигенному набору ЦТЛ-эпитопов NP современных вирусов гриппа А.

Заключение

В настоящем исследовании был выявлен ряд экспериментальных и предсказанных иммуногенных ЦТЛ-эпитопов в белке нуклеокапсида стандартных вакцинных доноров для создания гриппозных вакцин и проанализирована степень их консервативности по наличию в NP современных штаммов вируса гриппа А. По результатам анализа степени консервации этих эпитопов, большая их часть отсутствует в NP антигене штаммов вируса гриппа А подтипов H1N1 и H3N2, циркулировавших в мире с 2009 по 2023 год. Таким образом, существует вероятность ограниченной перекрестной NP-специфичности, а, следовательно, и защитной функции вакцин-индуцированных CD8⁺ Т-лимфоцитов, что может быть скорректировано за счет актуализации эпитопного состава NP вакцинных доноров в соответствии с таковым у современных вирусных вариантов. Выявленные в работе последовательности иммуногенных ЦТЛ-эпитопов NP могут быть использованы для конструирования новых прототипов вакцин против гриппа с улучшенными кросс-протективными свойствами.

×

Об авторах

Александра Яковлевна Рак

ФГБНУ Институт экспериментальной медицины

Автор, ответственный за переписку.
Email: rak.ay@iemspb.ru

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории иммунологии и профилактики вирусных инфекций отдела вирусологии им. А.А. Смородинцева

Россия, 197376, Санкт-Петербург, ул. Академика Павлова, 12

Л. Г. Руденко

ФГБНУ Институт экспериментальной медицины

Email: rak.ay@iemspb.ru

доктор медицинских наук, профессор, зав. отделом вирусологии им. А.А. Смородинцева

Россия, 197376, Санкт-Петербург, ул. Академика Павлова, 12

И. Н. Исакова-Сивак

ФГБНУ Институт экспериментальной медицины

Email: rak.ay@iemspb.ru

член-корреспондент РАН, доктор биологических наук, зав. лабораторией иммунологии и профилактики вирусных инфекций отдела вирусологии им. А.А. Смородинцева

Россия, 197376, Санкт-Петербург, ул. Академика Павлова, 12

Список литературы

  1. Bui H.H., Sidney J., Li W., Fusseder N., Sette A. Development of an epitope conservancy analysis tool to facilitate the design of epitope-based diagnostics and vaccines. BMC Bioinformatics, 2007, vol. 8, pp. 1–6. doi: 10.1186/1471-210⁵-8-361
  2. Calis J.J.A., Maybeno M., Greenbaum J.A., Weiskopf D., De Silva A.D., Sette A., Keşmir C., Peters B. Properties of MHC class I presented peptides that enhance immunogenicity. PLoS Computational Biology, 2013, vol. 9, no. 10: e1003266. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003266
  3. Grant E., Wu C., Chan K.F., Eckle S., Bharadwaj M., Zou Q.M., Kedzierska K., Chen W. Nucleoprotein of influenza A virus is a major target of immunodominant CD8⁺ Т-cell responses. Immunology and Cell Biology, 2013, vol. 91, no. 2, pp. 184–194. doi: 10.1038/icb.2012.78
  4. Influenza. World Health Organization (3 october 2023). World Health Organization fact sheet. Access date: March 23, 2024. [Electr. resource]
  5. Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K., Buus S., Lund O., Nielsen M. Large-scale validation of methods for cytotoxic T-lymphocyte epitope prediction. BMC Bioinformatics, 2007, vol. 8, pp. 1–12. doi: 10.1186/1471-210⁵-8-424
  6. Nielsen M., Lundegaard C., Lund O., Keşmir C. The role of the proteasome in generating cytotoxic T-cell epitopes: insights obtained from improved predictions of proteasomal cleavage. Immunogenetics, 2005, vol. 57, pp. 33-41. doi: 10.1007/s00251-005-0781-7
  7. Rudenko L., Yeolekar L., Kiseleva I., Isakova-Sivak I.N. Development and approval of live attenuated influenza vaccines based on Russian master donor viruses: process challenges and success stories. Vaccine, 2016, vol. 34, no. 45, pp. 5436–5441. doi: 10.1016/j.vaccine.2016.08.018
  8. Sievers F., Wilm A., Dineen D., Gibson T.J., Karplus K., Li W., Lopez R., McWilliam H., Remmert M., Söding J., Thompson J.D., Higgins D.G. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Molecular Systems Biology, 2011, vol. 7, no. 1: 539. doi: 10.1038/msb.2011.75
  9. Sridhar S., Brokstad K.A., Cox R.J. Influenza Vaccination Strategies: Comparing Inactivated and Live Attenuated Influenza Vaccines. Vaccines (Basel), 2015, vol. 3, no. 2, pp. 373–389. doi: 10.3390/vaccines3020373
  10. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol., 2011, vol. 28, no. 10, pp. 2731–2739. doi: 10.1093/molbev/msr121
  11. Vita R., Overton J.A., Greenbaum J.A., Ponomarenko J., Clark J.D., Cantrell J.R., Wheeler D.K., Gabbard J.L., Hix D., Sette A., Peters B. The immune epitope database (IEDB) 3.0. Nucleic Acids Res., 2015, vol. 43, no. D1, pp. D405–D412. doi: 10.1093/nar/gku938
  12. Weaver S., Shank S.D., Spielman S.J., Li M., Muse S.V., Kosakovsky Pond S.L. Datamonkey 2.0: a modern web application for characterizing selective and other evolutionary processes. Mol. Biol. Evol., 2018, vol. 35, no. 3, pp. 773–777. doi: 10.1093/molbev/msx335

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Рак А.Я., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах