Аcinetobacter baumannii bv Tryptophandestruens bv nov., выделенный из клинического материала

Цель исследования — определить таксономический статус группы атипичных штаммов Acinetobacter baumannii, выявить их характеристики и методы, необходимые для идентификации. Объектом исследования были 10 штаммов A. baumannii (из них 6 первичных), имеющих одинаковый профиль атипичных признаков. Они были выделены из клинического материала (моча, мокрота) в 2017–2019 гг. в Военно-медицинской академии. В сравнительных исследованиях использовали клинические штаммы типичных A. baumannii (n = 36), Acinetobacter nosocomialis (n = 14), Acinetobacter pittii (n = 9) и 1 штамм Acinetobacter calcoaceticus, выделенный из внешней среды. Атипичные штаммы обладали признаками бактерий комплекса A. calcoaceticus — A. baumannii (ACB) и были идентифицированы как A. baumannii. Утилизацию субстратов в качестве единственных источников углерода изучали на плотной синтетической среде с 0,2% субстрата при инкубации посевов 72 часа при 37°C. Окисление углеводов с кислотообразованием выявляли на среде Хью–Лейфсона и микрометодом. Биотрансформацию ароматических аминокислот осуществляли в жидких и плотных питательных средах по хромогенной реакции. Для генетической характеристики штаммов использовали ген rpoB. Амплификацию двух фрагментов гена rpoB длиной 940 п. н. и 1210 п. н. проводили методом стандартной полимеразной цепной реакции с использованием праймеров, имеющих описанные ранее последовательности. Продукты амплификации секвенировали по Сэнгеру с использованием BigDye Terminator v3.1 (Applied Biosystems, США) и капиллярного электрофореза на автоматическом секвенаторе ABI PRISM 3130 (Applied Biosystems, США) с последующим применением методов определения уровней сходства секвенированных фрагментов с последовательностями гена rpoB референс-штамма A. baumannii ATCC 17978 (GenBank acc. no. CP053098.1). Было установлено, что все штаммы группы атипичных A. baumannii имели специфическую совокупность признаков, отличающих их от типичных штаммов A. baumannii и других видов комплекса АСВ: наличие биотрансформации L-триптофана (антранилатным путем) и антраниловой кислоты при однозначном отсутствии этих признаков у других бактерий; отсутствие утилизации гиппурата натрия и L-арабинозы при однозначном наличии утилизации у других бактерий; отсутствие утилизации L-триптофана, путресцина, L-орнитина при наличии утилизации у большинства штаммов других видов. Генетический анализ показал, что контрольные штаммы типичных A. baumannii имели 99,20–99,21% сходства последовательностей секвенированных фрагментов гена rpoB с последовательностями гена rpoB референсного штамма. Такие же показатели имели все 10 штаммов атипичных A. baumannii (99,20–99,21%). При этом показатели контрольных штаммов других видов достоверно отличались: A. nosocomialis — 95,10–95,97%, A. pittii — 94,63–94,92%, A. calcoaceticus — 93,00%. Следовательно, штаммы атипичных и типичных A. baumannii генетически однородны и принадлежат к одному виду. Представленные факты позволяют считать данную группу атипичых штаммов A. baumannii новым биоваром. Предлагаем название новому биовару: tryptophandestruens (триптофанразрушающий) (лат. destruens — разрушаю щий). Идентификацию бактерий A. baumannii bv. tryptophandestruens можно осуществлять в лабораториях любого уровня тестами на биотрансформацию L-триптофана и утилизацию гиппурата натрия.