Методические основы дифференциальной детекции ВЭБ1/ВЭБ2 и ВГЧ6A/ВГЧ6B

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

В России из всего многообразия заболеваний ВЭБ- и ВГЧ6-этиологии официальной статистической отчетности подлежит только инфекционный мононуклеоз, что существенно затрудняет объективную оценку этиологической структуры, уровня заболеваемости, характеристики развития эпидемического процесса. В настоящее время сведения о генетической неоднородности ВЭБ, даже на уровне основных типов (ВЭБ1 и ВЭБ2), а также ВГЧ6А и ВГЧ6В, их распространенности и клиническом значении ограничиваются главным образом зарубежными данными. В России встречаются единичные публикации, посвященные данному вопросу. В то же время изучение циркуляции генетических типов (вариантов) и использование этой информации при осуществлении эпидемиологического надзора за некоторыми другими инфекциями уже вошло в повседневную практику. Одной из ключевых проблем является уровень развития лабораторного обеспечения молекулярно-генетического мониторинга. Цель данной работы — совершенствование методической базы дифференциальной детекции ВГЧ6А/B и основных типов ВЭБ. Материалом исследования послужили лейкоциты периферической крови детей в возрасте 1–15 лет с острым инфекционным мононуклеозом (n = 50) и с отсутствием клинических симптомов данного заболевания (n = 29). Выявление и количественное определение ДНК ВЭБ и ДНК ВГЧ6 выполняли с помощью метода ПЦР в реальном времени. Для дифференциального определения ВЭБ1/ВЭБ2 и ВГЧ6А/ВГЧ6В в работе применялся оптимизированный однораундовый вариант ПЦР с электрофоретической детекцией продуктов амплификации в агарозном геле. По результатам исследований частота выявления ДНК ВЭБ и ДНК ВГЧ6 при остром инфекционном мононуклеозе составила 74 и 72%, а в контрольной группе — 35 и 74% соответственно. Установлено, что у обследованных детей Нижегородского региона в вирусной популяции преобладают ВЭБ1 и ВГЧ6В, что согласуется с существующими представлениями об их географическом распределении на прилегающих территориях. ВЭБ2 был обнаружен в единственном образце только в контрольной группе. ВГЧ6А ни в одной из исследуемых групп выявлен не был. Оптимизированный в данной работе методический подход позволяет раздельно детектировать ВЭБ1/ВЭБ2 и ВГЧ6А/ВГЧ6В по единому лабораторному протоколу, а в сочетании с дополнительным этапом концентрирования ДНК повышает диагностическую чувствительность ПЦР-анализа, минимизирует долю дискордантных и ложноотрицательных результатов. Такой комплексный подход может применяться в диагностических, эпидемиологических и научно-исследовательских целях.

Об авторах

М. И. Попкова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Автор, ответственный за переписку.
Email: popmarig@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5864-5862

Попкова Мария Игоревна - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.

603950, Нижний Новгород, ул. Малая Ямская, 71.

Тел.: 8 (831) 469-79-46. Факс: 8 (831) 469-79-20.

SPIN-код : 4485-2459

Россия

О. В. Уткин

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: utkino2004@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7571-525X

Кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной биологии и биотехнологии.

Нижний Новгород.

SPIN-код: 1174-6500

Россия

Е. А. Соболева

Приволжский исследовательский медицинский университет Минздрава России

Email: Fullofcarrot@pimunn.ru
ORCID iD: 0000-0003-3591-9618

Врач-инфекционист, ассистент кафедры инфекционных болезней.

Нижний Новгород.

Россия

Н. А. Сахарнов

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: saharnov@nniiem.ru
ORCID iD: 0000-0003-3965-2033

Научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.

Нижний Новгород.

SPIN-код:8457-3501

Россия

Д. А. Брызгалова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: moskvinadara7@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6663-8440

Младший научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.

Нижний Новгород.

SPIN-код: 5626-3491

Россия

А. О. Сенатская

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: seanna@bk.ru
ORCID iD: 0000-0003-2024-4283

Младший научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.

Нижний Новгород.

SPIN-код: 6891-2140

Россия

Е. А. Кулова

Приволжский исследовательский медицинский университет Минздрава России

Email: dr_kulova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5207-1164

Кандидат медицинских наук, доцент кафедры инфекционных болезней.

Нижний Новгород.

SPIN-код: 4331-6958

Россия

Список литературы

  1. Гончарова Е.В., Сенюта Н.Б., Смирнова К.В., Щербак Л.Н., Гурцевич В.Э. Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) в России: инфицированность населения и анализ вариантов гена LMP1 у больных ВЭБ-ассоциированными патологиями и здоровых лиц // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 2. С. 11–17.
  2. Гурцевич В.Э., Смирнова К.В., Ботезату И.В., Душенькина Т.Е., Лубенская А.К., Дубар Э., Сенюта Н.Б., Лихтенштейн А.В., Петров С.В. Полиморфизм онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр в двух этнических группах россии, татар и славян, и его влияние на развитие некоторых злокачественных опухолей // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 2. C. 347–358. doi: 10.15789/2220-7619-EBV-1162
  3. Львов Н.Д., Дудукина Е.А. Ключевые вопросы диагностики Эпштейна–Барр вирусной инфекции // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2013. № 3. С. 24–32.
  4. Мелехина Е.В., Домонова Э.А., Гоптарь И.А., Шипулина О.Ю., Горелов А.В. Первый в России случай наследственной передачи хромосомно-интегрированного вируса герпеса человека 6В (Human betaherpesvirus 6B) // Вопросы практической педиатрии. 2019. Т. 14, № 1. C. 33–40. doi: 10.20953/1817-7646-2019-1-33-40
  5. Мелехина Е.В., Музыка А.Д., Калугина М.Ю., Горелов А.В., Чугунова О.Л. Современные представления об инфекции, вызванной вирусом герпеса человека 6 типа // Архивъ внутренней медицины. 2016. Т. 6, № 1. C. 13–19. doi: 10.20514/2226-6704-2016-6-1-13-19
  6. Никольский М.А., Вязовая А.А., Ведерников В.Е., Нарвская О.В., Лиознов Д.А., Смирнова Н.Н., Полунина А.В., Бурмистрова А.Г., Золотова М.А. Молекулярно-биологическая характеристика вируса герпеса человека 6-го типа у пациентов с различными вариантами течения заболевания // Педиатрия. 2019. Т. 98, № 1. С. 53–56. doi: 10.24110/0031-403X-2019-98-1-53-56
  7. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2018 году: государственный доклад. М.: Роспотребнадзор, 2019. 254 с.
  8. Смирнова К.В., Дидук С.В., Гурцевич В.Э. Полиморфизм онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр у представителей коренного малочисленного народа Дальнего Востока России // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017. Т. 22, № 5. С. 239–247. doi: 10.18821/1560-9529-2017-22-5-239-247
  9. Соломай Т.В. Динамика заболеваемости и территориальное распространение инфекционного мононуклеоза // Здравоохранение Российской Федерации. 2019. Т. 63, № 4. C. 186–192. doi: 10.18821/0044-197Х-2019-63-4-186-192
  10. Тимченко В.Н., Баннова С.Л., Павлова Н.В., Павлова Е.Б., Каплина Т.А., Федорова А.В., Булина О.В., Балашов А.Л., Хакизимана Ж.-К. ВЭБ-мононуклеоз на госпитальном этапе: клиническая характеристика и этиотропная терапия у детей различного возраста // Педиатр. 2018. Т. 9, № 6. С. 77–82.
  11. Хакизимана Ж.К., Тимченко В.Н., Шакмаева М.А., Каплина Т.А., Субботина М.Д., Баннова С.Л., Федорова А.В., Суховецкая В.Ф., Павлова Е.Б., Павлов Н.В. ВЭБ-мононуклеоз у детей в современных условиях // Детские инфекции. 2020. Т. 19, № 2. C. 23–28. doi: 10.22627/2072-8107-2020-19-2-23-28
  12. Хафизов К.Ф., Сперанская А.С., Мацвай А.Д., Шипулин Г.А., Дедков В.Г. Передовые технологии в диагностике вирусных заболеваний неясной этиологии // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 1. C. 9–25. doi: 10.15789/2220-7619-ATI-824
  13. Шарипова Е.В., Бабаченко И.В. Герпесвирусные инфекции и инфекционный мононуклеоз (обзор литературы) // Журнал инфектологии. 2013. Т. 5, № 2. C. 5–12. doi: 10.22625/2072-6732-2013-5-2-
  14. Ablashi D., Agut H., Alvarez-Lafuente R., Clark D.A., Dewhurst S., DiLuca D., Flamand L., Frenkel N., Gallo R., Gompels U.A., Höllsberg P., Jacobson S., Luppi M., Lusso P., Malnati M., Medveczky P., Mori Y., Pellett P.E., Pritchett J.C., Yamanishi K., Yoshikawa T. Classification of HHV-6A and HHV-6B as distinct viruses. Arch. Virol., 2014, vol. 159, pp. 863–870. doi: 10.1007/s00705-013-1902-5
  15. Adams M.J., Carstens E.B. Ratification vote on taxonomic proposals to the International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol., 2012, vol. 157, no. 7, pp. 1411–1422. doi: 10.1007/s00705-012-1299-6
  16. Babcock G.J., Decker L.L., Volk M., Thorley-Lawson D.A. EBV persistence in memory B cells in vivo. Immunity, 1998, vol. 9, no. 3, pp. 395–404. doi: 10.1016/s1074-7613(00)80622-6
  17. Bhatia K., Raj A., Guitierrez M.I., Judde J.G., Spangler G., Venkatesh H., Magrath I.T. Variation in the sequence of Epstein–Barr virus nuclear antigen 1 in normal peripheral blood lymphocytes and in Burkitt’s lymphomas. Oncogene, 1996, vol. 13, pp. 177–181.
  18. Dambaugh T., Hennessy K., Chamnankit L., Kieff E. U2 region of Epstein–Barr virus DNA may encode Epstein–Barr nuclear antigen 2. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, vol. 81, pp. 7632–7636. doi: 10.1073/pnas.81.23.7632
  19. Edwards R.H., Seillier-Moiseiwitsch F., Raab-Traub N. Signature amino acid changes in latent membrane protein 1 distinguish Epstein–Barr virus strains. Virology, 1999, vol. 261, pp. 79–95. doi: 10.1006/viro.1999.9855
  20. Eliassen E., Lum E., Pritchett J., Ongradi J., Krueger G., Crawford J.R., Phan T.L., Ablashi D., Hudnall S.D. Human Herpesvirus 6 and malignancy: a review. Front. Oncol., 2018, vol. 8: 512. doi: 10.3389/fonc.2018.00512
  21. Fafi-Kremer S., Brengel-Pesce K., Barguès G., Bourgeat M.J., Genoulaz O., Seigneurin J.M., Morand P. Assessment of automated DNA extraction coupled with real-time PCR for measuring Epstein–Barr virus load in whole blood, peripheral mononuclear cells and plasma. J. Clin. Virol., 2004, vol. 30, no. 2, pp. 157–164. doi: 10.1016/j.jcv.2003.10.002
  22. Greninger A.L., Roychoudhury P., Makhsous N., Hanson D., Chase J., Krueger G., Xie H., Huang M.-L., Saunders L., Ablashi D., Koelle D.M., Cook L., Jerome K.R. Copy number heterogeneity, large origin tandem repeats, and interspecies recombination in human herpesvirus 6A (HHV-6A) and HHV-6B reference strains. J. Virol., 2018, vol. 92, no. 10: e00135-18. doi: 10.1128/JVI.00135-18
  23. Hu L.F., Zabarovsky E.R., Chen F., Cao S.L., Ernberg I. Isolation and sequencing of the Epstein–Barr virus BNLF-1 gene (LMP1) from a Chinese nasopharyngeal carcinoma. J. Gen. Virol., 1991, vol. 72, pp. 2399–2409. doi: 10.1099/0022-1317-72-10-2399
  24. Hudnall S.D., Chen T., Allison P., Tyring S.K., Heath A. Herpesvirus prevalence and viral load in healthy blood donors by quantitative real-time polymerase chain reaction. Transfusion, 2008, vol. 48, no. 6, pp. 1180–1187. doi: 10.1111/j.1537-2995.2008.01685.x
  25. Kanda Т., Yajima М., Ikuta К. Epstein–Barr virus strain variation and cancer. Cancer Sci., 2019, vol. 110, no. 4, pp. 1132–1139. doi: 10.1111/cas.13954
  26. Kondo K., Kondo T., Okuno T., Takahashi M., Yamanishi K. Latent human herpesvirus 6 infection of human monocytes/macrophages. J. Gen. Virol., 1991, vol. 72, no. 6, pp. 1401–1408. doi: 10.1099/0022-1317-72-6-1401
  27. Mendes T.M., Oliveira L.C., Yamamoto L., Del Negro G.M., Okay T.S. Epstein–Barr virus nuclear antigen-2 detection and typing in immunocompromised children correlated with lymphoproliferative disorder biopsy findings. Braz. J. Infect. Dis., 2008, vol. 12, no. 3, pp. 186–191. doi: 10.1590/s1413-86702008000300005
  28. Monteiro T.A.F., Costa I.B., Costa I.B., Corrêa T.L.D.S., Coelho B.M.R., Silva A.E.S., Ramos F.L.P., Filh A.J.M., Monteiro J.L.F., Siqueira J.A.M., Gabbay Y.B., Sousa R.C.M. Genotypes of Epstein–Barr virus (EBV1/EBV2) in individuals with infectious mononucleosis in the metropolitan area of Belém, Brazil, between 2005 and 2016. Braz. J. Infect. Dis., 2020, vol. 24, no. 4, pp. 322–329. doi: 10.1016/j.bjid.2020.06.004
  29. Packham G., Brimmell M., Cook D., Sinclair A.J., Farrell P.J. Strain variation in Epstein–Barr virus immediate early genes. Virology, 1993, vol. 192, no. 2, pp. 541–550. doi: 10.1006/viro.1993.1070
  30. Reddy S., Manna P. Quantitative detection and differentiation of human herpesvirus 6 subtypes in bone marrow transplant patients by using a single real-time polymerase chain reaction assay. Biol. Blood Marrow Transplant., 2005, vol. 11, pp. 530–541. doi: 10.1016/j.bbmt.2005.04.010
  31. Smatti M.K., Yassine H.M., Abu Odeh R., Al Marawani A., Taleb S.A., Althani A.A., Nasrallah G.K. Prevalence and molecular profiling of Epstein–Barr virus (EBV) among healthy blood donors from different nationalities in Qatar. PLoS One, 2017, vol. 12, no. 12: e0189033. doi: 10.1371/journal.pone.0189033
  32. Traore L., Tao I., Bisseye C., Diarra B., Compaore T.R., Nebie Y., Assih M., Ouedraogo A., Zohoncon T., Djigma F., Ouermi D., Barro N., Sanou M., Ouedraogo R.T., Simpore J. Molecular diagnosis of cytomegalovirus, Epstein–Barr virus and herpes virus 6 among blood donors in Ouagadougou, Burkina Faso. BMC Infectious Diseases, 2014, vol. 14, no. 2: P99. doi: 10.1186/1471-2334-14-s2-p99
  33. Tzellos S., Farrell P.J. Epstein–Barr virus sequence variation-biology and disease. Pathogens, 2012, vol. 1, no. 2, pp. 156–174. doi: 10.3390/pathogens1020156
  34. Walling D.M., Shebib N., Weaver S.C., Nichols C.M., Flaitz C.M., Webster-Cyriaque J. The molecular epidemiology and evolution of Epstein–Barr virus: Sequence variation and genetic recombination in the latent membrane protein-1 gene. J. Infect. Dis., 1999, vol. 179, pp. 763–774. doi: 10.1086/314672
  35. Yalcin S., Karpuzglu T., Suleymanlar G., Mutlu G., Mukai T., Yamamoto T., Isegawa Y., Yamanishi K. Human herpesvirus 6 and human herpesvirus 7 infections in renal transplant recipients and healthy adults in Turkey. Arch. Virol., 1994, vol. 136, pp. 183– 190. doi: 10.1007/BF01538827
  36. Zimber U., Adldinger H.K., Lenoir G.M., Vuillaume M., Knebel-Doeberitz M.V., Laux G., Desgranges C., Wittmann P., Freese U.K., Schneider U., Bornkamm G.W. Geographical prevalence of two types of Epstein–Barr virus. Virology, 1986, vol. 154, pp. 56–66. doi: 10.1016/0042-6822(86)90429-0

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Попкова М.И., Уткин О.В., Соболева Е.А., Сахарнов Н.А., Брызгалова Д.А., Сенатская А.О., Кулова Е.А., 2021

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах