Методические основы дифференциальной детекции ВЭБ1/ВЭБ2 и ВГЧ6A/ВГЧ6B
- Авторы: Попкова М.И.1, Уткин О.В.1, Соболева Е.А.2, Сахарнов Н.А.1, Брызгалова Д.А.1, Сенатская А.О.1, Кулова Е.А.2
-
Учреждения:
- Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной
- Приволжский исследовательский медицинский университет Минздрава России
- Выпуск: Том 11, № 6 (2021)
- Страницы: 1057-1066
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
- Дата подачи: 28.12.2020
- Дата принятия к публикации: 30.05.2021
- Дата публикации: 12.07.2021
- URL: https://iimmun.ru/iimm/article/view/1661
- DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-MBF-1661
- ID: 1661
Цитировать
Полный текст
Аннотация
В России из всего многообразия заболеваний ВЭБ- и ВГЧ6-этиологии официальной статистической отчетности подлежит только инфекционный мононуклеоз, что существенно затрудняет объективную оценку этиологической структуры, уровня заболеваемости, характеристики развития эпидемического процесса. В настоящее время сведения о генетической неоднородности ВЭБ, даже на уровне основных типов (ВЭБ1 и ВЭБ2), а также ВГЧ6А и ВГЧ6В, их распространенности и клиническом значении ограничиваются главным образом зарубежными данными. В России встречаются единичные публикации, посвященные данному вопросу. В то же время изучение циркуляции генетических типов (вариантов) и использование этой информации при осуществлении эпидемиологического надзора за некоторыми другими инфекциями уже вошло в повседневную практику. Одной из ключевых проблем является уровень развития лабораторного обеспечения молекулярно-генетического мониторинга. Цель данной работы — совершенствование методической базы дифференциальной детекции ВГЧ6А/B и основных типов ВЭБ. Материалом исследования послужили лейкоциты периферической крови детей в возрасте 1–15 лет с острым инфекционным мононуклеозом (n = 50) и с отсутствием клинических симптомов данного заболевания (n = 29). Выявление и количественное определение ДНК ВЭБ и ДНК ВГЧ6 выполняли с помощью метода ПЦР в реальном времени. Для дифференциального определения ВЭБ1/ВЭБ2 и ВГЧ6А/ВГЧ6В в работе применялся оптимизированный однораундовый вариант ПЦР с электрофоретической детекцией продуктов амплификации в агарозном геле. По результатам исследований частота выявления ДНК ВЭБ и ДНК ВГЧ6 при остром инфекционном мононуклеозе составила 74 и 72%, а в контрольной группе — 35 и 74% соответственно. Установлено, что у обследованных детей Нижегородского региона в вирусной популяции преобладают ВЭБ1 и ВГЧ6В, что согласуется с существующими представлениями об их географическом распределении на прилегающих территориях. ВЭБ2 был обнаружен в единственном образце только в контрольной группе. ВГЧ6А ни в одной из исследуемых групп выявлен не был. Оптимизированный в данной работе методический подход позволяет раздельно детектировать ВЭБ1/ВЭБ2 и ВГЧ6А/ВГЧ6В по единому лабораторному протоколу, а в сочетании с дополнительным этапом концентрирования ДНК повышает диагностическую чувствительность ПЦР-анализа, минимизирует долю дискордантных и ложноотрицательных результатов. Такой комплексный подход может применяться в диагностических, эпидемиологических и научно-исследовательских целях.
Ключевые слова
Об авторах
М. И. Попкова
Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной
Автор, ответственный за переписку.
Email: popmarig@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5864-5862
Попкова Мария Игоревна - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.
603950, Нижний Новгород, ул. Малая Ямская, 71.
Тел.: 8 (831) 469-79-46. Факс: 8 (831) 469-79-20.
SPIN-код : 4485-2459
РоссияО. В. Уткин
Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной
Email: utkino2004@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7571-525X
Кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной биологии и биотехнологии.
Нижний Новгород.
SPIN-код: 1174-6500
РоссияЕ. А. Соболева
Приволжский исследовательский медицинский университет Минздрава России
Email: Fullofcarrot@pimunn.ru
ORCID iD: 0000-0003-3591-9618
Врач-инфекционист, ассистент кафедры инфекционных болезней.
Нижний Новгород.
РоссияН. А. Сахарнов
Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной
Email: saharnov@nniiem.ru
ORCID iD: 0000-0003-3965-2033
Научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.
Нижний Новгород.
SPIN-код:8457-3501
РоссияД. А. Брызгалова
Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной
Email: moskvinadara7@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6663-8440
Младший научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.
Нижний Новгород.
SPIN-код: 5626-3491
РоссияА. О. Сенатская
Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной
Email: seanna@bk.ru
ORCID iD: 0000-0003-2024-4283
Младший научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и биотехнологии.
Нижний Новгород.
SPIN-код: 6891-2140
РоссияЕ. А. Кулова
Приволжский исследовательский медицинский университет Минздрава России
Email: dr_kulova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5207-1164
Кандидат медицинских наук, доцент кафедры инфекционных болезней.
Нижний Новгород.
SPIN-код: 4331-6958
РоссияСписок литературы
- Гончарова Е.В., Сенюта Н.Б., Смирнова К.В., Щербак Л.Н., Гурцевич В.Э. Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) в России: инфицированность населения и анализ вариантов гена LMP1 у больных ВЭБ-ассоциированными патологиями и здоровых лиц // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 2. С. 11–17.
- Гурцевич В.Э., Смирнова К.В., Ботезату И.В., Душенькина Т.Е., Лубенская А.К., Дубар Э., Сенюта Н.Б., Лихтенштейн А.В., Петров С.В. Полиморфизм онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр в двух этнических группах россии, татар и славян, и его влияние на развитие некоторых злокачественных опухолей // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 2. C. 347–358. doi: 10.15789/2220-7619-EBV-1162
- Львов Н.Д., Дудукина Е.А. Ключевые вопросы диагностики Эпштейна–Барр вирусной инфекции // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2013. № 3. С. 24–32.
- Мелехина Е.В., Домонова Э.А., Гоптарь И.А., Шипулина О.Ю., Горелов А.В. Первый в России случай наследственной передачи хромосомно-интегрированного вируса герпеса человека 6В (Human betaherpesvirus 6B) // Вопросы практической педиатрии. 2019. Т. 14, № 1. C. 33–40. doi: 10.20953/1817-7646-2019-1-33-40
- Мелехина Е.В., Музыка А.Д., Калугина М.Ю., Горелов А.В., Чугунова О.Л. Современные представления об инфекции, вызванной вирусом герпеса человека 6 типа // Архивъ внутренней медицины. 2016. Т. 6, № 1. C. 13–19. doi: 10.20514/2226-6704-2016-6-1-13-19
- Никольский М.А., Вязовая А.А., Ведерников В.Е., Нарвская О.В., Лиознов Д.А., Смирнова Н.Н., Полунина А.В., Бурмистрова А.Г., Золотова М.А. Молекулярно-биологическая характеристика вируса герпеса человека 6-го типа у пациентов с различными вариантами течения заболевания // Педиатрия. 2019. Т. 98, № 1. С. 53–56. doi: 10.24110/0031-403X-2019-98-1-53-56
- О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2018 году: государственный доклад. М.: Роспотребнадзор, 2019. 254 с.
- Смирнова К.В., Дидук С.В., Гурцевич В.Э. Полиморфизм онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр у представителей коренного малочисленного народа Дальнего Востока России // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017. Т. 22, № 5. С. 239–247. doi: 10.18821/1560-9529-2017-22-5-239-247
- Соломай Т.В. Динамика заболеваемости и территориальное распространение инфекционного мононуклеоза // Здравоохранение Российской Федерации. 2019. Т. 63, № 4. C. 186–192. doi: 10.18821/0044-197Х-2019-63-4-186-192
- Тимченко В.Н., Баннова С.Л., Павлова Н.В., Павлова Е.Б., Каплина Т.А., Федорова А.В., Булина О.В., Балашов А.Л., Хакизимана Ж.-К. ВЭБ-мононуклеоз на госпитальном этапе: клиническая характеристика и этиотропная терапия у детей различного возраста // Педиатр. 2018. Т. 9, № 6. С. 77–82.
- Хакизимана Ж.К., Тимченко В.Н., Шакмаева М.А., Каплина Т.А., Субботина М.Д., Баннова С.Л., Федорова А.В., Суховецкая В.Ф., Павлова Е.Б., Павлов Н.В. ВЭБ-мононуклеоз у детей в современных условиях // Детские инфекции. 2020. Т. 19, № 2. C. 23–28. doi: 10.22627/2072-8107-2020-19-2-23-28
- Хафизов К.Ф., Сперанская А.С., Мацвай А.Д., Шипулин Г.А., Дедков В.Г. Передовые технологии в диагностике вирусных заболеваний неясной этиологии // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 1. C. 9–25. doi: 10.15789/2220-7619-ATI-824
- Шарипова Е.В., Бабаченко И.В. Герпесвирусные инфекции и инфекционный мононуклеоз (обзор литературы) // Журнал инфектологии. 2013. Т. 5, № 2. C. 5–12. doi: 10.22625/2072-6732-2013-5-2-
- Ablashi D., Agut H., Alvarez-Lafuente R., Clark D.A., Dewhurst S., DiLuca D., Flamand L., Frenkel N., Gallo R., Gompels U.A., Höllsberg P., Jacobson S., Luppi M., Lusso P., Malnati M., Medveczky P., Mori Y., Pellett P.E., Pritchett J.C., Yamanishi K., Yoshikawa T. Classification of HHV-6A and HHV-6B as distinct viruses. Arch. Virol., 2014, vol. 159, pp. 863–870. doi: 10.1007/s00705-013-1902-5
- Adams M.J., Carstens E.B. Ratification vote on taxonomic proposals to the International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol., 2012, vol. 157, no. 7, pp. 1411–1422. doi: 10.1007/s00705-012-1299-6
- Babcock G.J., Decker L.L., Volk M., Thorley-Lawson D.A. EBV persistence in memory B cells in vivo. Immunity, 1998, vol. 9, no. 3, pp. 395–404. doi: 10.1016/s1074-7613(00)80622-6
- Bhatia K., Raj A., Guitierrez M.I., Judde J.G., Spangler G., Venkatesh H., Magrath I.T. Variation in the sequence of Epstein–Barr virus nuclear antigen 1 in normal peripheral blood lymphocytes and in Burkitt’s lymphomas. Oncogene, 1996, vol. 13, pp. 177–181.
- Dambaugh T., Hennessy K., Chamnankit L., Kieff E. U2 region of Epstein–Barr virus DNA may encode Epstein–Barr nuclear antigen 2. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, vol. 81, pp. 7632–7636. doi: 10.1073/pnas.81.23.7632
- Edwards R.H., Seillier-Moiseiwitsch F., Raab-Traub N. Signature amino acid changes in latent membrane protein 1 distinguish Epstein–Barr virus strains. Virology, 1999, vol. 261, pp. 79–95. doi: 10.1006/viro.1999.9855
- Eliassen E., Lum E., Pritchett J., Ongradi J., Krueger G., Crawford J.R., Phan T.L., Ablashi D., Hudnall S.D. Human Herpesvirus 6 and malignancy: a review. Front. Oncol., 2018, vol. 8: 512. doi: 10.3389/fonc.2018.00512
- Fafi-Kremer S., Brengel-Pesce K., Barguès G., Bourgeat M.J., Genoulaz O., Seigneurin J.M., Morand P. Assessment of automated DNA extraction coupled with real-time PCR for measuring Epstein–Barr virus load in whole blood, peripheral mononuclear cells and plasma. J. Clin. Virol., 2004, vol. 30, no. 2, pp. 157–164. doi: 10.1016/j.jcv.2003.10.002
- Greninger A.L., Roychoudhury P., Makhsous N., Hanson D., Chase J., Krueger G., Xie H., Huang M.-L., Saunders L., Ablashi D., Koelle D.M., Cook L., Jerome K.R. Copy number heterogeneity, large origin tandem repeats, and interspecies recombination in human herpesvirus 6A (HHV-6A) and HHV-6B reference strains. J. Virol., 2018, vol. 92, no. 10: e00135-18. doi: 10.1128/JVI.00135-18
- Hu L.F., Zabarovsky E.R., Chen F., Cao S.L., Ernberg I. Isolation and sequencing of the Epstein–Barr virus BNLF-1 gene (LMP1) from a Chinese nasopharyngeal carcinoma. J. Gen. Virol., 1991, vol. 72, pp. 2399–2409. doi: 10.1099/0022-1317-72-10-2399
- Hudnall S.D., Chen T., Allison P., Tyring S.K., Heath A. Herpesvirus prevalence and viral load in healthy blood donors by quantitative real-time polymerase chain reaction. Transfusion, 2008, vol. 48, no. 6, pp. 1180–1187. doi: 10.1111/j.1537-2995.2008.01685.x
- Kanda Т., Yajima М., Ikuta К. Epstein–Barr virus strain variation and cancer. Cancer Sci., 2019, vol. 110, no. 4, pp. 1132–1139. doi: 10.1111/cas.13954
- Kondo K., Kondo T., Okuno T., Takahashi M., Yamanishi K. Latent human herpesvirus 6 infection of human monocytes/macrophages. J. Gen. Virol., 1991, vol. 72, no. 6, pp. 1401–1408. doi: 10.1099/0022-1317-72-6-1401
- Mendes T.M., Oliveira L.C., Yamamoto L., Del Negro G.M., Okay T.S. Epstein–Barr virus nuclear antigen-2 detection and typing in immunocompromised children correlated with lymphoproliferative disorder biopsy findings. Braz. J. Infect. Dis., 2008, vol. 12, no. 3, pp. 186–191. doi: 10.1590/s1413-86702008000300005
- Monteiro T.A.F., Costa I.B., Costa I.B., Corrêa T.L.D.S., Coelho B.M.R., Silva A.E.S., Ramos F.L.P., Filh A.J.M., Monteiro J.L.F., Siqueira J.A.M., Gabbay Y.B., Sousa R.C.M. Genotypes of Epstein–Barr virus (EBV1/EBV2) in individuals with infectious mononucleosis in the metropolitan area of Belém, Brazil, between 2005 and 2016. Braz. J. Infect. Dis., 2020, vol. 24, no. 4, pp. 322–329. doi: 10.1016/j.bjid.2020.06.004
- Packham G., Brimmell M., Cook D., Sinclair A.J., Farrell P.J. Strain variation in Epstein–Barr virus immediate early genes. Virology, 1993, vol. 192, no. 2, pp. 541–550. doi: 10.1006/viro.1993.1070
- Reddy S., Manna P. Quantitative detection and differentiation of human herpesvirus 6 subtypes in bone marrow transplant patients by using a single real-time polymerase chain reaction assay. Biol. Blood Marrow Transplant., 2005, vol. 11, pp. 530–541. doi: 10.1016/j.bbmt.2005.04.010
- Smatti M.K., Yassine H.M., Abu Odeh R., Al Marawani A., Taleb S.A., Althani A.A., Nasrallah G.K. Prevalence and molecular profiling of Epstein–Barr virus (EBV) among healthy blood donors from different nationalities in Qatar. PLoS One, 2017, vol. 12, no. 12: e0189033. doi: 10.1371/journal.pone.0189033
- Traore L., Tao I., Bisseye C., Diarra B., Compaore T.R., Nebie Y., Assih M., Ouedraogo A., Zohoncon T., Djigma F., Ouermi D., Barro N., Sanou M., Ouedraogo R.T., Simpore J. Molecular diagnosis of cytomegalovirus, Epstein–Barr virus and herpes virus 6 among blood donors in Ouagadougou, Burkina Faso. BMC Infectious Diseases, 2014, vol. 14, no. 2: P99. doi: 10.1186/1471-2334-14-s2-p99
- Tzellos S., Farrell P.J. Epstein–Barr virus sequence variation-biology and disease. Pathogens, 2012, vol. 1, no. 2, pp. 156–174. doi: 10.3390/pathogens1020156
- Walling D.M., Shebib N., Weaver S.C., Nichols C.M., Flaitz C.M., Webster-Cyriaque J. The molecular epidemiology and evolution of Epstein–Barr virus: Sequence variation and genetic recombination in the latent membrane protein-1 gene. J. Infect. Dis., 1999, vol. 179, pp. 763–774. doi: 10.1086/314672
- Yalcin S., Karpuzglu T., Suleymanlar G., Mutlu G., Mukai T., Yamamoto T., Isegawa Y., Yamanishi K. Human herpesvirus 6 and human herpesvirus 7 infections in renal transplant recipients and healthy adults in Turkey. Arch. Virol., 1994, vol. 136, pp. 183– 190. doi: 10.1007/BF01538827
- Zimber U., Adldinger H.K., Lenoir G.M., Vuillaume M., Knebel-Doeberitz M.V., Laux G., Desgranges C., Wittmann P., Freese U.K., Schneider U., Bornkamm G.W. Geographical prevalence of two types of Epstein–Barr virus. Virology, 1986, vol. 154, pp. 56–66. doi: 10.1016/0042-6822(86)90429-0