Сравнительный анализ экспрессии микроРНК в эпителиальных клетках легких человека при заражении вирусом гриппа и обработке РНКазой

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Вирус гриппа способен вызывать острую респираторную инфекцию, которая ежегодно затрагивает от 5 до 20% человеческой популяции. Распространение эпидемии вируса гриппа происходит за короткое время из-за высокого уровня контагиозности. Помимо этого, ежегодная циркуляция вируса среди домашнего скота и водоплавающих птиц увеличивает риск зоонозной передачи новых штаммов в человеческую популяцию, у которой ранее не был сформирован иммунитет. Кроме того, в прошлом появилось несколько пандемических штаммов с высокой вирулентностью, и постоянно присутствует угроза возникновения нового пандемического штамма. Идентификация физиологических и молекулярных аспектов гриппа А может помочь в разработке терапевтических подходов для снижения побочных эффектов, связанных с заболеванием, вызванным этим вирусом. Профиль РНК в клетках человека изменяется после воздействия вируса гриппа. В настоящее время ученые все чаще уделяют внимание исследованию молекул микроРНК, которые способны регулировать экспрессию генов. Таким образом, микроРНК способны играть решающую роль в широком спектре биологических процессов, и ранее было показано, что они являются важными эффекторами в сложных сетях взаимодействия «хозяин–патоген». Изучение количественного и качественного состава микроРНК является важным инструментом для диагностики и лечения различных заболеваний на ранней стадии. Целью работы является анализ профиля микроРНК для изучения воздействия вируса гриппа А (H1N1) на эпителиальные клетки аденокарциномы легких человека. Фракция микроРНК была получена с помощью фенол-хлороформной экстракции и проанализирована с помощью высокопроизводительного секвенирования на платформе SOLiD 550xl wildfire и биоинформатических методов. В работе было исследовано 129 зрелых микроРНК из неинфицированных клеток, обработанных РНКазой Bacillus pumilus и клеток, инфицированных вирусом гриппа А (H1N1). Установлено, что в неинфицированных клетках, обработанных РНКазой, присутствует в 2 раза больше различных микроРНК, которые могут участвовать в подавлении канцерогенеза. Наибольшая экспрессия в клетках, инфицированных вирусом гриппа, наблюдается для miR-6884-5p. Для клеток, обработанных РНКазой, наибольшая экспрессия наблюдается для miR-3923, практически в 400 раз больше, чем в клетках, зараженных вирусом гриппа. Мы предполагаем, что интактные вирусы или их внутриклеточные компоненты способны изменять клеточный метаболизм в сторону снижения устойчивости к процессам канцерогенеза.

Полный текст

Введение

Последние 20 лет малые некодирующие РНК (нкРНК) находятся в центре внимания многих исследований. Некодирующие РНК относятся к транскриптам, которые не подвергаются дальнейшей трансляции. В настоящее время участие малых нкРНК в различных заболеваниях человека широко изучено [23]. Анализ малых нкРНК имеет большое значение, так как многие из них играют решающую роль в различных биологических процессах [6]. Одним из классов нкРНК является микроРНК — класс коротких консервативных 5′-фосфорилированных РНК, длина которых составляет 19–24 нуклеотида. Главной функцией микроРНК является посттранскрипционная регуляция экспрессии генов. Пострегуляция транскрипции мРНК играет важную роль для поддержания оптимального баланса белков в клетках, что необходимо для нормального функционирования организма [21].

Молекулы микроРНК рассматривают в качестве биомаркеров благодаря их стабильности и специфичности. Анализ микроРНК как биомаркера является неинвазивным, чувствительным и специфичным к заболеваниям, позволяет определить болезнь на ранних этапах, чувствителен к течению болезни и терапии [8].

На сегодняшний день нет полного понимания молекулярных механизмов, запускаемых с помощью микроРНК в клетках, которые инфицированы вирусом гриппа А. Ранее в исследованиях были получены противоречивые результаты: с одной стороны, внутриклеточные микроРНК могут ингибировать репликацию вирусов, а с другой, у некоторых вирусов, включая IAV, появились механизмы, которые позволяют избегать ингибирующего действия микроРНК хозяина [30]. Lin и соавт. изучили механизм микроРНК-индуцированной репрессии иммунного ответа, в реакции с белком вируса птичьего гриппа А (H9N2) [18]. МикроРНК miR-674 и miR-155 влияют на активацию дендритных клеток иммунной системы в ответ на белок вируса А (H9N2). Авторами установлено, что ингибирование miR-674 или miR-155 значительно повышало репликацию вируса H9N2. Избыточная экспрессия miR-674 или miR-155 ингибировала репликацию вируса птичьего гриппа [18]. МикроРНК играют важную роль в регуляции клеточного цикла (miR-34c, miR-138, miR-139b), отвечают за индукцию врожденного иммунитета (let-4f, miR-146b, miR-192, miR-223, miR-451), участвуют в развитии B- и T-лимфоцитов (miR-34c, miR-181a). Известно, что miR-323, miR-491, miR-654 и miR-let-7c могут подавлять экспрессию вирусных генов и ингибировать репликацию вируса H1N1 in vitro [22].

При раке часто нарушается экспрессия микроРНК. МикроРНК подразделяются на онкогенные (онкомикроРНК), способствующие развитию рака, и супрессорные, подавляющие онкологический процесс. Некоторые микроРНК могут играть двойную роль и оказывать онкогенный эффект при одном типе опухолей и супрессирующий — при другом типе рака [20]. Было установлено, что miR-3923 может негативно регулировать экспрессию протоонкогена KRAS и соответствующих белков. Ингибирование miR-3923 активирует онкогенный KRAS-путь. При раке поджелудочной железы наблюдается снижение miR-3923. Сверхэкспрессия miR-3923 ингибирует рост опухоли и метастазы в печени in vivo. Известно, что экспрессия miR-3923 значительно снижается в тканях рака поджелудочной железы и рака молочной железы [16, 29]. Сверхэкспрессия miR-3923 снижает инвазивную способность клеток рака [29]. Ранее было установлено, что РНКаза B. pumilus взаимодействует с эндогенным KRAS. После обработки РНКазой лейкозных клеток было отмечено увеличение экспрессии 62 генов, связанных с апоптозом. РНКаза B. pumilus ингибировала пролиферацию RAS трансформированных фибробластов. О.Н. Ильинская и соавт. предположили, что апоптоз в опухолевых клетках может происходить вследствие взаимодействия между биназой и KRAS [10]. Изучение функций микроРНК в регуляции иммунитета при раке играет важную роль для последующего выяснения механизмов, которые приведут к открытию новых методов лечения онкологических заболеваний [11].

Ранее была выдвинута гипотеза о том, что иммунитет и иммунная память против антигенов, ассоциированных с опухолью, не появляются de novo на опухолевых клетках или предраковых областях, а образуются в более раннем возрасте в ответ на вирусные и другие инфекции [9]. Несколько крупных эпидемиологических исследований показали, что у лиц с фебрильными детскими инфекциями в анамнезе снижался риск различных видов рака в течение жизни. Механизмы, лежащие в основе этой защитной функции, неизвестны [9]. В работе И. Кузнецовой и соавт. [14] было показано, что мыши, которые перенесли инфекции, вызванные двумя разными вирусами гриппа, лучше контролируют рост перевиваемых опухолей легких.

Актуальным направлением в противораковой терапии является разработка онколитических вирусов. Онколитические вирусы избирательно размножаются в опухолевой ткани и уничтожают ее, не вызывая повреждения здоровых тканей [24]. В работе И. Кузнецовой и соавт. [14] был разработан онколитический вирус на основе аттенуированного вируса гриппа А (IAV). Авторы работы исследовали способность созданного онколитического вируса реплицироваться в опухолевых клетках и оказывать онколитический эффект in vivo. В результате внутриопухолевое применение сгенерированного вируса оказывало положительный терапевтический эффект [14]. Исследователи создают онколитические вирусы на основе аденовирусов [31]. Авторы ожидают, что синтезированный вирус, который получил название dl355, будет избирательно реплицироваться в раковых клетках. В исследовании был сделан вывод о том, что способность репликации в dl355 в раковых клетках заметно увеличена по сравнению с нормальными клетками [31].

Заболеваемость и смертность у детей, получающих терапию от рака, могут быть обусловлены гриппом [12]. У детей с онкологическими заболеваниями, которые заболели гриппом, по сравнению со здоровыми людьми, наблюдалось увеличение длительности и тяжести заболевания [5]. Несмотря на то, что заболевание гриппом у детей с раком явление редкое, оно требует повышенного внимания [26]. Грипп у онкобольных детей может приводить к респираторным осложнениям в виде пневмоний и сепсису. При наличии инфекции вируса гриппа могут возникать противопоказания к использованию противораковой терапии [26].

Биназа — это бактериальная экзогенная рибонуклеаза из бактерии Bacillus pumilus. Ранее было показано, что биназа обладает противовирусной активностью и снижает титр вируса гриппа А (H1N1) pdm09 в клетках линии А549 при нетоксичных концентрациях [27]. Внеклеточные бактериальные рибонуклеазы, в том числе биназа, обладает противоопухолевой активностью при определенных концентрациях. Биназа обладает большим потенциалом в качестве и противоопухолевого, и противовирусного препарата [19].

Целью работы было изучение профиля микроРНК при воздействии вируса гриппа А (H1N1) или РНКазы на эпителиальные клетки легких человека с диагнозом аденокарцинома.

Материалы и методы

Подготовка клеточной культуры. В работе были использованы эпителиальные клетки легких человека с диагнозом аденокарцинома легких линии А549. Использовали клетки, которые заражали пандемическим вирусом гриппа А/Humburg/04/09 (H1N1pdm) (Av), и неинфицированные клетки, обработанные противовирусным препаратом РНКазой (Ad). Заражение проводили после двукратного отмывания клеток фосфатным буфером (Sigma Aldrich, США) содержащим 1 mM MgCl2, 0,9 mM CaCl2, 100 Ед/мл пенициллина и 0,1 мг/мл стрептомицина. Добавляли 0,5 мл суспензии с вирусом на клетки с последующим инкубированием в темноте при комнатной температуре. Через 1 ч суспензию с вирусом гриппа удаляли с добавлением свежей среды [25]. Обработанные РНКазой и зараженные вирусом гриппа клетки выращивали в 6-луночном планшете, содержащем среду Игла с добавлением 10% фетальной бычьей сыворотки (PAA, Австрия), 100 Ед/мл пенициллина и 0,1 мг/ мл стрептомицина (P/S) (Gibco, США). Клетки инкубировали в течение 12 ч при температуре 37°C, 5% CO2 и 95% атмосферы.

Выделение тотальной РНК. Тотальную РНК из клеток выделяли с помощью реагента TRIzol Reagent (Thermo Fisher Scientific, США), клетки в количестве 106 растворяли в 1 мл реагента. Затем выделяли тотальную РНК по методу Хомчинского [7] в соответствии с инструкцией производителя TRIzol Reagent. В пробирку, содержащую тотальную РНК клеток, добавляли по 50 мкл воды без РНКаз (Life Technologies, США) [1].

Выделение микроРНК из фракции тотальной РНК. Для выделения малых РНК из тотальной РНК клеток, использовали магнитные частицы Agencourt AMPure XP Reagent beads (Beckman Coulter, США). В пробирку добавили образец тотальной РНК и инкубировали при 70°С в течение 2 мин. Затем добавили 0,5 объема магнитных частиц в горячий образец. Устанавливали пробирку в магнитный штатив, переносили прозрачный раствор в новую пробирку. Далее очищали с помощью 0,5 мл изопропанола, центрифугировали в течение 30 мин при 4°С, 20 000g. Аккуратно удаляли надосадочную жидкость, добавляли 1 мл свежеприготовленного 75% этанола и центрифугировали в течении 60 мин при 20 000g и 4°С. Удаляли супернатант и оставляли сушиться пробирки на столе с открытой крышкой в течение 15 мин, затем растворяли РНК в 50 мкл воды без РНКаз.

Подготовка библиотеки для секвенирования. Для приготовления библиотеки малых РНК с последующим секвенированием использовали SOLiD Total RNA-Seq Kit (Thermo Fisher Scientific, США). Провели реакции гибридизации и лигирования адаптеров с выделенными матрицами микроРНК с помощью компонентов набора SOLiD Total RNA-Seq Kit. Осуществили реакцию обратной транскрипции со смесью после лигирования, используя компоненты набора для секвенирования. Выполнили реакцию амплификации, используя компоненты набора SOLiD Total RNA-Seq Kit, чтобы увеличить количество кДНК и ДНК необходимого размера. Провели очистку полученной ДНК от ПЦР-продуктов с помощью коммерческого набора PureLink PCR Purification Kit (Invitrogen, США), после чего — реакцию конверсии. Секвенирование выполняли на приборе SOLiD 5500xl wildfire next generation sequencer (Thermo FisherScientific, США).

Анализ количества и состава фракций РНК в образцах. Количественный анализ РНК, выделенной из эпителиальных клеток легких человека, проводили с помощью флуориметрического метода на приборе Qubit 2.0 (Thermo Fisher Scientific, США). Для анализа размера тотальной РНК использовали реагенты Agilent RNA 6000 Pico/Nano Kit (Agilent Technologies, США). Состав микроРНК изучали с применением набора реагентов Agilent Small RNA Kit (Agilent Technologies, США). Для анализа качества полученной библиотеки для секвенирования использовали Agilent High Sensitivity DNA Kit (Agilent Technologies, США). Измерения проводили на приборе Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, США) по инструкции производителя.

Биоинформатический и статистический анализ. Полученные прочтения были картированы на референсную базу данных микроРНК miRBase v. 21 [13] с помощью программы Bowtie [15]. Подсчет количества картированных ридов на каждую микроРНК был произведен с помощью featureCounts [17], дифференциальная экспрессия считалась в среде R с помощью пакета DESeq [3].

Результаты

В работе была получена фракция микроРНК с помощью отбора по размерам с использованием магнитных частиц. Этот метод является эффективным для получения малых РНК (до 400 нуклеотидов) из внутриклеточной тотальной РНК (рис. 1).

 

Рисунок 1. Анализ размера РНК эпителиальных клеток легких человека, полученных с использованием магнитных частиц и последующей термообработкой

Figure 1. RNA size analysis of human lung epithelial cells obtained by using magnetic particles and subsequent heat treatment

 

На рис. 2 показана фракция малых некодирующих РНК размером до 150 нуклеотидов. В этот диапазон размеров входят различные классы малых РНК, в том числе и микроРНК.

 

Рисунок 2. Анализ размера выделенных малых РНК с использованием магнитных частиц с последующей термообработкой

Figure 2. Size analysis of isolated small RNAs by using magnetic particles followed by heat treatment

Примечание. 1 — маркер, 2 — микроРНК, 3 — тРНК, 4 — 5S рРНК, 5 — 5.8S рРНК.

Note. 1 — (size) marker, 2 — microRNA, 3 — tRNA, 4 — 5S rRNA, 5 — 5.8S rRNA.

 

В работе установлено, что в клетках, зараженных вирусом гриппа А (H1N1), наибольшую экспрессию имеет miR-6884-5p (рис. 3). На сегодняшний день для miR-6884-5p мишени еще не обнаружены, поэтому функции данной микроРНК остаются неизвестными.

 

Рисунок 3. Экспрессия различных микроРНК в клетках, зараженных вирусом гриппа

Figure 3. Expression of various miRNAs in cells infected with influenza virus

 

Обсуждение

Известно, что в клетках до 30% генов регулируются с помощью микроРНК [2]. Можно выстроить цепь воздействия микроРНК на организм человека: организм реагирует на внешние изменения регуляцией экспрессии микроРНК, затем микроРНК воздействует на мРНК-мишень, которая участвует в трансляции белков, которые в свою очередь оказывают влияние на адаптацию организма к меняющимся условиям. В работе было обнаружено 62 и 67 зрелых микроРНК клеток после обработки препаратом и в клетках после заражения вирусом гриппа соответственно. На рис. 4 показано количественное распределение зрелых микроРНК, которые принимают участие в различных процессах в организме человека, данные получены с помощью баз данных mirBase, mirDB и NCBI. Наибольшую долю всех обнаруженных микроРНК занимают микроРНК, которые участвуют в канцерогенезе. На их долю приходится 29 и 22,4% в клетках, обработанных биназой, и в клетках, инфицированных вирусом гриппа, соответственно (рис. 4).

 

Рисунок 4. Количественное распределение различных видов микроРНК в организме человека

Figure 4. The quantitative distribution of various types of miRNAs in the human body

 

Известно, что нарушения экспрессии микроРНК могут приводить к развитию онкологических заболеваний [21]. Было установлено, что количество разных зрелых микроРНК, которые функционируют как репрессоры канцерогенеза, в 2 раза увеличивается в неинфицированных клетках, обработанных препаратом, по сравнению с вирус-зараженными клетками (рис. 5). В клетках, зараженных вирусом гриппа, увеличивается количество онкогенных микроРНК. Установлено, что эти микроРНК участвуют в развитии рака молочной железы и рака легких. Ранее было установлено [4, 28], что в поджелудочной железе количество онкомаркеров снижается в связи с тем, что в поджелудочной железе присутствует панкреатическая рибонуклеаза, которая подавляет канцерогенез. В нашей работе рибонуклеаза бактериального происхождения, подавляя определенные микроРНК, репрессирует образование рака, однако механизм ее действия еще предстоит изучить.

 

Рисунок 5. Количественный анализ микроРНК, участвующих в канцерогенезе

Figure 5. Quantitative analysis of microRNAs involved in carcinogenesis

 

Наибольшая экспрессия в клетках, обработанных препаратом биназы, обнаружена для miR-3923 (рис. 6). У данной микроРНК (miR-3923) 215 мишеней, в том числе гены, которые отвечают за развитие аденокарциномы легкого, острого миелоидного лейкоза и колоректальной карциномы, также miR-3923 экспрессируется в инфицированных вирусом клетках. Количество miR-3923 в клетках, зараженных вирусом гриппа, практически в 400 раз меньше, чем в неинфицированных клетках, обработанных РНКазой. Из литературных данных [16, 29] известно, что сверхэкспрессия miR-3923 ингибирует рост опухоли и метастазирование различных типов рака. Так как наблюдалось снижение экспрессии микроРНК miR-3923, мы выдвигаем предположение, что клетки, зараженные вирусом гриппа, обладают меньшей устойчивостью к канцерогенезу.

 

Рисунок 6. Экспрессия miR-3923 в клетках, обработанных биназой, и в клетках, зараженных вирусом

Figure 6. The expression of miR-3923 in cells binase-treated and virus-infected cells bolites influence on dermal human fibroblasts viability

 

Заключение

  1. Установлено, что в клетках линии A549, зараженных вирусом гриппа, увеличивается количество микроРНК, мишенями которых могут выступать онкогенные белки. При обработке клеток аденокарциномы легких человека РНКазой количество микроРНК, мишенями которых являются мРНК с функцией подавления канцерогенеза, увеличивается.
  2. В клетках, инфицированных вирусом гриппа А (H1N1), наибольшая экспрессия наблюдается для miR-6884-5p. В клетках, обработанных РНКазой, экспрессия микроРНК miR-3923 почти в 400 раз выше, чем в клетках, инфицированных вирусом гриппа, одной из мишеней данной микроРНК является белок, который участвует в сдерживании процессов канцерогенеза.
×

Об авторах

Ирина Алексеевна Байчурина

ФГАОУ ВО Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: letovaira1995@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2608-8325
https://kpfu.ru/main?p_id=40904

младший научный сотрудник института фундаментальной медицины и биологии

Россия, 420008, Казань, ул. Кремлевская, 18

М. И. Маркелова

ФГАОУ ВО Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: mimarkelova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-7445-2091

аспирант, научный сотрудник института фундаментальной медицины и биологии

Россия, 420008, Казань, ул. Кремлевская, 18

Р. Шах Махмуд

ФГАОУ ВО Казанский (Приволжский) федеральный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: raihan.shah@kpfu.ru
ORCID iD: 0000-0002-6543-688X

к.б.н., доцент, старший научный сотрудник института фундаментальной медицины и биологии

Россия, 420008, Казань, ул. Кремлевская, 18

Список литературы

  1. Летова И.А., Мадумаров С.А., Сысоева М.А., Шах Махмуд Р.З. Ускоренный и эффективный метод выделения микроРНК из плазмы крови человека // Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология. 2019. Т. 9, № 1. C. 53–59. [Letova I.A., Madumarov S.A., Sysoyeva M.A., Shah Mahmud R.Z. Accelerated and efficient method for isolating microRNA from human blood plasma. Izvestiya vuzov. Prikladnaya khimiya i biotekhnologiya = Proceedings of Universities. Applied Chemistry and Biotechnology, 2019, vol. 9, no. 1, pp. 53–59. (In Russ.)] doi: 10.21285/2227-2925-2019-9-1-53-59
  2. Макарова Ю.А., Крамеров Д.А. Некодирующие РНК // Биохимия. 2007. Т. 72, № 11. C. 1427–1448. [Makarova Yu.A., Kramerov D.A. Non-coding RNA. Biokhimiya = Biochemistry, 2007, vol. 72, no. 11, pp. 1427–1448. (In Russ.)]
  3. Anders S., Huber W. Differential expression of RNA-Seq data at the gene level — the DESeq package. Heidelberg: European Molecular Biology Laboratory (EMBL), 2012, p. 24.
  4. Boudouresque F., Siret C., Dobric A., Silvy F., Soubeyran P., Iovanna J., Lombardo D., Berthois Y. Ribonuclease MCPiP1 contributes to the loss of micro-RNA-200 family members in pancreatic cancer cells. Oncotarget, 2018, vol. 9, no. 89, pp. 35941–35961. doi: 10.18632/oncotarget.26310
  5. Carr S.B., Adderson E.E., Hakim H., Xiong X.P., Yan X.W., Caniza M. Clinical and demographic characteristics of seasonal influenza in pediatric patients with cancer. Pediatr. Infect. Dis. J., 2012, vol. 31, no. 11, pp. 202–207. doi: 10.1097/INF.0b013e318267f7d9
  6. Chen C.J., Heard E. Small RNAs derived from structural non-coding RNAs. Methods, 2013, vol. 63, no. 1, pp. 76–84. doi: 10.1016/ j.ymeth.2013.05.001
  7. Chomczynski P., Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate phenol chloroform extraction. Anal. Biochem., 1987, vol. 162, no. 1, pp. 156–159. doi: 10.1016/0003-2697(87)90021- 2
  8. Correia C.N., Nalpas N.C., McLoughlin K.E., Browne J.A., Gordon S.V., MacHugh D.E., Shaughnessy R.G. Circulating microRNAs as potential biomarkers of infectious diseases. Front. Immunol., 2017, vol. 8: 118. doi: 10.3389/fimmu.2017.00118
  9. Iheagwara U.K., Beatty P.L., Van P.T., Ross T.M., Minden J.S., Finn O.J. Influenza virus infection elicits protective antibodies and T cells specific for host cell antigens also expressed as tumor associated antigens: a new view of cancer immunosurveillance. Cancer Immunol. Res., 2014, vol. 2, no. 3, pp. 263–273. doi: 10.1158/2326-6066.CIR-13- 0125
  10. Ilinskaya O.N., Singh I., Dudkina E., Ulyanova V., Kayumov A., Barreto G. Direct inhibition of oncogenic KRAS by Bacillus pumilus ribonuclease (binase). Biochim. Biophys. Acta, 2016, vol. 1863, pp. 1559–1567. doi: 10.1016/j.bbamcr.2016.04.005
  11. Jadideslam G., Ansarin K., Sakhinia E., Babaloo Z., Abhari A., Ghahremanzadeh K., Khalili M., Radmehr R., Kabbazi A. Diagnostic biomarker and therapeutic target applications of miR-326 in cancers: a systematic review. J. Cell. Physiol., 2019, vol. 234, no. 12, pp. 21560–21574. doi: 10.1002/jcp.28782
  12. Kotecha R.S., Wadia U.D., Jacoby P., Ryan A.L., Blyth C.C., Keil A.D., Gottardo N.G., Cole C.H., Barr I.G., Richmond P.C. Immunogenicity and clinical effectiveness of the trivalent inactivated influenza vaccine in immunocompromised children undergoing treatment for cancer. Cancer Med., 2016, vol. 5, no. 2, pp. 285–293. doi: 10.1002/cam4.596
  13. Kozomara A., Griffiths-Jones S. miRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data. Nucleic Acids Res., 2014. vol. 42, no. D1, pp. 68–73. doi: 10.1093/nar/gkt1181
  14. Kuznetsova I., Arnold T., Aschacher T., Schwager C., Hegedus B., Garay T., Stukova M., Pisareva M., Pleschka S., Bergmann M., Egorov A. Targeting an oncolytic influenza A virus to tumor tissue by elastase. Mol. Ther. Oncolytics, 2017, vol. 7, pp. 37–44. doi: 10.1016/j.omto.2017.09.002
  15. Langmead B. Aligning short sequencing reads with Bowtie. Curr. Protoc. Bioinform., 2010, vol. 11: 11.7. doi: 10.1002/0471250953.bi1107s32
  16. Li X., Deng S.J., Zhu S., Jin Y., Cui S.P., Chen J.Y., Xiang C., Li Q.Y., He C., Zhao S.F., Chen H.Y., Niu Y., Liu Y., Deng S.C., Wang C.Y., Zhao G. Hypoxia-induced lncRNA-NUTF2P3-001 contributes to tumorigenesis of pancreatic cancer by derepressing the miR-3923/KRAS pathway. Oncotarget, 2016, vol. 7, pp. 6000–6014. doi: 10.18632/oncotarget.6830
  17. Liao Y., Smyth G.K., Shi W. Feature counts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features. Bioinformatics, 2014, vol. 30, no. 7, pp. 923–930. doi: 10.1093/bioinformatics/btt656
  18. Lin J., Chen Y. T., Xia J., Yang Q. MiR674 inhibits the neuraminidase-stimulated immune response on dendritic cells via down-regulated Mbnl3. Oncotarget, 2016, vol. 7, no. 31, pp. 48978–48994. doi: 10.18632/oncotarget.9832
  19. Makeeva A., Rodriguez-Montesinos J., Zelenikhin P., Nesmelov A., Preissner K.T., Cabrera-Fuentes H.A., Ilinskaya O.N. Antitumor macrophage response to Bacillus pumilus ribonuclease (binase). Mediators Inflamm., 2017, vol. 2017: 4029641. doi: 10.1155/2017/4029641
  20. Monteleone N.J., Lutz C.S. miR-708-5p: a microRNA with emerging roles in cancer. Oncotarget, 2017, vol. 8, no. 41, pp. 71292–71316. doi: 10.18632/oncotarget.19772
  21. Ortiz-Quintero B. Cell-free microRNAs in blood and other body fluids, as cancer biomarkers. Cell Proliferation, 2016, vol. 49, no. 3, pp. 281–303. doi: 10.1111/cpr.12262
  22. Rivera A., Barr T., Rais M., Engelmann F., Messaoudi I. MicroRNAs regulate host immune response and pathogenesis during influenza infection in rhesus macaques. Viral Immunol., 2016, vol. 29, no. 4, pp. 212–217. doi: 10.1089/vim.2015.0074
  23. Romano G., Veneziano D., Acunzo M., Croce C.M. Small non-coding RNA and cancer. Carcinogenesis, 2017, vol. 38, no. 5, pp. 485–491. doi: 10.1093/carcin/bgx026
  24. Russell S.J., Peng K.W. Viruses as anticancer drugs. Trends Pharmacol. Sci., 2007, vol. 28, no. 7, pp. 326–333. doi: 10.1016/ j.tips.2007.05.005
  25. Shah Mahmud R., Mostafa A., Müller C., Kanrai P., Ulyanova V., Sokurenko Y., Dzieciolowski J., Kuznetsova I., Ilinskaya O., Pleschka S. Bacterial ribonuclease binase exerts an intra-cellular anti-viral mode of action targeting viral RNAs in influenza a virus infected MDCK-II cells. Virol. J., 2018, vol. 15, no. 1: 5. doi: 10.1186/s12985-017-0915-1
  26. Tasian S.K., Park J.R., Martin E.T., Englund J.A. Influenza-associated morbidity in children with cancer. Pediatr. Blood Cancer, 2008, vol. 50, no. 5, pp. 983–987. doi: 10.1002/pbc.21472
  27. Ulyanova V., Shah Mahmud R., Dudkina E., Vershinina V., Domann E., Ilinskaya O. Phylogenetic distribution of extracellular guanyl-preferring ribonucleases renews taxonomic status of two Bacillus strains. J. Gen. Appl. Microbiol., 2016, vol. 62, no. 4, pp.181–188. doi: 10.2323/jgam.2016.02.005
  28. Vert A., Castro J., Ribó M., Benito A., Vilanova M. A nuclear-directed human pancreatic ribonuclease (PE5) targets the metabolic phenotype of cancer cells. Oncotarget, 2016, vol. 7, no. 14, pp. 18309–18324. doi: 10.18632/oncotarget.7579
  29. Wang B., Li J.D., Sun M., Sun L.H., Zhang X.Y. MiRNA Expression in breast cancer varies with lymph node metastasis and other clinicopathologic features. IUBMB life, 2014, vol. 66, no. 5, pp. 371–377. doi: 10.1002/iub.1273
  30. Wang R., Zhang Y.-Y., Lu J.-S., Xia B.-H., Yang Z.-X., Zh X.-D., Zhou X.-W., Huang P.-T. The highly pathogenic H5N1 influenza A virus down-regulated several cellular MicroRNAs which target viral genome. J. Cell Mol. Medicine, 2017, vol. 21, no. 11, pp. 3076–3086. doi: 10.1111/jcmm.13219
  31. Yanagawa-Matsuda A., Mikawa Y., Habiba U., Kitamura T., Yasuda M., Towfik-Alam M., Kitagawa Y., Minowa K., Shindoh M., Higashino F. Oncolytic potential of an E4-deficient adenovirus that can recognize the stabilization of AU-rich element containing mRNA in cancer cells. Oncol. Rep., 2019, vol. 41, no. 2, pp. 954–960. doi: 10.3892/or.2018.6865

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок 1. Анализ размера РНК эпителиальных клеток легких человека, полученных с использованием магнитных частиц и последующей термообработкой

Скачать (51KB)
Метаданные
3. Рисунок 2. Анализ размера выделенных малых РНК с использованием магнитных частиц с последующей термообработкой

Скачать (68KB)
Метаданные
4. Рисунок 3. Экспрессия различных микроРНК в клетках, зараженных вирусом гриппа

Скачать (60KB)
Метаданные
5. Рисунок 4. Количественное распределение различных видов микроРНК в организме человека

Скачать (106KB)
Метаданные
6. Рисунок 5. Количественный анализ микроРНК, участвующих в канцерогенезе

Скачать (73KB)
Метаданные
7. Рисунок 6. Экспрессия miR-3923 в клетках, обработанных биназой, и в клетках, зараженных вирусом

Скачать (56KB)
Метаданные

© Байчурина И.А., Маркелова М.И., Шах Махмуд Р., 2022

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах