ПОСТАНАЛИЗ ДАННЫХ ПО ЗАБОЛЕВАЕМОСТИ COVID-19 МЕТОДОМ SSA НА ПРИМЕРЕ НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ



Цитировать

Полный текст

Аннотация

Резюме

Статья посвящена преимущественно пост-анализу эпидемиологических данных о Covid-19 в Новосибирске за период с 2020 по 2023 годы с использованием метода сингулярного спектрального анализа (Singular spectrum analysis, SSA). Предложен литературный обзор работ, посвященный анализу данных различного типа, описывающих эпидемиологическую ситуацию во время пандемии в различных регионах мира. Показано, что превалирующая часть работ, написана и посвящена описанию первого начального этапа развития эпидемии (2020 г). Работ по пост-анализу данных о многолетней динамики вируса Sars-Cov-2 фактически не наблюдается. Исследование подчеркивает важность пост-анализа данных для понимания динамики распространения вируса и особенностей его воздействия на здоровье населения. Результаты проведенного исследования позволяют оценить, как менялась восприимчивость населения к разным штаммам вируса, в чем отличие вспышки заболеваемости, связанной с появлением нового штамма вируса, от сезонного распространения инфекции.

Для анализа в статье используется метод SSA, применяемый к анализу временных рядов для разделения их на составляющие. Метод применялся для изучения ключевых показателей, таких как количество новых заражений, смертей, числа критических случаев, числа госпитализированных и числа пациентов, находящихся на ИВЛ в Новосибирской области. Для описанных наборов данных выделяются три основные компоненты: общий тренд, который отражает изменение скорости распространения вируса с распространением новых штаммов, а также периодические явления, связанные с штаммами и сезонностью.

Результаты показывают, что значительная часть изменений в динамике заболеваний обусловлена появлением новых штаммов, но также проявляется и "фоновая" эпидемия с сезонными колебаниями. Это подчеркивает необходимость учитывать множество факторов, влияющих на распространение вируса, включая иммунитет, методы лечения и качество медицинской помощи. Показаны наблюдаемые взаимосвязи и временные лаги между количеством критических больных и количеством зафиксированных смертей от вируса, а также между количеством госпитализированных больных и пациентов, находящихся на ИВЛ.  

Статья завершается выводами о том, что выделенный тренд показывающий, как менялось число инфицированных с развития штаммов, может быть полезен для уточнения параметров математических моделей распространения COVID-19. В качестве иллюстративного примера выбрана дифференциальная модель SEIR-HCD, которая ранее использовалась для моделирования распространения заболеваемости в Новосибирской области. Показано, что параметр скорости распространения вируса, восстановленный через по выделенному тренду, при подстановке его в модель даёт меньшую ошибку моделирования, чем восстановленный с помощью решения обратной задачи.  

Об авторах

Виктория Сергеевна Петракова

Институт вычислительного моделирования СО РАН;
Институт математики им. Соболева СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: vika-svetlakova@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1126-2148

кандидат физико-математических наук, старший научный сотрудник

Россия

Список литературы

  1. Afzal A. et.al. Merits and limitations of mathematical modeling and computational simulations in mitigation of COVID19 pandemic: A comprehensive review. Archives of Computational Methods in Engineering, 2022, vol. 29, no. 2, pp. 1311-1337.
  2. Alanqary A., Alomar A., & Shah D. Change point detection via multivariate singular spectrum analysis. Advances in Neural Information Processing Systems, 2021, vol. 34, art. 23218-23230.
  3. Alharbi N. Forecasting the COVID-19 Pandemic in Saudi Arabia using a modified singular spectrum analysis approach: model development and data analysis. Jmirx med, 2021, vol. 2, no. 1, art. e21044.
  4. Alsaeed N. I., Eman Y., and Muazzam A. An Agent-based Simulation of the SIRD model of COVID19 Spread. International Journal of Biology and Biomedical Engineering, 2020, vol. 14, pp. 210-217.
  5. Balderrama R., et.al. Optimal control for a SIR epidemic model with limited quarantine. Scientific Reports, 2022, vol. 12, no. 1, art. 12583.
  6. Cao L., Qing L. COVID-19 modeling: A review. ACM Computing Surveys, 2024, vol. 57, no. 1, pp. 1-42.
  7. Chu J. A statistical analysis of the novel coronavirus (COVID-19) in Italy and Spain. PloS one, 2021, vol. 16, no. 3, art. e0249037.
  8. de Souza F.S.H., et.al. On the analysis of mortality risk factors for hospitalized COVID-19 patients: A data-driven study using the major Brazilian database. PloS one, 2021, vol. 16, no. 3, art. e0248580.
  9. Desson Z., Weller E., McMeekin P., Ammi M. An analysis of the policy responses to the COVID-19 pandemic in France, Belgium, and Canada. Health Policy and Technology, 2020, vol. 9, no. 4, pp. 430-446.
  10. Elsner J. B., Tsonis A. A. Singular spectrum analysis: a new tool in time series analysis. Springer Science & Business Media, 2013.
  11. Er A. G., et.al. Multimodal data fusion using sparse canonical correlation analysis and cooperative learning: a COVID-19 cohort study. NPJ Digital Medicine, 2024, vol. 7, no. 1, art. 117.
  12. Fanelli D., & Piazza F. Analysis and forecast of COVID19 spreading in China, Italy and France. Chaos, Solitons & Fractals, 2020, vol. 134, art. 109761.
  13. Golyandina N. Particularities and commonalities of singular spectrum analysis as a method of time series analysis and signal processing. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Statistics, 2020, vol. 12, no. 4, art. e1487.
  14. Kalantari M. Forecasting COVID-19 pandemic using optimal singular spectrum analysis. Chaos, Solitons & Fractals, 2021, vol. 142, art. 110547.
  15. Kermack W.O., McKendrick A.G. A contribution to the mathematical theory of epidemics. Proceedings of the royal society of London. Series A, 1927, vol. 115, no. 772, pp. 700-721.
  16. Krivorotko O., et al. Mathematical modeling and prediction of COVID-19 in Moscow city and Novosibirsk region, arXiv preprint, 2020, arXiv:2006.12619.
  17. Krivorotko O., Zvonareva T., Neverov A. Identifiability of the spatial SEIR-HCD model of COVID-19 propagation. arXiv preprint, 2024, arXiv:2412.18858.
  18. Li W.T., et.al. Using machine learning of clinical data to diagnose COVID-19: a systematic review and meta-analysis. BMC medical informatics and decision making, 2020, vol. 20, pp. 1-13.
  19. Ma Ch., et.al. Understanding dynamics of pandemic models to support predictions of COVID-19 transmission: parameter sensitivity analysis of SIR-type models. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, vol. 26, no. 6, pp. 2458-2468.
  20. Nichita D. R., Dima M., Boboc L., & Hancean M.G. Data analysis evidence beyond correlation of a possible causal impact of weather on the COVID-19 spread, mediated by human mobility. Scientific Reports, 2024, vol. 14, no. 1, art. 17782.
  21. Petrakova V. S. Planner model for estimating the dynamic of epidemic spread under limited resources. Eurasian journal of mathematical and computer applications, 2025, vol. 13, no. 1, pp. 89-99.
  22. Petrakova V., Krivorotko O. Comparison of Two Mean Field Approaches to Modeling an Epidemic Spread. Journal of Optimization Theory and Applications, 2025, vol. 204, no. 3, art. 39.
  23. Petrakova V., Krivorotko O. Sensitivity of MFG SEIR-HCD epidemiological model. Lobachevskii Journal of Mathematics, 2023, vol. 44, no. 7, pp. 2856–2869.
  24. Prakash K.B., et al. Analysis, prediction and evaluation of Covid-19 datasets using machine learning algorithms. International Journal., 2020, vol. 8, no. 5, pp. 2199-2204.
  25. Qorib M., Oladunni T., Denis M., Ososanya E., & Cotae, P. Covid-19 vaccine hesitancy: Text mining, sentiment analysis and machine learning on COVID-19 vaccination Twitter dataset. Expert Systems with Applications, 2023, vol. 212, art. 118715.
  26. Ram V., Schaposnik L.P. A modified agestructured SIR model for COVID-19 type viruses. Scientific reports, 2021, vol. 11, no. 1, art. 15194.
  27. Riedmann U., et.al. Estimates of SARS-CoV-2 infections and population immunity after the COVID-19 pandemic in Austria: Analysis of national wastewater data. The Journal of Infectious Diseases, 2025, vol. 231, no. 5, art. e921-e928.
  28. Shuja J., Alanazi E., Alasmary W., & Alashaikh, A. COVID-19 open source data sets: a comprehensive survey. Applied Intelligence, 2021, vol. 51, no. 3, pp. 1296-1325.
  29. Sulandari W., et.al. SSA-based hybrid forecasting models and applications. Bulletin of Electrical Engineering and Informatics, 2020, vol. 9, no. 5, art. 2178-2188.
  30. Taylan O., Alkabaa A.S., & Yılmaz M. T. Impact of COVID-19 on G20 countries: analysis of economic recession using data mining approaches. Financial Innovation, 2022, vol. 8, no. 1, art. 81.
  31. Xu B., et.al. Epidemiological data from the COVID-19 outbreak, real-time case information. Scientific data, 2020, vol. 7, no. 1, art. 106.
  32. Yi S., Sneeuw N. Filling the data gaps within GRACE missions using singular spectrum analysis. Journal of Geophysical Research: Solid Earth, 2021, vol. 126, no. 5, art. e2020JB021227.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Петракова В.С.,

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах