ПОСТАНАЛИЗ ДАННЫХ ПО ЗАБОЛЕВАЕМОСТИ COVID-19 МЕТОДОМ SSA НА ПРИМЕРЕ НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ
- Авторы: Петракова В.С.1,2
-
Учреждения:
- Институт вычислительного моделирования СО РАН
- Институт математики им. Соболева СО РАН
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
- Дата подачи: 16.07.2025
- Дата принятия к публикации: 27.07.2025
- URL: https://iimmun.ru/iimm/article/view/17967
- DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-SPA-17967
- ID: 17967
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Резюме
Статья посвящена преимущественно пост-анализу эпидемиологических данных о Covid-19 в Новосибирске за период с 2020 по 2023 годы с использованием метода сингулярного спектрального анализа (Singular spectrum analysis, SSA). Предложен литературный обзор работ, посвященный анализу данных различного типа, описывающих эпидемиологическую ситуацию во время пандемии в различных регионах мира. Показано, что превалирующая часть работ, написана и посвящена описанию первого начального этапа развития эпидемии (2020 г). Работ по пост-анализу данных о многолетней динамики вируса Sars-Cov-2 фактически не наблюдается. Исследование подчеркивает важность пост-анализа данных для понимания динамики распространения вируса и особенностей его воздействия на здоровье населения. Результаты проведенного исследования позволяют оценить, как менялась восприимчивость населения к разным штаммам вируса, в чем отличие вспышки заболеваемости, связанной с появлением нового штамма вируса, от сезонного распространения инфекции.
Для анализа в статье используется метод SSA, применяемый к анализу временных рядов для разделения их на составляющие. Метод применялся для изучения ключевых показателей, таких как количество новых заражений, смертей, числа критических случаев, числа госпитализированных и числа пациентов, находящихся на ИВЛ в Новосибирской области. Для описанных наборов данных выделяются три основные компоненты: общий тренд, который отражает изменение скорости распространения вируса с распространением новых штаммов, а также периодические явления, связанные с штаммами и сезонностью.
Результаты показывают, что значительная часть изменений в динамике заболеваний обусловлена появлением новых штаммов, но также проявляется и "фоновая" эпидемия с сезонными колебаниями. Это подчеркивает необходимость учитывать множество факторов, влияющих на распространение вируса, включая иммунитет, методы лечения и качество медицинской помощи. Показаны наблюдаемые взаимосвязи и временные лаги между количеством критических больных и количеством зафиксированных смертей от вируса, а также между количеством госпитализированных больных и пациентов, находящихся на ИВЛ.
Статья завершается выводами о том, что выделенный тренд показывающий, как менялось число инфицированных с развития штаммов, может быть полезен для уточнения параметров математических моделей распространения COVID-19. В качестве иллюстративного примера выбрана дифференциальная модель SEIR-HCD, которая ранее использовалась для моделирования распространения заболеваемости в Новосибирской области. Показано, что параметр скорости распространения вируса, восстановленный через по выделенному тренду, при подстановке его в модель даёт меньшую ошибку моделирования, чем восстановленный с помощью решения обратной задачи.
Об авторах
Виктория Сергеевна Петракова
Институт вычислительного моделирования СО РАН;Институт математики им. Соболева СО РАН
Автор, ответственный за переписку.
Email: vika-svetlakova@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1126-2148
кандидат физико-математических наук, старший научный сотрудник
РоссияСписок литературы
- Afzal A. et.al. Merits and limitations of mathematical modeling and computational simulations in mitigation of COVID19 pandemic: A comprehensive review. Archives of Computational Methods in Engineering, 2022, vol. 29, no. 2, pp. 1311-1337.
- Alanqary A., Alomar A., & Shah D. Change point detection via multivariate singular spectrum analysis. Advances in Neural Information Processing Systems, 2021, vol. 34, art. 23218-23230.
- Alharbi N. Forecasting the COVID-19 Pandemic in Saudi Arabia using a modified singular spectrum analysis approach: model development and data analysis. Jmirx med, 2021, vol. 2, no. 1, art. e21044.
- Alsaeed N. I., Eman Y., and Muazzam A. An Agent-based Simulation of the SIRD model of COVID19 Spread. International Journal of Biology and Biomedical Engineering, 2020, vol. 14, pp. 210-217.
- Balderrama R., et.al. Optimal control for a SIR epidemic model with limited quarantine. Scientific Reports, 2022, vol. 12, no. 1, art. 12583.
- Cao L., Qing L. COVID-19 modeling: A review. ACM Computing Surveys, 2024, vol. 57, no. 1, pp. 1-42.
- Chu J. A statistical analysis of the novel coronavirus (COVID-19) in Italy and Spain. PloS one, 2021, vol. 16, no. 3, art. e0249037.
- de Souza F.S.H., et.al. On the analysis of mortality risk factors for hospitalized COVID-19 patients: A data-driven study using the major Brazilian database. PloS one, 2021, vol. 16, no. 3, art. e0248580.
- Desson Z., Weller E., McMeekin P., Ammi M. An analysis of the policy responses to the COVID-19 pandemic in France, Belgium, and Canada. Health Policy and Technology, 2020, vol. 9, no. 4, pp. 430-446.
- Elsner J. B., Tsonis A. A. Singular spectrum analysis: a new tool in time series analysis. Springer Science & Business Media, 2013.
- Er A. G., et.al. Multimodal data fusion using sparse canonical correlation analysis and cooperative learning: a COVID-19 cohort study. NPJ Digital Medicine, 2024, vol. 7, no. 1, art. 117.
- Fanelli D., & Piazza F. Analysis and forecast of COVID19 spreading in China, Italy and France. Chaos, Solitons & Fractals, 2020, vol. 134, art. 109761.
- Golyandina N. Particularities and commonalities of singular spectrum analysis as a method of time series analysis and signal processing. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Statistics, 2020, vol. 12, no. 4, art. e1487.
- Kalantari M. Forecasting COVID-19 pandemic using optimal singular spectrum analysis. Chaos, Solitons & Fractals, 2021, vol. 142, art. 110547.
- Kermack W.O., McKendrick A.G. A contribution to the mathematical theory of epidemics. Proceedings of the royal society of London. Series A, 1927, vol. 115, no. 772, pp. 700-721.
- Krivorotko O., et al. Mathematical modeling and prediction of COVID-19 in Moscow city and Novosibirsk region, arXiv preprint, 2020, arXiv:2006.12619.
- Krivorotko O., Zvonareva T., Neverov A. Identifiability of the spatial SEIR-HCD model of COVID-19 propagation. arXiv preprint, 2024, arXiv:2412.18858.
- Li W.T., et.al. Using machine learning of clinical data to diagnose COVID-19: a systematic review and meta-analysis. BMC medical informatics and decision making, 2020, vol. 20, pp. 1-13.
- Ma Ch., et.al. Understanding dynamics of pandemic models to support predictions of COVID-19 transmission: parameter sensitivity analysis of SIR-type models. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, vol. 26, no. 6, pp. 2458-2468.
- Nichita D. R., Dima M., Boboc L., & Hancean M.G. Data analysis evidence beyond correlation of a possible causal impact of weather on the COVID-19 spread, mediated by human mobility. Scientific Reports, 2024, vol. 14, no. 1, art. 17782.
- Petrakova V. S. Planner model for estimating the dynamic of epidemic spread under limited resources. Eurasian journal of mathematical and computer applications, 2025, vol. 13, no. 1, pp. 89-99.
- Petrakova V., Krivorotko O. Comparison of Two Mean Field Approaches to Modeling an Epidemic Spread. Journal of Optimization Theory and Applications, 2025, vol. 204, no. 3, art. 39.
- Petrakova V., Krivorotko O. Sensitivity of MFG SEIR-HCD epidemiological model. Lobachevskii Journal of Mathematics, 2023, vol. 44, no. 7, pp. 2856–2869.
- Prakash K.B., et al. Analysis, prediction and evaluation of Covid-19 datasets using machine learning algorithms. International Journal., 2020, vol. 8, no. 5, pp. 2199-2204.
- Qorib M., Oladunni T., Denis M., Ososanya E., & Cotae, P. Covid-19 vaccine hesitancy: Text mining, sentiment analysis and machine learning on COVID-19 vaccination Twitter dataset. Expert Systems with Applications, 2023, vol. 212, art. 118715.
- Ram V., Schaposnik L.P. A modified agestructured SIR model for COVID-19 type viruses. Scientific reports, 2021, vol. 11, no. 1, art. 15194.
- Riedmann U., et.al. Estimates of SARS-CoV-2 infections and population immunity after the COVID-19 pandemic in Austria: Analysis of national wastewater data. The Journal of Infectious Diseases, 2025, vol. 231, no. 5, art. e921-e928.
- Shuja J., Alanazi E., Alasmary W., & Alashaikh, A. COVID-19 open source data sets: a comprehensive survey. Applied Intelligence, 2021, vol. 51, no. 3, pp. 1296-1325.
- Sulandari W., et.al. SSA-based hybrid forecasting models and applications. Bulletin of Electrical Engineering and Informatics, 2020, vol. 9, no. 5, art. 2178-2188.
- Taylan O., Alkabaa A.S., & Yılmaz M. T. Impact of COVID-19 on G20 countries: analysis of economic recession using data mining approaches. Financial Innovation, 2022, vol. 8, no. 1, art. 81.
- Xu B., et.al. Epidemiological data from the COVID-19 outbreak, real-time case information. Scientific data, 2020, vol. 7, no. 1, art. 106.
- Yi S., Sneeuw N. Filling the data gaps within GRACE missions using singular spectrum analysis. Journal of Geophysical Research: Solid Earth, 2021, vol. 126, no. 5, art. e2020JB021227.
Дополнительные файлы
