РЕЗУЛЬТАТЫ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДЕТЕКЦИИ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВИРУСОВ ГРИППА И ДРУГИХ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ РЕСПИРАТОРНЫХ ИНФЕКЦИЙ В РОССИИ, СЕЗОН 2017–2018 ГГ.

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Резюме. Активизация вирусов гриппа в сезон 2017–2018 гг. началась значительно позже в сравнении с пятью предшествующими сезонами. Эпидемия гриппа продлилась в течение 12 недель (с 6 по 17 неделю), имела среднюю интенсивность с вовлечением 10,4% населения страны. Дети возрастных групп 0–2 и 3–6 лет, как обычно, болели наиболее часто. Средняя частота госпитализации пациентов с гриппом и ОРВИ составила 2,6% и была наиболее высокой (5,4%) в младшей возрастной группе (0–2 лет). Число смертельных исходов при гриппе в этом сезоне было в 2 раза выше, чем в сезон 2016–2017, что может быть объяснено распространением вирусов гриппа A(H1N1)pdm09, которые, по-прежнему, являются основной причиной летальных исходов при гриппе в стране. Всего за сезон в 55 сотрудничающих региональных базовых лабораториях было обследовано с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени 72 759 пациентов. Грипп был лабораторно подтвержден с помощью ПЦР в 12 149 (20,7%) случаях, из числа которых 39,3% составили вирусы гриппа A(H1N1)pdm09, 29,6% — A(H3N2) и 31,1% — вирусы гриппа B (Ямагатской линии). Первые случаи гриппа были зарегистрированы в самом начале сезона (недели 40–45.2017), однако отчетливое увеличение частоты их детекции было установлено лишь на 2 неделе 2018 г. с пиком на 13–14 неделях и последующим постепенным снижением вплоть до конца сезона. Выявлены определенные отличия в этиологии гриппозной заболеваемости между федеральными округами. Определена роль вирусов гриппа и других возбудителей ОРВИ на разных стадиях эпидемического процесса. Так, в предэпидемический период рост заболеваемости был обусловлен, в основном (около 32,7% случаев) не гриппозными вирусами, в особенности риновирусами и респираторно-синцитиальным вирусом (10,2 и 8,0% случаев соответственно), тогда как лабораторно подтвержденные случаи гриппа (ЛПГ) регистрировались лишь в 3,4%. В период эпидемии частота ЛПГ увеличилась до 29,2% при одновременном снижении частоты заболеваний парагриппозной, аденовирусной, бокавирусной, коронавирусной и, особенно, риновирусной этиологии, в меньшей степени снизилась частота инфекции, вызванной респираторно-синцитиальным вирусом. В постэпидемический период роль вирусов гриппа A(H1N1)pdm09, A(H3N2) и В снизилась до 6,1; 6,9 и 3,6% соответственно, с увеличением значимости риновирусной инфекции (до 9,5% заболеваний). Антигенный и генетический анализ вирусов гриппа A(H1N1)pdm09 и A(H3N2), циркулировавших в сезон 2017–2018 гг., показал, что все проанализированные вирусы гриппа А, в отличие от вирусов гриппа В, по структуре поверхностных генов, соответствовали штаммам, введенным в состав вакцин для Северного полушария на сезон 2017–2018 гг. Вместе с тем, во внутренних генах циркулирующих вирусов был обнаружен ряд замен. Контроль чувствительности 316 вирусов гриппа А и В к противовирусным препаратам показал, что абсолютное большинство из них (99.7%) сохранили свою чувствительность к ингибиторам нейраминидазы.

Об авторах

А. А. Соминина

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Автор, ответственный за переписку.
Email: anna.sominina@influenza.spb.ru

д.м.н., профессор, заслуженный деятель науки РФ, зав. лабораторией изучения факторов риска при гриппе и ОРВИ, зам. руководителя НЦГ ВОЗ

197376, Россия, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, 15/17

Тел.: 8 (812) 499-15-29

Россия

Д. М. Даниленко

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
к.б.н., зам. директора по научной работе, зав. отделом этиологии и эпидемиологии гриппа и ОРВИ, зам. руководителя по организационным вопросам НЦГ ВОЗ Россия

А. Б. Комиссаров

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
зав. лабораторией молекулярной вирусологии Россия

А. В. Фадеев

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии Россия

М. М. Писарева

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
к.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии Россия

М. Ю. Еропкин

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
д.б.н., зав. лабораторией эволюционной изменчивости вирусов гриппа Россия

Н. И. Коновалова

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
к.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории эволюционной изменчивости вирусов гриппа Россия

П. А. Петрова

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
младший научный сотрудник лаборатории эволюционной изменчивости вирусов гриппа Россия

А. А. Штро

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
к.б.н., зав. лабораторией химиотерапии вирусных инфекций Россия

К. А. Столяров

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
ведущий программист лаборатории эпидемиологии гриппа и ОРЗ Россия

Л. С. Карпова

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru
д.м.н., зав. лабораторией эпидемиологии гриппа и ОРЗ Россия

Е. И. Бурцева

ФГБУ НИЦ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России, Москва

Email: fake@neicon.ru
д.м.н., зав. лабораторией этиологии и эпидемиологии гриппа Россия

А. В. Васин

ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России, Санкт-Петербург

Email: fake@neicon.ru

к.б.н., директор;

руководитель НЦГ ВОЗ

Россия

Список литературы

  1. Карпова Л.С., Волик К.М., Столяров К.А., Поповцева Н.М., Столярова Т.П., Соминина А.А., Бурцева Е.И. Особенности эпидемического процесса при гриппе A(H1N1)pdm09 и A(H3N2) в России с 2009 по 2017 годы // Вопросы вирусологии. 2018. Т. 63, № 4. С. 177–184. [Karpova L.S., Volik K.M., Stolyarov K.A., Popovtseva N.M., Stolyarova T.P., Sominina A.A., Burtseva E.I. Features of the epidemic process for influenza A (H1N1) pdm09 and A (H3N2) in Russia from 2009 to 2017. Voprosy Virusologii = Problems of Virology, 2018, vol. 63, no. 4, pp. 177–184. doi: 10.31631/2073-3046-2018-17-1-13-19 (In Russ.)]
  2. Методика расчета эпидемических порогов по гриппу и острым респираторным вирусным инфекциям по субъектам Российской Федерации: метод. рекомендации МР 3.1.0005-10. М., 2010. 86 c. [The method of calculation of the epidemic threshold for influenza and acute respiratory viral infections by the subjects of the Russian Federation: methodological recommendations МR 3.1.0005-10. Moscow: 2010. 86 p.]. URL: http://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=6288 (20.09.2018)
  3. Выделение вирусов гриппа в клеточных культурах и куриных эмбрионах и их идентификация: метод. рекомендации № 0100/4430-06-34 (утв. Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 18 апреля 2006 г.). 15 c. [Isolation of seasonal and potentially pandemic influenza viruses in cell cultures and chick embryos and their identification: methodological recommendations No. 0100/ 4430-06-34. (approved by Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Welfare of April 18, 2006). 15 p.]
  4. Михайлова Е.В., Чудакова Т.К., Ярушкина М.С., Романовская А.В., Хворостухина Н.Ф. Респираторно-синцитиальная вирусная инфекция: клинические особенности и лабораторные показатели интоксикации // Детские инфекции. 2017. Т. 16, № 2. С. 23–25. [Mikhailova E.V., Chudakova T.K., Yarushkina M.S., Romanovskaya A.V., Khvorostukhina N.F. Respiratory syncytial viral infection: clinical features and laboratory indicators of intoxication. Detskie infektsii = Children’s infections, 2017, vol. 16, no. 2, pp. 23–25. (In Russ.)]
  5. Соминина А.А., Смородинцева Е.А., Столяров К.А., Мельникова А.А. Совершенствование системы надзора за гриппом в Российской Федерации: основные результаты сигнального надзора за гриппом и другими острыми респираторными вирусными инфекциями // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2017. Т. 16, № 1. С. 7–15. [Sominina A.A., Smorodintseva E.A., Stolyarov K.A., Melnikova A.A. Improving the system of influenza surveillance in the Russian Federation: the main results of sentinel surveillance for influenza and other acute respiratory viral infections. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika = Epidemiology and Vaccine Prevention, 2017, vol. 16, no. 1, pp. 7–15. doi: 10.31631/2073-3046-2017-16-1-7-15 (In Russ.)]
  6. Ilyicheva T., Durymanov A., Susloparov I, Kolosova N., Goncharova N., Svyatchenko S., Petrova O., Bondar A., Mikheev V., Ryzhikov A. Fatal cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016. PLoS ONE, 2016, vol. 11, no. 10: e0165332.
  7. Komissarov A., Fadeev A., Sergeeva M., Petrov S., Sintsova K., Egorova A., Pisareva M., Buzitskaya Z., Musaeva T., Danilenko D., Konovalova N., Petrova P., Stolyarov K., Smorodintseva E., Burtseva E., Krasnoslobodtsev K., Kirillova E., Karpova L., Eropkin M., Sominina A., Grudinin M. Rapid spread of influenza A(H1N1)pdm09 viruses with a new set of specific mutations in the internal genes in the beginning of 2015/2016 epidemic season in Moscow and Saint Petersburg (Russian Federation). Influenza Other Respir. Viruses, 2016, vol. 4, pp. 247–253. doi: 10.1111/irv.12389
  8. Lozano R., Naghavi M., Foreman K., Lim S., Shibuya K., Aboyans V., Abraham J., Adair T., Aggarwal R., Ahn S.Y., Alvarado M., Anderson H.R., Anderson L.M., Andrews K.G., Atkinson C., Baddour L.M., Barker-Collo S., Bartels D.H., Bell M.L., Benjamin E.J., Bennett D., Bhalla K., Bikbov B., Bin Abdulhak A., Birbeck G., Blyth F., Bolliger I., Boufous S., Bucello C., Burch M., Burney P., Carapetis J., Chen H., Chou D., Chugh S.S., Coffeng L.E., Colan S.D., Colquhoun S., Colson K.E., Condon J., Connor M.D., Cooper L.T., Corriere M., Cortinovis M., de Vaccaro K.C., Couser W., Cowie B.C., Criqui M.H., Cross M., Dabhadkar K.C., Dahodwala N., De Leo D., Degenhardt L., Delossantos A., Denenberg J., Des Jarlais D.C., Dharmaratne S.D., Dorsey E.R., Driscoll T., Duber H., Ebel B., Erwin P.J., Espindola P., Ezzati M., Feigin V., Flaxman A.D., Forouzanfar M.H., Fowkes F.G., Franklin R., Fransen M., Freeman M.K., Gabriel S.E., Gakidou E., Gaspari F., Gillum R.F., Gonzalez-Medina D., Halasa Y.A., Haring D., Harrison J.E., Havmoeller R., Hay R.J., Hoen B., Hotez P.J., Hoy D., Jacobsen K.H., James S.L., Jasrasaria R., Jayaraman S., Johns N., Karthikeyan G., Kassebaum N., Keren A., Khoo J.P., Knowlton L.M., Kobusingye O., Koranteng A., Krishnamurthi R., Lipnick M., Lipshultz S.E., Ohno S.L., Mabweijano J., MacIntyre M.F., Mallinger L., March L., Marks G.B., Marks R., Matsumori A., Matzopoulos R., Mayosi B.M., McAnulty J.H., McDermott M.M., McGrath J., Mensah G.A., Merriman T.R., Michaud C., Miller M., Miller T.R., Mock C., Mocumbi A.O., Mokdad A.A., Moran A., Mulholland K., Nair M.N., Naldi L., Narayan K.M., Nasseri K., Norman P., O’Donnell M., Omer S.B., Ortblad K., Osborne R., Ozgediz D., Pahari B., Pandian J.D., Rivero A.P., Padilla R.P., PerezRuiz F., Perico N., Phillips D., Pierce K., Pope C.A. 3rd, Porrini E., Pourmalek F., Raju M., Ranganathan D., Rehm J.T., Rein D.B., Remuzzi G., Rivara F.P., Roberts T., De León F.R., Rosenfeld L.C., Rushton L., Sacco R.L., Salomon J.A., Sampson U., Sanman E., Schwebel D.C., Segui-Gomez M., Shepard D.S., Singh D., Singleton J., Sliwa K., Smith E., Steer A., Taylor J.A., Thomas B., Tleyjeh I.M., Towbin J.A., Truelsen T., Undurraga E.A., Venketasubramanian N., Vijayakumar L., Vos T., Wagner G.R., Wang M., Wang W., Watt K., Weinstock M.A., Weintraub R., Wilkinson J.D., Woolf A.D., Wulf S., Yeh P.H., Yip P., Zabetian A., Zheng Z.J., Lopez A.D., Murray C.J., AlMazroa M.A., Memish Z.A. Global and regional mortality from 235 causes of death for 20 age groups in 1990 and 2010: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2010. Lancet, 2012, vol. 380, no. 9859, pp. 2095–2128. doi: 10.1016/S0140-6736(12)61728-0
  9. Lopez-Labrador Х., Natividad-Sancho A., Pisareva M., Komissarov A., Salvatierra K., Fadeev A., Moya A., Grudinin M., DiezDomingo J., Afanasieva O., Konovalova N., Sominina A., Puig-Barbera J. Genetic characterization of influenza viruses from influenza-related hospital admissions in the St. Petersburg and Valencia sites of the Global Influenza Hospital Surveillance Network during the 2013/14 influenza season. J. Clin. Virol., 2016, vol. 84, pp. 32–38.
  10. Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza. WHO, 2011. 139 p.
  11. Moe N., Stenseng I.H., Krokstad S., Christensen A., Skanke L.H., Risnes K.R., Nordbø S.A., Døllner H. The burden of human metapneumovirus and respiratory syncytial virus infections in hospitalized norwegian children. J. Infect. Dis., 2017, vol. 216, no. 1, pp. 110–116.
  12. Morbidity and Mortality Weekly Report. Influenza activity in the United States during the 2017–18 season and composition of the 2018–19 influenza vaccine. MMWR, 2018, vol. 67, no. 22, pp. 634–642.
  13. Nair H., Brooks W.A., Katz M., Roca A., Berkley J.A., Madhi S.A., Simmerman J.M., Gordon A., Sato M., Howie S., Krishnan A., Ope M., Lindblade K.A., Carosone-Link P., Lucero M., Ochieng W., Kamimoto L., Dueger E., Bhat N., Vong S., Theodoratou E., Chittaganpitch M., Chimah O., Balmaseda A., Buchy P., Harris E., Evans V., Katayose M., Gaur B., O’CallaghanGordo C., Goswami D., Arvelo W., Venter M., Briese T., Tokarz R., Widdowson M.A., Mounts A.W., Breiman R.F., Feikin D.R., Klugman K.P., Olsen S.J., Gessner B.D., Wright P.F., Rudan I., Broor S., Simões E.A., Campbell H. Global burden of respiratory infections due to seasonal influenza in young children: a systematic review and meta-analysis. Lancet, 2011, vol. 378, no. 9807, pp. 1917–1930. doi: 10.1016/S0140-6736(11)61051-9
  14. Puig-Barberà J., Tormos A., Trushakova S., Burtseva E., Sominina A., Pisareva M., Ciblak M.A., Badur S., Yu H., Cowling B.J., Burtseva E. The Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN): a new platform to describe the epidemiology of severe influenza. Influenza Other Respir. Viruses, 2015, vol. 9, no. 6, pp. 277–286. doi: 10.1111/irv.12335
  15. Ray R., Dos Santos G., O Buck P., Claeys C., Matias G., Innis B., Bekkat-Berkani R.. A review of the value of quadrivalent influenza vaccines and their potential contribution to influenza control. Human Vaccines & Immunotherapeutics, 2017, vol. 13, no. 7, pp. 1640–1652. doi: 10.1080/21645515.2017.1313375
  16. Ruggiero T., De Rosa F., Cerutti F., Pagani N., Allice T., Stella M., Milia M.G., Calcagno A., Burdino E., Gregori G., Urbino R., Di Perri G., Ranieri M.V., Ghisetti V. A(H1N1)pdm09 hemagglutinin D222G and D222N variants are frequently harbored by patients requiring extracorporeal membrane oxygenation and advanced respiratory assistance for severe A(H1N1)pdm09 infection. Influenza Other Respir. Viruses, 2013, vol. 7, no. 6, pp. 1416–1426.
  17. Shi T., McAllister D.A., O’Brien K.L., Simoes E.A.F., Madhi S.A., Gessner B.D., Polack F.P., Balsells E., Acacio S., Aguayo C., Alassani I., Ali A., Antonio M., Awasthi S., Awori J.O., Azziz-Baumgartner E., Baggett H.C., Baillie V.L., Balmaseda A., Barahona A., Basnet S., Bassat Q., Basualdo W., Bigogo G., Bont L., Breiman R.F., Brooks W.A., Broor S., Bruce N., Bruden D., Buchy P., Campbell S., Carosone-Link P., Chadha M., Chipeta J., Chou M., Clara W., Cohen C., de Cuellar E., Dang D.A., Dash-yandag B., Deloria-Knoll M., Dherani M., Eap T., Ebruke B.E., Echavarria M., de Freitas Lázaro Emediato C.C., Fasce R.A., Feikin D.R., Feng L., Gentile A., Gordon A., Goswami D., Goyet S., Groome M., Halasa N., Hirve S., Homaira N., Howie S.R.C., Jara J., Jroundi I., Kartasasmita C.B., Khuri-Bulos N., Kotloff K.L., Krishnan A., Libster R., Lopez O., Lucero M.G., Lucion F., Lupisan S.P., Marcone D.N., McCracken J.P., Mejia M., Moisi J.C., Montgomery J.M., Moore D.P., Moraleda C., Moyes J., Munywoki P., Mutyara K., Nicol M.P., Nokes D.J., Nymadawa P., da Costa Oliveira M.T., Oshitani H., Pandey N., Paranhos-Baccalà G., Phillips L.N., Picot V.S., Rahman M., Rakoto-Andrianarivelo M., Rasmussen Z.A., Rath B.A., Robinson A., Romero C., Russomando G., Salimi V., Sawatwong P., Scheltema N., Schweiger B., Scott J.A.G., Seidenberg P., Shen K., Singleton R., Sotomayor V., Strand T.A., Sutanto A., Sylla M., Tapia M.D., Thamthitiwat S., Thomas E.D., Tokarz R., Turner C., Venter M., Waicharoen S., Wang J., Watthanaworawit W., Yoshida L.-M., Yu H., Zar H.J., Campbell H., Nair H., RSV Global Epidemiology Network. Global, regional, and national disease burden estimates of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in young children in 2015: a systematic review and modelling study. Lancet, 2017, vol. 390, no. 10098, pp. 946–958. doi: 10.1016/S0140-6736(17)30938-8
  18. Sominina A., Burtseva E., Eropkin M., Karpova L., Zarubaev V., Smorodintseva E., Konovalova N., Danilenko D., Prokopetz A., Grudinin M., Pisareva M., Anfimov P., Stolyarov K., Kiselev O., Shevchenko E., Ivanova V., Trushakova S., Breslav N., Lvov D., Klimov A., Moen A., Cox N. Influenza surveillance in Russia based on epidemiological and laboratory data for the period from 2005 to 2012. Am. J. Infect. Dis., 2013, vol. 9, no. 3, pp. 77–93. doi: 10.3844/ajidsp.2013.77.93
  19. Sominina A.A., Pisareva M.M., Grudinin M.P., Eropkin M.Y., Konovalova N.I., Sukhovetskaya V.F., Afanasieva O.I., Voloshuk L.V., Komissarov A.B., Buzitskaya Z.V., Fadeev A.V., Stolyarov K.A., Smorodintseva E.A., Afanasieva V.S., Yanina M.A., Gonchar V.V., Osidak L.V., Go A.A. Two years of experience in hospital surveillance for the severe influenza like illnesses in St. Petersburg: etiology, clinical characterization of diseases, antigenic and genetic properties of isolated influenza viruses. Microbiol. Mol. Biol. Rev, 2015, vol. 2, no. 1, pp. 44–55. doi: 10.18527/2500-2236-2015-2-1-44-55
  20. Vega T., Lozano J., Meerhoff T., Snaken R., Mott J., Ortiz de Lejarazu, Nunes B. Influenza surveillance in Europe: establishing epidemic thresholds by the moving epidemic method. Influenza Other Respir. Viruses, 2013, vol. 7, no. 4, pp. 546–558. doi: 10.1111/j.1750-2659.2012.00422x
  21. World Health Organization. Vaccines against influenza WHO position paper — November 2012. Wkly Epidemiol. Rec., 2012, vol. 87 (47), pp. 461–476.
  22. Zheng X.Y., Xu Y.J., Guan W.J., Lin L.F. Regional, age and respiratory-secretion-specific prevalence of respiratory viruses associated with asthma exacerbation: a literature review. Arch. Virol., 2018, vol. 163, no. 4, pp. 845–853.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Соминина А.А., Даниленко Д.М., Комиссаров А.Б., Фадеев А.В., Писарева М.М., Еропкин М.Ю., Коновалова Н.И., Петрова П.А., Штро А.А., Столяров К.А., Карпова Л.С., Бурцева Е.И., Васин А.В., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах