VNTR локусы как индикаторы пролинзависимых штаммов микроба чумы (Yersinia pestis) в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы

MLVA типирование микроба чумы используют как для поиска сходств и различий между отдельными изолятами при проведении эпидемиологических расследований, так и для клональной кластеризации внутривидовых филогенетических групп для решения вопросов микроэволюции и таксономии. Нельзя исключить, что наиболее вариабельные локусы могут являться индикаторами, позволяющими аппроксимировать уникальные свойства штаммов, циркулирующих в определенных природных очагах чумы. Удобной моделью для проверки этой гипотезы может быть Центрально-Кавказский высокогорный природный очаг чумы, отличающийся гетерогенностью циркулирующих в нем штаммов, в том числе по про- и ауксотрофии по пролину. Целью нашей работы было определение сочетающихся с пролинза-висимостью частот аллелей VNTR локусов штаммов возбудителя чумы, определяемых при MLVA-25 ти-пировании в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы. Основной задачей являлось выявление наиболее информативных наборов аллелей VNTR локусов, пригодных для прогнозирования про- и ауксотрофии (pro+, pro—) по пролину. Было обнаружено, что локусы ms45, ms56, ms46, ms07, ms69, ms62 являются высоковариабельными по частотам аллелей и/или имеют достоверное различие средних частот аллелей VNTR локусов про- и ауксотрофных штаммов микроба чумы. Анализ частот аллелей локуса ms45 показал, что в случае выявления аллелей, содержащих 6 повторов, с вероятностью 0,944 ожидается pro+ штамм, при 7 повторах локуса ms45 с вероятностью 0,783 pro— штамм, при 9 повторах локуса ms56 с вероятностью 0,933 штамм pro+, свыше 18 тандемных повторов локуса ms46 вероятность pro+ фенотипа равна 0,818. Проведенная диагностика на pro+/pro— свойство штаммов с использованием статистических методов показала ошибку 13,33% для pro— штамма и 26,67% для pro+ штамма. Все штаммы pro+, которые имели комплекс из 6 тандемных повторов ms45, 9 повторов ms56 и 29—30 повторов ms46 безошибочно диагностировались с использованием только этих 3 локусов. Таким образом, возможно прогнозировать некоторые свойства штаммов микроба чумы, исходя из значений частот аллелей локусов. С увеличением числа MLVA типированных штаммов микроба чумы, выделенных в этом очаге, можно ожидать увеличения возможностей для прогнозирования их свойств по значениям тандемных повторов в локусах, имеющих диагностическую ценность.