Написание научных статей для биомедицинского журнала

Полный текст

Введение

Научные данные должны быть не только собраны и описаны, но и интерпретированы, объяснены и опубликованы. В настоящей редакционной статье будут рассмотрены ключевые аспекты написания научной статьи, направления в журнал и последующего прохождения статьи вплоть до публикации. Дополнительно будут рассмотрены такие взаимосвязанные темы, как наукометрия и альтметрика, хищнические журналы и плагиат. Статья основана на лекции «How to write a scientific article and how to interact with editors and reviewers. A Personal Experience of the Author/Reviewer/Editor» и на моем многолетнем опыте автора, рецензента и редактора междисциплинарных и специализированных журналов в области инфекционной микробиологии и эволюционной генетики.

Выбор журнала и метрики

Если журнал медицинский, следует предоставить больше медицинских данных и продемонстрировать бóльшую медицинскую значимость работы. Следует учитывать объем и уровень журнала. Некоторые журналы не принимают описательные статьи, некоторые не принимают (или в исключительных случаях) описания клинических случаев. Краткие сообщения и письма в редакцию иногда легче опубликовать: в печатном номере они оформлены также, как и полноразмерные статьи, а в дополнительном онлайн-материале (если речь о международных журналах) можно дать информацию в виде таблиц, рисунков и текста, которые не войдут в основной текст.

При выборе журнала нужно учитывать как ожидаемое время рассмотрения статьи, так и время от принятия статьи до ее публикации в Интернете (или в печатной версии, если это имеет значение). Некоторые журналы принимают рутинные качественные статьи, даже если новизна и значимость результатов незначительны. Иногда журнал прямо пишет, что новизна необязательна. Однако научные редакторы и рецензенты являются активно работающими опытными исследователями и могут иметь свое представление о том, насколько та или иная рукопись отвечает высоким, по их мнению, требованиям данного журнала.

Следует учесть, если эта информация доступна, какой процент полученных статей отклоняется или принимается к публикации (rejection/acceptance rate) и понимать, что в международных журналах статьи часто отклоняют без рецензирования, если процент принятия составляет < 25% (то есть публикуют 1 из 4 полученных статей). Это не обязательно зависит от физического размера журнала — печатного (количества страниц в номере) или выходящего только онлайн. Некоторые онлайн-журналы (Nature Communications, eLife) придерживаются исключительно высоких стандартов и могут отклонять статьи без рассмотрения, если глобальная значимость, технический уровень и общий интерес недостаточны.

Лучшие журналы рады получать большое количество рукописей. Таким образом они смогут после тщательного рецензирования отобрать лучшие. Выбирая журнал, подумайте о том, что вы думаете и чувствуете по поводу своего исследования и его выводов. Хотите, чтобы ваши работы были известны многим и воспринимались как исследования высокого уровня? Если да, сначала попробуйте лучший журнал.

Оплата автором расходов на публикацию (APC —article processing charges) уже принятой статьи не гарантирует легкий путь рассмотрения, особенно и прежде всего в случае известных издательств хорошего уровня, таких как Frontiers, PLoS или BMC. Немалое число известных международных журналов перешло на гибридный формат, при котором автор статьи имеет выбор типа публикации: или в открытом доступе (optional open access, который должен оплатить сам автор), или классический вариант когда доступ к статье имеют только подписчики. В некоторых журналах взимается плата за подачу статей; обычно небольшая, 50–100 долларов США, которая оплачивается сразу при подаче статьи и не возвращается при ее отклонении.

Существует глобальная тенденция к публикации Open-access, то есть открытого доступа для читателей. Однако расходы на публикацию должны быть оплачены так или иначе, если не издательством, то автором или его организацией. Увеличение размера APC неизбежно связано с глобальным ростом цен. Более того, многие издатели журналов открытого доступа быстро конвертируют свой рост в мировом рейтинге в чрезмерный рост APC.

При выборе журнала нужно подумать и об издательстве, и о том, как оно воспринимается научным сообществом. Общение с более опытными коллегами позволит сделать более точный и информированный выбор. В некоторых издательствах и журналах (MDPI, Hindawi) публиковаться легче, но существуют разногласия относительно качества их рецензирования и особенностей процесса прохождения статей, редакционной практики, а также роли или отсутствия таковой академических (научных) редакторов.

Авторы, опубликовавшие хотя бы одну-две статьи, в которых даны их электронные адреса в открытом доступе, знают о существовании журналов, называемых хищническими (predatory), или, как я их называю, спам-журналов или журналов-сорняков. Эти журналы активно рассылают массовые приглашения потенциальным авторам с предложениями быстрой и недорогой (до 500 евро) публикации. По этому поводу ведется много дискуссий. В частности, существует список журналов, которые имитируют полноценные издания, незначительно меняя их названия [https://www.nature.com/articles/d41586-019-03759-y; https://retractionwatch.com]. Самый простой способ понять реальность журналов — это проверить, присутствуют ли они в Pubmed и каковы их показатели в Web of Science и Scopus.

Подробное обсуждение наукометрии выходит за рамки данной статьи, однако хотелось бы напомнить некоторые основы. Наиболее широко используемым классическим показателем на уровне журнала является импакт-фактор (IF), предоставляемый Web of Science (принадлежит Clarivate Analytics). Двухлетний IF, опубликованный в июне 2023 г., рассчитывался как количество цитирований в 2022 г. статей, опубликованных в 2020–2021 гг., разделенное на количество статей в 2020–2021 гг. Журналы в базах данных включены в одну или несколько тематических категорий. Когда они сортируются по IF внутри категории, это позволяет разделить их на 4 квартиля, где Q1 соответствует 25% лучших журналов. Журнал может относиться к более чем одной категории и находиться в разных квартилях. Например, это может быть первый квартиль по инфекционным заболеваниям и второй квартиль по микробиологии. Лучший способ — проверить различные показатели для конкретного журнала непосредственно в Web of Science или Scopus. Иногда журналы публикуют эту информацию на своем сайте (но она не всегда быстро обновляется). Web of Science публикует свои квартили и IF в конце июня, и именно они должны быть приняты во внимание при подаче годового отчета по проекту в конце года. База данных Scopus, созданная Elsevier (https://www.scopus.com/search/form.uri?display=basic#basic), имеет свои метрики (но не IF), включая квартили: h-Index, CiteScore, SJR (SCImago Journal Rank) и SNIP (source normalized impact per paper), которые можно найти по адресу https://www.scimagojr.com/journalrank.php. Scopus имеет более разнообразные категории по сравнению с WoS, поэтому журнал может быть включен в большее количество категорий и имеет больше шансов получить более высокий Q хотя бы в одной из них. В Scopus входит больше журналов, а это означает, что в него входит множество малозначимых региональных изданий. В результате пороговые значения для Q1 и Q2 гораздо ниже, и журнал, включенный в Q3 в WoS, вполне может оказаться в Q1 в Scopus. При поиске этих метрик лучше не проверять Q и IF с помощью глобального поиска (Google, Baidu или Яндекс). Это может привести к неофициальным сайтам (ResearchGate, Resurchify и т. д.) или получению устаревшей информации. Некоторые грантодатели проводят свою оценку на основе Q WoS, другие не делают разницы между WoS и Scopus. Некоторые журналы, публикуемые хорошими издателями, есть в WoS и Scopus, имеют приемлемый IF (~2), но их нет в Pubmed. Это, на мой взгляд, означает меньшую видимость таких журналов и является недостатком. Несмотря на разногласия по поводу показателей и того, насколько они должны или нет влиять на оценку успешности научных сотрудников и научных проектов, высокий IF журнала означает: (i) большой поток получаемых статей и большое количество отказов, (ii) более тщательное и жесткое рецензирование и (iii) более высокую оценку уровня вашей статьи (если она будет принята) вами и вашими коллегами. В дополнение к классической наукометрии научных и научных публикаций, существует понятие альтметрики (альтернативной метрики https://en.wikipedia.org/wiki/Altmetrics), которая представляет нетрадиционный библиометрический подход, дополняющий более традиционные метрики цитирования, такие как импакт-фактор и индекс Хирша. Термин «альтметрика» был предложен в 2010 году как обобщение показателей качества статьи. Альтметрика рассчитывает значимость опубликованной статьи на основе различных онлайн-источников, таких как социальные сети, средства массовой информации, онлайн-менеджеры ссылок и т. д. Автор может проверить свою статью на сайте журнала и обновить ее альтметрику самостоятельно: послать в журнал ссылку на онлайн-цитирование в новостных СМИ (включая упоминания не только на английском, но и на родном языке), чтобы обновить альтметрику своей статьи. С другой стороны, упоминания в социальных сетях, новостях и т. п. сложно сравнивать и оценивать объективно, так как зачастую речь идет не о профессиональной научной среде.

Завершая раздел о выборе журнала, отмечу, что публикация автором большинства статей в одном и том же журнале создает впечатление особых отношений с этим журналом, особенно если он издается учреждением автора. В этом смысле напрашивается мысль, что статья рутинная и не выдающаяся и не могла быть опубликована где-либо еще, а автор выбрал простой способ публикации, пойдя по пути наименьшего сопротивления. То же самое касается публикации всех или почти всех статей в разных журналах в одном и том же достаточно простом для публикации издательстве открытого доступа, для которого характерна высокая скорость не всегда качественного и формального рецензирования (не буду давать его название, но коллеги в России и за рубежом знают о чем речь). Проактивный стиль общения с авторами в прошлом приводил к попаданию этого издательства в список хищнических журналов.

Написание статьи

Как правило, научная статья основана на результатах исследования, реализованного в соответствии с проектом. Проект должен быть хорошо спланирован, а ожидаемые результаты — значимыми и интересными. В действительности некоторые эксперименты могут потерпеть неудачу или дать неожиданные «неправильные» результаты, некоторые идеи могут оказаться ложными, начиная с основной идеи проекта. Тем не менее, проявив старание и воображение, обычно можно извлечь смысл и из ограниченных данных. В настоящее время английский язык является международным языком науки. Чтобы свободно выражать свои идеи, необходимо как знание предмета, так и знание языка. Как и в изучении языка, лучшим способом обучения является сочетание пассивного и активного обучения, то есть чтения (чужих статей) и написания (своих). Хороший английский язык не является обязательным, но желательным, в противном случае можно обратиться в компанию по языковому редактированию. Примерами некоторых бесплатных онлайн-инструментов, которые можно использовать для проверки мелких ошибок, являются Grammarly и AJE — среднего качества и бесплатные.

Недавняя разработка — использование инструментов искусственного интеллекта (ИИ) для редактирования статей, например ChatGPT (https://gpt-chatbot.ru/chat-gpt-ot-openai-dlya-generacii-teksta). В этой связи международные издательства в настоящее время находятся в процессе формулирования правил и ограничений на использование ИИ. Ниже я цитирую сокращенную выдержку из публикации «Использование ИИ и ИИ-технологий в научном письме» (The Use of AI and AI-assisted Technologies in Scientific Writing): «ИИ и ИИ-технологии в процессе должны использоваться только для улучшения читаемости и языка работы. Авторам следует внимательно редактировать результат, поскольку ИИ может генерировать неправильные формулировки, которые могут быть неполными или предвзятыми. Авторы несут полную ответственность за содержание и должны задекларировать в своей рукописи использование искусственного интеллекта и технологий, поддерживаемых искусственным интеллектом, если таковое имело место. Авторы не должны указывать ИИ в качестве соавтора, а также ссылаться на ИИ в качестве автора. Авторство подразумевает ответственность».

До начала написания статьи, по моему опыту, наиболее рационально заранее подготовить всю информацию: таблицы, рисунки и расчеты, составить план всей статьи и ее разделов. Пример генератора структуры статьи: https://www.taskade.com/generate/content/article-outline. Возможно, будет полезно записывать всевозможные идеи и мысли, возникающие в процессе анализа данных. Когда все будет готово, ничто не должно помешать вам сесть перед компьютером и начать писать.

Хотя подтверждающие исследования не запрещены и публикуемы, новизна является важным моментом. До написания собственной статьи необходимо сделать поиск в базах данных на предмет выявления похожих статей по методологии, выборке исследования и т. д. Это как минимум необходимо чтобы отдать должное предыдущим работам в данной области. Не будьте слишком скромными, но и не слишком преувеличивайте свои выводы, не игнорируйте предыдущие работы, выполненные другими исследователями.

Выбрав журнал, необходимо внимательно прочитать правила для авторов и оформить свою статью согласно структуре конкретного журнала в том числе соблюдая правила цитирования и стиль оформления списка литературы. Как минимум, необходимо посмотреть в качестве примера любую недавнюю статью. Иногда раздел «Методы» необходимо разместить в конце рукописи. При повторной подаче в новый журнал обратите внимание на его правила и отредактируйте структуру статьи соответственно.

Название читают в первую очередь (редакторы, рецензенты, читатели), и оно может, а иногда и должно быть интересным и оригинальным, если вы считаете, что ваши результаты экстраординарны и необычны. Хотя название может быть и нейтральным и чисто описательным. Несмотря на рекомендации некоторых коллег, я бы не советовал использовать слишком общее название. В качестве антипримера можно привести название недавно встреченной мной работы «Популяционная структура M. tuberculosis», при том что содержание было очень конкретным и посвящено генотипированию клинических изолятов M. tuberculosis в одной из российских областей.

Ниже приведены несколько примеров того как было или могло бы быть улучшено название статьи. Название «Phylogenetic reconstruction within Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in northwestern Russia» [doi: 10. 1016/s0923-2508(02)01374-8] можно было бы сделать более общим, исключив «северо-западный», учитывая что статья была направлена в международный журнал, для которого в данном случае не имело значения, в какой части России было проведено исследование.

Публикация «Detection of embB306 mutations in ethambutol-susceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis: implications for genotypic resistance testing» [doi: 10.1128/JCM.40.10.3810-3813.2002] была одной из наших первых статей в международных журналах. Ключевой и необычной находкой было обнаружение мутаций устойчивости к этамбутолу в чувствительных штаммах. Хотя название опубликованной статьи было правильным, добавление одного слова («Unusual») в самом начале названия статьи привлекло бы еще больший интерес со стороны читателей.

Следующий пример (такое название статьи было первоначально предложено соавторами): «Differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains from Western-Siberian and Northern-West regions of Russia using polymorphic VNTR loci». В новой редакции оно стало более общим и кратким, с более четким выделением основного вывода: «Efficient differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains from Russia using polymorphic VNTR loci» [doi: 10.1007/s10654-005-3636-5].

Другими примерами «интересных», отчасти преувеличенных названий являются следующие: «Bottlenecks and broomsticks: the molecular evolution of M. bovis» [doi: 10.1038/nrmicro1472]; «Myths and misconceptions: the origin and evolution of M. tuberculosis» [doi: 10.1038/nrmicro2165]; «On sunspots, click science and molecular iconography» [doi: 10.1016/j.tube.2018.04.004]. Недавно я встретил статью в названии которой сделана отсылка к популярному кино и фэнтези «When Voldemort Meets Sauron: Treatment Considerations for Emerging Dual-Carbapenemase-Producing Extensively Drug-Resistant Pseudomonas aeruginosa» [doi: 10.1128/aac.00475-23].

Проект и статья не обязательно должны давать окончательный ответ на все вопросы, но могут ставить новые вопросы, поэтому заголовок может заканчиваться знаком вопроса, например: «Does M. tuberculosis genomic diversity explain disease diversity?» [doi: 10.1016/j.ddmec.2010.09.004].

Однако в большинстве случаев заголовки носят описательный характер (Molecular characterisation of M. tuberculosis in Papua New Guinea [doi: 10.1186/s12866-014-0307-2]. Некоторые авторы формулируют в заголовке основные выводы: «Whole-genome sequencing of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains identifies compensatory mutations in RNA polymerase genes» [doi: 10.1038/ng.1038]; «Human T cell epitopes of Mycobacterium tuberculosis are evolutionarily hyperconserved» [doi: 10.1038/ng.590].

В то же время одна из наиболее основополагающих статей была краткой и простой (гениальной) как по содержанию так и по названию: «A structure for Deoxyribose Nucleic Acid» Джона Уотсона и Фрэнсиса Крика [https://www.nature.com/articles/171737a0]. Фактически это было письмо редактору объемом чуть больше одной страницы, но его последствия трудно переоценить. В 1962 году Нобелевская премия по физиологии и медицине была присуждена Дж. Уотсону, Ф. Крику и М. Уилкинсу «за открытия, касающиеся молекулярной структуры нуклеиновых кислот и ее значения для передачи информации в живом материале». В 1968 году была опубликована книга Дж.Д. Уотсона «Двойная спираль», представляющая собой, на мой взгляд, увлекательный личный рассказ об истории открытия структуры ДНК [http://library.cshl. edu/naturalbestseller], переведенный на многие языки, в том числе и на русский (https://www.chem.msu.ru/rus/books/watson/welcome.html).

Помимо названия, правильное написание имен авторов является техническим, но критическим моментом, поскольку эти имена будут указаны в справочных источниках и базах данных, и следует избегать путаницы в именах и фамилиях. В международных журналах практически всегда используется порядок — сначала Имя (Имя Отчество), потом Фамилия (а не казенно-бюрократический формат Фамилия Имя Отчество, при котором Толстой Лев Николаевич превратится в T.L. Nikolaevich в базе Pubmed).

Наряду с названием, именами и аффилиацией авторов на титульном листе рукописи также должны указаны авторы для переписки. Важно заранее проверить, сколько авторов для переписки разрешает данный журнал. Некоторые журналы допускают не более двух или даже только одного. Некоторые российские журналы как правило дают информацию по одному автору для переписки. Но не возражают, если попросить, добавить второго автора для переписки. В любом случае только один автор ведет фактическую переписку с редакцией и именно его задачей является решение таких технических вопросов. То же касается и так называемых соавторов с равным вкладом (equal contribution; в данном случае, речь не о российских, а международных журналах). Это часто связано с тем, что аспиранты должны иметь определенное количество статей в качестве первого автора. Действительно существенный вклад в эксперименты могли внести не один, а два или три аспиранта, которые могут обосновано претендовать по крайней мере на техническое обозначение «первого автора». Конечно фактически только один человек находится на первом месте в списке соавторов. Хотя корреспондирующий автор (возможно, что это молодой ученый, который и выполнил большую часть работы и написал статью) является основным лицом, ответственным за написание статьи, от старших коллег также ожидается и желательна помощь, и не только формальным советом по исправлению опечаток, но и содержательными идеями по интерпретации результатов.

Вышеперечисленная информация (название статьи, список соавторов и их аффилиации, информация об авторе для переписки) размещается на первой (титульной) странице.

На второй странице основного файла рукописи приводится резюме (аннотация) статьи. Всегда полезно сразу кратко и логично представить читателю (и прежде всего первому читателю — редактору или рецензенту) ваше исследование: новизну и интерес, его не рутинный и нестандартный характер или значимость темы в целом. Некоторые журналы требуют структурированной аннотации: введение, методы, результаты, выводы. Некоторые журналы требуют начинать с предложения о цели («Целью данного исследования было…»).

Первое предложение должно быть как общим, так и конкретным, интересным и привлекающим внимание. Чрезмерно общая фраза нежелательна если речь идет о конкретном исследовании. Я не думаю, что начинать аннотацию фразой «Туберкулез является серьезной проблемой во всем мире» хорошая идея, если только статья действительно не посвящена глобальной ситуации с туберкулезом. Аннотация должна заканчиваться каким-либо выводом, а не просто повторять (другими или почти теми же словами) полученные результаты.

В аннотации (и в основном тексте) особенно важно логически связывать предложения, используя соответствующие слова-связки, такие как «в этом смысле», «в этом контексте», «в этой связи», «следовательно», «таким образом» и т. д. При этом, если автор пишет «в этой связи», такая связь между фразами действительно должна быть. Нередко статья пишется на русском, а потом переводится автоматическим переводчиком на английский. При этом некоторые русский вводные или связующие слова переводятся на английский буквально и неправильно. Очень часто по-русски начинают фразу со слова «Так» («Так, на 14 день во всех группах преимущественно проявлялось экссудативное повреждение»). Автоматически «так» переводится «thus», что неправильно, так как thus значит «таким образом».

При стандартном оформлении статьи для международного журнала, основной текст начинается на 3 странице и первым разделом обычно является «Введение» (Introduction), которое должно начинаться с вводной фразы, в которой дана краткая и актуальная информация относительно предмета исследования и конкретной темы. Далее на 1–2 страницах необходимо представить более развернуто и логично информацию о причинах исследования, его значимости и состоянии исследований в данной области. Следует иметь в виду, что статья не является магистерской/кандидатской диссертацией, и «Введение» не должно быть повторением длинного обзора литературы. Когда автор пишет об актуальности, речь идет об актуальности данного конкретного исследования, а не всей обширной области науки. Необходимо обратить внимание на корректное цитирование и краткое обсуждение как выдающихся классических работ, так и актуальных статей в данной области. Это этично и справедливо и не умаляет важности и интереса представляемой работы.

Раздел «Материалы и методы» не должен представлять собой пространное описание известных методик (еще раз повторю, что научная статья — это не диплом или диссертация). Совершенно нет необходимости переписывать абзацы из технических руководств. Ссылки на опубликованные методы достаточны, а подробное описание нужно только для авторских модификаций известных методов. Подробная техническая информация может быть включена в дополнительный файл, который может быть размещен как онлайн-дополнение к основной статье (как правило, международные журналы дают такую возможность). Также обязательно написать, что все исходные необработанные данные (например геномные последовательности) были депонированы в общедоступные базы данных, и привести номер доступа. Это должно быть сделано до направления статьи в журнал.

Этическое одобрение исследования необходимо в случае экспериментов с людьми (в этом случае необходимо отдельное упоминание наличия письменного информированного согласия) или животными, или при работе с биологически или химически опасными соединениями, с генетически модифицированными организмами и т. п. Фраза про этическое одобрение (включая дату и номер протокола и местонахождение Совета по этике) может быть приведена в «Материалах и методах» и/или в конце основного текста в разделе «Декларации».

Раздел «Результаты» (иногда объединенный раздел «Результаты и обсуждение») является наиболее важной частью рукописи. Результаты должны быть представлены во всех необходимых (но не чрезмерных) подробностях, а в Приложении (если таковое допускается журналом) можно дать дополнительную расширенную информация, например описание всех образцов, штаммов, пациентов (все личные данные должны быть анонимизированы/скрыты). В то же время текст не должен детально пересказывать информацию, представленную в таблицах и рисунках. Многие исследования по определению носят описательный характер, и в тексте должно быть представлено самое существенное. Однако «Результатами» не могут быть один или два абзаца текста и 10 таблиц/рисунков. Простые рисунки хотя и наглядны, но подходят для слайдовой презентации, но не для статьи. Однажды я видел опубликованную статью с 10 дендрограммами с почти одинаковыми подписями примерно такого содержания: «Кластерный анализ лекарственно-устойчивых штаммов на основе 15-локусного VNTR-типирования». Подписи отличались количеством локусов VNTR (12, 15 или 19) и особенностями штаммов — штаммы генотипа Beijing, non-Beijing, устойчивые к одному, другому или третьему антибиотику. В статье полностью отсутствовало обсуждение дендрограмм, а сами они были использованы только для подсчета кластеров (ветвей) и количества кластеризованных и уникальных штаммов и расчета индекса разнообразия. Подобная информацию могла и должна была быть отражена в таблице.

Избегайте длинных, описательных и трудночитаемых предложений. Если в таблице много информации, не просто повторяйте ее в тексте, а старайтесь составлять краткие и обобщающие предложения. Следует избегать огромного количества простых цифр. Статья не является презентацией. Действительно, некоторая информация лучше воспринимается в виде цифр, но статьи должны быть краткими, в отличие от презентации, где цифры должны сразу привлекать внимание и их можно легко интерпретировать. Вместо этого рисунок в статье должен содержать достаточно информации, чтобы читатель мог спокойно изучить его содержание.

Обсуждение должно начинаться с общего предложения или абзаца, чтобы напомнить читателю контекст, важность и новизну исследования. Информация, уже представленная в разделе «Результаты», таблицах и рисунках, не должна повторяться одинаковыми длинными предложениями и напротив, уместно представить анализ всей совокупности данных, как полученных в рамках исследования, так и в контексте имеющихся знаний. В разделе «Обсуждение» можно объединить различные части вашего исследования, например, результаты различных анализов, проведенных на штаммах или химических соединениях, например исследование в экспериментальной модели на животных, и сделать общий вывод. Вы можете (скорее, должны) дополнить свои выводы результатами других исследований, и не бойтесь, если ваши результаты противоречат предыдущим результатам. Нередкий вывод о том, что полученные результаты «согласуются» с предыдущими исследованиями, подчеркивает обычность и рутинность работы. Подведите итоги предыдущих исследований, постарайтесь найти общие тенденции и закономерности в многочисленных, а иногда и хаотичных данных, а не просто пересказывайте предыдущие исследования одно за другим.

Если «Обсуждение» будет слишком длинным, при необходимости его можно сократить, если этого потребуют редактор или рецензент.

Параграф об ограничениях (Limitations) рекомендуется в любом случае и должен быть помещен в конце «Обсуждения». Примерами ограничений являются недостаточно большая выборка, недостаточно дискриминирующий метод типирования, отсутствие определенной и важной информации о пациентах и т. д. В то же время не стоит описывать эти ограничения слишком подробно, иначе рецензент может посчитать их существенными и критическими и предложит отклонить статью. Рассмотрите объективно ограничения вашего и других исследований и то, как эти ограничения могли повлиять на выводы. Критическая оценка собственных и ранее опубликованных данных чрезвычайно важна.

Раздел «Выводы» («Заключение») полезен, но не всегда обязателен и не все журналы его требуют. По сути, он представляет собой краткое изложение и содержит основные результаты и выводы вашего исследования, а также может упоминать о будущих исследованиях в качестве продолжения вашего. Фраза о перспективе также может быть непрямым ответом на вопрос рецензента, почему вы не провели какие-то эксперименты — потому что они выходят за рамки конкретной цели вашей текущей статьи и планируются в будущем как новое самостоятельное исследование.

Редактируйте внимательно язык (грамматику и орфографию), хотя бы с помощью Word Checker. Нумерация страниц важна (о ней часто забывают), также часто требуется нумерация строк (читайте «Правила для авторов»).

Список литературы. Следуйте стилю конкретного журнала. Приводите ссылки, которые вы реально использовали или, по крайней мере, теоретически могли прочитать. Чтение английской аннотации в Pubmed недостаточно. Если вы не знаете французского, немецкого или японского языка, не цитируйте подобные статьи. Некоторые журналы не требуют следовать их стилю при первом направлении статьи (это будет необходимо только в случае ревизии), но все же желательно сразу оформить список литературы в одном стиле, это производит хорошее впечатление на рецензентов.

Некоторые статьи представляют собой объединение результатов различных проектов в разных областях науки. Как следствие, разные соавторы описывают и отчасти обсуждают свои разделы, которые далее должны быть обобщены основным автором. Всем соавторам следует тщательно подготовить свои результаты, обращая внимание даже на мелкие детали, например подписи к рисункам и сами рисунки и таблицы. В этом смысле взаимодействие между соавторами важно для успешного анализа данных и написания статьи. Однако я бы посоветовал избегать длительных дискуссий о мелочах, простых фразах или словосочетаниях, и сосредоточиться на существенном.

Несколько слов о плагиате (который неприемлем, недопустим и позорен). При этом проблема плагиата не ограничивается наукой. Вот стихотворение «Отзыв на пьесу» анонимного автора: «Хвалю я пьесу вашу, сэр, особенно вторую часть. Но почему бы, например, Вам и начало не украсть [https://www.poetrynook.com/poem/living-author] (перевод С. Маршака).

Американское микробиологическое общество определяет плагиат следующим образом: «Незаконное присваивание интеллектуальной собственности другого человека представляет собой плагиат. Сюда входит дословное (или почти дословное) копирование предложений или абзацев из чужой работы, даже если в ссылках цитируется оригинальная работа. Плагиат не ограничивается текстом; он может включать любую часть рукописей, в том числе рисунки и таблицы, материалы которых скопированы из другой публикации без разрешения и указаний автора» [http://jcm.asm.org/site/misc/journal-ita_edi.xhtml#02]. Также следует помнить, что копипаст даже собственной опубликованной статьи, называется плагиатом.

В случае точного копирования чужого текста простой ссылки недостаточно, необходимо использовать кавычки, однако составлять дискуссию из нескольких абзацев, заключенных в кавычки, было бы абсурдно и просто невозможно. Хотя это сейчас обсуждается на некоторых научных форумах.

Разрешение на перепечатку. Воспроизведение рисунка из другой статьи (даже своей), помимо обязательного цитирования первоисточника (в подписи к рисунку), требует и получения разрешения от издателя журнала, которому принадлежат авторские права. Во многих журналах при публикации статьи автор передает авторские права издателю (в журналах открытого доступа авторы сохраняют свои авторские права). Простой ссылки на опубликованную работу недостаточно, и ее всегда следует дополнять словами «перепечатано с разрешения» («reprinted with permission»). Некоторые журналы просят авторов получить такое разрешение, что обычно просто и бесплатно (особенно если вы повторно публикуете рисунок из своей собственной статьи). В случае крупных международных издательств процесс автоматизирован и нет необходимости писать письмо в журнал или издательство, чтобы получить разрешение о перепечатке. Например, откройте статью, которая вас интересует, нажмите «Tools» и выберите «Request Permission». Или откройте статью и нажмите «Get rights and content» и далее заполните электронную форму запроса. Эти формальные детали зависят от сайта издателя. Несколько примеров корректных подписей к перепечатываемым рисункам: «Reproduced with permission from Smith et al. (2007), Copyright Wiley-VCH»; или «Reprinted from ref. [15] by permission of Elsevier^© 2009».

После направления статьи в журнал (обычно через онлайн-систему) она получает статус «отправлена в журнал» или «техническая проверка» («submitted to journal» или «technical check»). Будьте готовы к тому, что сотрудники журнала могут ответить вам и попросить сделать некоторые формальные и технические разъяснения или поправки. Иногда вы действительно могли не упомянуть некоторую важную информацию, например об этическом одобрении, о доступности данных.

Декларации требуются для всех журналов и включают различную дополнительную информацию, такую как конфликт интересов (COI), этическое одобрение, вклад авторов (неформальный или более формально сформулированный с использованием терминологии CRediT (Contributor Roles Taxonomy; https://www.elsevier.com/researcher/author/policies-and-guidelines/credit-author-statement) и доступность данных.

Препринты. Серверы препринтов — это онлайн-архивы или репозитории, содержащие работы или данные статей, которые еще не прошли рецензирование и не приняты для публикации традиционными академическими журналами. Размещение статьи на таком ресурсе (до или в процессе рассмотрения статьи в научном журнале) может быть полезно: 1) для улучшения статьи, если ее прочитают и прокомментируют другие эксперты; 2) обозначения приоритета автора в данной области; 3) лучшей «продажи» статьи в научный журнал. Имеется в виду, что если статья была отклонена одним журналом, другие журналы (которые отслеживают появление новых работ на препринт-серверах) могут заинтересоваться и пригласить направить им эту статью. Однако по крайней мере некоторые научные фонды (например, РНФ) не считают препринты настоящей публикацией, поскольку они еще не прошли рецензирование, и, следовательно, их нельзя включать в отчет.

Направление статьи в журнал

Необходимо внимательно следовать инструкциям конкретного журнала и оформить все документы и файлы соответственно. Набор требуемых документов может различаться, но сопроводительное письмо обязательно практически во всех случаях. Такое письмо может быть достаточно длинным (до 1 страницы) или кратким (2–3 предложения) в части описания проведенного исследования. Также можно выделить некоторые важные особые моменты: например упомянуть, что первый автор является аспирантом или докторантом и что вы были бы благодарны за более быстрое рецензирование. Также можно кратко и емко подчеркнуть значимость основных ключевых выводов. В сопроводительном письме можно привести список потенциальных рецензентов или, напротив, привести список экспертов, которые, по вашему мнению, не смогут объективно оценить вашу статью по какой-либо причине (сходные конкурирующие проекты, личные причины).

В списке рекомендуемых рецензентов не указывайте всех возможных рецензентов из вашей страны или города или, тем более, института. Даже если все они являются профильными экспертами, они могут не быть независимыми и могут быть вам известны (часто так и есть). Не рекомендуется включать в число возможных рецензентов ваших недавних соавторов. Лично я, будучи редактором, редко приглашаю рекомендованных рецензентов при рассылке первых приглашений на рецензирование. Рецензентов, рекомендованных авторами, я приглашаю только после того, как другие приглашенные рецензенты не ответили.

Решение редакции и рецензии

Большинство журналов имеет онлайн-платформу, через которую авторы могут направить статью и отслеживать ее статус. Направленные в журнал статьи имеют информацию о статусе, например: Submitted, Quality check, With Editor, Under review, Decision pending (all reviews received). Статья может быть помечена как «У редактора», но дата может меняться, например сначала статья у главного редактора, а через несколько дней была передана заместителю главного редактора. Если этот статус не изменится в течение нескольких недель, вы можете написать в журнал и выразить обеспокоенность тем, что ваша статья все еще не находится на рецензировании.

Разные журналы (даже в рамках одного и того же издательства) используют разные слова для определения статуса. Некоторые журналы считают справедливым предоставлять подробную информацию, другие журналы сразу после подачи помечают статью как «На рассмотрении» (Under review), поэтому автор не может следить за изменением ее статуса. Существуют разные точки зрения на то, насколько прозрачными должны быть журналы в этом смысле, однако я бы предпочел, чтобы авторы были в курсе всех конкретных этапов работы журнала.

В целом, через 6–8 недель ожидания (если ваша статья находится на рецензировании) можно напомнить журналу и попросить сообщить обновленную информацию и узнать, когда ожидается решение по статье. Следует иметь в виду, что хотя сотрудники редакции могут быть штатными оплачиваемыми сотрудниками издательства, сам главный редактор и члены редакционного совета (также возможно занимающиеся вашей статьей) являются, прежде всего, учеными и имеют собственную работу. Направление статьи в журнал в июле-августе требует особенного терпения от авторов. Журналы не могут (и не должны) сразу принимать статьи в том виде, в каком они были направлены в журнал, критические комментарии рецензентов обязательны, а два рецензента — необходимое количество, хотя решение по некоторым статьям может быть принято на основании только одной, но подробной рецензии. Поиск рецензентов зачастую представляет собой сложную задачу, даже если использовать различные инструменты поиска, реализованные в системе онлайн-журналов.

Не следует слишком расстраиваться из-за отказа или существенной ревизии (major revision). Первое впечатление может быть (частично) ошибочным. Если вы не понимаете комментарии, вы можете написать непосредственно в редакцию. Вполне возможно, что разные рецензенты высказали противоположные пожелания (расширить или сократить статью), а редактор не сформулировал свое мнение. В этом случае необходимо написать главному редактору и уточнить какой вариант ревизии он считает предпочтительным.

Письмо редакции обычно основано на шаблонах, все более и более сложных, но все же шаблонах. Не воспринимайте их содержание слишком буквально. Немедленный отказ без рецензирования (в случае журналов с очень высоким процентом отклонения) неприятен, но он также полезен, поскольку автор не тратит время на длительное ожидание решения и может сразу послать статью в следующий журнал. У влиятельных журналов очень низкий процент принятия — 10–15%. При подаче в такой журнал имеет смысл адекватно оценить уровень вашей статьи и стоит ли тратить даже 2–3 недели на получение отказа без рецензии.

Ревизия

Переработка (даже незначительная) требует тщательной правки с учетом всех замечаний рецензентов и редакторов. Могут потребоваться дополнительные эксперименты, и в таком случае автору следует попросить о продлении срока ревизии, если такие эксперименты отнимают много времени. Кроме того, в некоторых случаях большую часть текста приходится переписывать, и может потребоваться значительная правка английского языка.

С одной стороны, доработка должна быть сделана быстро (в течение 2–3 недель). Иногда это требует журнал: если статью направляют на повторное рецензирование, это удобнее для рецензента, который хорошо помнит ее содержание и может быстро высказать свое мнение по исправленной версии.

С другой стороны, крайнее нежелательно отправлять в журнал исправленную версию статьи в течение 1–2 дней, если редактор ясно написал, что исправление является существенным, и рекомендовал не торопиться. Подобная спешка автора вызывает негативное восприятие редактора, поскольку качественная и значительная доработка просто не может быть выполнена в столь сжатые сроки. В исключительных случаях спешка авторов оправдана (например, сроки подачи отчетов по гранту, защита диссертации или диплома), и тогда это нужно это четко и прямо объяснить в сопроводительном письме и/или личном письме редактору.

Рекомендуется рассматривать все комментарии тщательно и не формально. Если рецензент рекомендовал процитировать ту или иную статью, это не обязательно означает, что это его собственная статья. В любом случае это не означает, что рецензент будет рад, если вы просто добавите ссылку на эти статьи где-нибудь в тексте без каких-либо дополнительных обсуждений. Напротив, вновь добавленные ссылки должны быть помещены в контекст и включены в обсуждение.

Помимо тщательного редактирования текста, вы должны предоставить рецензентам развернутые и конкретные ответы на все вопросы и критические замечания. Статья может быть отправлена на повторное рецензирование. Рецензенты не любят короткие ответы на свои длинные комментарии. Ответы должны быть подробными, ясными и точными; следует всеми средствами избегать расплывчатого и непонятного языка политиков и чиновников. Также желательно для каждого ответа указывать номер конкретной страницы и строки в исправленной версии. Даже если рецензент или редактор не сверит это с исправленным текстом, это свидетельствует об аккуратности автора. Не пишите непосредственно в статье или в ответе на вопрос рецензента, что так «делали или писали другие авторы в опубликованных статьях»; такой ответ неприемлем, так как в данном случае речь именно о вашей статье. Если вы возражаете, тщательно объясните прочему вы не согласны с рецензентом. Есть вежливый способ написать: «При всем уважении к рецензенту, мы позволим себе не согласиться с высказанным замечанием» («We respectfully disagree with reviewer»). Ответ на замечание рецензента, что «автор принимает данное замечание» или «данное замечание принимается автором», звучит, на мой взгляд, достаточно высокомерно и лично у меня вызывает только раздражение. Автор (безотносительно его научного уровня и/или административного веса) должен ясно понимать, что, хотя рецензирование и называется peer-review (peer — равный), автор и рецензент не находятся в равной позиции. Фактически, автор выступает в роли подсудимого, рецензент — в роли обвинителя, а редактор в роли судьи (но и прокурора, если он разбирается в тематике статьи и также может выступить ее рецензентом).

Некоторые журналы запрашивают переработанную рукопись с отслеживанием изменений (manuscript with trach changes), чтобы точно и объективно увидеть, как вы ее изменили. Вы можете либо воспользоваться функцией Word «Сравнить две версии и выделить изменения» (но иногда такую рукопись с абсолютно всеми изменениями тяжело читать), либо просто отметить цветом все изменения, внесенные в ответ на комментарии рецензентов.

На завершающем этапе направления статьи онлайн, прежде чем нажать «Approve submission» (одобрить отправку), следует тщательно перепроверить объединенный файл PDF, чтобы убедиться, что не произошло искажений текста при конвертации исходных файлов. Например, могут остаться какие-то следы редактирования, или может возникнуть проблема с конвертацией символов, или в сопроводительном письме может быть включен показ исправлений.

Повторная подача в новый журнал

Если статья отклонена, она может быть повторно отправлена в другой журнал. Многие авторы предпочитают немедленно повторно отправить те же файлы. Это имеет смысл, если статья была отклонена без рецензирования. Однако, если статья была отклонена после рецензирования, следует принять во внимание критику, высказанную предыдущими рецензентами. Новые рецензенты могут сделать те же замечания. По сути, статья может попасть к тем же рецензентам, особенно в случае очень узкоспециальной области исследования.

Никогда не отправляйте одну и ту же статью в разные журналы одновременно! Во-первых, это запрещено, во-вторых, статья может оказаться в руках одного и того же редактора или рецензента, который сообщит о таком неправомерном поведении автора, и статья будет сразу отклонена обоими журналами, а автор, возможно, будет внесен в черный список обоих издательств. Крупные издательства сейчас проверяют получаемые статьи не только на плагиат содержания полного текста, но и на дублирование названия.

Исследование может быть хорошим, но тема (например, микроб) «непопулярна», или малоприоритетна. Результатом может быть многократное отклонение статьи даже при наличии незначительных замечаний рецензентов. Наша статья в начале 2000-х годов по новому методу генотипирования Corynebacterium diphtheriae [doi: 10.1002/biot.200700035] была отклонена 4 раза, несмотря на то что критики было мало или замечаний не было вообще. Статья все-таки была опубликована в новом (на тот момент) журнале, но позже была процитирована в Nature Reviews Microbiology, Nature Reviews Genetics и Lancet Infectious Disease.

Разные замечания

История вашей статьи не заканчивается в день ее публикации. Сразу после выхода статьи онлайн и/или в печатном виде авторы могут постараться привлечь внимание к своим выдающимся результатам, например, размещением ссылки на статью в социальных сетях авторов или их институтов или написанием пресс-релиза и направлением его в научно-популярные СМИ. Даже если это выглядит (и является) нескромной саморекламой, это вероятно высоко ценится вашим учреждением, его ведомством или финансирующим агентством. Писать такие пресс-релизы непросто: текст должен быть кратким, интересным и достаточно понятным для обычных людей, по крайней мере, для ученых, работающих в других областях науки (те, кто работает в той же области, прочитают саму статью). Такие пресс-релизы следует рассылать в средства массовой информации достаточно быстро, за несколько дней до публикации статьи в Интернете, и не позднее чем через 1–3 недели после публикации.

Данная статья не является исчерпывающим руководством по написанию статей и взаимодействию с редакциями научных журналов. Существует множество руководств, более или менее формальных или неформальных. Они отражают опыт и мнения своих авторов и могут отличаться. На мой взгляд, Nature Briefing (https://www.nature.com/nature/articles?type=nature-briefing) — один из наилучших международных ресурсов по коммуникации широкого спектра научных новостей до широкого научного сообщества. В качестве примеров полезных российских веб-ресурсов можно привести PCR.NEWS, Postnauka.org и Biomolecula.ru.

Некоторые интересные статьи по актуальным темам научной коммуникации можно прочитать по этим ссылкам: How to avoid copycat journals https://www.nature.com/articles/d41586-024-02399-1; Watch out for predatory conferences https://www.nature.com/articles/d41586-024-02358-w; The ‘PhD influencers’ https://www.nature.com/articles/d41586-024-02294-9

Конфликт интересов

Автор данной статьи является заместителем главного редактора российского журнала «Инфекция и иммунитет», старшим редактором (Senior Editor) журналов «BMC Microbiology» (Springer Nature) и «Infection, Genetics and Evolution» (Elsevier) и академическим редактором «PLoS One», входит в редакционные советы журналов «International Journal of Mycobacteriology» (Wolters Kluwer), «Biomedical and Biotechnology Research Journal» (Wolters Kluwer) «Pediatric Investigation» (Wiley), и «Acta Microbiologica Bulgarica» (Union of Scientists in Bulgaria), «Disease Biology, Genetics, and Socioecology» (Scilight Press).

Данная статья основана на моей лекции «How to write a scientific article and how to interact with editors and reviewers: Personal Experience of the Author/Reviewer/Editor». Как статья, так и лекция представляет мои личные взгляды на редакционный процесс и основана на моем многолетнем опыте, начиная с 2001 года, в качестве активного автора и рецензента, а с 2008 года — в качестве редактора и старшего редактора в вышеперечисленных журналах. Мои текущие публикации в базе данных Clarivate Web of Science можно посмотреть по этой ссылке: https://www.webofscience.com/wos/author/record/331662.

Любое упоминание конкретных журналов или издательств ни в коем случае не является их рекламой. Все журналы, издательства, веб-сайты приведены только в качестве примеров.

Об авторах

Игорь Владиславович Мокроусов

Автор, ответственный за переписку.
Email: igormokrousov@yahoo.com
ORCID iD: 0000-0001-5924-0576

д.б.н., зав. лабораторией молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики, зам. главного редактора журнала «Инфекция и иммунитет»

Дополнительные файлы