Этиологическая структура внебольничных пневмоний в условиях пандемии новой коронавирусной инфекции в Саратовской области

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Внебольничные пневмонии относятся к полиэтиологическим инфекционным заболеваниям бактериальной или вирусной природы. В большинстве случаев они обусловлены такими возбудителями, как Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzaе, Chlamydophila pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella spp., грамотрицательными палочками, вирусами гриппа А и В, аденовирусами, PC-вирусом, вирусами парагриппа. Однако, несмотря на внедрение в лабораторную практику широкого спектра современных диагностических методов, этиологию заболевания удается установить только в 40–60% случаев. В настоящей статье приведен анализ данных по обнаружению возбудителей внебольничных пневмоний и их маркеров в пробах клинического материала от больных, проходивших лечение в медицинских организациях  г. Саратова и Саратовской области в период с июля по август 2020 г., сопряженный с увеличением количества случаев заболевания новой коронавирусной инфекцией COVID-19. Клинический материал (мазки из ротоглотки, слюна, мокрота, кровь и сыворотка крови) получен от 129 больных и исследован с помощью микробиологических, иммуносерологических и молекулярно-генетических методов. Для исследований применяли транспортные и питательные среды, диагностические препараты, реагенты, диски с антибактериальными препаратами отечественного и зарубежного производства, зарегистрированные на территории Российской Федерации. В результате проведенных исследований у 82 (63,6%) пациентов выявлены маркеры возбудителя COVID-19 (вирусная РНК или специфические антитела классов IgM и/или IgG), при этом в 42% случаев отмечено совпадение результатов ОТ-ПЦР и ИФА. Отмечено преобладание доли тяжелых клинических форм заболевания в группе больных пневмониями, вызванными вирусом SARS-CoV-2 (17,1%), по сравнению с пневмониями другой этиологии (12,8%). Значительных различий в видовом составе сопутствующей микрофлоры и ее чувствительности к антибактериальным препаратам у лиц с маркерами COVID-19 и без таковых не выявлено. При исследовании бактериологическими методами из проб клинического материала большинства больных были выделены S. aureus, K. pneumoniae, S. pneumoniae, M. pneumoniae, Acinetobacter spp., как в монокультуре, так и в ассоциациях. В 49,6% случаев патогенная микрофлора, в том числе возбудители внебольничных пневмоний, не выявлена, что может быть обусловлено приемом антибактериальных препаратов до начала сбора материала на исследование и лечением сопутствующих хронических заболеваний.

Об авторах

С. А. Портенко

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: portenko_sa@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0002-8334-9173

Портенко Светлана Анатольевна - кандидат биологических наук, заведующий отделом диагностики инфекционных болезней.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46.

Тел.: 8 927 223-29-92.

Россия

Е. С. Казакова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0002-8424-3864

Кандидат биологических наук, главный научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней.

Саратов.

Россия

Е. В. Найденова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: katim2003@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6474-3696

Кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней.

Саратов.

Россия

Н. А. Осина

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: davidova_n_work@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-0954-5683

Кандидат биологических наук, заведующий отделом микробиологии.

Саратов.

Россия

М. В. Проскурякова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: proma89@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7171-855X

Научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней.

Саратов.

Россия

А. Д. Катышев

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0002-8260-4670

Младший научный сотрудник отдела микробиологии.

Саратов.

Россия

Е. А. Шаркова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0001-5807-0368

Младший научный отдела диагностики инфекционных болезней сотрудник.

Саратов.

Россия

О. В. Кедрова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0001-7400-8599

Кандидат медицинских наук, ученый секретарь.

Саратов.

Россия

Е. А. Чумачкова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru

Научный сотрудник отдела эпидемиологии.

Саратов.

Россия

М. Р. Шамьюнов

Саратовская городская клиническая больница № 5

Email: gkb5sar@mail.ru

Кандидат медицинских наук, главный врач.

Саратов.

Россия

В. Ф. Харитонова

Саратовская детская инфекционная клиническая больница № 5

Email: sar5dikb@mail.ru

Кандидат медицинских наук, главный врач.

Саратов.

Россия

Л. А. Гурьева

Саратовская городская поликлиника № 2

Email: sekretar@sargp2.ru

Главный врач.

Саратов.

Россия

Н. Ю. Попова

Перинатальный центр

Email: guzpcsar@mail.ru

Кандидат медицинских наук, главный врач.

Саратов.

Россия

Л. В. Максимова

Саратовская городская клиническая больница № 10

Email: lpu10gkb@mail.ru

Кандидат медицинских наук, главный врач ГУЗ Саратовская городская клиническая больница № 10.

Саратов.

Россия

С. А. Бугоркова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0001-7548-4845

Доктор медицинских наук, заведующий отделом иммунологии.

Саратов.

Россия

С. А. Щербакова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0003-1143-4069

Доктор биологических наук., заместитель директора по научной и экспериментальной работе.

Саратов.

Россия

В. В. Кутырев

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@microbe.ru
ORCID iD: 0000-0003-3788-3452

Доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, директор.

Саратов.

Россия

Список литературы

  1. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из клинических проб мокроты больных пневмонией, зарегистрированных в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии коронавируса в мае–июне 2020 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2020. Т. 3. С. 43–49. doi: 10.21055/preprints-3111767
  2. Зырянов С.К., Ченкуров М.С., Ивжиц М.А., Батечко Ю.А., Иванова E.Б., Якунина М.А. Исследование структуры сопутствующих заболеваний и этиологии внебольничной пневмонии у пациентов пожилого и старческого возраста // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 3. С. 242–248. doi: 10.36488/cmac.2020.3.242-248
  3. Катаева Л.В., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б., Бакштановская И.В., Посоюзных О.В., Ташланова В.В., Карпухина Н.Ф., Колотова О.Н., Калашникова Ю.Н., Вакарина А.А. Микробиоценоз нижних дыхательных путей при пневмонии, ассоциированной с SARS-COV-2 [препринт] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-3111755
  4. Мелехина Е.В., Музыка А.Д., Николаева С.В., Горелов А.В., Усенко Д.В., Понежева Ж.Б. Сочетанные респираторные инфекции в период пандемии COVID-19. [препринт] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-3111764
  5. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2019 году по Саратовской области: материалы государственного доклада. Роспотребнадзор: Саратов, 2020. 281 с.
  6. Савинова Т.А., Ильина Е.Н., Сидоренко С.В. Перспективы применения антипневмококковой вакцинации для сдерживания распространения антибактериальной резистентности среди пневмококков // Антибиотики и химиотерапия. 2011. Т. 56. С. 5–6.
  7. Cillóniz C., Dominedò C., Torres A. Multidrug resistant gram-negative bacteria in community-acquired pneumonia. Crit. Care, 2019, vol. 23: 79. doi: 10.1186/s13054-019-2371-3
  8. Hackel M., Lascols C., Bouchillon S., Hilton B., Morgenstern D., Purdy J. Serotype prevalence and antibiotic resistance in Streptococcus pneumoniae clinical isolates among global populations. Vaccine, 2013, vol. 31, pp. 4881–4887. doi: 10.1016/j.vaccine.2013.07.054
  9. Quoc C.H., Phuong T.N.T., Duc H.N., Le T.T., Thu H.T.T., Tuan S.N., Trong L.P. Carbapenemase genes and multidrug resistance of Acinetobacter baumannii: a cross sectional study of patients with pneumonia in Southern Vietnam. Antibiotics (Basel), 2019, vol. 8, no. 3: 148. doi: 10.3390/antibiotics8030148
  10. Rodrigo T.A., Sibila O. The respiratory threat posed by multidrug resistant gramnegative bacteria invited review series: respiratory infections in the Asia-Pacific Region. Respirology, vol. 22, pp. 1288–1299. doi: 10.1111/resp.13115
  11. Song J.H., Huh K., Chung D.R. Community-acquired pneumonia in the Asia-Pacific Region. Semin. Respir. Crit. Care Med., 2016, vol. 37, no. 6, pp. 839–854. doi: 10.1055/s-0036-1592075
  12. Wang L.M., Qiao X.L., Ai L., Zhai J.J., Wang X.X. Isolation of antimicrobial resistant bacteria in upper respiratory tract infections of patients. 3 Biotech, 2016, vol. 6, no. 2: 166. doi: 10.1007/s13205-016-0473-z
  13. Zhou Y., Guo S., He Y., Zuo Q., Liu D., Xiao M., Fan J., Li X. COVID-19 is distinct from SARS-CoV-2-negative community-acquired pneumonia. Front. Cell Infect. Microbiol., 2020, vol. 10: 322. doi: 10.3389/fcimb.2020.00322

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Портенко С.А., Казакова Е.С., Найденова Е.В., Осина Н.А., Проскурякова М.В., Катышев А.Д., Шаркова Е.А., Кедрова О.В., Чумачкова Е.А., Шамьюнов М.Р., Харитонова В.Ф., Гурьева Л.А., Попова Н.Ю., Максимова Л.В., Бугоркова С.А., Щербакова С.А., Кутырев В.В., 2021

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах