Генотипирование клинических изолятов цитомегаловируса, выделенных у реципиентов солидных органов

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цитомегаловирусная инфекция (ЦМВИ) остается одной из главных проблем современного здравоохранения. Она относится к категории социально и экономически значимых инфекций, поражает как детей, так и взрослых, характеризуется полиморфизмом клинических проявлений и многообразием путей и факторов передачи. Серьезной проблемой является заражение цитомегаловирусом (ЦМВ) реципиентов крови и органов. Следует отметить, что несмотря на большую медицинскую и социальную значимость инфекции система эпидемиологического надзора и контроля за ЦМВИ в том виде, в котором она существует применительно к другим актуальным инфекциям, в РФ отсутствует. Цель исследования — провести поиск оптимальных вариантов генотипирования цитомегаловирусов и оценку генотипового разнообразия российских изолятов ЦМВ, выделенных у пациентов, перенесших трансплантацию солидных органов. В статье представлены результаты исследования образцов крови, лейкоцитарной массы, слюны, мочи и слезного отделяемого, взятых у 160 пациентов отделения трансплантологии Приволжского окружного медицинского центра ФМБА в возрасте от 22 до 64 лет, перенесших трансплантацию печени и почек. Для тестирования образцов применялись молекулярно-биологические и серологические методы. Генотипирование проводили путем NGS-секвенирования фрагментов ДНК ЦМВ. Установлена высокая частота выявления ДНК ЦМВ у пациентов, перенесших трансплантацию солидных органов. У 41,8±3,8% пациентов была обнаружена ДНК цитомегаловируса в образцах слюны и мочи, а у 18,1±3,04% из них — в образцах крови. У 98,8±3,2% пациентов диагноз «Цитомегаловирусная инфекция» был подтвержден серологически. По результатам анализа литературы проведена оценка различных методических подходов к генотипированию клинических изолятов ЦМВ. В результате был подобран и апробирован на клинических образцах вариант типирования, основанный на определении генотипов по двум вариабельным генам — UL55 (gB), UL73 (gN). Определены спектры и долевое распределение gB- и gN-генотипов ЦМВ, циркулирующих среди взрослых. Установлено, что в группе пациентов, перенесших трансплантацию солидных органов, превалируют генотипы gB2, gN4c, gN4a и gN1. В некоторых случаях обнаружена смешанная инфекция, обусловленная ассоциацией двух и трех генотипов ЦМВ. Проведенный филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей генов UL55 и UL73 свидетельствует о генетической гетерогенности российских изолятов ЦМВ, выделенных у взрослых пациентов группы риска.

Об авторах

О. Е. Ванькова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: voe0@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-9838-1133

Ванькова Ольга Евгеньевна - старший научный сотрудник лаборатории метагеномики и молекулярной индикации патогенов.

603950, Нижний Новгород, ул. Малая Ямская, 71.

Тел.: 8 920 022-63-80.

Россия

Н. Ф. Бруснигина

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора

Email: nfbrusnigina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4582-5623

Кандидат медицинских наук, заведующая лабораторией метагеномики и молекулярной индикации патогенов.

603950, Нижний Новгород, ул. Малая Ямская, 71.

Россия

Список литературы

  1. Barbi M., Binda S., Caroppo S., Calvario A., Germinario C., Bozzi A., Tanzi M.L., Veronesi L., Mura I., Piana A., Solinas G., Pugni L., Evilaqua G., Mosca F. CMV gB genotypes and outcome of vertical transmission: study on dried blood spots of congenitally infected babies. J. Clin. Virol., 2001, vol. 21, no. 1, pp. 75–79. doi: 10.1016/s1386-6532(00)00188-8
  2. Cannon M.J., Schmid D.S., Hyde T.B. Review of cytomegalovirus seroprevalence and demographic characteristics associated with infection. Rev. Med. Virol., 2010, vol. 20, no. 4, pp. 202–213. doi: 10.1002/rmv.655
  3. Chen H.P., Lin J.C., Yang S.P., Lan Y.C., Weng W.S., Tsai C.H., Ho D.M., Liu C.Y., Cho W.L., Chan Y.J. The type-2 variant of human cytomegalovirus glycoprotein N (gN-2) is not the rarest in the Chinese population of Taiwan: influence of primer design. J. Virol. Methods, 2008, vol. 151, pp. 161–164. doi: 10.1016/j.jviromet.2008.03.018
  4. Chou S.W., Dennison K.M. Analysis of interstrain variation in cytomegalovirus glycoprotein B sequences encoding neutralization related epitopes. J. Infect. Dis., 1991, vol. 163, no. 6, pp. 1229–1234. doi: 10.1093/infdis/163.6.1229
  5. Ciotti M., Cella E., Rittà M., Ciccozzi M., Cavallo R., Perno C.F., Costa C. Cytomegalovirus glycoprotein B genotype distribution in Italian transplant patients. Intervirology, 2017, vol. 60, no. 4, pp. 165–170. doi: 10.1159/000486593
  6. De Albuquerque D.M., Costa S.C. Genotyping of human cytomegalovirus using non-radioactive single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis. J. Virol. Methods., 2003, vol. 9, no. 110 (1), pp. 25–28. doi: 10.1016/s0166-0934(03)00094-6
  7. De Vries J.J., Wessels E., Korver A.M., van der Eijk A.A., Rusman L.G., Kroes A.C., Vossen A.C. Rapid genotyping of cytomegalovirus in dried blood spots by multiplex real-time PCR assays targeting the envelope glycoprotein gB and gH genes. J. Clin. Microbiol., 2012, vol. 50, no. 2, pp. 232–237. doi: 10.1128/JCM.05253-11
  8. Dieamant D.C., Bonon S.H., Peres R.M., Costa C.R., Albuquerque D.M., Miranda E.C., Aranha F.J., Oliveira-Duarte G., Fernandes V.C., De Souza C.A., Costa S.C., Vigorito A.C. Cytomegalovirus (CMV) genotype in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. BMC Infect. Dis., 2013, vol. 10, no. 13: 310. doi: 10.1186/1471-2334-13-310
  9. Görzer I., Guelly С., Trajanoski S., Puchhammer-Stöckl E. Deep sequencing reveals highly complex dynamics of human cytomegalovirus genotypes in transplant patients over time. J. Virol., 2010, vol. 84, no. 14, pp. 7195–7203. doi: 10.1128/JVI.00475-10
  10. Grosjean J., Hantz S., Cotin S., Baclet M.C., Mengelle C., Trapes L., Virey B., Undreiner F., Brosset P., Pasquier C., Denis F., Alain S. Direct genotyping of cytomegalovirus envelope glycoproteins from toddler’s saliva samples. J. Clin. Virol., 2009, vol. 46, no. 4, pp. 43–48. doi: 10.1016/j.jcv.2009.08.018
  11. Khalafkhany D., Makhdoomi K., Taghizadeh Afshari A., Motazakker M. Prevalence and genotype distribution of cytomegalovirus UL55 sequence in renal transplant recipients in north west of Iran. J. Med. Virol., 2016, vol. 88, no. 9, pp. 1622–1627. doi: 10.1002/jmv.24509
  12. Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J., Higgins D.G. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioiformatics, 2007, vol. 23, no. 21, pp. 2947–2948. doi: 10.1093/bioinformatics/btm404
  13. Lisboa L.F., Tong Y., Kumar D., Pang X.L., Asberg A., Hartmann A., Rollag H., Jardine A.G., Pescovitz M.D., Humar A. Analysis and clinical correlation of genetic variation in cytomegalovirus. Transpl. Infect. Dis., 2012, vol. 14, no. 2, pp. 132–140. doi: 10.1111/j.1399-3062.2011.00685.x
  14. Manuel O., Asberg A., Pang X., Rollag H., Emery V.C., Preiksaitis J.K., Kumar D., Pescovitz M.D., Bignamini A.A., Hartmann A., Jardine A.G., Humar A. Impact of genetic polymorphisms in cytomegalovirus glycoprotein B on outcomes in solid-organ transplant recipients with cytomegalovirus disease. Clin. Infect. Dis., 2009, vol. 15, no. 49 (8), pp. 1160–1166. doi: 10.1086/605633
  15. Murthy S., Hayward S., Wheelan S., Forman M.S., Ahn J.H., Pass R.F., Arav-Boger R. Detection of a single identical cytomegalovirus (CMV) strain in recently seroconverted young women. PLoS One, 2011, vol. 10, no. 6 (1), pp. 149–159. doi: 10.1371/journal.pone.001594
  16. Navarro-Rodríguez V., Herrera-Munoz A., Castro A., Ramos-Esquivel A. Risk factors for cytomegalovirus disease in seropositive renal transplant recipients; a single-center case-controlled study. J. Nephropathol., 2017, vol. 6, no. 3, pp. 240–247. doi: 10.15171/jnp.2017.39
  17. Pignatelli S. Recent knowledge on the linkage of strain specific genotypes with clinical manifestations of human citomegalovirus disease. Recenti. Prog. Med., 2011, vol. 102, no. 1, pp. 5–10.
  18. Pignatelli S., Dal Monte Р. Epidemiology of human cytomegalovirus strains through comparison of methodological approaches to explore gN variants. New Microbiol., 2009, vol. 32, no. 1, pp. 1–10.
  19. Roubalova K. Genetic variability of cytomegalovirus glycoprotein O in hematopoietic stem cell transplant recipients. Transpl. Infect. Dis., 2011, vol. 13, no. 3, pp. 237–243. doi: 10.1111/j.1399-3062.2011.00625.x
  20. Roubalová K.О., Strunecký S., Zufanová S., Procházka B., Vitek A. Genotyping of viral glycoprotein B (gB) in hematopoietic stem cell transplant recipients with active cytomegalovirus infection: analysis of the impact of gB genotypes on the patients’ out-come. Epidemiol. Mikrobiol. Imunol., 2010, vol. 59, no. 2, pp. 92–99.
  21. Shepp D.H., Match M.E., Lipson S.M., Pergolizzi R.G. A fifth human cytomegalovirus glycoprotein B genotype. Res. Virol., 1998, vol. 149, no. 2, pp. 109–114. doi: 10.1016/s0923-2516(98)80086-1
  22. Torii Y., Yoshida S., Yanase Y., Mitsui T., Horiba K., Okumura T., Takeuchi S., Suzuki T., Kawada J.I., Kotani T., Yamashita M., Ito Y. Serological screening of immunoglobulin M and immunoglobulin G during pregnancy for predicting congenital cytomegalovirus infection. BMC Pregnancy Childbirth, 2019, vol. 19, no. 1: 205. doi: 10.1186/s12884-019-2360-1
  23. Varghese J., Subramanian S., Reddy M.S., Shanmugam N., Balajee G., Srinivasan V., Venkataraman J., Mohamed R. Seroprevalence of cytomegalovirus in donors and opportunistic viral infections in liver transplant recipients. Indian J. Med. Res., 2017, vol. 145, no. 4, pp. 558–562.
  24. Wu X.J., Wang Y., Zhu Z., Xu Y., He G., Han Y., Tang X., Fu Z., Qiu H., Sun A., Wu D. The correlation of cytomegalovirus gB genotype with viral DNA load and treatment time in patients with CMV infection after hematopoietic stem cell transplantation. Zhonghua Xue Ye Xue Za Zhi, 2013, vol. 34, no. 2, pp. 109–112.
  25. Xia C.S., Zhang Z. Analysis of human cytomegalovirus glycoprotein N genotypes in Chinese hematopoietic stem cell transplant recipients. Arch. Virol., 2011, vol. 156, no. 1, pp. 17–23. doi: 10.1007/s00705-010-0811-0

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Ванькова О.Е., Бруснигина Н.Ф., 2022

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах