Молекулярно-генетический анализ популяции Mycobacterium tuberculosis в Вологодской области — регионе с низкой заболеваемостью туберкулезом

Вологодская область характеризуется относительно спокойной эпидемической ситуацией по туберкулезу в России: показатель заболеваемости туберкулезом в 2010—2018 гг. снизился с 45,2 до 15,8 на 100 тыс. населения (44,4 в Российской Федерации). Однако доля больных туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ) возбудителя выросла с 12,1% в 2016 г. до 23,7% в 2018 г. Целью исследования была характеристика генетической структуры популяции M. tuberculosis и выявление основных генотипов, ассоциированных с первичной МЛУ возбудителя туберкулеза в Вологодской области. Изучено 82 штамма M. tuberculosis, выделенных в 2018 г. от вновь выявленных больных туберкулезом. Лекарственную чувствительность определяли стандартным методом абсолютных концентраций и с помощью BACTEC MGIT 960. Штаммы M. tuberculosis относили к генотипу Beijing и его основным подтипам, определяя специфические маркеры. Штаммы Beijing субтипировали методом MIRU-VNTR по стандартным 24 локусам, вычисляя индекс разнообразия Хантера— Гастона (HGDI). Штаммы группы non-Beijing сполиготипировали. К генотипу Beijing принадлежали 62,2% (51 из 82) штаммов. Среди штаммов Beijing наиболее многочисленным был кластер Central Asian/Russian (41,5%; 34 из 82 штаммов). Доли штаммов субтипа Central Asia Outbreak (CAO) и кластера B0/W148 составили 8,5% и 7,3% соответственно. Установлена принадлежность штаммов non-Beijing к семействам T (11%; 9 из 82), LAM (11%), Haarlem (6,1%) и Ural (4,9%). Среди 82 изолятов M. tuberculosis выявлено 33 (40,2%) МЛУ штамма, включая 27 принадлежащих к генотипу Beijing, в том числе, к кластерам Central Asian/Russian — 18 (66,7%), B0/W148 и CAO — по 4 (14,8%). MIRU-VNTR-типирование 51 штамма Beijing выявило 22 варианта профилей (HGDI = 0,852): самые многочисленные — 94-32 (35,3%) и 95-32 (15,7%) включали штаммы Central Asian/Russian и CAO; четыре штамма B0/W148 принадлежали к кластеру 100-32. Наиболее полиморфными были локусы QUB26 и MIRU26. Впервые проведенное в Вологодской области молекулярно-генетическое исследование выявило гетерогенность популяции M. tuberculosis, в которой доминировали штаммы генотипа Beijing. При этом доля известного в России и за ее пределами эпидемиологически и клинически значимого кластера Beijing B0/W148, ассоциированного с МЛУ, составила лишь 7,3%, что значительно меньше, чем в других регионах СЗФО РФ (~19%). Вместе с тем в структуре генотипов и среди МЛУ штаммов M. tuberculosis преобладали представители кластера Central Asian/Russian генотипа Beijing.