Детекция международных клонов высокого риска Salmonella и Escherichia coli — возбудителей заболеваний, передающихся с пищевыми продуктами, в Российской Федерации

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Использование полногеномного секвенирования, стандартизованных методов анализа и международных баз данных позволяет проводить детекцию международных клонов высокого риска возбудителей заболеваний, передающихся с пищевыми продуктами, оценивать их эволюцию, географическое распространение вследствие международной торговли продуктами и сельскохозяйственными животными. В Санкт-Петербурге (Российская Федерация), от пациентов с диарейным синдромом впервые выявлены штаммы Salmonella Newport, Salmonella Kentucky и Escherichia coli O26:H11, принадлежащие к известным международным клонам высокого риска. Два штамма S. Kentucky, выделенные в 2015 и 2019 г., были идентичны международному клону ST198, широко распространенному в европейских странах: имели множественную резистентность к антибиотикам, устойчивость высокого уровня к фторхинолонам (МПК ципрофлоксацина более 32,0 мг/л) вследствие трех однонуклеотидных замен в генах gyrA (Ser83Phe и Asp87Asn) и parC (Ser80Ile). В 2008 г. выделен полирезистентный штамм S. Newport, относящийся к международному клону S. Newport MDR-AmpC/CMY-2, вызывавшему спорадические случаи и вспышки сальмонеллезов в США и Европе в 2000-е гг. Устойчивость штамма к цефалоспоринам расширенного спектра обусловлена продукцией AmpC-цефалоспориназы CMY-2. Плазмида, содержащая ген blaCMY-2, имела PstI-рестрикционный профиль, описанный у штаммов международного клона. Штаммы E. coli О26:Н11, выделенные в Санкт-Петербурге, продуцировали шигаподобный токсин STX1 (ген stx1a), имели дополнительные гены, кодирующие факторы вирулентности: ehxA (энтерогемолизин), katP (каталаза-пероксидаза), espP (сериновая протеаза), а также cba (колицин В), gad (глутамат декарбоксилаза), cif (эффектор секреции III типа), iss (устойчивость к бактерицидному действию сыворотки крови), принадлежали к филогенетической группе В1 и международному клону E. coli О26:Н11 ST21, широко распространенному в Европе и США. 25% штаммов характеризовались множественной устойчивостью к антибиотикам, продуцировали бета-лактамазы расширенного спектра CTX-М. В Российской Федерации E. coli O26 входит в перечень возбудителей диарейных заболеваний, которые в рутинной практике диагностических лабораторий без определения Н-антигена и продукции шигаподобного токсина, регистрируют как энтеропатогенные эшерихии.

Об авторах

Л. А. Кафтырева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург;
ФГБОУ ВО Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова МЗ РФ

Автор, ответственный за переписку.
Email: kaflidia@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-0989-1404

Кафтырева Лидия Алексеевна, доктор медицинских наук, заведующий лабораторией кишечных инфекций ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; профессор кафедры медицинской микробиологии ФГБОУ ВО Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова МЗ РФ

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

Scopus Author ID: 6602939287

Россия

С. А. Егорова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург

Email: egorova72@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7589-0234

Егорова Светлана Александровна, кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций

Санкт-Петербург

SPIN 4000-4122

Scopus Author ID: 36937138200

Россия

М. А. Макарова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург;
ФГБОУ ВО Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова МЗ РФ

Email: makmaria@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3600-2377

Макарова Мария Александровна, кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории идентификации патогенов ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; ассистент кафедры медицинской микробиологии ФГБОУ ВО Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова МЗ РФ

Санкт-Петербург

SPIN-код автора: 7915-1758

Scopus Author ID: 38761767300

 

Россия

Список литературы

  1. Макарова М.А., Дмитриев А.В., Матвеева З.Н., Кафтырева Л.А. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Escherichia coli серогруппы О26, вызывающих диарейные заболевания у детей // Медицинский академический журнал. 2018. Т. 18, № 3. С. 85–90. doi: 10.17816/MAJ18385-90
  2. Bielaszewska M., Mellmann A., Bletz S., Zhang W., Köck R., Kossow A., Prager R., Fruth A., Orth-Höller D., Marejková M., Morabito S., Caprioli A., Piérard D., Smith G., Jenkins C., Curová K., Karch H. Enterohemorrhagic Escherichia coli O26:H11/H-: a new virulent clone emerges in Europe. Clin. Infect. Dis., 2013, vol. 56, no. 10, pp. 1373–1381. doi: 10.1093/cid/cit055
  3. Brooks J.T., Sowers E.G., Wells J.G., Greene K.D., Griffin P.M., Hoekstra R.M., Strockbine N.A. Non-O157 Shiga toxinproducing Escherichia coli infections in the United States, 1983–2002. J. Infect. Dis., 2005, vol. 192, no. 8, pp. 1422–1429. doi: 10.1086/466536
  4. Crim S., Chai S., Karp B., Judd M., Reynolds J., Swanson K., Nisler A., McCullough A., Gould H. Salmonella enterica serotype Newport infections in the US, 2004–2013: increased incidence investigated through four surveillance systems. Foodborne Pathog. Dis., 2018, vol. 15, no. 10, pp. 612–620. doi: 10.1089/fpd.2018.2450
  5. Dallenne C., Da Costa A., Decré D., Favier C., Arlet G. Development of a set of multiplex PCR assays for the detection of genes encoding important beta-lactamases in Enterobacteriaceae. J. Antimicrob. Chemother., 2010, vol. 65, no. 3, pp. 490–495. doi: 10.1093/jac/dkp498
  6. Egorova S., Timinouni M., Demartin M., Granier S.A., Whichard J.M., Sangal V., Fabre L., Delaune A., Pardos M., Millemann Y., Espie E., Achtman M., Grimont P.A.D., Weill F.-X. Ceftriaxone-resistant Salmonella enterica serotype Newport, France. Emerg. Infect. Dis., 2008, vol. 14, no. 6, pp. 954–957. doi: 10.3201/eid1406.071168
  7. European food safety authority and european centre for disease prevention and control the European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2015. EFSA J., 2016, vol. 14, no. 12: e04634. doi: 10.2903/j.efsa.2016.4634
  8. Gonzalez-Escalona N., Toro M., Rump L.V., Cao G., Nagaraja T.G., Meng J. Virulence gene profiles and clonal relationships of Escherichia coli O26:H11 isolates from feedlot cattle as determined by whole-genome sequencing. Appl. Environ. Microbiol., 2016, vol. 82, no. 13, pp. 3900–3912. doi: 10.1128/AEM.00498-16
  9. Hawkey J., Le Hello S., Doublet B., Granier S.A., Hendriksen R.S., Fricke W.F., Ceyssens P.J., Gomart C., Billman-Jacobe H., Holt K.E., Weill F.X. Global phylogenomics of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198. Microb. Genetics, 2019, vol. 5, no. 7: e000269. doi: 10.1099/mgen.0.000269
  10. Nakaya H., Yasuhara A., Yoshimura K., Oshihoi Y., Izumiya H., Watanabe H. Life-threatening infantile diarrhea from fluoroquinolone-resistant Salmonella enterica Typhimurium with mutations in both gyrA and parC. Emerg. Infect. Dis., 2003, vol. 9, no. 2, pp. 255–257. doi: 10.3201/eid0902.020185
  11. Ogura Y., Gotoh Y., Itoh T., Sato M.P., Seto K., Yoshino S., Isobe J., Etoh Y., Kurogi M., Kimata K., Maeda E., Piérard D., Kusumoto M., Akiba M., Tominaga K., Kirino Y., Kato Y., Shirahige K., Ooka T., Ishijima N., Lee K.I., Iyoda S., Mainil J.G., Hayashi T. Population structure of Escherichia coli O26 : H11 with recent and repeated stx2 acquisition in multiple lineages. Microb. Genomics, 2017, vol. 3, no. 11: e000141. doi: 10.1099/mgen.0.000141
  12. The European Union summary report on antimicrobial resistance in zoonotic and indicator bacteria from humans, animals and food in 2017. EFSA J., 2019, vol. 17, no. 2: e05598. doi: 10.2903/j.efsa.2019.5598
  13. Tobias J., Vutukuru S.R. Simple and rapid multiplex PCR for identification of the main human diarrheagenic Escherichia coli. Microbiol. Res., 2012, vol. 167, no. 9, pp. 564–570. doi: 10.1016/j.micres.2011.11.006
  14. Varma J.K., Marcus R., Stenzel S.A., Hanna S.S., Gettner S., Anderson B.J., Hayes T., Shiferaw B., Crume T.L., Joyce K., Fullerton K.E., Voetsch A.C., Angulo F.J. Highly resistant Salmonella Newport-MDR AmpC transmitted through the domestic US food supply: a FoodNet case-control study of sporadic Salmonella Newport infections, 2002–2003. J. Infect. Dis., 2006, vol. 194, no. 2, pp. 222–230. doi: 10.1086/505084

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Кафтырева Л.А., Егорова С.А., Макарова М.А., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах