Генотипирование возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово в таежных клещах, собранных в Республике Коми

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

В последние годы регистрируется резкий рост случаев укусов иксодовыми клещами в северных регионах Европейской части России. В Республике Коми также резко увеличилось число лиц, обратившихся за медицинской помощью в связи с укусом клеща. Одновременно наблюдается рост заболеваемости клещевым энцефалитом, который особенно усилился с 2009 г. Информация о генетическом разнообразии возбудителей вирусных клещевых инфекций в этом регионе крайне ограничена. С целью идентификации и ге-нотипирования возбудителей вирусных клещевых инфекций проведено исследование клещей I. persulcatus, собранных с растительности в южных и центральных районах Республики Коми. Методом ПЦР был выявлен генетический материал вирусов клещевого энцефалита и Кемерово в индивидуальных клещах. Секвениро-вание фрагментов генома этих вирусов позволило однозначно их идентифицировать. Генетический материал вируса клещевого энцефалита был выявлен в 6,8±1,2% случаев. Генотипирование выявленных изолятов, проведенное на основе анализа нуклеотидной последовательности фрагмента гена белка Е вируса клещевого энцефалита, позволило установить, что 35% изолятов относятся к дальневосточному генотипу, а 65% — к сибирскому генотипу вируса клещевого энцефалита. Филогенетический анализ секвенированных последовательностей показал наличие не менее четырех геновариантов сибирского и дальневосточного генотипов вируса клещевого энцефалита, близких к вариантам этого вируса, циркулирующим на Урале и в Сибири. Уровень инфицированности таежного клеща вирусом Кемерово составил 0,8±0,2%. Определение нуклеотидной последовательности фрагмента гена РНК-зависимой РНК-полимеразы вируса Кемерово позволило установить, что обнаруженный генетический материал вируса Кемерово имеет уровень гомологии приблизительно 94% при сравнении с другими известными последовательностями этого орбивируса. Филогенетический анализ фрагментов генома вируса Кемерово показал наличие не менее двух геновариантов этого вируса, циркулирующих в Республике Коми. Высказано предположение, что вирус клещевого энцефалита был относительно недавно интродуцирован в природные очаги Республики Коми из Уральского и Сибирского регионов. Генетические отличия вируса Кемерово предполагают более длительную эволюцию в исследованных природных очагах этого региона. Обсуждается возможная роль птиц и клещей, паразитирующих на них, в быстром распространении вирусных клещевых инфекций в Республике Коми. Данные по генетическому разнообразию выявленных возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово могут быть полезны для улучшения диагностики, профилактики и лечения этих инфекционных заболеваний в Республике Коми.

Об авторах

М. Ю. Карташов

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7857-6822

Карташов Михаил Юрьевич - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; научный сотрудник лаборатории биотехнологии и вирусологии, НГУ.

630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово, Тел.: 8 923 419-31-92 (моб.), Факс: 8 (383) 336-74-09

Россия

Т. П. Микрюкова

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: mikryukova_tp@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-4350-4260

Кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов.

П.г.т. Кольцово, Новосибирская область Россия

Е. И. Кривошеина

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Email: krivosheina_ei@vector.nsc.ru

Стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; магистр кафедры биотехнологии НГУ.

Новосибирск

Россия

А. И. Кузнецов

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Email: kuznetsov_ai@vector.nsc.ru

Стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; магистр кафедры информационной биологии НГУ.

Новосибирск

Россия

Л. И. Глушкова

Управление Роспотребнадзора по Республике Коми

Email: gigprof@list.ru

Доктор медицинских наук, профессор, руководитель.

Сыктывкар Россия

И. В. Корабельников

ФГУП «Дезинфекция» Роспотребнадзора

Email: gigprof@list.ru

Доктор медицинских наук, профессор, директор.

Сыктывкар Россия

Ю. И. Егорова

ФГУП «Дезинфекция» Роспотребнадзора

Email: gigprof@list.ru

Энтомолог.

Сыктывкар

Россия

В. А. Терновой

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: tern@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-1275-171X

Кандидат биологических наук, зав. лабораторией молекулярной эпидемиологии особо опасных инфекций отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов.

П.г.т. Кольцово, Новосибирская область

Россия

В. Б. Локтев

ФБУНГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет; ФГБУН ФИЦИнститут цитологии и генетики, СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: valeryloktev@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0229-321X

Доктор биологических наук, профессор, зав. отделом молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; профессор, кафедра биомедицинской физики, Новосибирский государственный университет; ведущий научный сотрудник, лаборатория молекулярных механизмов патологических процессов ФГБУН ФИЦ ИЦГ, СО РАН.

Новосибирск

Россия

Список литературы

  1. Глушкова Л.И., Корабельников И.В., Егорова Ю.И., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Микрюкова Т.П., Кононова Ю.В., Чаусов Е.В., Локтев В.Б. Возбудители инфекционных заболеваний в организме таежного клеща на территории Республики Коми // Дезинфекционное дело. 2012. № 1. С. 52—55.
  2. Глушакова Л.И., Корабельников И.В., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Микрюкова Т.П., Кононова Ю.В., Коновалова С.Н., Тупота Н.Л., Карташов М.Ю., Чаусов Е.В., Локтев В.Б., Егорова Ю.И. Выявление возбудителей заболеваний в Ixodes persulcatus на территории Республики Коми // Сибирский медицинский журнал. 2012. T. 111, № 4. С. 88—91.
  3. Микрюкова Т.П., Чаусов Е.В., Коновалова С.Н., Кононова Ю.В., Протопопова Е.В., Карташов М.Ю., Терновой В.А., Глушкова Л.И., Корабельников И.В., Егорова Ю.И., Локтев В.Б. Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита в клещах Ixodes persulcatus в северо-восточном регионе Европейской части России // Паразитология. 2014. T. 48, № 2. С. 131—149.
  4. Сафонова М.В., Дедков В.Г., Гмыль А.П., Карганова Г.Г., Сперанская А.С., Неверов А.Д., Федонин Г.Г., Валдохина А.В., Пимкина Е.В., Маркелов М.Л., Шипулин Г.А. Изучение генетического разнообразия вируса Кемерово // Национальные приоритеты России. 2016. № 4 (22). C. 96—100.
  5. Dai X., Shang G., Lu S., Yang J., Xu J. A new subtype of eastern tick-borne encephalitis virus discovered in Qinghai-Tibet Plateau, China. Emerg. Microbes Infect., 2018, vol. 74, no. 7. doi: 10.1038/s41426-018-0081-6
  6. Dedkov V.G., Markelov M.L., Gridneva K.A., Bekova M.V., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., Karganova G.G., Romanova L.Iu., Pogodina V.V., Yakimenko V.V., Shipulin G.A. Prevalence of Kemerovo virus in ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick-Borne Dis., 2014, vol. 5, no. 6, pp. 651—655. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.04.017
  7. Dilcher M., Hasib L., Lechner M., Wieseke N., Middendorf M., Marz M., Koch A., Spiegel M., Dobler G., Hufert F.T., Weidmann M. Genetic characterization of Tribec virus and Kemerovo virus, two tick-transmitted human-pathogenic Orbiviruses. Virology, 2012, vol. 423, no. 1, pp. 68—76. doi: 10.1016/j.virol.2011.11.020
  8. Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-born encephalitis viruses from Europe and Asia. J. Gen. Virol., 1999, vol. 80 (Pt.1), pp. 179-185. doi: 10.1099/0022-1317-80-1-179
  9. Grard G., Moureau G., Charrel R.N., Lemasson J.J., Gonzalez J.P., Gallian P., Gritsun T.S., Holmes E.C., Gould E.A., de Lam-ballerie X. Genetic characterization of tick-borne flaviviruses: new insights into evolution, pathogenetic determinants and taxonomy. Virology, 2007, vol. 361, no. 1, pp. 80-92. doi: 10.1016/j.virol.2006.09.015
  10. Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-born encephalitis. Antiviral Res., 2003, vol. 57, no. 1-2, pp. 129-146. doi: 10.1016/S0166-3542(02)00206-1
  11. Hubalek Z., Rudolf I. Tick-borne viruses in Europe. Parasitol. Res., 2012, vol. 111, no. 1,pp. 9-36. doi: 10.1()()7/s()()436-()12-291()-1
  12. Kumar S., Stecher G., Tamura K. (2015) MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for Bigger Datasets. Mol. Biol. Evol, 2015, vol. 33, no. 7, pp. 1870-1874. doi: 10.1093/molbev/msw054
  13. Major L., Linn M.L., Slade R.W., Schroder W.A., Hyatt A.D., Gardner J., Cowley J., Suhrbier A. Ticks associated with Macquarie island penguins carry arboviruses from four genera. PLoS One, 2009, vol. 4, no. 2. doi: 10.1371/journal.pone.0004375
  14. Mikryukova T.P., Moskvitina N.S., Kononova Y.V., Korobitsyn I.G., Kartashov M.Y., Tyuten’kov O.Y., Protopopova E.V., Romanenko V.N., Chausov E.V., Gashkov S.I., Konovalova S.N., Moskvitin S.S., Tupota N.L., Sementsova A.O., Ternovoi V.A., Loktev V.B. Surveillance of tick-borne encephalitis virus in wild birds and ixodes ticks in Tomsk city and its suburbs (Western Siberia). Ticks and Tick-Borne Dis., 2014, vol. 5, no. 2, pp. 145—151. doi: 10.1016/j.ttbdis.2013.10.004
  15. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics, 2012, vol. 28, no. 8, pp. 1166—1167. doi: 10.1093/bioinformatics/bts091
  16. Tkachev S.E., Tikunov A.Y., Babkin I.V., Livanova N.N., Livanov S.G., Panov V.V., Yakimenko V.V., Tantsev A.K., Taranenko D.E., Tikunova N.V. Occurrence and genetic variability of Kemerovo virus in Ixodes ticks from different regions of Western Siberia, Russia and Kazakhstan. Infect. Genet. Evol, 2017, vol. 47, pp. 56—63. doi: 10.1016/j.meegid.2016.11.007
  17. Tokarevich N.K., Tronin A.A., Blinova O.V., Buzinov R.V., Boltenkov V.P., Yurasova E.D., Nurse J. The impact of climate change on the expansion of Ixodes persulcatus habitat and the incidence of tick-borne encephalitis in the north of European Russia. Glob. Health Action, 2011, no. 4: 8448. doi: 10.3402/gha.v4i0.8448
  18. Tokarevich N., Tronin A., Gnativ B., Revich B., Blinova O., Evengard B. Impact of air temperature variations on the ixodid ticks habitat and tick-borne encephalitis incidence in the Russian Arctic: the case of Komi Republic. Int. J. Circumpolar. Health, 2017, vol. 76, no. 1:1298882. doi: 10.1080/22423982.2017.1298882

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Карташов М.Ю., Микрюкова Т.П., Кривошеина Е.И., Кузнецов А.И., Глушкова Л.И., Корабельников И.В., Егорова Ю.И., Терновой В.А., Локтев В.Б., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 64788 от 02.02.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах