<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="other" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">516</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-2017-2-162-170</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL ARTICLES</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject></subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">EFFECTIVENESS OF MOLECULAR-GENETIC DIAGNOSTICS DURING PERTUSSIS INFECTION FOCI EXAMINATION</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>ЭФФЕКТИВНОСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ ПРИ ОБСЛЕДОВАНИИ ОЧАГОВ КОКЛЮШНОЙ ИНФЕКЦИИ</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Pimenova</surname><given-names>A. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Пименова</surname><given-names>А. С.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Junior Researcher, Laboratory of Diagnostics of Diphtheria and Pertussis Infections,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>младший научный сотрудник лаборатории диагностики дифтерийной и коклюшной инфекций,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Borisova</surname><given-names>O. Yu.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Борисова</surname><given-names>О. Ю.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Associate Professor, Head of Laboratory of Diagnostics of Diphtheria and Pertussis Infections, 125212, Moscow, Admiral Makarov str., 10;</p><p>Professor of Department of Microbiology and Virology,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., доцент, руководитель лаборатории диагностики дифтерийной и коклюшной инфекций, 125212, Москва, ул. Адмирала Макарова, 10;</p><p>профессор кафедры микробиологии и вирусологии, Москва</p></bio><email>olgborisova@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Tsvircun</surname><given-names>O. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Цвиркун</surname><given-names>О. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Head Researcher of Laboratory of Whooping Cough and Measles,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., главный научный сотрудник лаборатории профилактики коклюша и кори,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Basov</surname><given-names>A. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Басов</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Junior Researcher, Laboratory of Whooping Cough and Measles,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>младший научный сотрудник лаборатории профилактики коклюша и кори,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Aleshkin</surname><given-names>V. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Алешкин</surname><given-names>В. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Professor, Director,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.б.н., профессор, директор,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Afanasiev</surname><given-names>S. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Афанасьев</surname><given-names>С. С.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Professor, Deputy Director for Biotechnology Department,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., профессор, зам. директора по биотехнологии,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Donskich</surname><given-names>E. E.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Донских</surname><given-names>Е. Е.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD (Biology), Associate Professor, Associate Professor of Department of Microbiology and Virology,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.б.н., доцент, доцент кафедры микробиологии и вирусологии,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Pikina</surname><given-names>A. P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Пикина</surname><given-names>А. П.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Assistant Professor, Department of Microbiology and Virology,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>ассистент кафедры микробиологии и вирусологии,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kafarskaya</surname><given-names>L. I.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Кафарская</surname><given-names>Л. И.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Department of Microbiology and Virology,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., профессор, зав. кафедрой микробиологии и вирусологии,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Afanasiev</surname><given-names>M. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Афанасьев</surname><given-names>М. С.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Professor of the Department of Clinical Allergology and Immunology,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., профессор кафедры клинической аллергологии и иммунологии,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff3"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Karaulov</surname><given-names>A. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Караулов</surname><given-names>А. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>RAS Full Member, PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Department of Clinical Allergology and Immunology,</p><p>Moscow</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>академик РАН, профессор, д.м.н., зав. кафедрой клинической аллергологии и иммунологии,</p><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff3"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">G.N. Gabrichevsky Institute of Epidemiology and Microbiology</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФБУН Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">The Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова Минздрава России</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff3"><aff><institution xml:lang="en">Sechenov Moscow State Medical University</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБОУ ВО Первый московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2017-06-19" publication-format="electronic"><day>19</day><month>06</month><year>2017</year></pub-date><volume>7</volume><issue>2</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>162</fpage><lpage>170</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2017-06-19"><day>19</day><month>06</month><year>2017</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2017-06-19"><day>19</day><month>06</month><year>2017</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2017, Pimenova A.S., Borisova O.Y., Tsvircun O.V., Basov A.S., Aleshkin V.A., Afanasiev S.S., Donskich E.E., Pikina A.P., Kafarskaya L.I., Afanasiev M.S., Karaulov A.V.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2017, Пименова А.С., Борисова О.Ю., Цвиркун О.В., Басов А.А., Алешкин В.А., Афанасьев С.С., Донских Е.Е., Пикина А.П., Кафарская Л.И., Афанасьев М.С., Караулов А.В.</copyright-statement><copyright-year>2017</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Pimenova A.S., Borisova O.Y., Tsvircun O.V., Basov A.S., Aleshkin V.A., Afanasiev S.S., Donskich E.E., Pikina A.P., Kafarskaya L.I., Afanasiev M.S., Karaulov A.V.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Пименова А.С., Борисова О.Ю., Цвиркун О.В., Басов А.А., Алешкин В.А., Афанасьев С.С., Донских Е.Е., Пикина А.П., Кафарская Л.И., Афанасьев М.С., Караулов А.В.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/516">https://iimmun.ru/iimm/article/view/516</self-uri><abstract xml:lang="en"><p><bold>Purpose:</bold> whooping cough diagnostics by molecular-genetic methods.</p><p><bold>Materials and methods.</bold> Under observation there were 4930 people during the period from 2012 to 2015. All samples were received in 8 schools of Moscow and the Moscow region: in 3 schools had been found children with whooping cough, in other 5 schools – only children with prolonged cough. Whooping cough diagnosis had been given earlier by bacteriological and serological methods. 430 clinical samples were studied by 2 methods: PCR with fluorescent hybridized detection of amplified products and isothermal amplification.</p><p><bold>Results.</bold> In three of eight schools whooping cough cases at 7 children at the age of 7, 9, 11 and 15 years were revealed earlier. The diagnosis of whooping cough at them was confirmed by means of bacteriological and serological methods. 33 positive DNA samples (7.7%) are revealed. DNA-positive samples are allocated from 18 pupils and 15 employees of schools. In two schools where earlier infection sources were established, 15 DNA-positive samples from which in three cases clinical manifestations were observed are revealed. In those schools where it wasn’t earlier established a source of an infection and examinations conducted it is long the coughing children, 18 DNA-positive samples are revealed, and in two cases clinical manifestations in the form of cough were observed.</p><p><bold>Conclusion.</bold> Performed research confirmed high efectiveness of molecular-genetic methods during pertussis infection foci examination in schools for infection source identification also amongst long coughing children. </p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p><bold>Цель исследования:</bold> оценка эффективности применения молекулярно-генетической диагностики при обследовании контактных лиц в очагах коклюшной инфекции.</p><p><bold>Материалы и методы.</bold> Под наблюдением находилось 4930 человек из 8 общеобразовательных учреждений г. Москвы и Московской области в период с 2012 по 2015 гг. Изучено 430 проб клинического материала. В исследование были включены учащиеся 1–9, 11 классов и работники образования различных категорий. Исследования проводили согласно методическим рекомендациям МР 3.1.2.0072-13. Экстракцию ДНК B. pertussis из исследуемых образцов проводили с помощью тест-системы «АмплиПрайм® ДНК-сорб-АМ». Выявление специфических фрагментов генома возбудителя коклюша осуществляли методом ПЦР-РТ с помощью тест-системы «Амп лиСенс® Bordetella multi-FL» и методом ПЦР при изотермальных условиях с оригинальной комбинацией праймеров.</p><p><bold>Результаты.</bold> Из обследуемых контактных лиц в очагах коклюшной инфекции в 80,9% были дети и 19,1% — взрослые. В трех из восьми образовательных учреждений ранее были выявлены случаи коклюша у 7 детей в возрасте 7, 9, 11 и 15 лет. Диагноз коклюша у них был подтвержден в одном случае с помощью бактериологического метода и в шести случаях — с помощью серологических методов (ИФА и РНГА). Обнаружено 33 положительных ДНК-образца (7,7% от общего числа проб). ДНК-положительные образцы выделены от 18 учащихся и 15 работников образовательных учреждений. Среди учащихся положительные образцы в основном обнаружены у учеников 4-х классов в возрасте 10–11 лет. Среди работников образовательных учреждений ДНК-положительные образцы в большинстве (33,3%) случаев выделены от педагогов, а также от медицинского персонала и работников столовой. В двух очагах, где ранее были установлены источники инфекции, обнаружено 15 ДНК-положительных образцов, при этом у троих обследованных с ДНК-позитивными пробами наблюдались клинические проявления. В тех очагах, где ранее не был установлен источник инфекции и проводили обследования длительно кашляющих детей, обнаружено 18 ДНК-положительных образцов, причем у двух обследованных c ДНК-положительными пробами отмечались клинические проявления в виде кашля.</p><p><bold>Заключение.</bold> Проведенные исследования подтвердили высокую эффективность применения молекулярно-генетических методов при обследовании очагов коклюшной инфекции для установления источника инфекции и при наличии длительно кашляющих детей.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>whooping cough</kwd><kwd>molecular-genetic methods</kwd><kwd>polymerase chain reaction (PCR)</kwd><kwd>real-time PCR</kwd><kwd>isothermal amplification</kwd><kwd>Bordetella pertussis</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>коклюш</kwd><kwd>молекулярно-генетическая диагностика</kwd><kwd>полимеразная цепная реакция (ПЦР)</kwd><kwd>ПЦР в режиме реального времени</kwd><kwd>изотермальная амплификация</kwd><kwd>Bordetella pertussis</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>1. Онищенко Г.Г. Эпидемиологическое благополучие населения России // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2013. № 1. С. 42–51. [Onischenko G.G. Epidemiological well-being of population of Russia. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2013, no. 1, pp. 42–51. (In Russ.)]</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>2. Пpадед М.Н., Яцышина С.Б., Селезнева Т.С., Малинина С.В., Биpюлева Н.В., Любимова Т.Е., Воpобьева Н.С. ПЦР-диагностика инфекций, вызванных B. pertussis, B. parapertussis и B. bronchiseptica // Клиническая лабораторная диагностика. 2013. № 1. С. 53–56. [Praded M.N., Yatsyschyna S.B., Selezneva T.S., Malinina S.V., Birulyeva N.V., Lubimo va T.Ye., Vorobyeva N.S. The kit of reagents for polymerase chain reaction diagnostic of infections caused by B. pertussis, B. paraper tussis and B. bronchiseptica. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika = Clinical Laboratory Diagnostics, 2013, no. 1, pp. 53–56. (In Russ.)]</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>3. Селезнева Т.С., Титова Н.С., Заргарьянц А.И., Максимова Н.М., Маркина С.С. Влияние вакцинопрофилактики на эпидемический процесс управляемых инфекций в Российской Федерации // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2002. № 2. С. 6–11. [Selezneva T.S., Titova N.S., Zargaryants A.I., Maksimova N.M., Markina S.S. Effect of vaccination on the epidemic process of vaccine-preventable diseases in Russian Federation. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni = Epidemiology and Infectious Diseases, 2002, no. 2, pp. 6–11. (In Russ.)]</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>4. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека: инфекционная заболеваемость в Российской Федерации за январь-декабрь 2015 года. [Federal’naya sluzhba po nadzoru v sfere zashchity prav potrebitelei i blagopoluchiya cheloveka: infektsionnaya zabolevaemost’ v Rossiiskoi Federatsii za yanvar’-dekabr’ 2015 goda]. URL: http://rospotrebnadzor.ru/activities/statistical-materials/statictic_details.php?ELEMENT_ID=5525 (07.10.2016)</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>5. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Pertussis – United States, 1997–2000. MMWR Morb. Mortal. WKLY Rep., 2002, vol. 51, no. 4, pp. 73–76.</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>6. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Pertussis Epidemic – California, 2014. MMWR Morb. Mortal. WKLY Rep., 2014, vol. 63, no. 48, pp. 1129–1132.</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>7. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Pertussis Epidemic – Washington, 2012. MMWR Morb. Mortal. WKLY Rep., 2012, vol. 61, no. 28, pp. 517–522.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>8. King A.J., Van Gаkom T., Van der Heide H.G., Advani A., Van der Lee S. Changes in the genomic content of circulating Bordetella pertussis strains isolated from the Netherlands, Sweden, Japan and Australia: adaptive evolution or drift? BMC Genom., 2010, no. 11: 64. doi: 10.1186/1471-2164-11-64</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>9. Litt D.J., Jauneikaite E., Tchipeva D., Harrison T.G., Fry N.K. Direct molecular typing of Bordetella pertussis from clinical specimens submitted for diagnostic quantitative (real-time) PCR. J. Med. Microbiol., 2012, vol. 61, no. 12, pp. 1662–1668. doi: 10.1099/jmm.0.049585-0</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>10. Stone B.L., Daly J., Srivastava R. Duration of Bordetella pertussis polymerase chain reaction positivity in confirmed pertussis illness. J. Pediatric Infect. Dis. Soc., 2014, vol. 3, no. 4, pp. 347–349. doi: 10.1093/jpids/piu004</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>11. Qin X. Resurgence of whooping cough and the role of laboratory diagnosis. Clin. Microbiol. News Lett., 2015, vol. 37, no. 9, pp. 69–76.</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>12. Qin X., Galanakis E., Martin E.T., Englund J.A. Multitarget PCR for diagnosis of pertussis and its clinical implications. J. Clin. Microbiol., 2007, vol. 45, no. 2, pp. 506–511.</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>13. Rodgers L., Martin S.W., Cohn A., Budd J., Marcon M., Terranella A., Mandal S., Salamon D., Leber A., Tondella M.L., Tatti K., Spicer K., Emanuel A., Koch E., McGlone L., Pawloski L., Lemaile-Williams M., Tucker N., Iyer R., Clark T.A., Diorio M. Epidemiologic and laboratory features of a large outbreak of pertussis-like illnesses associated with cocirculating Bordetella holmesii and Bordetella pertussis – Ohio, 2010–2011. Clin. Infect. Dis., 2013, vol. 56, no. 3, pp. 322–331. doi:10.1093/cid/cis888</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>14. Van Amersfoorth S.C., Schouls L.M., Van der Heide H.G., Advani A., Hallander H.O., Bondeson K., Von König C.H., Riffelmann M., Vahrenholz C., Guiso N., Caro V., Njamkepo E., He Q., Mertsola J., Mooi F.R. Analysis of Bordetella pertussis populations in European countries with different vaccination policies. J. Clin. Microbiol., 2005, vol. 43, no. 6, pp. 2837–2843.</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>15. World Health Organization. WHO-recommended surveillance standard of pertussis. URL: www.who.int/immunization/monitoring_surveillance/burden/vpd/surveillance_type/passive/pertussis_standards/en (07.10.2016)</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
