Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI32910.15789/2220-7619-2015-3-243-252ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИVIRAL ETIOLOGY ACUTE INTESTINAL INFECTIONS MOLECULAR MONITORING IN CHILDREN’S HOSPITALМОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ МОНИТОРИНГ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ ВИРУСНОЙ ЭТИОЛОГИИ В ДЕТСКОМ МНОГОПРОФИЛЬНОМ СТАЦИОНАРЕSergeevaA. V.СергееваА. В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Senior Lecturer of the Department of Epidemiology, Head of Problematic Scientific Laboratory PCR-studies, Scientific Research Institute of Preventive Medicine, Nizhny Novgorod State Medical Academy of the Ministry of Public Health of the Russian Federation, Nizhny Novgorod, Russian Federation;

 к.м.н., старший преподаватель кафедры эпидемиологии, зав. проблемной научной лабораторией ПЦР-исследований НИИ профилактической медицины, ГБОУ ВПО Нижегородская государственная медицинская академия МЗ РФ, г. Нижний Новгород, Россия; 

sergeeva-av2013@yandex.ruPoslovaL. Y.ПословаЛ. Ю.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head of Epidemiological Department of the State Budget Hospital Nizhny Novgorod Regional Children’s Clinical Hospital, Nizhny Novgorod, Russian Federation; 

к.м.н., зав. эпидемиологическим отделом ГБУЗ НО Нижегородская областная детская клиническая больница, г. Нижний Новгород, Россия;

KovalishenaO. V.КовалишенаО. В.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor of the Department of Epidemiology, Deputy Director of Science Scientific Research Institute of Preventive Medicine of the Nizhny Novgorod State Medical Academy of the Ministry of Public Health of the Russian Federation, Nizhny Novgorod, Russian Federation; 

д.м.н., профессор кафедры эпидемиологии, зам. директора по науке НИИ профилактической медицины ГБОУ ВПО Нижегородская государственная медицинская академия МЗ РФ, г. Нижний Новгород, Россия; 

BlagonravovaA. S.БлагонравоваА. С.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor of the Department of Epidemiology, Director of Scientific Research Institute of Preventive Medicine of the Nizhny Novgorod State Medical Academy of the Ministry of Public Health of the Russian Federation, Nizhny Novgorod, Russian Federation;

д.м.н., профессор кафедры эпидемиологии, директор НИИ профилактической медицины ГБОУ ВПО Нижегородская государственная медицинская академия МЗ РФ, г. Нижний Новгород, Россия;

EpifanovaN. V.ЕпифановаН. В.
Russian Federation

PhD (Biology), Leading Researcher Assistant оf Laboratory of Molecular Epidemiology of Viral Infections, Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology named after Acad. I.N. Blokhina, Nizhny Novgorod, Russian Federation;

к.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций ФБУН Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, г. Нижний Новгород, Россия;

SashinaT. A.СашинаТ. A.
Russian Federation

Junior Researcher, Assistant оf Laboratory of Molecular Epidemiology of Viral Infections, Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology named after Acad. I.N. Blokhina, Nizhny Novgorod, Russian Federation;

младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций ФБУН Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, г. Нижний Новгород, Россия;

MorozovaO. V.МорозоваО. В.
Russian Federation

Junior Researcher, Assistant оf Laboratory of Molecular Epidemiology of Viral Infections, Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology named after Acad. I.N. Blokhina, Nizhny Novgorod, Russian Federation;

младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций ФБУН Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, г. Нижний Новгород, Россия;

NovikovaN. A.НовиковаН. А.
Russian Federation

PhD, MD (Biology), Professor, Head of Laboratory of Molecular Epidemiology of Viral Infections, Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology named after Acad. I.N. Blokhina, Nizhny Novgorod, Russian Federation. 

д.б.н., профессор, зав. лабораторией молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций ФБУН Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной, г. Нижний Новгород, Россия. 

Nizhny Novgorod State Medical Academy, Nizhny Novgorod, Russian FederationГБОУ ВПО Нижегородская государственная медицинская академия МЗ РФ, г. Нижний Новгород, РоссияThe State Budget Hospital Nizhny Novgorod Regional Children’s Clinical Hospital, Nizhny Novgorod, Russian FederationГБУЗ НО Нижегородская областная детская клиническая больница, г. Нижний Новгород, РоссияNizhny Novgorod Research Institute of Epidemiology and Microbiology named after Aсad. I.N. Blokhina, Nizhny Novgorod, Russian FederationФБУН Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, г. Нижний Новгород, Россия01122015532432523011201530112015Copyright ©; 2015, Sergeeva A.V., Poslova L.Y., Kovalishena O.V., Blagonravova A.S., Epifanova N.V., Sashina T.A., Morozova O.V., Novikova N.A.Copyright ©; 2015, Сергеева А.В., Послова Л.Ю., Ковалишена О.В., Благонравова А.С., Епифанова Н.В., Сашина Т.A., Морозова О.В., Новикова Н.А.2015Sergeeva A.V., Poslova L.Y., Kovalishena O.V., Blagonravova A.S., Epifanova N.V., Sashina T.A., Morozova O.V., Novikova N.A.Сергеева А.В., Послова Л.Ю., Ковалишена О.В., Благонравова А.С., Епифанова Н.В., Сашина Т.A., Морозова О.В., Новикова Н.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/329

On the territory of the Russian Federation in the overall structure of acute intestinal infections the proportion of viral diarrhea among children varies from 24 to 78% of cases depending on the season. The acute viral intestinal infections etiological confirmation is performed mainly among patients of infectious hospitals. The prevalence of viral acute intestinal infections in non-infectious hospitals, including infections associated with medical care, remains unclear. Currently estimation of viral component in the acute intestinal infections overall structure mainly consists in determination of rotavirus infection prevalence excluding other pathogens. As the part of viral etiology hospital infections epidemiological surveillance in non-infections children’s hospital the study of acute viral intestinal infections etiological structure and molecular genetics characterization of identified enteric viruses is conducted. The syndrome diagnosis of acute intestinal infections cases was introduced — an identification and evaluation of patients with signs of dysfunction of the gastrointestinal tract, that is not related to the underlying disease. A set of laboratory methods included identification of various intestinal pathogens DNA (RNA) by PCR-RT method; genotyping of enteric viruses using sequencing; nucleotide sequence analysis of cDNA fragments using the BLAST software package for identification of closely related strains and an online service for automatic genotyping of noroviruses by Norovirus Genotyping Tool Version 1.0. Alignment of nucleotide sequences and phylogenetic analysis was performed using the software MEGA 5.0. The obtained sequence fragments of the genome was downloaded in GenBank international database. The use of molecular genetics research methods allowed to differentiate viral pathogens of acute intestinal infections and to establish the fact of nosocomial transmission. The proportion of viral etiology acute intestinal infections in patients with clinical signs of intestinal infection, and contact persons was 43.8%. The etiological structure of intestinal virus infections was presented by noroviruses (73.2%) genotypes GII.1, GII.3, GII.4 Sydney 2012, rotaviruses (23.2%) genotypes G4P[8] and G1-IP[8], and adenovirus (1.8%) of the group F and astroviruses (1.8%) genotypes 1 and 2. Among the hospitalized children were 9 cases of viral etiology acute intestinal infections importation, and 66 of cases were of nosocomial origin. Examination of the environment revealed the presence of contamination by enteric viruses in 47.8% of cases. 

На территории РФ в общей структуре острых кишечных инфекций удельный вес вирусных диарей среди детей колеблется в зависимости от сезона от 24 до 78% случаев. Этиологическая расшифровка вирусных острых кишечных инфекций проводится в основном среди пациентов инфекционных стационаров. Вопрос о распространенности вирусных острых кишечных инфекций в неинфекционных стационарах, в том числе как инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, остается недостаточно исследованным. Определение доли вирусного компонента в общей структуре острых кишечных инфекций сводится преимущественно к определению процентного соотношения ротавирусной инфекции без учета других возбудителей. В рамках эпидемиологического надзора за внутрибольничными инфекциями вирусной этиологии в детском многопрофильном неинфекционном стационаре проведено изучение этиологической структуры вирусных острых кишечных инфекций и молекулярно-генетическая характеристика выявленных кишечных вирусов. Была внедрена синдромальная диагностика случаев острых кишечных инфекций — выявление и обследование пациентов с признаками дисфункции желудочно-кишечного тракта, не связанной с основным заболеванием. Комплекс лабораторных методов включал: выявление и дифференциация ДНК (РНК) различных кишечных возбудителей методом ОТ-ПЦР; генотипирование кишечных вирусов методом секвенирования; анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов кДНК с применением пакета программ BLAST для идентификации близкородственных штаммов и онлайн-сервиса для автоматического генотипирования норовирусов Norovirus Genotyping Tool Version 1.0. Выравнивание нуклеотидных последовательностей и филогенетический анализ осуществляли с помощью программного обеспечения MEGA. Полученные последовательности фрагментов генома представлены в международной базе данных GenBank. Использование молекулярно-генетических методов исследования позволило дифференцировать вирусных возбудителей острых кишечных инфекций и установить факт внутрибольничной передачи. Доля острых кишечных инфекций вирусной этиологии среди пациентов, имеющих клинические признаки кишечной инфекции, и контактных лиц составила 43,8%. Этиологическая структура кишечных вирусов была представлена норовирусами (73,2%) генотипов GII.1, GII.3, GII.4 Sydney 2012, ротавирусами (23,2%) генотипов G4P[8] и G1-IP[8], а также аденовирусами (1,8%) группы F и астровирусами (1,8%) генотипов 1 и 2. Среди госпитализированных детей было 9 случаев заноса острых кишечных инфекций вирусной этиологии и 66 случаев носили внутрибольничный характер. Обследование объектов окружающей среды выявило наличие контаминации вирусами кишечной группы в 47,8% случаев. 

 

norovirusesrotavirusesadenovirusesastrovirusesacute intestinal infectionmolecular-genetic monitoringноровирусыротавирусыаденовирусыастровирусыострая кишечная инфекциямолекулярно-генетический мониторинг1. Епифанова Н.В., Новикова Н.А., Ефимов Е.И., Парфенова О.В., Луковникова Л.Б., Фомина С.Г. Молекулярно-генетическая характеристика астровирусов, циркулирующих в Нижнем Новгороде // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012. № 6. С. 32–39. [Epifanova N.V., Novikova N.A., Efimov E.I., Parfenova O.V., Lukovnikova L.B., Fomina S.G. Molecular-genetic characteristic of astroviruses circulating in Nizhny Novgorod. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2012, no. 6, pp. 32–39. (In Russ.)]2. Епифанова Н.В., Луковникова Л.Б., Новикова Н.А., Парфенова О.В., Фомина С.Г. Эпидемические варианты норо-вирусов генотипа GII.4 в Нижнем Новгороде в 2006–2012 гг. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммуно-биологии. 2014. № 2. С. 64–72. [Epifanova N.V., Lukovnikova L.B., Novikova N.A., Parfenova O.V., Fomina S.G. Epidemic variants of genotype noroviruses GII.4 in Nizhny Novgorod in 2006–2012. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2014, no. 2, pp. 64–72. (In Russ.)]3. Епифанова Н.В., Луковникова Л.Б., Голицына Л.Н., Фомина С.Г., Зверев В.В., Пономарёва Н.В., Парфёнова О.В., Новиков Д.В., Волкова М.А., Новикова Н.А. Этиологическая структура вирусных кишечных инфекций у детей в Нижнем Новгороде // Медицинский альманах. 2010. № 2 (11). С. 233–236. [Epifanova N.V., Lukovnikova L.B., Golitsyna L.N., Fomina S.G., Zverev V.V., Ponomareva N.V., Parfenova O.V., Novikov D.V., Volkova M.A., Novikova N.A. Etiological structure of viral intestinal infections in children in Nizhny Novgorod. Meditsinskii al’manakh = Medical Almanac, 2010, no. 2 (11), pp. 233–236. (In Russ.)]4. Жираковская Е.В., Аксанова Р.Х., Горбунова М.Г., Тикунов А., Курильщиков А.М., Соколов С.Н., Нетёсов С.В.,Тикунова Н.В. Генетическое разнообразие изолятов ротавирусов группы А, выявленных в Западной Сибири в 2007–2011 гг. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2012. № 4. C. 33–41. [Zhirakovskaia E.V., Aksanova R.Kh., Gorbunova M.G., Tikunov A., Kuril’shchikov A.M., Sokolov S.N., Netesov S.V., Tikunova N.V. Genetic diversity of group A rotavirus isolates found in Western Siberia in 2007–2011. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya = Molecular Genetics, Microbiology and Virology, 2012, no. 4, pp. 33–41. (In Russ.)]5. Жираковская Е.В., Тикунов А.Ю., Курильщиков А.М., Дёмина А.В., Покровская И.В., Шеронова О.Б., Позднякова Л.Л., Нетёсов С.В., Тикунова Н.В. Этиологическая структура острых кишечных инфекций у взрослых в Новосибирске // Инфекционные болезни. 2013. Т. 11, № 2. С. 31–37. [Zhirakovskaia E.V., Tikunov A.Yu., Kuril’shchikov A.M., Demina A.V., Pokrovskaya I.V., Sheronova O.B., Pozdnyakova L.L., Netesov S.V., Tikunova N.V. Etiological structure of acute intestinal infections in adults in Novosibirsk. Infektsionnye bolezni = Infectious Diseases, 2013, vol. 11, no. 2, pp. 31–37. (In Russ.)]6. Новикова Н.А., Епифанова Н.В., Федорова О.Ф. G[P]-генотипирование ротавирусов с использованием полимеразной цепной реакции: Методические рекомендации. Нижний Новгород, 2007. 16 с. [Novikova N.A., Epifanova N.V., Fedorova O.F. G[P]-genotipirovanie rotavirusov s ispol’zovaniem polimeraznoi tsepnoi reaktsii: Metodicheskie rekomendatsii [G[P]-genotyping of rotaviruses using the polymerase chain reaction: Methodological recommendations]. Nizhny Novgorod, 2007. 16 р.]7. Новокшонов А.А., Соколова Н.В., Сахарова А.А., Бережкова Т.В. Клиническая эффективность нового энтеросорбента в комплексной терапии острых кишечных инфекций вирусной этиологии у детей // Лечащий врач. 2009. № 7. С. 78–80. [Novokshonov A.A., Sokolova N.V., Sakharova A.A., Berezhkova T.V. The clinical efficacy of a new enterosorbent in the treatment of acute intestinal infections of viral etiology in children. Lechashchii vrach = The Attending Physician, 2009, no. 7, pp. 78–80. (In Russ.)]8. Bull R.A., Tu E.T.V., McIver C.J., Rawlinson W.D., White P.A. Emergence of a new norovirus genotype II.4 variant associated with global outbreaks of gastroenteritis. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, no. 2, pp. 327–333. doi: 10.1128/JCM.44.2.327–333.20069. De Grazia S., Platia M.A., Rotolo V., Colomba C., Martella V., Giammanco G.M. Surveillance of human astrovirus circulation in Italy 2002–2005: emergence of lineage 2c strains. Clin. Microbiol. Infect., 2011, vol. 17, no. 1, pp. 97–101. doi: 10.1111/j.1469-0691.2010.03207.x10. Di Stefano D.J., Kraiouchkine N., Mallette L., Maliga M., Kulnis G., Keller P.M., Clark H.F., Shaw A.R. Novel rotavirus VP7 typing assay using a one-step reverse transcriptase PCR protocol and product sequencing and utility of the assay for epidemiological studies and strain characterization, including serotype subgroup analysis. J. Clin. Microbiol., 2005, vol. 43, no. 12, pp. 5876–5880. doi: 10.1128/JCM.43.12.5876–5880.200511. Gabbay Y.B., Leite J.P., Oliveira D.S., Nakamura L.S., Nunes M.R.T., Mascarenhas J., D’Arc P., Heinemann M.B., Linhares A.C. Molecular epidemiology of astrovirus type 1 in Belém, Brazil, as an agent of infantile gastroenteritis, over a period of 18 years (1982–2000): identification of two possible new lineages. Virus Res., 2007, vol. 129, no. 2, pp. 166–174. doi: 10.1016/j.virusres.2007.07.00612. Glass R.I., Bresee J., Jiang B., Gentsch J., Ando T., Fankhauser R., Noel J., Parashar U., Rosen B., Monroe S.S. Gastroenteritis viruses: an overview. Novartis Found Symp., 2001, pp. 5–19.13. Kageyama T., Kojima S., Shinohara M., Uchida K., Fukushi S., Fuminori H.B., Takeda N., Katayama K. Broadly reactive and highly sensitive assay for Norwalk-like viruses based on real-time quantitative reverse transcription-PCR. J. Clin. Microbiol., 2003, vol. 41, no. 4, pp. 1548–1557. doi: 0.1128/JCM.41.4.1548–1557.200314. Kambhampati A., Koopmans M., Lopman B.A. Burden of norovirus in healthcare facilities and strategies for outbreak control. J. Hosp. Infect., 2015, vol. 89, no. 4, pp. 296–301. doi: 10.1016/j.jhin.2015.01.01115. Mahar J.E., Bok K., Green K.Y., Kirkwood C.D. The importance of intergenic recombination in norovirus GII.3 evolution. J. Virol., 2013, no. 87, pp. 3687–3698. doi: 10.1128/JVI.03056-1216. Noel J.S., Lee T.W., Kurtz J.B., Glass R.I., Monroe S.S. Typing of human astroviruses from clinical isolates by enzyme immunoassay and nucleotide sequencing. J. Clin. Microbiol., 1995, vol. 33, no. 4, pp. 797–801.17. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEG A6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol., 2013, no. 30, pp. 2725–2729. doi: 10.1093/molbev/mst19718. Van Beek J., Ambert-Balay K., Botteldoorn N., Eden J.S., Fonager J., Hewitt J., Iritani N., Kroneman A., Vennema H., Vinjé J., White P.A., Koopmans M., on behalf of NoroNet. Indications for worldwide increased norovirus activity associated with emergence of a new variant of genotype II.4, late 2012. Eurosurveillance, 2013, vol. 18, iss. 1, pp. 8–9.