Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI32710.15789/2220-7619-2015-3-225-232ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИMICROBIAL LANDSCAPE OF MICROFLORA OF A PHARYNX AT PATIENTS WITH TONSILLIT’S PATHOLOGYМИКРОБНЫЙ СОСТАВ МИКРОФЛОРЫ РОТОГЛОТКИ У БОЛЬНЫХ С ТОНЗИЛЛЯРНОЙ ПАТОЛОГИЕЙBorisovaO. Yu.БорисоваО. Ю.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Head of the Laboratory of Diagnostics of Diphtheria and Pertussis Infections of G.N. Gabrichevsky Institute of Epidemiology and Microbiology, Professor of Department of Microbiology and Virology of Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian Federation;

д.м.н., руководитель лаборатории диагностики дифтерийной и коклюшной инфекций ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора, профессор кафедры микробиологии и вирусологии ГОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова МЗ РФ, Москва, Россия;

olgborisova@mail.ruAleshkinV. A.АлешкинВ. А.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, Director of G.N. Gabrichevsky Institute of Epidemiology and Microbiology, Moscow, Russian Federation;

д.б.н., профессор, директор ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора, Москва, Россия; 

PimenovaA. S.ПименоваА. С.
Russian Federation

Junior Researcher, Laboratory of Diagnostic of Diphtheria and Pertussis Infections of G.N. Gabrichevsky Institute of Epidemiology and Microbiology, Moscow, Russian Federation; 

младший научный сотрудник лаборатории диагностики дифтерийной и коклюшной инфекций ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора, Москва, Россия;

KrukovA. I.КрюковА. И.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, Director of Research Institute of Clinical Otorhinolaryngology, Moscow, Russian Federation;

д.м.н., профессор, директор ГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского, Москва, Россия;

KunelskayaN. L.КунельскаяН. Л.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, Deputy Director for Scientific Work of Research Institute of Clinical Otorhinolaryngology, Moscow, Russian Federation; 

д.м.н., профессор, зам. директора по научной работе ГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского, Москва, Россия;

GurovA. V.ГуровА. В.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor of Department of Otorhinolaryngology, Professor of Department of Microbiology and Virology of Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian Federation;

д.м.н., профессор кафедры оториноларингологии лечебного факультета, профессор кафедры микробиологии и вирусологии педиатрического факультета ГОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова МЗ РФ, Москва, Россия;

ShadrinG. B.ШадринГ. Б.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head of Department of Research Institute of Clinical Otorhinolaryngology, Moscow, Russian Federation;

к.м.н., зав. консультативно-диагностическим отделением, старший научный сотрудник ГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского, Москва, Россия;

TovmasyanA. S.ТовмасянА. С.
Russian Federation

PhD (Medicine), Leader Scientist of Research Institute of Clinical Otorhinolaryngology, Moscow, Russian Federation;

к.м.н., старший научный сотрудник ГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского, Москва, Россия;

EfimovB. A.ЕфимовБ. А.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, Professor of Department of Microbiology and Virology of Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian Federation;

д.м.н., профессор, профессор кафедры микробиологии и вирусологии ГОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова МЗ РФ, Москва, Россия;

KafarskayaL. I.КафарскаяЛ. И.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, Head of Department of Microbiology and Virology of Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian Federation

д.м.н., профессор, зав. кафедрой микробиологии и вирусологии ГОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова МЗ РФ, Москва, Россия

G.N. Gabrichevsky Institute of Epidemiology and Microbilogy, Moscow, Russian Federation Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian FederationФБУН Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора, Москва, РоссияG.N. Gabrichevsky Institute of Epidemiology and Microbilogy, Moscow, Russian FederationФБУН Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора, Москва, РоссияResearch Institute of Clinical Otorhinolaryngology, Moscow, Russian FederationГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского, Москва, РоссияResearch Institute of Clinical Otorhinolaryngology, Moscow, Russian Federation Russian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian FederationГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского, Москва, Россия ГОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова МЗ РФ, Москва, РоссияRussian National Research Medical University named after N.I. Pirogov, Moscow, Russian FederationГОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова МЗ РФ, Москва, Россия01122015532252323011201530112015Copyright ©; 2015, Borisova O.Y., Aleshkin V.A., Pimenova A.S., Krukov A.I., Kunelskaya N.L., Gurov A.V., Shadrin G.B., Tovmasyan A.S., Efimov B.A., Kafarskaya L.I.Copyright ©; 2015, Борисова О.Ю., Алешкин В.А., Пименова А.С., Крюков А.И., Кунельская Н.Л., Гуров А.В., Шадрин Г.Б., Товмасян А.С., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И.2015Borisova O.Y., Aleshkin V.A., Pimenova A.S., Krukov A.I., Kunelskaya N.L., Gurov A.V., Shadrin G.B., Tovmasyan A.S., Efimov B.A., Kafarskaya L.I.Борисова О.Ю., Алешкин В.А., Пименова А.С., Крюков А.И., Кунельская Н.Л., Гуров А.В., Шадрин Г.Б., Товмасян А.С., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/327

The microbial landscape of microflora of a pharynx at patients with tonsillit’s pathology were studied. Materials and methods. 79 patients from GBUZ “Research Institute of Clinical Otorhinolaryngology” (78.5% patients with various forms of chronic tonsillitis and 21.5% of patients without chronic tonsillitis (control group). Among patients of the main group with chronic tonsillitis, at 60 (96.8%) patients there was a diagnosis chronic tonsillitis a toxical-allergic form of 1 degree (TAF I), at 1 (1.6%) the patient — chronic tonsillitis a toxical-allergic form II of degree (TAF II) and at 1 (1.6%) the patient — chronic tonsillitis. Identification of microorganisms carried out on cultural-morphological and biochemical properties. Specific identification of the hardly cultivated microorganisms and Corynebacterium was carried out by MALDI-TOFF MS of BioMerieux VITEK MS MALDI-TOF (“bioMerieux”, France). Identification of the allocated Corynebacterium was carried out by amplification of a gene rpoB and the subsequent direct sequencing. Results. The majority (98.7%) of the allocated microorganisms, treated 27 types and were Gram-positive. It is revealed 159 strains of 29 species of microorganisms, from them 41.4% of strains belonged to the Streptococcus, 19.7% — Staphylococcus, 36.9% — Corynebacterium. Among Streptococcus — 55.4% of S. viridans, 38.4% — S. pyogenes and 3.1% — of S. pneumoniae и S. oralis; Staphylococcus — 64.5% of S. aureus, 32.2% of S. epidermidis and 3.3% of S. hominis. 18 types of Corynebacterium — С. tuberculostearicum (17.2% strains), C. рseudodiphtheriticum (15.5% strains) and C. aurimucosum (18.9% strains) are revealed. At 44.3% of the surveyed patients the microflora is presented by a monoculture and at 55.7% associations are revealed. Conclusion. The microflora at patients with tonsillit’s pathology is characterized. At the expressed pathological process in a microbiota of a pharynx the monoculture while existence of associations testifies to less expressed pathological process prevails. 

Цель исследования: изучение микробного пейзажа микрофлоры ротоглотки у больных с тонзиллярной патологией. Материалы и методы. Обследовано 79 больных из ГБУЗ Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского. Из них 78,5% пациентов с различными формами хронического тонзиллита (основная группа) и 21,5% пациентов с патологией полости носа без хронического тонзиллита (контрольная группа). Среди пациентов основной группы с хроническим тонзиллитом, у 60 (96,8%) больных был диагноз хронический тонзиллит, токсико-аллергическая форма I степени (ТАФ I), у 1 (1,6%) больного — хронический тонзиллит, токсико-аллергическая форма II степени (ТАФ II) и у 1 (1,6%) больного — хронический тонзиллит. Видовую идентификацию микроорганизмов проводили по культурально-морфологическим, тинкториальным и биохимическим свойствам. Видовую идентификацию труднокультивируемых микроорганизмов и коринебактерий проводили масс-cпектрометрическим методом с использованием времяпролетного масс-спектрометра BioMerieux VITEK MS MALDI-TOF («bioMerieux», Франция). Идентификацию выделенных коринебактерий проводили путем амплификации гена rpoB и последующего прямого секвенирования амплифицированных фрагментов. Результаты. Большинство (98,7%) выделенных микроорганизмов относилось к 27 видам и были грамположительными. Всего идентифицировано 159 штаммов, принадлежащих к 29 видам микроорганизмов, из них 41,4% штаммов относились к роду Streptococcus, 19,7% — к роду Staphylococcus, 36,9% — к роду Corynebacterium. Среди микроорганизмов рода Streptococcus — 55,4% штаммов относились к стрептококкам группы viridians, 38,4% штаммов к S. pyogenes и по 3,1% штаммов — к S. pneumoniae и S. oralis. При идентификации штаммов рода Staphylococcus, 64,5% штаммов относились к S. aureus, 32,2% штаммов к S. epidermidis и у одного больного (3,3%) выделен S. hominis. Выявлено 18 видов коринебактерий с преобладанием С. tuberculostearicum (17,2% штаммов), C. рseudodiphtheriticum (15,5% штаммов) и C. aurimucosum (18,9% штаммов). У 44,3% обследованных пациентов микробный пейзаж представлен монокультурой и у 55,7% выявлены ассоциации микроорганизмов. Заключение. Впервые охарактеризован микробный пейзаж у больных с тонзиллярной патологией с идентификацией 18 видов коринебактерий. При выраженном патологическом процессе в микробиоте ротоглотки наблюдалось превалирование монокультуры, в то время как наличие ассоциаций свидетельствовало о менее выраженном патологическом процессе. Установлена тенденция уменьшения с возрастом разнообразия выделенных микроорганизмов. 

tonsillitismicrofloramicrobiocenosispharynxMALDI-TOF MSCorynebacteriumStaphylococcusStreptococcusCandida albicansхронический тонзиллитмикрофлорамикробный пейзажротоглоткаMALDI-TOF MSкоринебактериистафилококкистрептококкикандида1. Боровский Е.В., Леонтьев В.К. Биология полости рта. М.: Медицина, 1991. 301 с. [Borovskii E.V., Leontiev V.K. Biologiya polosti rta [Biology of oral cavity]. Moscow: Medicine, 1991, 301 p.]2. Крюков А.И., Шостак Н.А., Туровский А.Б., Жуховицкий В.Г., Елисеев О.В. Анализ эффективности консервативного лечения простой формы хронического тонзиллита // Вестник оториноларингологии. 2005. № 3. С. 50–51. [Krukov A.I., Shostac N.A., Turovskii A.B., Zuchovizkii B.G., Eliseev O.V. Analysis of efficiency of conservative treatment of a simple form of chronic tonsillitis. Vestnik otorinolaringologii = Herald of Otorhinolaryngology, 2005, no. 3, pp. 50–51. (In Russ.)]3. Крюков А.И., Сухина М.А., Жуховицкий В.Г. Роль микрофлоры в этиологии хронического тонзиллита // Вестник оториноларингологии. 2010. № 3. С. 4–6. [Krukov A.I., Suchinina M.A., Zuchovizkii V.G. Role of microflora in an etiology of chronic tonsillitis. Vestnik otorinolaringologii = Herald of Otorhinolaryngology, 2010, no. 3, pp. 4–6. (In Russ.)]4. Крюков А.И., Кунельская Н.Л., Туровский А.Б. Стрептококковые заболевания глотки // Русский медицинский журнал. 2006. Т. 14, № 27. С. 1972–1973. [Krukov A.I., Kunelskai N.L., Turovskii A.B. Streptococcal diseases of a throat. Russkii meditsinskii zhurnal = Russian Medical Journal, 2006, vol. 14, no. 27, pp. 1972–1973. (In Russ.)]5. Abreu N.A., Nagalingam N.A., Song Y., Roediger F.C., Pletcher S.D., Goldberg A.N., Lynch S.V. Sinus microbiome diversity depletion and Corynebacerium tuberculostearicum enrichment mediates rhinosinusitis. Science Transl. Medicine, 2012, vol. 4, no. 151, pp. 151ra124. doi: 10.1126/scitranslmed.30037836. Alatoom A., Cazanave C.J., Cunningham S.C., Ihde S.M., Patel R. Identification of non-diphtheriae Corynebacterium by use of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. J. Clin. Microbiol., 2012, vol. 50, no. 1, pp. 160–163. doi: 10.1128/JCM.05889-117. Bernard K. The genus Corynebacterium and other medically relevant coryneform-like bacteria. J. Clin. Microbiol., 2012, vol. 50, no. 10, pp. 3152–3158. doi: 10.1128/JCM.00796-128. Brook I. Failure of penicillin to eradicate group A beta-hemolytic streptococci tonsillitis: causes and management. J. Otolaryngology, 2001, vol. 30, pp. 324–329.9. Diez-Aguilar M., Ruiz-Garbajosa P., Fernanez-Olmos A., Guisado P., Del Campo R., Quereda C., Cantón R., Meseguer M.A. Non-diphtheriae Corynebacterium species: an emerging respiratory pathogen. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Disease, 2012, vol. 32, no. 6, pp. 769–772. doi: 10.1007/s10096-012-1805-510. Hinic V., Lang C., Weisser M., Strauba C., Freia R., Goldenbergera D. Corynebacterium tuberculostearicum: a potentially misidentified and multiresistant Corynebacterium species isolated from clinical specimens. J. Clin. Microbiol., 2012, vol. 50, no. 8, pp. 2561–2567. doi: 10.1128/JCM.00386-1211. Jensen A., Fagö-Olsen H., Sørensen C.H., Kilian M. Molecular mapping to species level of the tonsillar crypt microbiota associated with health and recurrent tonsillitis. PLOS One, 2013, vol. 8, no. 2, pp. e56418. doi: 10.1371/journal.pone.005641812. Khamis A., Raoult D., La Scola B. Comparison between rpoB and 16SrRNA gene sequencing for molecular identification of 168 clinical isolates of Corynebacterium. J. Clin. Microbiol., 2005, vol. 43, no. 4, pp. 1934–1936. doi: 10.1128/JCM.43.4.1934-1936.200513. Khamis A., Raoult D., La Scola B. rpoB gene sequencing for identification of Corynebacterium species. J. Clin. Microbiol., 2004, vol. 42, no. 9, pp. 3925–3931. doi: 10.1128/JCM.42.9.3925-3931.200414. Nhan T.X., Parienti J.J., Badiou G., Leclercq R., Cattoir V. Microbiological investigation and clinical significance of Corynebacterium spp. In respiratory specimens. Diagn. Microbiol. and Infect. Disease, 2012, vol. 74, pp. 236–241. doi: 10.1016/j.diagmicrobio. 2012.07.00115. Pascual C., Lawson P.A., Farrow J.A., Gimenez M.N., Collins M.D. Phylogenetic analysis of the genus Corynebacterium based on 16SrRNA gene sequences. Int. J. Syst. Bacteriol., 1995, vol. 45, no. 4, pp. 724–728. doi: 10.1099/00207713-45-4-724