<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">2112</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-MOS-2112</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>METHODS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>МЕТОДЫ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Method of selective isolation of <italic>Acinetobacter baylyi</italic> from river water</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Метод селективного выделения <italic>Acinetobacter baylyi</italic> из речной воды</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Sivolodskii</surname><given-names>Evgeny P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Сиволодский</surname><given-names>Евгений Петрович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>DSc (Medicine), Professor of the Department of Microbiology; Senior Researcher, Laboratory of Molecular and Biological Technologies</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., профессор кафедры микробиологии; старший научный сотрудник лаборатории молекулярно-биологических технологий</p></bio><email>lykraeva@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kraeva</surname><given-names>Lyudmila A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Краева</surname><given-names>Людмила Александровна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>DSc (Medicine), Head of the Laboratory of Medical Bacteriology; Professor of the Department of Microbiology</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., зав. лабораторией медицинской бактериологии; профессор кафедры микробиологии</p></bio><email>lykraeva@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Melnikova</surname><given-names>Elena V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Мельникова</surname><given-names>Елена Владимировна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Bacteriologist, Laboratory of Bacteriology of the Central Clinical Diagnostic Laboratory</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>врач-бактериолог лаборатории бактериологии Центральной клинико-диагностической лаборатории</p></bio><email>lykraeva@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Military Medical Academy named after S.M. Kirov</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБВОУ ВО Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова МО РФ</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">St.Petersburg Pasteur Institute</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="preprint" iso-8601-date="2023-03-07" publication-format="electronic"><day>07</day><month>03</month><year>2023</year></pub-date><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2023-04-01" publication-format="electronic"><day>01</day><month>04</month><year>2023</year></pub-date><volume>13</volume><issue>1</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>191</fpage><lpage>196</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2023-01-04"><day>04</day><month>01</month><year>2023</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2023-02-12"><day>12</day><month>02</month><year>2023</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2023, Sivolodskii E.P., Kraeva L.A., Melnikova E.V.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2023, Сиволодский Е.П., Краева Л.А., Мельникова Е.В.</copyright-statement><copyright-year>2023</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Sivolodskii E.P., Kraeva L.A., Melnikova E.V.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Сиволодский Е.П., Краева Л.А., Мельникова Е.В.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/2112">https://iimmun.ru/iimm/article/view/2112</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>The aim of the study is to increase the selectivity of isolating <italic>Acinetobacter baylyi</italic> from river water. For developing a selective culture medium, we used 5 strains of <italic>A. baylyi</italic>, 4 of which were isolated from the water of the river Neva, 1 — from clinical material. <italic>A. baylyi</italic> strains were identified by a combination of phenotypic features and/or using the mass spectrometric method (MALDI-ToF MS). In preliminary studies we found that the bacteria <italic>A. baylyi</italic> utilizes no L-phenylalanine as a single source of carbon and nitrogen, as well as the only source of carbon in a medium with mineral nitrogen sources, but utilizes L-phenylalanine as the only source of nitrogen only if it is supplemented with ethanol as the only source of carbon. Based on this <italic>A. baylyi</italic> property, a selective medium was developed for the isolation of these bacteria from river water. Composition and preparation of liquid selective medium were as follows: 1 liter of distilled water added with L-phenylalanine (CAS 63-91-2) 2.0 (g/l); NaCI 5.0; Na<sub>2</sub>SO<sub>4</sub> 2.0; KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub> 1.0; K<sub>2</sub>HPO<sub>4</sub> 2.5; MgSO<sub>4</sub> 0.1; dissolved while heating, boiled for 5 minutes, 4 ml of 96-degree ethanol was added to a warm medium, pH 7.2±0.2 assessed; 40 ml were poured into sterile vials. Dense selective medium: the same ingredients and extra 15.0 g of agar are added to 1 liter of distilled water; with similar preparation technique, the medium is poured into sterile Petri dishes. Method of application of selective nutrient medium for isolation of <italic>A. baylyi</italic> from river water: water from the river Neva is seeded in a volume of 10 ml into a vial with 40 ml of liquid selective medium, incubated in aerobic conditions at 28°С for 48 h, then the enriched material from the flask is placed with a bacteriological loop onto the surface of same dense selective medium in two flasks; incubated in aerobic conditions at 28°С for 48 h. 10 isolated colonies are selected for subsequent identification, they are transplanted into sectors of nutrient agar, incubated at 28°С 24 h and isolates are identified by a complex of phenotypic characteristic of <italic>A. baylyi</italic>, and/or by the MALDI-ToF MS method. In this case, 19 isolates from 20 were identified as <italic>A. baylyi</italic> (95% of isolates). A study using this technique of three more water samples from the river Neva showed the results of the same narrowly selective orientation — 90–95% of the isolates were bacteria <italic>A. baylyi</italic>.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Цель исследования — повышение селективности выделения бактерий <italic>Acinetobacter baylyi</italic> из речной воды. При разработке селективной среды использовали 5 штаммов <italic>A. baylyi</italic>, из них 4 были выделены из воды реки Невы, 1 — из клинического материала. Штаммы <italic>A. baylyi</italic> идентифицировали по комплексу фенотипических признаков и/или с помощью масс-спектрометрического метода (MALDI-ToF MS). В предварительных исследованиях было установлено, что бактерии <italic>A. baylyi</italic> не утилизируют L-фенилаланин в качестве единственного источника углерода и азота, а также в качестве единственного источника углерода на среде с минеральными источниками азота, но утилизируют L-фенилаланин в качестве единственного источника только азота, если он дополняется этанолом в качестве единственного источника углерода. На основе этого свойства <italic>A. baylyi</italic> была разработана селективная среда для выделения этих бактерий из речной воды. Состав и приготовление жидкой селективной среды: в 1 л дистиллированной воды вносят (г/л) L-фенилаланин (CAS 63-91-2) 2,0; NaCI 5,0; Na<sub>2</sub>SO<sub>4</sub> 2,0; KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub> 1,0; K<sub>2</sub>HPO<sub>4</sub> 2,5; MgSO<sub>4</sub> 0,1; растворяют при нагревании, кипятят 5 мин, добавляют в теплую среду 4 мл 96-градусного этанола, проверяют рН 7,2±0,2; разливают по 40 мл в стерильные флаконы. Плотная селективная среда: содержит на 1 л дистиллированной воды те же ингредиенты и дополнительно 15,0 г агара; приготовление такое же, среду разливают в стерильные чашки Петри. Методика применения селективной питательной среды для выделения <italic>A. baylyi</italic> из речной воды: воду реки Невы засевают в объеме 10 мл во флакон с 40 мл жидкой селективной среды, инкубируют в аэробных условиях при 28°С 48 ч, затем пересевают бактериологической петлей обогащенный материал из флакона на поверхность плотной селективной среды такого же состава в две чашки; инкубируют посевы в аэробных условиях при 28°С 48 ч. Отбирают для последующей идентификации по 10 изолированных колоний, пересевают их на секторы питательного агара, инкубируют при 28°С 24 ч и идентифицируют изоляты по комплексу фенотипических признаков, характерных для <italic>A. baylyi</italic>, и/или методом MALDI-ToF MS. В данном примере из 20 выделенных изолятов 19 являлись бактериями <italic>A. baylyi</italic> (95% изолятов). Исследование по указанной методике еще трех проб воды из реки Невы показали результаты одинаковой узкоселективной направленности — 90–95% изолятов составляли бактерии <italic>A. baylyi</italic>.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>Acinetobacter baylyi</kwd><kwd>selective synthetic medium</kwd><kwd>isolation from water</kwd><kwd>L-phenylalanine</kwd><kwd>ethanol</kwd><kwd>ecology of bacteria</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>Acinetobacter baylyi</kwd><kwd>селективная синтетическая среда</kwd><kwd>выделение из речной воды</kwd><kwd>L-фенилаланин</kwd><kwd>этанол</kwd><kwd>экология бактерий</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Патент № 2769434 Российская Федерация. МПК C12N 1/20 (2006.01), C12Q 1/04 (2006.01), C12R 1/01 (2006). Способ выделения бактерий вида Acinetobacter baylyi из речной воды; № 2021130073, заявлено 2021.10.14, опубликовано 2022.03.31 / Сиволодский Е.П. Патентообладатель: Сиволодский Евгений Петрович. 6 с. [Patent No 2769434 Russian Federation, Int.Cl. C12N 1/20 (2006.01), C12Q 1/04 (2006.01), C12R 1/01 (2006/01). Method for isolation of Acinetobacter baylyi from river water; № 2021130073, application 2021.10.14; date of publication 2022.03.31 / Sivolodskij E.P. Proprietors Sivolodskij Evgenij Petrovich. 6 p. (In Russ.)]</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Сиволодский Е.П., Горелова Г.В., Богословская С.П., Зуева Е.В. Селективная синтетическая питательная среда «Ацинетобактер фенилаланин агар» для выделения и идентификации бактерий комплекса Acinetobacter calcoaceticus –Acinetobacter baumannii // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 5. С. 591–596. [Sivolodskii E.P., Gorelova G.V., Bogoslovskaja S.P., Zueva E.V. Selective syntetic growth medium «Acinetobacter phenylalanine agar» for isolation and identification of Acinetobacter calcoaceticus–Acinetobacter baumannii complex species. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2020, vol. 10, no. 3, pp. 591–596. (In Russ.)] doi: 10.15789/2020-7619-ASS-1177</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Carr E.L., Kampfer P., Patel B.K.C., Gurtler V., Seviour R.J. Seven novel spesies of Acinetobacter isolated from activated sludge. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, vol. 53, no. 4, pp. 953–963. doi: 10.1099/ijs.0.02486-0</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Chen T.L., Siu L.K., Lee Y.T., Chen C.H., Huang L.Y., Wu R.C., Cho W.L., Fung C.P. Acinetobacter baylyi as a pathogen for opportunistic infection. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, no. 9, pp. 2938–2944. doi: 10.1128/JCM.00232-08</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Krizova L., Maixnerova M., Sedo O., Nemec A. Acinetobacter albensi sp. nov., isolated from natural soil and water ecosystems. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2015, vol. 65, no. 11, pp. 3905–3915. doi: 10.1099/ijs.0.00051</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Suarez G.A., Dugan K.R., Renda B.A., Leonard S.P., Gangavarapu L.S., Barrick J.E. Rapid and assured genetic engineering methods applid to Acinetobacter baylyi ADPI genome streamlining. Nucleic Acids Res., 2020, vol. 48, no.8, pp. 4505–4600. doi: 10.1093/nar/gkaa204</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Zhou Z., Du X., Wang L., Yang Q., Fu Y., Yu Y. Clinical carbapenem-resistant Acinetobacter baylyi strain coharboring blaSIM-1 and blaOXA-23 from China. Antimicrob. Agents Chemother., 2011, vol. 55, no. 11, pp. 5347–5349. doi: 10.1128/AAC.00425-11</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
