Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI183910.15789/2220-7619-COR-1839ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИResearch ArticleCharacteristics of respiratory tract bacterial microflora detected in patients suffering from community-acquired pneumonia during continuing spread of the new coronavirus infection in Khabarovsk city (december 2020 — march 2021)Бактериальная микрофлора респираторного тракта, выявленная у больных внебольничной пневмонией в период продолжающегося распространения новой коронавирусной инфекции в г. Хабаровске (декабрь 2020 — март 2021 г.)https://orcid.org/0000-0003-3050-4472TrotsenkoOlga E.ТроценкоОльга Евгеньевна
Russian Federation

hD, MD (Medicine), Director

д.м.н., директор

trotsenko_oe@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9197-8519BondarenkoAlbina P.БондаренкоАльбина Павловна
Russian Federation

PhD (Medicine), Head of the Bacteriological Laboratory

к.м.н., зав. лабораторией бактериологии

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7170-3032ShmylenkoVlada A.ШмыленкоВлада Александровна
Russian Federation

Researcher, Bacteriological Laboratory

научный сотрудник лаборатории бактериологии

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5695-6752BazykinaElena A.БазыкинаЕлена Анатольевна
Russian Federation

Researcher

научный сотрудник

alyonaf@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-2570-711XPshenichnayaNatalia Yu.ПшеничнаяНаталья Юрьевна
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, Deputy Director for Clinical Analytical Studies

д.м.н., профессор, зам. директора по клинико-аналитической работе

natalia-pshenichnaya@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3531-4996ZaitsevaTatiana A.ЗайцеваТатьяна Анатольевна
Russian Federation

Head

руководитель

root@sanepid.khv.ruTkachevaNatalia K.ТкачеваНаталья Константиновна
Russian Federation

Hospital Epidemiologist

госпитальный эпидемиолог

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3872-0006OgienkoOlga N.ОгиенкоОльга Николаевна
Russian Federation

Junior Researcher, Bacteriological Laboratory

младший научный сотрудник лаборатории бактериологии

adm@hniiem.ruKhabarovsk Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology of the Federal Service for Surveillance on Consumers Rights Protection and Human Wellbeing (Rospotrebnadzor)ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии РоспотребнадзораCentral Scientific Research Institute of Epidemiology of the Federal Service for Surveillance on Consumers Rights Protection and Human Wellbeing (Rospotrebnadzor)ФБУН Центральный НИИ Эпидемиологии РоспотребнадзораThe Khabarovsk Krai Rospotrebnadzor Regional OfficeУправление Роспотребнадзора по Хабаровскому краюMedical-Prophylactic Institution No. 2ЛПУ № 217062022151120221247137252112202125042022Copyright ©; 2022, Trotsenko O.E., Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Bazykina E.A., Pshenichnaya N.Y., Zaitseva T.A., Tkacheva N.K., Ogienko O.N.Copyright ©; 2022, Троценко О.Е., Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Базыкина Е.А., Пшеничная Н.Ю., Зайцева Т.А., Ткачева Н.К., Огиенко О.Н.2022Trotsenko O.E., Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Bazykina E.A., Pshenichnaya N.Y., Zaitseva T.A., Tkacheva N.K., Ogienko O.N.Троценко О.Е., Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Базыкина Е.А., Пшеничная Н.Ю., Зайцева Т.А., Ткачева Н.К., Огиенко О.Н.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/1839

Objective of the research — to specify respiratory tract bacterial microflora in patients suffering from community-acquired pneumonia (CAP) during initial and repeat examination. To determine local factors affecting microflora in the cohort examined.

Materials and methods. Surveillance subject — 241 patients with CAP differed by their status and age who stayed in two healthcare facilities of the Khabarovsk city. Examination of respiratory smears was performed. Results. Indices of Gram-negative enterobacteria (30.8% [22.6–39.7%]) and Gram-negative nonfermentable bacteria (14.5% [8.6–21.7%]), isolated from patients hospitalized in healthcare institution No. 1 and mostly comprised of the elderly (aged over 61 years — 82.0%; 74.3–88.6%) with more severe disease state including patients at the ICU, were higher compared to data obtained from healthcare institution No. 2 (19.8% (13.4–27.0); 6.1% (2.7–10.8) respectively). Prevalent pathogen was Klebsiella pneumoniae — 13.6% (7.8–20.6) and 10.7% (6.0–16.5). Identification of Acinetobacter baumannii complex — 6.4% (2.6–11.7) and 3.1% (0.8–6.7) — should be also noted. A high percentage of drug-resistant bacterial variants was observed and for Klebsiella pneumoniae totaled 66.7% (41.8–87.4) and 57.1% (32.2–80.2) at the healthcare institutions No. 1 and No. 2, respectively. A. baumannii complex drug resistant variants were found in 85.7% (52.7–99.97) at healthcare institution No. 1. All isolates of A. baumannii complex at the healthcare institution No. 2 were drug resistant. High prevalence of Candida spp. was revealed in both healthcare institutions reaching 54.5% (45.2–63.7) and 58.0% (49.5–66.3), respectively, with minimal detection rate of classic pathogens such as S. pneumoniae — 5.4% (2.0–10.4) and 5.3% (2.1–9.8) and H. influenzae — 3.6% (0.9–7.9) and 3.8% (1.2–7.7), respectively. Repeat examination of 122 patients conducted 7–10 days later showed diverse changes in microflora spectrum regardless of the healthcare institution that was manifested as loss or emergence of drug-resistant variants as well as simultaneous presence of different variants of the same pathogen.

Conclusion. The results obtained evidence about complexity and variety of mechanisms underlying microorganism community formation during the course of infectious process in patients. Local factors influencing microflora characteristics of patients at the two healthcare institutions were revealed.

Цель исследования — определить бактериальную микрофлору респираторного тракта больных внебольничной пневмонией (ВП) при их первичном и повторном обследовании, выявить локальные факторы, влияющие на показатели микрофлоры у наблюдаемого контингента. Объект наблюдения — 241 больной ВП из двух лечебных учреждений г. Хабаровска, различающихся по статусу и возрастному составу пациентов. Исследованы респираторные мазки. В ЛПУ № 1, в котором сосредоточены пациенты старше 61 года — 82,0% (74,3–88,6) с более тяжелым течением болезни, в том числе пациенты РАО, показатели выявления грамотрицательных энтеробактерий — 30,8% (22,6–39,7) и неферментирующих грамотрицательных бактерий — 14,5% (8,6–21,7) были выше по сравнению с ЛПУ № 2 — 19,8% (13,4–27,0) и 6,1% (2,7–10,8) соответственно группам возбудителей. Ведущий возбудитель в обоих ЛПУ — Klebsiella pneumoniae — 13,6% (7,8–20,6) и 10,7% (6,0–16,5). Следует отметить регистрацию Acinetobacter baumannii complex — 6,4% (2,6–11,7) и 3,1% (0,8–6,7). Характерна высокая доля участия лекарственноустойчивых вариантов — 66,7% (41,8–87,4) и 57,1% (32,2–80,2) для K. pneumoniae, в ЛПУ № 1 и ЛПУ № 2 соответственно, и для A. baumannii complex — в ЛПУ № 1 их вклад составил 85,7% (52,7–99,97), в ЛПУ № 2 все изоляты имели лекарственную устойчивость. В обоих ЛПУ у больных отмечены высокие показатели выявления грибов рода Candida — 54,5% (45,2–63,7) и 58,0% (49,5–66,3) соответственно, и минимальные уровни классических возбудителей: S. pneumoniae — 5,4% (2,0–10,4) и 5,3% (2,1–9,8) и H. influenzae — 3,6% (0,9–7,9) и 3,8% (1,2–7,7) соответственно. Через 7–10 дней при повторном обследовании 122 больных отмечено разнонаправленное изменение микрофлоры, независимое от статуса ЛПУ, и проявляющееся как по линии утраты лекарственноустойчивых вариантов, так и в приобретении их или одновременном присутствии разных вариантов одного возбудителя. Полученные результаты свидетельствуют о сложности и множественности механизмов формирования популяции микроорганизмов в динамике инфекционного процесса у больного. Выявлены локальные факторы, влияющие на показатели микрофлоры больных в двух лечебных учреждениях.

community-acquired pneumoniapatientsbacterial microflorainitial examinationrepeat examinationinfluence of local factorsвнебольничная пневмониябольныебактериальная микрофлорапервичное обследованиеповторное обследованиевлияние локальных факторовБондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Зайцева Т.А. Некоторые аспекты развития эпидемического процесса инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (обзор литературы) // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2019. № 36. С. 92–97. [Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Trotsenko O.E., Zaitseva T.A. Some aspects of epidemic process of health care-associated infections (literature review). Dal’nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii = Far Eastern Journal of Infectious Pathology, 2019, no. 36, pp. 92–97. (In Russ.)]Гончаров А.Е., Зуева Л.П., Мохов А.С., Колоджиева В.В., Мельцер М.В., Хавлина Т.В., Оришак Е.А. Распространение мультиантибиотикорезистентных возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, в стационарах для лечения пациентов с COVID-19 // Практические аспекты эпидемиологии и вакцинопрофилактики. 2021. Т. 20, № 2. С. 68–73. [Goncharov A.E., Zueva L.P., Mokhov A.S., Kolodzhieva V.V., Mel’tser M.V., Khavlina T.V., Orishak E.A. Spread of multi-antibiotic-resistant health-care pathogens in hospitals to treat COVID-19 patients. Prakticheskie aspekty epidemiologii i vaktsinoprofilaktiki = Epidemiology and Vaccinal Prevention, 2021, vol. 20, no. 2, pp. 68–73. (In Russ.)] doi: 10.31631/2073-3046-2021-20-2-68-73Гороховский В.С., Слободенюк Е.В., Бобровникова М.Ю., Дьяченко С.В. Влияние сотовых телефонов медицинского персонала на распространение проблемных резистентных микроорганизмов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 4. С. 302–305 [Gorokhovskii V.S., Slobodenyuk E.V., Bobrovnikova M.Yu., D’yachenko S.V. Impact of healthcare workers’ cell phones on the spread of multidrug-resistant microorganisms. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2020, vol. 22, no. 4, pp. 302–305. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2020.4.302-305Караулов А.В., Афанасьев С.С., Алешкин В.А., Бондаренко Н.Л., Воропаева Е.А., Афанасьев М.С., Несвижский Ю.В., Алешкин А.В., Борисова О.Ю., Овсянникова Е.Г., Рубальский О.В., Пылев А.Л., Бочкарева С.С., Сердюков В.Г., Рубальская Е.Е., Воропаев А.Д., Махмудов Р.С. Механизмы приобретения вирулентности условно-патогенными микроорганизмами и формирования пула нозокомиальных штаммов в микробиоценозах слизистых открытых полостей организма // Астраханский медицинский журнал. 2018. Т. 13, № 2. С. 17–31. [Karaulov A.V., Afanas’ev S.S., Aleshkin V.A., Bondarenko N.L., Voropaeva E.A., Afanas’ev M.S., Nesvizhskii Yu.V., Aleshkin A.V., Borisova O.Yu., Ovsyannikova E.G., Rubal’skii O.V., Pylev A.L., Bochkareva S.S., Serdyukov V.G., Rubal’skaya E.E., Voropaev A.D., Makhmudov R.S. Mechanisms of virulence acquisition of opportunistic microorganisms and nosocomial strains pool formation in mucosal microbiocenoses of open cavities of the body. Astrakhanskii meditsinskii zhurnal = Astrakhan Medical Journal, 2018, vol. 13, no. 2, pp. 17–31. (In Russ.)] doi: 10.17021/2018.13.2.17.31Куцевалова О.Ю., Козель Ю.Ю., Розенко Д.А., Мартынов Д.В., Коршунова О.В. Анализ антибиотикорезистентности основных грамотрицательных патогенов в стационарах Ростова-на-Дону и области // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 2. С. 143–148. [Kutsevalova O.Yu., Kozel’ Yu.Yu., Rozenko D.A., Martynov D.V., Korshunova O.V. Antimicrobial resistance of gram-negative pathogens isolated from hospitalized patients in Rostov region. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2020, vol. 22, no. 2, pp. 143–148. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2020.2.143-148Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Ковалев Е.В., Носков А.К. Внебольничные пневмонии бактериальной этиологии и спектр чувствительности возбудителей к антибиотикам у коронапозитивных и коронанегативных больных г. Ростова-на-Дону // Антибиотики и химиотерапия. 2021. Т. 66, № 1–2. С. 26–32. [Pavlovich N.V., Tsimbalistova M.V., Aronova N.V., Anisimova A.S., Vodop’yanov S.O., Vodop’yanov A.S., Gudueva E.N., Sagakyants M.M., Kovalev E.V., Noskov A.K. Community-acquired pneumonia of bacterial etiology and the spectrum of pathogen sensitivity to antibiotics in corona-positive and corona-negative patients in Rostov-on-Don. Antibiotiki i Khimioterapiya = Antibiotics and Chemotherapy, 2021, vol. 66, no. 1–2, pp. 26–32. (In Russ.)] doi: 10.37489/0235-2990-2021-66-1-2-26-32Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В., Карпущенко Г.В., Чемисова О.С., Пичурина Н.Л., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Гудуева Е.Н., Слись С.С., Пшеничная Н.Ю., Литовко А.Р., Асмолова Н.Ю. Этиология внебольничных пневмоний в период эпидемического распространения COVID-19 и оценка риска возникновения пневмоний, связанных с оказанием медицинской помощи // Здоровье населения и среда обитания. 2021. № 7. С. 67–75. [Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Noskov A.K., Kovalev E.V., Karpushchenko G.V., Chemisova O.S., Pichurina N.L., Pavlovich N.V., Vodop’yanov S.O., Gudueva E.N., Slis’ S.S., Pshenichnaya N.Yu., Litovko A.R., Asmolova N.Yu. Etiology of community-acquired pneumonia during the epidemic spread of COVID-19 and healthcare-associated pneumonia risk assessment. Zdorov’e naseleniya i sreda obitaniya = Public Health and Life Environment, 2021, no. 7, pp. 67–75. (In Russ.)] doi: 10.35627/2219-5238/2021-29-7-67-75Скачкова Т.С., Шипулина О.Ю., Шипулин Г.А., Шеленков А.А., Янушевич Ю.Г., Михайлова Ю.В., Замятин М.Н., Гусаров В.Г., Петрова Н.В., Лашенкова Н.Н., Фомина В.С., Шагин Д.А. Изучение генетического разнообразия штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многофункциональном медицинском центре г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 1. С. 69–74. [Skachkova T.S., Shipulina O.Yu., Shipulin G.A., Shelenkov A.A., Yanushevich Yu.G., Mikhailova Yu.V., Zamyatin M.N., Gusarov V.G., Petrova N.V., Lashenkova NN., Fomina V.S., Shagin D.A. Characterization of genetic diversity of the Klebsiella pneumoniae strains in a Moscow tertiary care center using next-generation sequencing. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2019, vol. 21, no. 1, pp. 69–74. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2019.1.69-74Тапальский Д.В., Осипов В.А., Евсеенко Е.О., Савельева А.К., Козловская И.В., Козик А.П. Металло-бета-лактамазы и карбапенемазы экстремально-антибиотикорезистентных Klebsiella pneumoniae: распространение в Беларуси // Здравоохранение. 2017. № 3. С. 40–47. [Tapal’skii D.V., Osipov V.A., Evseenko E.O., Savel’eva A.K., Kozlovskaya I.V., Kozik A.P. New deli metallo-beta-lactamase and other carbapenemases among extreme antibiotic-resistant klebsiella pneumoniae: occurrence in Belarus. Zdravookhranenie = Healthcare, 2017, no. 3, pp. 40–47. (In Russ.)]Тапальский Д.В., Петровская Т.А., Козлова А.И., Эйдельштейн М.В. Потенцирование антибактериальной активности колистина в отношении множественно- и экстремально-резистентных клинических изолятов Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и Pseudomonas aeruginosa антибиотиками разных групп // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 2. С. 128–136. [Tapal’skii D.V., Petrovskaya T.A., Kozlova A.I., Eidel’shtein M.V. Potentiation of antimicrobial activity of colistin with antibiotics of different groups against multidrug- and extensively drug-resistant strains of Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2020, vol. 22, no. 2, pp. 128–136. (In Russ.)]Чезганова Е.А., Ефимова О.С., Созинов С.А., Ефимова А.Р., Сахарова В.М., Кутихин А.Г., Основа М.В., Исмагилов З.Р., Брусина Е.Б. Больничная пыль как потенциальный резервуар госпитальных штаммов // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019. Т. 19, № 4. С. 82–92. [Chezganova E.A., Efimova O.S., Sozinov S.A., Efimova A.R., Sakharova V.M., Kutikhin A.G., Osnova M.V., Ismagilov Z.R., Brusina E.B. Particulate Matter in a Hospital Environment: as Potential Reservoir for Hospital Strains. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika = Epidemiology and Vaccinal Prevention, 2019, vol. 19, no. 4, pp. 82–92. (In Russ.)]Шек Е.А., Тапальский Д.В., Склеенова Е.Ю., Сухорукова М.В., Карпов И.А., Эйдельштейн М.В. Генетическое разнообразие штаммов Acinetobacter baumannii, продуцирующих карбапенемазы, в Беларуси: роль «международных клонов высокого риска» в распространении устойчивости к карбапенемам // Иммунопатология, аллергология, инфектология. 2018. № 2. С. 59–64. [Shek E.A., Tapal’skii D.V., Skleenova E.Yu., Sukhorukova M.V., Karpov I.A., Eidel’shtein M.V. Genetic diversity of Acinetobacter baumannii strains producing carbapenemases in Belarus: the role of “international high-risk clones” in the spread of resistance to carbapenems. Immunopatologiya, allergologiya, infektologiya = International Journal of Immunopathology, Allergology, Infectology, 2018, no. 2, pp. 59–64. (In Russ.)] doi: 10.14427/jipai.2018.2.59Izaguirre-Anariba D.E., Sivapalan V. Chryseobacterium indologenes, an emerging bacteria: a case report and review of literature. Cureus, 2020, vol. 12, no. 1: e6720. doi: 10.7759/cureus.6720Mani S., Nair J. Pantoea Infections in the neonatal intensive care unit. Cureus, 2021, vol. 13, no. 2: e13103. doi: 10.7759/cureus.13103