Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI1817910.15789/2220-7619-AOP-18179ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИUnknownAnalysis of phenotypic properties and genetic determinants of antimicrobial resistance in Klebsiella aerogenes isolatesАнализ фенотипических свойств и генетических детерминант устойчивости к антимикробным препаратам у изолятов Klebsiella aerogeneshttps://orcid.org/0000-0001-6588-259157199710917V-4210-2018GrigorovaEkaterina VladimirovnaГригороваЕкатерина Владимировна
Russian Federation

Candidate of biological sciences, researcher at the laboratory of microbiome and microecology

Кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории микробиома и микроэкологии

buxarowa.ekaterina@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7656-342X51764227900AAB-4717-2020NemchenkoUliana MikhailovnaНемченкоУльяна Михайловна
Russian Federation

Candidate of Biological Sciences, Senior Researcher at the Laboratory of Microbiome and Microecology

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории микробиома и микроэкологии

umnemch@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9720-068X8373682700N-6987-2014BelkovaNatalia LeonidovnaБельковаНаталья Леонидовна
Russian Federation

Candidate of Biological Sciences, Associate Professor, Leading Researcher at the Laboratory of Microbiome and Microecology

кандидат биологических наук, доцент, ведущий научный сотрудник лаборатории микробиома и микроэкологии

nlbelkova@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-0979-881657202131923M-5830-2018KlimenkoElizaveta StanislavovnaКлименкоЕлизавета Станиславовна
Russian Federation

Junior Researcher at the Laboratory of Microbiome and Microecology

младший научный сотрудник лаборатории микробиома и микроэкологии

klimenko.elizabet@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0004-3614-663158682343800SmurovaNadezhda EvgenievnaСмуроваНадежда Евгеньевна
Russian Federation

Laboratory assistant at the Microbiome and Microecology Laboratory

лаборант лаборатории микробиома и микроэкологии

nadinasmurova@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9217-68766602084322SavilovEvgeny DmitrievichСавиловЕвгений Дмитриевич
Russian Federation

MD, Professor, Chief Researcher at the Laboratory of Epidemiologically and Socially Significant Infections

доктор медицинских наук, профессор, главный научный сотрудник лаборатории эпидемиологически и социально-значимых инфекций

savilov47@gmail.comScientific Centre for Family Health and Human Reproduction ProblemsФГБНУ Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека290920262503202629082026Copyright ©; , Grigorova E.V., Nemchenko U.M., Belkova N.L., Klimenko E.S., Smurova N.E., Savilov E.D.Copyright ©; , Григорова Е.В., Немченко У.М., Белькова Н.Л., Клименко Е.С., Смурова Н.Е., Савилов Е.Д.Grigorova E.V., Nemchenko U.M., Belkova N.L., Klimenko E.S., Smurova N.E., Savilov E.D.Григорова Е.В., Немченко У.М., Белькова Н.Л., Клименко Е.С., Смурова Н.Е., Савилов Е.Д.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/18179

Klebsiella aerogenes is an important pathogen associated with outbreaks of respiratory and urinary tract infections often associated with resistance to cephalosporins, carbapenems, and other classes of antimicrobial drugs. The aim of the study was to analyze the phenotypic properties and genetic determinants underlying antimicrobial drug resistance based on whole‑genome sequencing of K. aerogenes strains. For this, three isolates of K. aerogenes previously isolated from clinical material of children were retrieved from the collection of the Laboratory of Microbiome and Microecology. The strains were identified using conventional methods and mass spectrometry. Phenotype analysis was carried out using the Burri‑Ginsa method, the mucus production test, the SENSILATEST G‑II, the disc diffusion method, the “double discs” method, and the CIM-test. Bacterial- isolate-specific genome-wide sequencing and genotyping, search and description of plasmids, as well as resistance and virulence genes were performed. K. aerogenes isolates formed no capsules and hyperviscous mucus. According to SENSILATEST G-II and disco diffusion method, either two isolates No. 89 and 93 or all three isolates, respectively, were verified as multidrug-resistant strains. The isolates produced ESBL, but not carbapenemases. The GC composition of all three draft genomes is characteristic of the K. aerogenes species. Isolates No. 89 and 93 were assigned to ST‑389, while isolate No. 13 – to ST‑4/CC1. All isolates were characterized by detecting a wide array of determinants encoding antibiotic resistance, among which efflux systems held a lead place. The predominant virulence determinants in the studied strains were yersiniabactin, flagella, adhesins, and enterobactin. The fepC gene was a distinctive trait of strain No. 13. Each K. aerogenes isolate was found to carry one conjugative plasmid. Comparing plasmid from isolate No. 13 and plasmids from isolates No. 89 and 93 differed in size, replicon and relaxase type, as well as pilus type. A distinctive characteristic for the study K. aerogenes isolates is identifying a specific phenotype characterized by the production of extended‑spectrum β‑lactamases but not carbapenemases, as well as the presence of genetic markers thereby suggesting a potential link between pathogenic, virulent properties and antimicrobial resistance.

Klebsiella aerogenes является важным патогеном, связанным со вспышками инфекций дыхательных и мочеполовых путей. Такие инфекции часто ассоциированы с устойчивостью к цефалоспоринам, карбапенемам и другим классам антимикробных препаратов. Целью исследования явился анализ фенотипических свойств и генетических детерминант, лежащих в основе устойчивости к антимикробным препаратам на основе данных полногеномного секвенирования штаммов K. aerogenes. Объектом исследования стали три изолята K. aerogenes, из коллекции лаборатории микробиома и микроэкологии, которые ранее были выделены из клинического материала детей. Штаммы идентифицированы общепринятыми методами и масс-спектрометрией. Анализ фенотипа проводили с помощью методов Бурри Гинса, теста на слизеобразование, СЕНСИЛАТЕСТА Г-II и диско-диффузионного метода, метода «двойных дисков» и СIM-теста. Проводили полногеномное секвенирование и генотипирование изолятов, поиск и описание плазмид, а также генов устойчивости и вирулентности. Изоляты K. aerogenes не образовывали капсулы и гипервязкую слизь. По результатам СЕНСИЛАТЕСТА Г-II два изолята № 89 и 93, а по диско-диффузионному методу все три изолята являлись штаммами с множественной лекарственной устойчивостью. Изоляты продуцировали ESBL, но при этом не вырабатывали карбапенемазы. GC–состав всех трех драфт геномов характерен для вида K. аerogenes. Изоляты № 89 и № 93 отнесли к ST-389, а № 13 к ST-4/СС1. Все изоляты характеризовались наличием широкого разнообразия детерминант, кодирующих устойчивость к антибиотикам, среди которых эффлюкс-системы занимали лидирующее положение. Преобладающими детерминантами вирулентности исследуемых штаммов были иерсиниабактин, жгутики, адгезины, а также энтеробактин. Ген fepC являлся отличительной особенностью для штамма № 13. У каждого изолята K. aerogenes обнаружена одна конъюгативная плазмида. Плазмида изолята № 13 отличалась от плазмид изолятов № 89 и 93 размером, типом репликона и релаксазы, а также типом пилей. Отличительной характеристикой выделенных изолятов K. aerogenes является выявление специфического фенотипа с продукцией β-лактамаз расширенного спектра и отсутствием карбапенемаз, а также наличие генетических маркеров, что указывает на возможную взаимосвязь патогенных, вирулентных свойств и устойчивости к антимикробным препаратам.

Klebsiella aerogenesantimicrobialsAMDresistancephenotypegenome-wide sequencinggenotype.Klebsiella aerogenesантимикробные препаратыАМПустойчивостьфенотипполногеномное секвенированиегенотип.The study was carried out within the framework of the state task No. 126020216227-3Исследование выполнено в рамках госзадания № 126020216227-3Анисимова А.С., Павлович Н.В., Аронова Н.В., Цимбалистова М.В., Гудуева Е.Н., Пасюкова Н.И., Теплякова Е.Д., Носков А. К. Биологические свойства и антибиотикорезистентность Klebsiella pneumoniae и её роль в этиологической структуре возбудителей внебольничных пневмоний // Антибиотики и химиотерапия. 2023. Т. 68, № 5-6. С. 11–18.Anisimova A.S., Pavlovich N.V., Aronova N.V., Tsimbalistova M.V., Gudueva E.N., Pasyukova N.I., Teplyakova E.D., Noskov A.K. Biological Properties and Antibiotic Resistance of Klebsiella pneumoniae and Its Role in the Etiological Structure of Community-Acquired Pneumonia Pathogens. Antibiotics and Chemotherapy, 2023, vol. 68, no. 5-6, pp. 11-18. https://www.antibiotics-chemotherapy.ru/jour/article/view/1040/913 [doi: 10.37489/0235-2990-2023-68-5-6-11-18]Белобородов В.Б., Голощапов О.В., Гусаров В.Г., Дехнич А.В., Замятин М.Н., Золотухин К.Н., Зубарева Н.А., Зырянов С.К., Камышова Д.А., Климко Н.Н., Козлов Р.С., Кулабухов В.В., Матинян Н.В., Петрушин М.А., Полушин Ю.С., Попов Д.А., Пырегов А.В., Руднов В.А., Сидоренко С.В., Соколов Д.В., Сычев И.Н., Шлык И.В., Эйдельштейн М.В., Яковлев С.В. Диагностика и антимикробная терапия инфекций, вызванных полирезистентными микроорганизмами» (обновление 2024 года) // Вестник анестезиологии и реаниматологии. 2025. Т. 22, № 2. С. 149-189.Beloborodov V.B., Goloshchapov O.V., Gusarov V.G., Dekhnich A.V., Zamyatin M.N., Zolotukhin K.N., Zubareva N.A., Zyryanov S.K., Kamyshova D.A., Klimko N.N., Kozlov R.S., Kulabukhov V.V., Matinyan N.V., Petrushin M.A., Polushin Yu.S., Popov D.A., Pyregov A.V., Rudnov V.A., Sidorenko S.V., Sokolov D.V., Sychev I.N., Shlyk I.V., Eydelstein M.V., Yakovlev S.V. Diagnosis and antimicrobial therapy of infections caused by polyresistant microorganisms (updated 2024). Messenger of аnesthesiology and resuscitation, 2025, vol. 22, no. 2, pp. 149-189. https://www.vair-journal.com/jour/article/view/1211/797 [doi: 10.24884/2078-5658-2025-22-2-149-189]Белькова Н.Л., Григорова Е.В., Носкова О.А., Маркова Ю.А., Немченко У.М., Воропаева Н.М., Дмитриева А.М., Клименко Е.С., Кунгурцева Е.А., Чемезова Н.Н., Огарков О.Б., Савилов Е.Д. Биопленки и их роль в развитии инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи. Иркутск: РИО ИГМАПО, 2020. 76 с.Belkova N.L., Grigorova E.V., Noskova O.A., Markova Yu.A., Nemchenko U.M., Voropaeva N.M., Dmitrieva A.M., Klimenko E.S., Kungurtseva E.A., Chemezova N.N., Ogarkov O.B., Savilov E.D. Biofilms and their role in the development of infections related to the provision of medical care. Irkutsk: RIO IGMAPO, 2020. 76 p. https://elibrary.ru/item.asp?id=46467087Белькова Н.Л., Клименко Е.С., Немченко У.М., Григорова Е.В., Ситникова К.О., Зугеева Р.Е., Смурова Н.Е., Чемезова Н.Н., Савилов Е.Д. Биологические свойства и генетическая структура клинических изолятов комплекса видов Klebsiella pneumoniae // Acta Biomedica Scientifica. 2024. Т. 9, № 1. С. 91–101.Belkova N.L., Klimenko E.S., Nemchenko U.M., Grigorova E.V., Sitnikova K.O., Zugeeva R.E., Smurova N.E., Chemezova N.N., Savilov E.D. Biological properties and genetic structure of clinic isolates of Klebsiella pneumoniae species. Acta biomedica scientifica, 2024, vol. 3, no. 1, pp. 91–101. https://www.actabiomedica.ru/jour/article/view/4598/2732 [doi: 10.29413/ABS.2024-9.1.6]Воропаева Н.М., Немченко У.М., Ситникова К.О., Савилов Е.Д., Чемезова Н.Н., Григорова Е.В., Сорокина А.В., Зугеева Р.Е., Белькова Н.Л. Частота встречаемости штаммов с множественной антибиотикорезистентностью в структуре условно-патогенных микроорганизмов // Acta Biomedica Scientifica. 2022. Т. 7, №5. С. 145–153.Voropaeva N.M., Nemchenko U.M., Sitnikova K.O., Savilov E.D., Chemezova N.N., Grigorova E.V., Sorokina A.V., Zugeeva R.E., Belkova N.L. Frequency of strains with multiple antibiotic resistance in the structure of opportunitistic pathogens. Acta biomedica scientifica, 2022, vol. 7, no. 5, pp. 145-153. https://www.actabiomedica.ru/jour/article/view/3816/2418 [doi: 10.29413/ABS.2022-7.5-1.16]Воропаева Н.М., Белькова Н.Л., Немченко У.М., Григорова Е.В., Чемезова Н.Н., Савилов Е.Д. Этиологическая структура инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, и антибиотикорезистетность основных возбудителей инфекций // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2023. Т. 22, №1. С. 68–73.Voropaeva N.M., Nemchenko U.M., Grigorova E.V., Bel'kova N.L., Chemezova N.N., Savilov E.D. Structure and Antibiotic Resistance of the Main Causative agents of Infections Associated with the Provision of Medical care. Epidemiology and Vaccinal Prevention, 2023, vol. 22, no.1, pp. 68-73. https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1750/916 [doi: 10.31631/2073-3046-2023-22-1-68-73]Гостев В.В., Сидоренко С.В. Гетерорезистентность: клиническое значение и методы выявления (обзор литературы) // Клиническая лабораторная диагностика. 2023. Т. 68, № 7. С. 418-427.Gostev V.V., Sidorenko S.V. Heteroresistance: clinical implications and detection methods (review of literature). Russian Сlinical Laboratory Diagnostics, 2023, vol. 68, no. 7, pp. 418-427. https://clinlabdia.ru/wp-content/uploads/2023/06/klin_lab_07_2023-42-51-1.pdf [doi: 10.51620/0869- 2084-2023-68-7-418-427]Григорова Е.В., Немченко У.М., Ракова Е.Б., Савелькаева М.В., Сердюк Л.В. Капсулообразование как фактор селекции фагорезистентных штаммов Klebsiella spp. у детей с функциональными нарушениями органов пищеварения. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2016. № 12. С. 9-12.Grigorova E.V., Nemchenko U.M., Rakova E.B., Savel’Kaeva M.V., Serdyuk L.V. Capsule formation as a selection factor of phagoresistent Klebsiella spp. strains among children having functional intestinal disorders. Experimental and Clinical Gastroenterology, 2016, no. 12, pp. 9-12. https://www.nogr.org/jour/article/view/336/336Немченко У.М., Белькова Н.Л., Клименко Е.С., Смурова Н.Е., Зугеева Р.Е., Синьков В.В., Савилов Е.Д. Генетический потенциал к образованию биопленок клинических штаммов Pseudomonas aeruginosa // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2025. Т. 29, №4. С. 594–599.Nemchenko U.М., Belkova N.L., Klimenko E.S., Smurova N.E., Zugeeva R.E., Sinkov V.V., Savilov E.D. Genetic potential for biofilm formation of clinical strains of Pseudomonas aeruginosa. Vavilov Journal of genetics and breeding, 2025, vol. 29, no. 4, pp. 594–599. https://vavilovj-icg.ru/download/13_Nemchenko.pdf [doi 10.18699/vjgb-25-62]Немченко У.М., Кунгурцева Е.А., Савелькаева М.В., Григорова Е.В., Иванова Е.И., Туник Т.В., Рычкова Л.В. Микробиоценоз толстого кишечника и способность к биопленкообразованию штаммов Klebsiella spp. у детей с функциональными гастроинтестинальными расстройствами. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2020. Т. 174, №4. С. 59-56. Nemchenko U.M., Kungurtsevа E.A., Savelkaeva M.V., Grigorova E.V., Ivanova E.I., Tunik T.V., Rychkova L.V. Microbiocenosis of colon and ability to biofi lm formation of strains Klebsiella spp. in children with functional gastrointestinal disorders. Experimental and Clinical Gastroenterology, 2020, vol. 174, no. 4, pp. 59-56. https://www.nogr.org/jour/article/view/1305/1266 [doi: 10.31146/1682-8658-ecg-176-4-59-64]Немченко У.М., Ситникова К.О., Григорова Е.В., Сухорева М.В., Белькова Н.Л., Чемезова Н.Н., Савилов Е.Д. Формирование биопленок клиническими изолятами условно-патогенных микроорганизмов под влиянием дезинфицирующих средств // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2024. Т. 26, № 4. С. 522-528.Nemchenko U.M., Sitnikova K.O., Grigorova E.V., Sukhoreva M.V., Belkova N.L., Chemezova N.N., Savilov E.D. Biofilm formation by clinical isolates of conditionally pathogenic microorganisms under the influence of disinfectants. Clinical Microbiology and antimicrobial chemotherapy, 2024. vol. 26, no. 4, pp. 522-528. https://cmac-journal.ru/publication/2024/4/cmac-2024-t26-n4-p522/ [doi: 10.36488/cmac.2024.4.522-528]Ситникова К.О., Немченко У.М., Воропаева Н.М., Григорова Е.В., Савилов Е.Д., Маркова Ю.А., Белькова Н.Л. Динамика образования биоплёнок клинически значимыми штаммами условно-патогенных бактерий // Acta Biomedica Scientifica. 2022. Т. 7, № 5-1. С. 119-128.Sitnikova K.O., Nemchenko U.M., Voropaeva N.M., Grigorova E.V., Savilov E.D., Markova Yu.A., Belkova N.L. The effectiveness of biofilm formation of daily cultures of clinically significant strains of opportunistic bacteria. Acta Biomedica Scientifica, 2022, vol. 7, no. 5-1, pp. 119-128. https://www.actabiomedica.ru/jour/article/view/3812/2415 [doi: 10.29413/ABS.2022-7.5-1.13]Angammana H., Omadevuae K., Bengualid V., Khader R. Silent Invader: A Rare Case of Enterobacter aerogenes Empyema in a Hospice Patient With Complex Comorbidities. Cureus, 2024, vol. 16, no. 11, pp. E73397. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11631160/ [doi: 10.7759/cureus.73397]Baier-Grabner S., Equiluz-Bruck S., Endress D., Blaschitz M., Schubert S., Indra A., Fudel M., Frischer T., Götzinger F. A Yersiniabactin-producing Klebsiella aerogenes Strain Causing an Outbreak in an Austrian Neonatal Intensive Care Unit. Pediatr. Infect. Dis. J., 2022, vol. 41, no. 7, pp. 593-599. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35421055/ [doi: 10.1097/INF.0000000000003553]Basic A., Blomqvist S., Charalampakis G., Dahlén G. Antibiotic resistance among Aerobic Gram-Negative Bacilli isolated from patients with oral inflammatory dysbiotic conditions-a retrospective study. Front. Dent. Med., 2024, vol. 5, pp. 1293202. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11811782/ [doi: 10.3389/fdmed.2024.1293202]Belkova N., Nemchenko U., Klimenko E., Smurova N., Zugeeva R., Sukhoreva M.2, Sinkov V., Savilov E. Resistance of Pseudomonas aeruginosa to Antibiotics During Long-Term Persistence in Patients with Cystic Fibrosis. Antibiotics, 2025, vol. 14, pp. 302. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11939139/ [doi: 10.3390/antibiotics14030302]Cheng Q., Ma Z., Gong Z., Liang Y., Guo J., Ye X., Han Z., Yao Z. Whole-genome sequencing analysis of Klebsiella aerogenes among men who have sex with men in Guangzhou, China. Front. Microbiol., 2023, vol. 14, pp. 1102907. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10272549/ [doi: 10.3389/fmicb.2023.1102907]Codjoe F.S., Kotey F.C.N., Donkor E.S. Profile of outer membrane proteins of carbapenem-resistant Gram-negative bacilli in Ghana. BMC Res. Notes, 2025, vol. 18, no. 1, pp. 49. https://link.springer.com/content/pdf/10.1186/s13104-024-07070-6.pdf [doi: 10.1186/s13104-024-07070-66]Cole A.L., Marzahn M.R., Valdespino E.L., Patel R., Cole A.M. Nasal microbiome inhabitants with anti-Staphylococcus aureus activity. Microbiol. Spectr., 2025, vol. 13, no. 10, pp. E0102425. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12502565/ [doi: 10.1128/spectrum.01024-25]Cui X., Du B., Feng J., Feng Y., Fan Z., Chen J., Cui J., Gan L., Fu T., Tian Z., Zhang R., Yan C., Zhao H., Xu W., Xu Z., Yu Z., Ding Z., Li Z., Chen Y., Xue G., Yuan J. A novel phage carrying capsule depolymerase effectively relieves pneumonia caused by multidrug-resistant Klebsiella aerogenes. J. Biomed. Sci., 2023, vol. 30, no. 1, pp. 75. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10470133/ [doi: 10.1186/s12929-023-00946-y]Custodio M.M., Sanchez D., Anderson B., Ryan K.L., Walraven C., Mercier R.C. Emergence of Resistance in Klebsiella aerogenes to Piperacillin-Tazobactam and Ceftriaxone. Antimicrob. Agents Chemother., 2021, vol. 65, no. 2, pp. E01038-20. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7848979/ [doi: 10.1128/AAC.01038-20]Gomaa F.A.M., Helal Z.H., Khan M.I. High Prevalence of blaNDM-1, blaVIM, qacE, and qacEΔ1 Genes and Their Association with Decreased Susceptibility to Antibiotics and Common Hospital Biocides in Clinical Isolates of Acinetobacter baumannii. Microorganisms, 2017, vol. 5, no. 2, pp. 18. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5488089/ [doi: 10.3390/microorganisms5020018]González-Montalvo M.A., Sorescu J.M., Baltes G., Juárez O., Tuz K. The respiratory chain of Klebsiella aerogenes in urine-like conditions: critical roles of NDH-2 and bd-terminal oxidases. Front. Microbiol., 2024, vol. 15, pp. 1479714. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11576283/ [doi: 10.3389/fmicb.2024.1479714]Grome H.N., Grass J.E., Duffy N., Bulens S.N., Ansari U., Campbell D., Lutgring J.D., Gargis A.S., Masters T., Kent A.G., McKay S.L., Smith G., Wilson L.E., Vaeth E., Evenson B., Dumyati G., Tsay R., Phipps E., Flores K., Wilson C.D., Czaja C.A., Johnston H., Janelle S.J., Lynfield R., O'Malley S., Vagnone P.S., Maloney M., Nadle J., Guh A.Y. Carbapenem-Resistant and Extended-Spectrum β-Lactamase-Producing Enterobacterales in Children, United States, 2016-2020. Emerg. Infect. Dis., 2024, vol. 30, no. 6, pp. 1104-1114. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11138972/ [doi: 10.3201/eid3006.231734]Holt K.E., Lassalle F., Wyres K.L., Wick R., Mostowy R.J. Diversity and evolution of surface polysaccharide synthesis loci in Enterobacteriales. ISME J., 2020, vol. 14, no. 7, pp. 1713-1730. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9038750/ [doi: 10.1038/s41396-021-01181-9]Janda J.M., Abbott S.L. The Changing Face of the Family Enterobacteriaceae (Order: “Enterobacterales”): New Members, Taxonomic Issues, Geographic Expansion, and New Diseases and Disease Syndromes. Clin. Microbiol. Rev., 2021, vol. 34, no. 2, pp. E00174-20. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33627443/ [doi: 10.1128/CMR.00174-20]Jolley K.A., Bray J.E., Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications. Wellcome Open Res. 2018 Sep 24;3:124. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6192448/ [doi: 10.12688/wellcomeopenres.14826.1]Kelemen J., Sztermen M., Dakos E.K., Budai J., Katona J., Szekeressy Z., Sipos L., Papp Z., Stercz B., Dunai Z.A., Kocsis B., Juhasz J., Michelisz F., Daku Z., Domokos J., Szabo D., Eross L. Complex Infection-Control Measures with Disinfectant Switch Help the Successful Early Control of Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Outbreak in Intensive Care Unit. Antibiotics (Basel), 2024, vol. 13, no. 9, pp. 869. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11428383/ [doi: 10.3390/antibiotics13090869]Kula A., Arman M., Appleberry H., Wolfe A.J., Putonti C. Draft genomes of Klebsiella aerogenes, Klebsiella huaxiensis, and Klebsiella michiganensis isolates from the urinary tract. Microbiol. Resour. Announc., 2024, vol. 13, no. 9, pp. E0049224. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11385447/ [doi: 10.1128/mra.00492-24]Lacuna A.R.G., Dato M.C., Loterio L.M.M., Dayrit G.B., Villanueva S.Y.A.M., Lota M.M.M. In-Vitro Determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC) and Contact Time of Povidone-Iodine against Staphylococcus aureus and Klebsiella aerogenes Using Micro Suspension Test, Colorimetric Resazurin Microplate Assay, and Dey Engley Neutralizer Assay. Acta Med. Philipp., 2025, vol. 59, no. 4, pp. 113-124. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12037336/ [doi: 10.47895/amp.v59i4.10222]Li G., Shi J., Zhao Y., Xie Y., Tang Y., Jiang X., Lu Y. Identification of hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates using the string test in combination with Galleria mellonella infectivity. European journal of clinical microbiology & infectious Diseases: official publication of the European Society of Clinical Microbiology, 2020, vol. 39, no. 9, pp. 1673–9. https://link.springer.com/article/10.1007/s10096-020-03890-z [doi: 10.1007/s10096-020-03890-z]Li L., Li S., Wei X., Lu Z., Qin X., Li M. Infection with Carbapenem-resistant Hypervirulent Klebsiella pneumoniae: clinical, virulence and molecular epidemiological characteristics. Antimicrob Resist Infect Control, 2023, vol. 12, no. 1, pp. 124. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10642049/ [10.1186/s13756-023-01331-y]Liu B., Zheng D., Zhou S., Chen L., Yang J. VFDB 2022: a general classification scheme for bacterial virulence factors. Nucleic Acids Res., 2022, vol. 50, no. D1, pp. D912-D917. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8728188/ [doi: 10.1093/nar/gkab1107]Liu X., Xu Q., Yang X., Heng H., Yang C., Yang G., Peng M., Chan E.W.-C., Chen S. Capsular polysaccharide enables Klebsiella pneumoniae to evade phagocytosis by blocking host-bacteria interactions. Mbio, 2025, vol. 16, no. 3, p. e0383824. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11898582/ [doi: 10.1128/mbio.03838-24]Malek A., McGlynn K., Taffner S., Fine L., Tesini B., Wang J., Mostafa H., Petry S., Perkins A., Graman P., Hardy D., Pecora N. Next-Generation-Sequencing-Based Hospital Outbreak Investigation Yields Insight into Klebsiella aerogenes Population Structure and Determinants of Carbapenem Resistance and Pathogenicity. Antimicrob. Agents Chemother., 2019, vol. 63, no. 6, pp. E02577-18. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6535514/ [doi: 10.1128/AAC.02577-18]Mazumder R., Hussain A., Bhadra B., Phelan J., Campino S., Clark T.G., Mondal D. Case report: A successfully treated case of community-acquired urinary tract infection due to Klebsiella aerogenes in Bangladesh. Front. Med. (Lausanne), 2023, vol. 10, pp. 1206756. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10330784/ [doi: 10.3389/fmed.2023.1206756]Miao M., Wen H., Xu P., Niu S., Lv J., Xie X., Mediavilla J.R., Tang Y.W., Kreiswirth B.N., Zhang X., Zhang H., Du H., Chen L. Genetic Diversity of Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae (CRE) Clinical Isolates From a Tertiary Hospital in Eastern China. Front. Microbiol., 2019, vol. 9, pp. 3341. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6340961/ [doi: 10.3389/fmicb.2018.03341]Morgado S., Fonseca É., Freitas F., Caldart R., Vicente A.C. In-depth analysis of Klebsiella aerogenes resistome, virulome and plasmidome worldwide. Sci. Rep., 2024, vol. 14, no. 1, pp. 6538. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10951357/ [doi: 10.1038/s41598-024-57245-1]Nemchenko U.M., Voropaeva N.M., Sitnikova K.O., Belkova N.L., Savilov E.D.1.2 Testing a Method for Evaluation of the Viability of Bioflm-Forming Bacteria after Exposure to Disinfectants. Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 2023, vol. 176, no. 1, pp. 60–63. https://link.springer.com/article/10.1007/s10517-023-05967-z [doi: 10.1007/s10517-023-05967-z]Ojdana D., Sieńko A., Sacha P., Majewski P., Wieczorek P., Wieczorek A., Tryniszewska E. Genetic basis of enzymatic resistance of E. coli to aminoglycosides. Adv. Med. Sci., 2018, vol. 63, no. 1, pp. 9-13. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28763677/ [doi: 10.1016/j.advms.2017.05.004]Rissman A.I., Mau B., Biehl B.S., Darling A.E., Glasner J.D., Perna N.T. Reordering contigs of draft genomes using the Mauve aligner. Bioinformatics, 2009, vol. 25, pp. 2071-2073. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2723005/ [doi: 10.1093/bioinformatics/btp356]Robertson J., Nash J.H.E. MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies. Microb. Genom., 2018, vol. 4, no. 8, pp. E000206. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6159552/ [doi: 10.1099/mgen.0.000206]Ryan B.E., Holmes C.L., Stark D.J., Shepard G.E., Mills E.G., Khadka S., Van Tyne D., Bachman M.A., Mike L.A. Arginine regulates the mucoid phenotype of hypervirulent Klebsiella pneumoniae. Nat. Commun., 2025, vol. 16, no. 1, pp. 5875. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12219000/ [doi: 10.1038/s41467-025-61047-y]Selim M.I., El-Banna T., Sonbol F., Elekhnawy E. Arthrospira maxima and biosynthesized zinc oxide nanoparticles as antibacterials against carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae and Acinetobacter baumannii: a review article. Microb. Cell Fact., 2024, vol. 23, no. 1, pp. 311. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11575411/ [doi: 10.1186/s12934-024-02584-x]Sid Ahmed M.A., Abdel Hadi H., Abu Jarir S., Ahmad Khan F., Arbab M.A., Hamid J.M., Alyazidi M.A., Al-Maslamani M.A., Skariah S., Sultan A.A., Al Khal A.L., Söderquist B., Ibrahim E.B., Jass J., Ziglam H. Prevalence and microbiological and genetic characteristics of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa over three years in Qatar. Antimicrob. Steward Healthc Epidemiol., 2022, vol. 2, no. 1, pp. e96. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9726487/ [doi: 10.1017/ash.2022.226]Sinkov V.V., Orlova E.A., Ogarkov O.B., Suzdalnitsky A.E., Kondratov I.G., Belkova N.L., Rychkova L.V., Kolesnikova L.I. The Genome of Staphylococcus epidermidis Isolated from Caseous Tuberculoma. Russian Journal of Genetics, 2024, vol. 60, no. 10, pp. 1451–1455. https://colab.ws/articles/10.31857%2Fs0016675824100139 [doi: 10.1134/S1022795424701011]Takei K., Ogawa M., Sakata R., Kanamori H. Molecular Epidemiology of Carbapenem-Resistant Klebsiella aerogenes in Japan. Int. J. Mol. Sci., 2024, vol. 25, no. 8, pp. 4494. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11049973/ [doi: 10.3390/ijms25084494]Tindall B.J., Sutton G., Garrity G.M. Enterobacter aerogenes Hormaeche and Edwards 1960 (Approved Lists 1980) and Klebsiella mobilis Bascomb et al. 1971 (Approved Lists 1980) share the same nomenclatural type (ATCC 13048) on the Approved Lists and are homotypic synonyms, with consequences for the name Klebsiella mobilis Bascomb et al. 1971 (Approved Lists 1980). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2017, vol. 67, no. 2, pp. 502-504. https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.001572#tab2 [doi: 10.1099/ijsem.0.001572]Van Alin A., Corbett M.K., Fathollahzadeh H., Tjiam M.C., Putnis A., Eksteen J., Kaksonen A.H., Watkin E. Klebsiella aerogenes Adhesion Behaviour during Biofilm Formation on Monazite. Microorganisms, 2023, vol. 11, no. 5, pp. 1331. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10222597/ [doi: 10.3390/microorganisms11051331]Wesevich A., Sutton G., Ruffin F., Park L.P., Fouts D.E., Fowler V.G. Jr., Thaden J.T.. Newly Named Klebsiella aerogenes (formerly Enterobacter aerogenes) Is Associated with Poor Clinical Outcomes Relative to Other Enterobacter Species in Patients with Bloodstream Infection. J. Clin. Microbiol., 2020, vol. 58, no. 9, pp. E00582-20. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32493786/ [doi: 10.1128/JCM.00582-20]Xu Q., Pan F., Sun Y., Wang C., Shi Y., Zhang T., Yu F., Zhang H. Fecal Carriage and Molecular Epidemiology of Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae from Inpatient Children in a Pediatric Hospital of Shanghai. Infect. Drug Resist., 2020, vol. 13, pp. 4405-4415. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7735787/ [doi: 10.2147/IDR.S275549]Yin N., Krygier J., Mairesse C., Libois A., Quoilin S., Martiny D. Klebsiella aerogenes ST117 causing folliculitis in men having sex with men, Belgium, February 2025. Euro Surveill., 2025, vol. 30, no. 20, pp. 2500304. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12105092/ [doi: 10.2807/1560-7917.ES.2025.30.20.2500304]Zierke L., Mourad R., Kohler T.P., Müsken M., Hammerschmidt S. Influence of the polysaccharide capsule on virulence and fitness of Klebsiella pneumoniae. Front. Microbiol., 2025, vol. 16, pp. 1450984. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11839663/ [doi: 10.3389/fmicb.2025.1450984]https://pubmlst.org/ (дата обращения 12.01.2026 г.)https://next.pathogen.watch/en (дата обращения 13.01.2026 г.)