junior research associate of the laboratory of epidemiology and prophylaxis of viral hepatitis and AIDS.
младший научный сотрудник лаборатории эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа.
chief of the laboratory of epidemiology and prevention of viral hepatitis and AIDS.
заведующий лабораторией эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа.
MD PHD, director of the FBUN Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of the Federal Service for surveillance on consumer rights protection and human wellbeing.
доктор медицинских наук, директор ФБУН Хабаровского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора.
MD PHD, professor, director of the FKUZ Irkutsk antiplague research institute of Siberia and Far East of the Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing (Rospotrebnadzor).
доктор медицинских наук, профессор, директор ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Роспотребнадзора.
chief of the Far Eastern regional center on prevention and combat against AIDS.
руководитель Дальневосточного окружного Центра по профилактике и борьбе со СПИД.
Despite extensive investigation of hepatitis C virus (HCV) molecular and biological properties, assessing clustering of hepatitis C virus (HCV) circulating in Russia and separately in the Far Eastern federal district was understudied.
Objective – to conduct a phylogenetic analysis and evaluate clustering of HCV obtained from HCV monoinfected and HIV+HCV co-infected patients in the Far Eastern federal district.
Materials and methods. In the study, 277 HCV NS5B nucleotide sequences (233 - HCV mono-infected and 44 – HIV-HCV co-infected) including 152 sequences originated from the Far Eastern Federal district (122 – HCV mono-infected and 30 - HIV-HCV co-infected) were analyzed. Phylogenetic reconstruction was performed using the BEAST v.2.6.7 software package. Assortative mixing assessment was based on geographical origin and HIV status. Significance level was verified by permutation test (10000 repeats), cluster comparisons (with posterior probability of ≥0.9) – by Chi-square and Fisher exact tests.
Results and discussion. Here, the study revealed a limited mixing between Russia-originated, predominantly Far Eastern and foreign isolates (r=0.22; p=0.0001), which is consistent with cluster analysis data. For foreign isolates, they were assigned to three clusters only: two clusters of subtype 2a included isolates from China and Vietnam, one cluster of subtype 3a – from Sweden. At the same time, the HIV-HCV coinfection subgroup demonstrated moderate regional assortativity (r=0.63; p=0.005). Similar data were obtained in cluster analysis carried out in HIV-HCV coinfection and HCV-monoinfection subgroups: frequency of cluster formation in the former totaled 36.8% versus 18.8% in the latter (OR=2.7; p=0.019).
The Far Eastern sample group demonstrated moderate regional assortativity (r=0.56; p=0.001), while stratification showed that in HIV+HCV co-infection subgroup assortativity was close to zero (r=0.027; p=0.9), likely due to small sample size.
Some of the Far Eastern clusters were mixed, i.e., contained sequences isolated from HIV+HCV co-infected subjects and HCV mono-infected individuals.
Conclusion. HCV circulation in the Far Eastern federal district occurs on a geographic basis and according to a risk group including chronic HCV plus HIV infection. Detecting mixed clusters may evidence about a potential exchange of HCV variants between HIV-positive and HIV-negative subjects, which, however, required to be verified in further studies with larger sample size.
Несмотря на активное изучение молекулярно-биологических особенностей вируса гепатита С, проблема оценки кластеризации циркулирующих генетических вариантов вируса в России и в Дальневосточном федеральном округе освещена недостаточно.
Цель исследования – провести филогенетический анализ и оценить характер кластеризации нуклеотидных последовательностей вируса гепатита С, полученных от пациентов с моноинфекцией хронического гепатита С и коинфицированных ВИЧ-1, проживающих на территориях Дальневосточного федерального округа.
Материалы и методы. В исследование включено 277 нуклеотидных последовательностей участка NS5B вируса гепатита С (233 – от пациентов с моноинфекцией хронического гепатита С и 44 – от пациентов, коинфицированных ВИЧ), из них 152 из Дальневосточного федерального округа (122 и 30 пациентов соответственно). Филогенетический анализ осуществлен в пакете программ BEAST v.2.6.7. Оценка ассортативности смешивания проводилась по географическому признаку и ВИЧ-статусу, значимость отличий подтверждалась пермутационным тестом, характер кластеризации дальневосточных клад (апостериорная вероятность в узлах не менее 0,9) –критерием Хи-квадрат и точным критерием Фишера.
Результаты. В общей выборке выявлено ограниченное смешивание между российскими, преимущественно дальневосточными, изолятами вируса гепатита С и нуклеотидными последовательностями из иностранных государств (r=0,22; p=0,0001), что согласуется с результатами кластерного анализа. Лишь в три кластера входили иностранные нуклеотидные последовательности: в два кластера 2а субтипа – из Китая и Вьетнама, в один кластер 3а субтипа – из Швеции. В подгруппе пациентов с хроническим гепатитом С, коинфицированных ВИЧ, ассортативность по географическому признаку оказалась умеренной (r=0,63; p=0,005). Схожие данные получены при анализе частоты образования кластеров нуклеотидными последовательностями в подгруппах пациентов, ко-инфицированных ВИЧ, и моноинфицированных вирусом гепатита С – частота формирования кластеров в первой подгруппе составила 36,8%, во второй – 18,8% (ОШ=2,7; p=0, 019). В дальневосточной выборке ассортативность по региональному принципу оказалась умеренной (r=0,56; p=0,001), однако после стратификации в подгруппе ко-инфекции коэффициент был близок к нулю (r=0,027; p=0,9), что может быть обусловлено недостаточной мощностью выборки. Отмечено наличие смешанных дальневосточных кластеров, включающие нуклеотидные последовательности вируса гепатита С, изолированные от пациентов с ко-инфекцией и от лиц с моноинфекцией хронического гепатита С.
Заключение. Циркуляция вируса гепатита С в Дальневосточном федеральном округе происходит по географическому принципу и группе риска – наличию хронического гепатита С в сочетании с ВИЧ-инфекцией. Наличие смешанных кластеров может свидетельствовать о вероятности обмена вариантами вируса гепатита С между лицами с ВИЧ-позитивным и ВИЧ-негативным статусом, однако для подтверждения данной гипотезы требуется расширение выборки исследования.