<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="other" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">18074</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-DDM-18074</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>REVIEWS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ОБЗОРЫ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Unknown</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">DIFFERENTIAL DNA METHYLATION OF NK CELLS PREVENTS THEIR EXCESSIVE ACTIVATION</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ МЕТИЛИРОВАНИЕ ДНК ПРЕДОТВРАЩАЕТ ЧРЕЗМЕРНУЮ АКТИВАЦИЮ НК-КЛЕТОК</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-1548-5392</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Frumento</surname><given-names>Davide</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Фрументо</surname><given-names>Давиде</given-names></name></name-alternatives><address><country country="IR">Iran, Islamic Republic of</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, Postdoctoral Researcher, (D.F.)</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>кандидат наук, постдокторант, англ. (D.F.)</p></bio><email>davide.frumento@edu.unige.it</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1311-7657</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Ţălu</surname><given-names>Ştefan</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Цэлу</surname><given-names>Штефан</given-names></name></name-alternatives><address><country country="PL">Poland</country></address><bio xml:lang="en"><p>Assoc. Prof. PhD. Eng. (Ș.Ț.)</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>доцент, Профессор, кандидат наук, англ. (Ș.Ț.)</p></bio><email>stefan_ta@yahoo.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">University of Genoa, Genoa, Italy</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Университет Генуи, Генуя, Италия</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">The Technical University of Cluj-Napoca, The Directorate of Research, Development and Innovation Management (DMCDI), Cluj County, Romania</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Технический университет Клуж-Напоки, Управление научно-исследовательских, опытно-конструкторских работ и инновационной деятельностью (DMCDI), округ Клуж, Румыния</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="preprint" iso-8601-date="2026-03-24" publication-format="electronic"><day>24</day><month>03</month><year>2026</year></pub-date><history><date date-type="received" iso-8601-date="2025-11-23"><day>23</day><month>11</month><year>2025</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2026-03-18"><day>18</day><month>03</month><year>2026</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; , Frumento D., Ţălu Ş.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; , Frumento D., Ţălu Ş.</copyright-statement><copyright-holder xml:lang="en">Frumento D., Ţălu Ş.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Frumento D., Ţălu Ş.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/18074">https://iimmun.ru/iimm/article/view/18074</self-uri><abstract xml:lang="en"><p><bold>Background and Objectives: </bold>Epigenetic mechanisms, particularly DNA methylation, represent a key regulatory layer governing immune cell differentiation, lineage commitment, and functional adaptation. Progressive alterations in DNA methylation accompany immune cell maturation and contribute to the emergence of specialized immune subsets. Although several lineage-specific methylation signatures have been identified, the broader role of DNA methylation in regulating immune activation remains incompletely defined. This study aimed to summarize current evidence on how DNA methylation shapes immune cell identity and modulates activation dynamics, with particular emphasis on regulatory T cells and natural killer (NK) cells.<bold>Methods: </bold>Evidence from recent epigenomic and immunological studies was examined to characterize methylation patterns associated with immune cell differentiation and activation. Particular attention was given to studies identifying differentially methylated regions in key regulatory loci and genes involved in immune signaling pathways.<bold>Results: </bold>DNA methylation patterns were found to correlate strongly with immune cell lineage specification and functional states. Demethylation of the FOXP3 locus represents a hallmark epigenetic signature of CD4⁺ regulatory T cells and is essential for their stable differentiation and maintenance of immune tolerance. Similarly, reduced methylation at CpG sites within the NCR1/NKp46 locus is significantly associated with NK cell abundance and spatial distribution. In activated NK cells, multiple differentially methylated regions have been identified in genes involved in inflammatory regulation. Notably, altered methylation states of IL1RN, ECE1, CSF2, and DCHS1 were significantly associated with transcriptional repression during activation (reported p &lt; 0.05 in the referenced studies), suggesting a regulatory mechanism that constrains excessive inflammatory responses.<bold>Conclusion: </bold>DNA methylation plays a central role in orchestrating immune cell differentiation and modulating activation responses. Specific methylation signatures, such as those observed in FOXP3 and NCR1, serve as robust biomarkers of immune cell identity, while dynamic methylation changes in genes including IL1RN, ECE1, CSF2, and DCHS1 contribute to the fine-tuning of NK cell activity. A deeper understanding of these epigenetic mechanisms may support the development of targeted therapeutic strategies aimed at modulating immune responses while preserving immune homeostasis.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Введение и цели: Эпигенетические механизмы такие как метилирование ДНК, представляют собой ключевой фактор регуляции, управляющий дифференцировкой иммунных клеток, определением дифференцировки клеточной линии и функциональной адаптацией. Изменения в метилировании ДНК сопровождают созревание иммунных клеток и способствуют появлению специализированных иммунных субпопуляций. Несмотря на описание ряда специфических для клеточных линий маркеров метилирования, более широкое значение метилирования ДНК в регуляции активации иммунной системы остается изученной недостаточно. Целью настоящего исследования было обобщение имеющихся данных о роли метилирования ДНК на идентичность иммунных клеток и модулирования динамики активации, прежде всего для регуляторных Т-клеток и естественных клеток-киллеров (НК-клетки).</p> <p>Методы: Были изучены данные недавних эпигеномных и иммунологических исследований по характеристике паттернов метилирования, связанных с дифференцировкой и активацией иммунных клеток. Особое внимание было уделено исследованиям, выявившим дифференциально метилированные регионы в ключевых регуляторных локусах и генах, участвующих в сигнальных путях иммунной системы.</p> <p>Результаты: Было обнаружено, что паттерны метилирования ДНК сильно коррелируют со спецификацией формированием иммунных клеток и их функциональным состоянием. Деметилирование локуса FOXP3 представляет собой характерную эпигенетическую сигнатуру регуляторных CD4⁺ Т-клеток и имеет важное значение для их стабильной дифференцировки и поддержания иммунной толерантности. Аналогично, снижение метилирования в CpG-сайтах в локусе NCR1/NKp46 существенно ассоциировано с количеством НК-клеток и пространственным распределением. В активированных НК-клетках были выявлены множественные дифференциально метилированные регионы в генах, участвующих в регуляции воспаления. Примечательно, что изменение состояния метилирования генов IL1RN, ECE1, CSF2 и DCHS1 были достоверны связаны с подавлением транскрипции во время активации (p &lt; 0,05 в цитируемых исследованиях), что предполагает наличие регуляторного механизма, ограничивающего чрезмерные воспалительные реакции.</p> <p>Заключение: Метилирование ДНК играет центральную роль в организации дифференцировки иммунных клеток и модулировании реакций активации. Специфические маркеры метилирования, отмеченные в генах FOXP3 и NCR1, служат надежными биомаркерами идентичности иммунных клеток, в то время как динамические изменения метилирования в генах, включая IL1RN, ECE1, CSF2 и DCHS1, способствуют тонкой настройке активности НК-клеток. Более глубокое понимание указанных эпигенетических механизмов может способствовать разработке прицельных терапевтических стратегий по модулированию иммунных ответов при сохранении иммунного гомеостаза.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>NK cells</kwd><kwd>Immune system</kwd><kwd>DNA methylation</kwd><kwd>Immunology</kwd><kwd>Epigenetics</kwd><kwd>Genes.</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>НК-клетки</kwd><kwd>Иммунная система</kwd><kwd>Метилирование ДНК</kwd><kwd>Иммунология</kwd><kwd>Эпигенетика</kwd><kwd>Гены.</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Accomando W.P., Wiencke J.K., Houseman E.A., Butler R.A., Zheng S., Nelson H.H., Kelsey K.T. Decreased NK cells in patients with head and neck cancer determined in archival DNA. Clinical Cancer Research, 2012, vol. 18, no. 22, pp. 6147–6154.	—	http://dx.doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-12-1008</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Best J.A., Blair D.A., Knell J., Yang E., Mayya V., Doedens A., Dustin M.L., Goldrath A.W. Transcriptional insights into the CD8⁺ T cell response to infection and memory T cell formation. Nature Immunology, 2013, vol. 14, no. 4, pp. 404–412.	—	http://dx.doi.org/10.1038/ni.2536</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Bezman N.A., Kim C.C., Sun J.C., Min-Oo G., Hendricks D.W., Kamimura Y., Goldrath A.W., Lanier L.L. Molecular definition of the identity and activation of natural killer cells. Nature Immunology, 2012, vol. 13, no. 10, pp. 1000–1009.	—	http://dx.doi.org/10.1038/ni.2395</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Bird A. DNA methylation patterns and epigenetic memory. Genes &amp; Development, 2002, vol. 16, no. 1, pp. 6–21.	—	http://dx.doi.org/10.1101/gad.947102</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Bruniquel D., Schwartz R.H. Selective, stable demethylation of the interleukin-2 gene enhances transcription by an active process. Nature Immunology, 2003, vol. 4, no. 3, pp. 235–240.	—	http://dx.doi.org/10.1038/ni887</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Calvanese V., Fernandez A.F., Urdinguio R.G., Suarez-Alvarez B., Mangas C., Perez-Garcia V., Bueno C., Montes R., Ramos-Mejia V., Martinez-Camblor P., et al. A promoter DNA demethylation landscape of human hematopoietic differentiation. Nucleic Acids Research, 2012, vol. 40, no. 1, pp. 116–131.	—	http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkr685</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Dybkaer K., Iqbal J., Zhou G., Geng H., Xiao L., Schmitz A., d’Amore F., Chan W.C. Genome-wide transcriptional analysis of resting and IL-2 activated human natural killer cells. BMC Genomics, 2007, vol. 8, article 230.	—	http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-8-230</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Francisco-Cruz A., Aguilar-Santelises M., Ramos-Espinosa O., Mata-Espinosa D., Marquina-Castillo B., Barrios-Payan J., Hernandez-Pando R. Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor: not just another haematopoietic growth factor. Medical Oncology, 2014, vol. 31, no. 1, article 774.	—	http://dx.doi.org/10.1007/s12032-013-0774-6</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Harland K.L., Day E.B., Apte S.H., Russ B.E., Doherty P.C., Turner S.J., Kelso A. Epigenetic plasticity of Cd8a locus during CD8⁺ T-cell development and differentiation. Nature Communications, 2014, vol. 5, article 3547.	—	http://dx.doi.org/10.1038/ncomms4547</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Hu G., Chen J. A genome-wide regulatory network identifies key transcription factors for memory CD8⁺ T-cell development. Nature Communications, 2013, vol. 4, article 2830.	—	http://doi.org/10.1038/ncomms3830</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Karpurapu M., Ranjan R., Deng J., Chung S., Lee Y.G., Xiao L., Nirujogi T.S., Jacobson J.R., Park G.Y., Christman J.W. Kruppel-like factor 4 promoter undergoes active demethylation during differentiation. PLoS ONE, 2014, vol. 9, no. 2, article e93362.	—	http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0093362</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Kitagawa Y., Ohkura N., Sakaguchi S. Molecular determinants of regulatory T cell development: the essential roles of epigenetic changes. Frontiers in Immunology, 2013, vol. 4, article 106.	—	http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2013.00106</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Komori H.K., Hart T., LaMere S.A., Chew P.V., Salomon D.R. Defining CD4 T cell memory by the epigenetic landscape of CpG DNA methylation. Journal of Immunology, 2015, vol. 194, no. 4, pp. 1565–1579.	—	http://dx.doi.org/10.4049/jimmunol.1401162</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Kowalczyk A., Kleniewska P., Kolodziejczyk M., Skibska B., Goraca A. The role of endothelin-1 in inflammatory response and sepsis. Archivum Immunologiae et Therapiae Experimentalis, 2015, vol. 63, no. 1, pp. 41–52.	—	http://dx.doi.org/10.1007/s00005-014-0310-1</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Lee J., Zhang T., Hwang I., Kim A., Nitschke L., Kim M., Kamimura Y., Lanier L.L., Kim S. Epigenetic modification and expansion of memory-like NK cells. Immunity, 2015, vol. 42, no. 3, pp. 431–442.	—	http://dx.doi.org/10.1016/j.immuni.2015.02.013</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>Lee S.T., Xiao Y., Muench M.O., Xiao J., Fomin M.E., Wiencke J.K., Zheng S., Dou X., de Smith A., Chokkalingam A., et al. DNA methylation and gene expression in early human B-cell development. Nucleic Acids Research, 2012, vol. 40, no. 22, pp. 11339–11351.	—	http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks957</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Li Y., Chen G., Ma L., Ohms S.J., Sun C., Shannon M.F., Fan J.Y. Plasticity of DNA methylation in mouse T cell activation. BMC Molecular Biology, 2012, vol. 13, article 16.	—	http://dx.doi.org/10.1186/1471-2199-13-16</mixed-citation></ref><ref id="B18"><label>18.</label><mixed-citation>Louis C., Souza-Fonseca-Guimaraes F., Yang Y., et al. NK cell-derived GM-CSF potentiates inflammatory arthritis. Journal of Experimental Medicine, 2020, vol. 217, no. 5, article e20191421.	—	http://dx.doi.org/10.1084/jem.20191421</mixed-citation></ref><ref id="B19"><label>19.</label><mixed-citation>Ma D., Cao W., Kapur A., Felder M., Scarlett C.O., Patankar M.S., Li L. Differential expression of proteins in human NK cells. Journal of Proteomics, 2013, vol. 91, pp. 151–163.	—	http://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2013.06.024</mixed-citation></ref><ref id="B20"><label>20.</label><mixed-citation>Meijuan C., Fang M., Qian W. DCHS1 is a novel biomarker in endometrial cancer. Journal of Ovarian Research, 2024, vol. 17, no. 1, article 162.	—	http://dx.doi.org/10.1186/s13048-024-01478-1</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
