Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI1806610.15789/2220-7619-PLA-18066ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИResearch ArticlePrevalence, lineages and sublineages of human papillomavirus type 16 in background, precancerous diseases and cervical cancer in the North West of RussiaРаспространенность, линии и сублинии вируса папилломы человека 16 типа при фоновых, предраковых заболеваниях и раке шейки матки на Северо-Западе Россииhttps://orcid.org/0000-0001-9921-35052213-9023LyalinaLudmila V.ЛялинаЛюдмила Владимировна
Russian Federation

DSc (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases, Professor of the Department of Epidemiology, Parasitology and Disinfection

д.м.н., профессор, зав. лабораторией эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний, профессор кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии

lvlyalina777@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1268-61721610-3604KholopovDmitriy V.ХолоповДмитрий Вячеславович
Russian Federation

PhD (Medicine), Oncologist

к.м.н., врач-онколог

xolopov.d.v@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9140-89571101-8060VyazovayaAnna A.ВязоваяАнна Александровна
Russian Federation

DSc (Biology), Leading Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics

д.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики

vyazovaya@pasteurorg.ruhttps://orcid.org/0009-0008-5188-86329433-6032PlescachevaAlexandra R.ПлескачеваАлександра Руслановна
Russian Federation

PhD Student, Epidemiologist

аспирант, врач-эпидемиолог

pleskacheva.ar@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0001-6759-19079604-5564GladkikhAnna S.ГладкихАнна Сергеевна
Russian Federation

PhD (Biology), Head of the Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

к.б.н., зав. лабораторией молекулярно-генетического мониторинга

gladkikh@pasteurorg.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0029-71506533-1600KasatkinEvgeny V.КасаткинЕвгений Владимирович
Russian Federation

PhD (Medicine), Researcher, Laboratory of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases, Head Physician

к.м.н., научный сотрудник лаборатории эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний, главный врач

Kasatkine@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0006-5906-32869189-4323ZolotarevAlexey Y.ЗолотаревАлексей Юрьевич
Russian Federation

Clinical Laboratory Diagnostics Doctor, Head of the Interdistrict Centralized Clinical and Diagnostic Laboratory

врач клинической лабораторной диагностики, зав. межрайонной централизованной клинико-диагностической лабораторией

offerlab@p107.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1700-11281065-4191TopuzovEldar E.ТопузовЭльдар Эскендерович
Russian Federation

DSc (Medicine), Professor, Head of Department of Hospital Surgery named after V.A. Oppel, Head Physician

д.м.н., профессор, зав. кафедрой госпитальной хирургии им. В.А. Оппеля, главный врач

eltop@inbox.ruSt. Petersburg Pasteur InstituteФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени ПастераI.I. Mechnikov North-Western State Medical UniversityФГБОУ ВО Северо-Западный государственный университет имени И.И. МечниковаCity Polyclinic No. 109, St. PetersburgСПб ГБУЗ Городская поликлиника № 109Skin and Venereal Diseases Dispensary No. 8, St. PetersburgСПб ГБУЗ Кожно-венерологический диспансер № 8City Polyclinic No. 107, St. PetersburgСПб ГБУЗ Городская поликлиника № 107City Clinical Oncological Dispensary, St. PetersburgСПб ГБУЗ Городской клинический онкологический диспансер270120263003202616184941411202517012026Copyright ©; 2026, Lyalina L.V., Kholopov D.V., Vyazovaya A.A., Plescacheva A.R., Gladkikh A.S., Kasatkin E.V., Zolotarev A.Y., Topuzov E.E.Copyright ©; 2026, Лялина Л.В., Холопов Д.В., Вязовая А.А., Плескачева А.Р., Гладких А.С., Касаткин Е.В., Золотарев А.Ю., Топузов Э.Э.2026Lyalina L.V., Kholopov D.V., Vyazovaya A.A., Plescacheva A.R., Gladkikh A.S., Kasatkin E.V., Zolotarev A.Y., Topuzov E.E.Лялина Л.В., Холопов Д.В., Вязовая А.А., Плескачева А.Р., Гладких А.С., Касаткин Е.В., Золотарев А.Ю., Топузов Э.Э.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/18066

Among the highly oncogenic human papillomavirus (HPV) types, HPV 16 is of paramount importance in the pathogenesis of cervical cancer. Viral oncogenes E6 and E7, expressed by the HPV genome, play a key role in developing neoplasia. The aim was to study the prevalence, mutations in the E6–E7 genes, HPV 16 lineages and sublineages in underlying, precancerous lesions, and cervical cancer.

Materials and methods. Cervical samples from 223 patients with morphologically confirmed background, precancerous diseases and cervical cancer in St. Petersburg were examined. HPV detection and genotyping were performed using real-time PCR. Sequencing of the E6–E7 genes of HPV 16 was performed using the Sanger method. Single-nucleotide polymorphisms were identified against the European lineage HPV 16 K02718 reference sequence.

Results. In patients with underlying conditions, the proportion of HPV-positive samples was 55.0%. As the severity of tumor lesions progressed, the frequency of viral detection increased: from 65.0% in low-grade dysplasia to 95.1% in squamous cell carcinoma (p = 0.002). Monoinfection with HPV 16 was identified in 68.3% of patients with precancerous and malignant cervical lesions. The proportion of HPV 16 increased with the progression of neoplasia: from 38.4% in low-grade dysplasia to 77.6% in cervical cancer (p = 0.008). Sequencing of HPV 16 E6–E7 genes revealed nucleotide variations characteristic of phylogenetic lineage A. The most prevalent variant was 350G (56.3%), whose detection rate in cervical cancer exceeded that in the group without pathology — 69.8% vs 44.2% (p = 0.019). The frequency of the European variant 350T ranged from 9.7% to 35.5% depending on the degree of cervical lesion. Phylogenetic analysis revealed that 98.6% of clinical isolates belonged to lineage A, of which 74.8% were assigned to sublineage A2 of HPV 16. Sublineages A1, A2, A3, and D1 were detected in background cervical diseases, with a predominance of sublineage A2 (p = 0.001). Multiple mutations in the E6–E7 genes were detected in two isolates from imported cases, and they were assigned to sublineage D1. Only sublineages A1 and A2 of HPV 16 were detected in cervical intraepithelial neoplasia and cervical cancer. Conclusion. The study results showed that in a megacity in northwestern Russia, HPV 16 sublineage A2 plays a leading role in the etiopathogenesis of precancerous lesions and cervical cancer, with sublineage A1 also making a substantial contribution.

Среди высокоонкогенных типов вируса папилломы человека (ВПЧ) наибольшее значение в патогенезе онкологических заболеваний шейки матки имеет ВПЧ 16. В развитии неоплазии ключевую роль играют вирусные онкогены E6 и E7, экспрессируемые геномом ВПЧ. Цель — изучить распространенность, мутации в генах E6–E7, линии и сублинии ВПЧ 16 типа при фоновых, предраковых заболеваниях и раке шейки матки.

Материалы и методы. Исследованы цервикальные образцы 223 пациенток с морфологически подтвержденными фоновыми, предраковыми заболеваниями и раком шейки матки в Санкт-Петербурге. Выявление и генотипирование ДНК ВПЧ проводили методом ПЦР в режиме реального времени. Секвенирование генов E6–E7 ВПЧ 16 осуществлялось по методу Сэнгера. Поиск однонуклеотидных полиморфизмов проводили в сравнении с референсной последовательностью ВПЧ 16 K02718 европейской линии.

Результаты. У пациенток с фоновыми заболеваниями шейки матки доля ВПЧ-позитивных образцов составила 55,0%. По мере прогрессирования тяжести опухолевого поражения частота выявления вируса увеличивалась: с 65,0% при слабовыраженной дисплазии до 95,1% при плоскоклеточном варианте рака (p = 0,002). У 68,3% пациенток с предраковыми и злокачественными поражениями шейки матки выявлено моноинфицирование ВПЧ 16 генотипом. Доля ВПЧ 16 увеличивалась с нарастанием степени неоплазии: с 38,4% при слабовыраженной дисплазии до 77,6% при раке шейки матки (р = 0,008). При секвенировании генов E6–E7 ВПЧ 16 выявлены нуклеотидные вариации, характерные для филогенетической линии А. Наиболее распространенным вариантом был 350G (56,3%), частота обнаружения которого при раке шейки матки превышала таковую в группе без патологии — 69,8 vs 44,2% (p = 0,019). Частота встречаемости европейского варианта 350Т варьировала от 9,7 до 35,5% в зависимости от степени поражения шейки матки. Филогенетический анализа показал, что в 98,6% клинических изолятов принадлежали к линии A, из них 74,8% — к сублинии А2 ВПЧ 16. При фоновых заболеваниях шейки матки выявлены сублинии А1, А2, А3 и D1 с преобладанием сублинии А2 (p = 0,001), в двух изолятах среди импортированных случаев выявлены множественные мутации в генах E6–E7 и установлена их принадлежность к сублинии D1. При цервикальной интраэпителиальной неоплазии и раке шейки матки обнаруживались только сублинии А1 и А2 ВПЧ 16. Результаты исследования показали, что в условиях мегаполиса на Северо-Западе России ведущее значение в этиопатогенезе предраковых заболеваний и рака шейки матки имеет ВПЧ 16 типа сублинии А2, существенный вклад вносит также сублиния А1.

human papillomavirus type 16prevalencebackground lesionsprecancerous lesionscervical cancerE6–E7 genesHPV 16 lineagesHPV 16 sublineagesвирус папилломы человека 16 типараспространенностьфоновые заболеванияпредраковые заболеваниярак шейки маткигены E6–E7линии ВПЧ 16сублинии ВПЧ 16Дмитрюкова М.Ю., Короленкова Л.И., Романюк Т.Н., Лешкина Г.В., Шипулина О.Ю., Шипулин Г.А. Молекулярно-биологические особенности инфекции ВПЧ 16 типа и риск развития цервикальных плоскоклеточных интраэпителиальных поражений и рака шейки матки // Акушерство и гинекология. 2019. № 2. С. 113–119. [Dmitryukova M.Yu., Korolenkova L.I., Romanyuk T.N., Leshkina G.V., Shipulina O.Yu., Shipulin G.A. Molecular and Biological Features of HPV Type 16 Infection and the Risk of Developing Cervical Squamous Intraepithelial Lesions and Cervical Cancer. Akusherstvo i ginekologiya = Obstetrics and Gynegology, 2019, no. 2, pp. 113–119. (In Russ.)] doi: 10.18565/aig.2019.2.113-119Донников А.Е., Маркелов М.И., Пестрикова Т.Ю., Юрасова Е.А., Котельникова А.В., Ворошилина Е.С., Плотко Е.Э., Белохвостикова Т.С., Бондарева В.П., Черникова М.А., Ващенко С.Н., Черникова В.В., Станкевич Л.И., Хасина М.Ю., Галкина И.С. Анализ распространенности и вирусной нагрузки различных типов вируса папилломы человека в регионах Российской Федерации // Акушерство и гинекология. 2019. № 4. С. 39–47. [Donnikov A.E., Markelov M.I., Pestrikova T.Yu., Yurasova E.A., Kotelnikova A.V., Voroshilina E.S., Plotko E.E., Belokhvostikova T.S., Bondareva V.P., Chernikova M.A., Vashchenko S.N., Chernikova V.V., Stankevich L.I., Khasina M.Yu., Galkina I.S. Analysis of the prevalence and viral load of various types of human papillomavirus in the regions of the Russian Federation. Akusherstvo i ginekologiya = Obstetrics and Gynegology, 2019, no. 4, pp. 39–47. (In Russ.)] doi: 10.18565/aig.2019.4.39-47Зароченцева Н.В., Джиджихия Л.К., Набиева В.Н., Джавахишвили М.Г. Значение генотипирования вируса папилломы человека в диагностике предраковых поражений шейки матки // Российский вестник акушера-гинеколога. 2021. Т. 21, № 5. С. 30–40. [Zarochentseva N.V., Dzhidzhikhiya L.K., Nabieva V.N., Javakhishvili M.G. The value of human papillomavirus genotyping in the diagnosis of precancerous cervix lesions. Rossiiskii vestnik akushera-ginekologa = Russian Bulletin of Obstetrician-Gynecologist, 2021, vol. 21, no 5, pp. 30–40. (In Russ.)] doi: 10.17116/rosakush20212105130Каприн А.Д., Старинский В.В., Шахзадова А.О. Злокачественные новообразования в России в 2023 году (заболеваемость и смертность). М.: МНИОИ им. П.А. Герцена — филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2024. 276 с. [Kaprin A.D., Starinskii V.V., Shakhzadova A.O. Malignant neoplasms in Russia in 2023 (morbidity and mortality). Moscow: P. Hertsen MORI — branch of the FSBI NMRRC of the Ministry of Health of the Russian Federation, 2024. 276 p. (In Russ.)]Козлов Н.Н., Волкова Л.В., Шатилова А.А., Капустина А.С., Антишина А.А., Акимова А.Д., Шушвал М.С. Факторы, ассоциированные с неопластическими процессами шейки матки // Современные проблемы науки и образования. 2019. № 4. С. 27. [Kozlov N.N., Volkova L.V., Shatilova A.A., Kapustina A.S., Antishina A.A., Akimova A.D., Shushval M.S. Factors Associated with Neoplastic Processes in the Cervix. Sovremennye problemy nauki i obrazovaniya = Modern Problems of Science and Education, 2019, no. 4, p. 27. (In Russ.)]Логинова О.П., Шевченко Н.И., Веялкин И.В., Давыдова О.А. Эпидемиологические аспекты и результаты цитологического скрининга рака шейки матки // Медико-биологические проблемы жизнедеятельности. 2022. Т. 2, № 28. С. 87–92. [Lohinava O.P., Shevchenko N.I., Veyalkin I.V., Davydava O.A. Epidemiological aspects and results of cytological screening for cervical cancer. Mediko-biologicheskie problemy zhiznedeyatel’nosti = Medical and Biological Problems of Vital Activity, 2022, vol. 2, no. 28, pp. 87–92. (In Russ.)]Файзулоев Е.Б., Каира А.Н., Узбеков Т.Р., Поромов А.А., Волынская Е.А., Свитич О.А., Зверев В.В. Распространенность папилломавирусов человека высокого и низкого онкогенного риска на территории Российской Федерации // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2021. Т. 39, № 4. С. 39–47. [Faizuloev E.B., Kaira A.N., Uzbekov T.R., Poromov A.A., Volynskaya E.A., Svitich O.A., Zverev V.V. The prevalence of high and low risk human papillomaviruses in the Russian Federation. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya = Molecular Genetics, Microbiology and Virology, 2021, vol. 39, no 4, pp. 39–47. (In Russ.)] doi: 10.17116/molgen20213904139Холопов Д.В., Вязовая А.А., Топузов Э.Э., Алексеева Д.А., Молчанов С.В., Лялина Л.В. Выявляемость вируса папилломы человека, вирусная нагрузка и факторы риска у пациентов с предраковыми заболеваниями и злокачественными новообразованиями в Санкт-Петербурге // Инфекция и иммунитет. 2022. Т. 12, № 4. С. 735–744. [Kholopov D.V., Vyazovaya А.А., Topuzov Е.Е., Alekseeva D.A., Molchanov S.V., Lyalina L.V. Detection of Human papillomavirus, viral load and risk factors in patients with precancerous diseases and malignant neoplasms in St. Petersburg. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2022, vol. 12, no. 4, pp. 735–744. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619- DOH-1981Ardhaoui M., Ennaifer E., Letaief H., Salsabil R., Lassili T., Chahed K., Bougatef S., Bahrini A., El Fehri E., Ouerhani K., Paez Jimenez A., Guizani I., Boubaker M.S., Ben Alaya N.B. Prevalence, Genotype Distribution and Risk Factors for Cervical Human Papillomavirus Infection in the Grand Tunis Region, Tunisia. PLoS One, 2016, vol. 11, no. 6: e0157432. doi: 10.1371/journal.pone.0157432Berza N., Zodzika J., Kivite-Urtane A., Baltzer N., Curkste A., Pole I., Nygård M., Pärna K., Stankunas M., Tisler A., Uuskula A. Understanding the high-risk human papillomavirus prevalence and associated factors in the European country with a high incidence of cervical cancer. Eur. J. Public Health, 2024, vol. 34, no. 4, pp. 826–832. doi: 10.1093/eurpub/ckae075Borst E.v.d., Bell M., Op De Beeck K., Van Camp G., Van Keer S., Vorsters A. Lineages and sublineages of high-risk human papillomavirus types associated with cervical cancer and precancer: a systematic review and meta-analysis. J. Natl. Cancer Inst., 2025: djaf118. doi: 10.1093/jnci/djaf118Clifford G.M., Tenet V., Georges D., Alemany L., Pavón M.A., Chen Z., Yeager M., Cullen M., Boland J.F., Bass S., Steinberg M., Raine-Bennett T., Lorey T., Wentzensen N., Walker J., Zuna R., Schiffman M., Mirabello L. Human papillomavirus 16 sub-lineage dispersal and cervical cancer risk worldwide: Whole viral genome sequences from 7116 HPV16-positive women. Papillomavirus Res., 2019, vol. 7, pp. 67–74. doi: 10.1016/j.pvr.2019.02.001Cornet I., Gheit T., Iannacone M.R., Vignat J., Sylla B.S., Del Mistro A., Franceschi S., Tommasino M., Clifford G.M. HPV16 genetic variation and the development of cervical cancer worldwide. Br. J. Cancer, 2013, vol. 108, no. 1, pp. 240–244. doi: 10.1038/bjc.2012.508De Villiers E.M. Cross-roads in the classification of papillomaviruses. Virology, 2013, vol. 445, no. 1–2, pp. 2–10. doi: 10.1016/j.virol.2013.04.023Fontham E.T.H., Wolf A.M.D., Church T.R., Etzioni R., Flowers C.R., Herzig A., Guerra C.E., Oeffinger K.C., Shih Y.T., Walter L.C., Kim J.J., Andrews K.S., DeSantis C.E., Fedewa S.A., Manassaram-Baptiste D., Saslow D., Wender R.C., Smith R.A. Cervical cancer screening for individuals at average risk: 2020 guideline update from the American Cancer Society. CA Cancer J. Clin., 2020, vol. 70, pp. 321–346. doi: 10.3322/caac.21628Global strategy to accelerate the elimination of cervical cancer as a public health problem. Geneva: World Health Organization, 2020. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. URL: https://www.who.int/publications/i/item/9789240014107Hemmat N., Bannazadeh Baghi H. Association of human papillomavirus infection and inflammation in cervical cancer. Pathog. Dis., 2019, vol. 77, no. 5: ftz048. doi: 10.1093/femspd/ftz048Ho L., Chan S.Y., Burk R.D., Das B.C., Fujinaga K., Icenogle J.P., Kahn T., Kiviat N., Lancaster W., Mavromara-Nazos P. The genetic drift of human papillomavirus type 16 is a means of reconstructing prehistoric viral spread and the movement of ancient human populations. J. Virol., 1993, vol. 67, no. 11, pp. 6413–6423. doi: 10.1128/JVI.67.11.6413-6423.1993IARC. GLOBOCAN 2022 (version 1.1) - 08.02.2024. Cancer TODAY. URL: https://gco.iarc.who.int/today/en/dataviz/maps-heatmap?mode=population&sexes=2&cancers=23 (24.08.2025)Lin K., Hong Q., Fu Y., Tu H., Lin H., Huang J., Hu Y., Huang M., Chen M. Cervical HPV infection and related diseases among 149,559 women in Fujian: an epidemiological study from 2018 to 2023. Front. Microbiol., 2024, vol. 15: 1418218. doi: 10.3389/fmicb.2024.1418218Loubatier C., De Monte A., Cannavo I., Chevallier A., Bongain A., Boyer L., Giordanengo V. Relationship between E6–E7 lineage sequences, viral loads, and integration of HPV16 in women with atypical squamous cells of undetermined significance (ASCUS) pap smears. Obstet. Gynecol. Rep., 2018, vol. 2, no. 1, pp. 1–8. doi: 10.15761/OGR.1000119Mirabello L., Yeager M., Cullen M., Boland J.F., Chen Z., Wentzensen N., Zhang X., Yu K., Yang Q., Mitchell J., Roberson D., Bass S., Xiao Y., Burdett L., Raine-Bennett T., Lorey T., Castle P.E., Burk R.D., Schiffman M. HPV16 Sublineage Associations with Histology-Specific Cancer Risk Using HPV Whole-Genome Sequences in 3200 Women. J. Natl. Cancer Inst., 2016, vol. 108, no. 9: djw100. doi: 10.1093/jnci/djw100Okunade K.S. Human papillomavirus and cervical cancer. J. Obstet. Gynaecol., 2020, vol. 40, no. 5, pp. 602–608. doi: 10.1080/01443615.2019.1634030Sung H., Ferlay J., Siegel R.L., Laversanne M., Soerjomataram I., Jemal A., Bray F. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA Cancer J. Clin., 2021, vol. 71, no. 3, pp. 209–249. doi: 10.3322/caac.21660Tan G., Duan M., Li Y., Zhang N., Zhang W., Li B., Qu P. Distribution of HPV 16 E6 gene variants in screening women and its associations with cervical lesions progression. Virus Res., 2019, vol. 273: 197740. doi: 10.1016/j.virusres.2019.197740Tang X., Zhang H., Wang T., Jiang W., Jones T.E., He Y., Li L., Tong L., Wang C., Wang W., Yang K., Yin R., Zhao C. Single and multiple high-risk human papillomavirus infections in histopathologically confirmed cervical squamous lesions: incidences, distribution, and associated detection rates for precancerous and cancerous lesions. Lab. Invest., 2023, vol. 103: 100234. doi: 10.1016/j.labinv.2023.100234The Cancer Genome Atlas Research Network. Integrated genomic and molecular characterization of cervical cancer. Nature, 2017, vol. 543, pp. 378–384. doi: 10.1038/nature21386Wei F., Georges D., Man I., Baussano I., Clifford G.M. Causal attribution of human papillomavirus genotypes to invasive cervical cancer worldwide: a systematic analysis of the global literature. Lancet, 2024, vol. 404, no. 10451, pp. 435–444. doi: 10.1016/S0140-6736(24)01097-3Xu H.H., Wang K., Feng X.J., Dong S.S., Lin A., Zheng L.Z., Yan W.H. Prevalence of human papillomavirus genotypes and relative risk of cervical cancer in China: a systematic review and meta-analysis. Oncotarget, 2018, vol. 9, no. 20, pp. 15386–15397. doi: 10.18632/oncotarget.24169Yao Y., Yan Z., Dai S., Li C., Yang L., Liu S., Zhang X., Shi L., Yao Y. Human Papillomavirus Type 16 E1 Mutations Associated with Cervical Cancer in a Han Chinese Population. Int. J. Med. Sci., 2019, vol. 16, no. 7, pp. 1042–1049. doi: 10.7150/ijms.34279