<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="brief-report" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">17999</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-TCN-17999</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>SHORT COMMUNICATIONS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Short Communication</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Tuberculoma caseous necrosis-derived bacteria <italic>(Corynebacterium and Staphylococcus)</italic> enhance granuloma formation <italic>in vitro</italic> and stimulate mycobacterial biofilm development</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Бактерии из казеозного некроза туберкулем <italic> (Corynebacterium и Staphylococcus) </italic> усиливают гранулемогенез <italic>in vitro</italic> и стимулируют образование микобактериальных биопленок</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Orlova</surname><given-names>Elizaveta A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Орлова</surname><given-names>Елизавета Андреевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD (Biology), Researcher, Laboratory of Epidemic and Social Infections</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.б.н., научный сотрудник лаборатории эпидемиологически и социально значимых инфекций</p></bio><email>elizaveta.a.orlova@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Ogarkov</surname><given-names>O. B.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Огарков</surname><given-names>О. Б.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>DSc (Medicine), Director of the Institute of Epidemiology and Microbiology</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., директор Института эпидемиологии и микробиологии</p></bio><email>elizaveta.a.orlova@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Schwartz</surname><given-names>Ya. Sh.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Шварц</surname><given-names>Я. Ш.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>DSc (Medicine), Deputy Director</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., зам. директора по научной работе</p></bio><email>elizaveta.a.orlova@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Lykov</surname><given-names>A. P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Лыков</surname><given-names>А. П.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>DSc (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Cellular Technologies, Research Institute of Clinical and Experimental Lymрhology</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории клеточных технологий Научно-исследовательского института клинической и экспериментальной лимфологии</p></bio><email>elizaveta.a.orlova@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff3"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Nemkova</surname><given-names>E. K.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Немкова</surname><given-names>Е. К.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Junior Researcher, Department of Applied Scientific Research</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>младший научный сотрудник отдела прикладных научных исследований</p></bio><email>elizaveta.a.orlova@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Scientific Сentre for Family Health and Human Reproduction Problems</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБНУ Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">Novosibirsk Tuberculosis Research Institute of the Ministry of Health of the Russian Federation</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБУ Новосибирский научно-исследовательский институт туберкулеза Минздрава России</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff3"><aff><institution xml:lang="en">Research Institute of Clinical and Experimental Lymрhology — Branch of the Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="preprint" iso-8601-date="2025-10-08" publication-format="electronic"><day>08</day><month>10</month><year>2025</year></pub-date><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2025-12-24" publication-format="electronic"><day>24</day><month>12</month><year>2025</year></pub-date><volume>15</volume><issue>6</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>1179</fpage><lpage>1184</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2025-08-25"><day>25</day><month>08</month><year>2025</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2025-10-07"><day>07</day><month>10</month><year>2025</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2025, Orlova E.A., Ogarkov O.B., Schwartz Y.S., Lykov A.P., Nemkova E.K.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2025, Орлова Е.А., Огарков О.Б., Шварц Я.Ш., Лыков А.П., Немкова Е.К.</copyright-statement><copyright-year>2025</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Orlova E.A., Ogarkov O.B., Schwartz Y.S., Lykov A.P., Nemkova E.K.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Орлова Е.А., Огарков О.Б., Шварц Я.Ш., Лыков А.П., Немкова Е.К.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/17999">https://iimmun.ru/iimm/article/view/17999</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Granuloma formation represents one of the key stages in tuberculosis pathogenesis, characterized by the development of specialized cellular structures surrounding <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> within foci. These structures are presented by complex, multicomponent assemblies that both detain the pathogen and simultaneously serve as a niche for its persistence. It has been firmly established that the mycobacterial cord factor is an important driver of granuloma induction, being involved in intercellular interactions and the organization of granuloma three-dimensional scaffold. However, the influence of the resident microbiota on this process, as well as its contribution to the formation of mycobacterial biofilms, remains understudied. This work investigates an effect of <italic>Corynebacterium kefirresidentii</italic> and <italic>Staphylococcus epidermidis</italic> lysates (isolated from tuberculoma-related caseous necrosis) on <italic>in vitro</italic> granuloma formation using C57BL/6 mouse peritoneal macrophages and splenocytes. Additionally, an influence of<italic> C. kefirresidentii</italic> on vaccine strain<italic> M. bovis</italic> BCG growth and biofilm development was examined. The study demonstrates that<italic> C. kefirresidentii</italic> induces the formation of a rapidly growing<italic> M. bovis</italic> BCG biofilm with characteristic cord-like architecture and a prominent extracellular matrix. This effect was accompanied by a statistically significantly expanded area under the growth curve compared to the control (p &lt; 0.0001). Co-cultivation experiments with the clinical strain<italic> M. tuberculosis</italic> Beijing B0/W148 and bacterial lysates revealed limited antimycobacterial activity but demonstrated a pronounced stimulatory effect on the formation of granuloma-like structures in the<italic> M. tuberculosis</italic>-induced <italic>in vitro</italic> granulemogenesis model.<italic> C. kefirresidentii</italic> and<italic> S. epidermidis</italic> lysates significantly propagated granuloma formation as evidenced by markedly increased both cellular aggregate number and size (p &lt; 0.01), including the formation of large clusters containing more than 50 cells. Taken together, these findings suggest that satellite pathobiota derived from caseous necrosis of tuberculous foci might be involved in modulating key mechanisms of infection pathogenesis and point at its potential contribution to unfavorable outcomes in pulmonary tuberculosis.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Одним из ключевых этапов патогенеза туберкулеза является гранулемогенез — образование специализированных клеточных структур, формирующихся в очагах инфекции вокруг <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic>. Эти структуры представляют собой сложные многокомпонентные образования, обеспечивающие локализацию возбудителя и одновременно являющиеся нишей для его персистенции. Ранее было достоверно установлено, что важным фактором в индукции гранулемогенеза выступает микобактериальный корд-фактор, участвующий в межклеточных взаимодействиях и организации трехмерной структуры гранулемы. Однако влияние резидентной микробиоты на данный процесс, а также ее роль в формировании микобактериальных биопленок, до настоящего времени остаются изученными недостаточно полно. В данной работе исследовано влияние бактериальных лизатов <italic>Corynebacterium kefirresidentii</italic> и <italic>Staphylococcus epidermidis</italic>, выделенных из казеозного некроза туберкулем, на гранулемогенез <italic>in vitro</italic> с использованием перитонеальных макрофагов и спленоцитов мыши линии C57BL/6. Кроме того, изучено влияние<italic> C. kefirresidentii</italic> на рост и формирование биопленки вакцинным штамом<italic> M. bovis</italic> BCG. Показано, что<italic> C. kefirresidentii</italic> индуцирует образование быстрорастущей биопленки<italic> M. bovis</italic> BCG с характерной архитектурой в виде кордов и выраженным внеклеточным матриксом. Этот эффект сопровождался статистически значимым увеличением площади под кривой роста по сравнению с контролем (p &lt; 0,0001). Эксперименты по совместному культивированию клинического штамма<italic> M. tuberculosis</italic> Beijing B0/W148 с лизатами бактерий выявили их слабую антимикобактериальную активность, но при этом продемонстрировали выраженный стимулирующий эффект на формирование гранулемоподобных структур в модели<italic> M. tuberculosis</italic>-индуцированного гранулемогенеза <italic>in vitro</italic>. Лизаты<italic> C. kefirresidentii</italic> и<italic> S. epidermidis</italic> существенно усиливали гранулемогенез, что проявлялось значимым увеличением количества и размеров клеточных агрегатов (p &lt; 0,01), включая образование крупных скоплений более чем из 50 клеток. Таким образом, полученные данные свидетельствуют о вероятной роли сателлитной патобиоты казеозного некроза туберкулезных очагов в модуляции ключевых механизмов патогенеза инфекции и указывают на ее потенциальный вклад в неблагоприятное течение туберкулеза легких.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>tuberculosis</kwd><kwd>lung microbiota</kwd><kwd>biofilms</kwd><kwd>granuloma</kwd><kwd>Corynebacterium</kwd><kwd>Staphylococcus</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>туберкулез</kwd><kwd>микробиота легких</kwd><kwd>биопленки</kwd><kwd>гранулемы</kwd><kwd>Corynebacterium</kwd><kwd>Staphylococcus</kwd></kwd-group><funding-group><award-group><funding-source><institution-wrap><institution xml:lang="ru">Российский Научный Фонд</institution></institution-wrap><institution-wrap><institution xml:lang="en">Russian Science Foundation</institution></institution-wrap></funding-source><award-id>23-15-00280</award-id></award-group></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Огарков О.Б., Суздальницкий А.Е., Кондратов И.Г., Букин Ю.С., Орлова Е.А., Синьков В.В., Жданова С.Н., Белькова Н.Л., Рычкова Л.В., Колесникова Л.И. Выделение и полногеномное секвенирование липофильной анаэробной бактерии, представителя видового комплекса Corynebacterium tuberculostearicum, из туберкулезного очага // Acta Biomedica Scientifica. 2023. Т. 8, № 4. С. 12–19. [Ogarkov O.B., Suzdalnitsky A.E., Kondratov I.G., Bukin Yu.S., Orlova E.A., Sinkov V.V., Zhdanova S.N., Belkova N.L., Rychkova L.V., Kolesnikova L.I. Isolation and whole genome sequencing of a lipophilic anaerobic bacterium, a representative of the species complex Corynebacterium tuberculostearicum, from a tuberculosis focus. Acta Biomedica Scientifica, 2023, vol. 8, no. 4, pp. 12–19. (In Russ.)] doi: 10.29413/ABS.2023-8.4.2</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Орлова Е. А., Огарков О.Б., Колесникова Л.И. Гуморальный иммунитет к C. kefirresidentii и S. epidermidis — компонентам патобиоты туберкулезных очагов // Российский иммунологический журнал. 2025. Т. 28, № 3. С. 775–780. [Orlova E.A., Ogarkov O.B., Kolesnikova L.I. Humoral immune response to C. kefirresidentii and S. epidermidis as pathobiotic components of tuberculosis foci. Rossiyskiy Immunologicheskiy Zhurnal = Russian Journal of Immunology, vol. 28, no. 3, pp. 775–780. (In Russ.)] doi: 10.46235/1028-7221-17280-HIR</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Патент № 2702609 C1 Российская Федерация, МПК G09B 23/28, C12N 5/0786, C12N 5/077. Способ моделирования туберкулезной инфекции in vitro: № 2018129016; заявлено 2018.08.06; опубликовано 2019.10.08 / Белогородцев С.Н., Шварц Я.Ш., Краснов В.А. Патентообладатель: Федеральное государственное бюджетное учреждение «Новосибирский научно-исследовательский институт туберкулеза» Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБУ «ННИИТ» Минздрава России). 8 с. [Patent No. 2702609 C1 Russian Federation, Int. Cl. G09B 23/28, C12N 5/0786, C12N 5/077. Method of modeling tuberculosis infection in vitro: No. 2018129016; application: 2018.08.06: date of publication 2019.10.08 / Belogorodtsev S.N., Shvarts Ya.Sh., Krasnov V.A. Proprietor: Federal State Budgetary Institution «Novosibirsk Scientific Research Institute of Tuberculosis» of the Ministry of Health of the Russian Federation (FGBU «NNIIT» Minzdravaa Rossii). 8 p.]</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Basaraba R.J., Ojha A.K. Mycobacterial biofilms: revisiting tuberculosis bacilli in extracellular necrotizing lesions. Microbiol. Spectr., 2017, vol. 5, no. 3: 10.1128/microbiolspec.tbtb2-0024-2016. doi: 10.1128/microbiolspec.tbtb2-0024-2016</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Hunter R.L., Olsen M., Jagannath C., Actor J.K. Trehalose 6,6'-dimycolate and lipid in the pathogenesis of caseating granulomas of tuberculosis in mice. Am. J. Pathol., 2006, vol. 168, no. 4, pp. 1249–1261. doi: 10.2353/ajpath.2006.050848</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Medina-Alarcón K.P., Tobias da Silva I.P., Ferin G.G., Pereira-da-Silva M.A., Marcos C.M., dos Santos M.B., Regasini L.O., Chorilli M., Mendes-Giannini M.J.S., Pavan F.R., Fusco-Almeida A.M. Mycobacterium tuberculosis and Paracoccidioides brasiliensis formation and treatment of mixed biofilm in vitro. Front. Cell. Infect. Microbiol., 2021, vol. 11, no. 11: 681131. doi: 10.3389/fcimb.2021.681131</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Orme I.M., Robinson R.T., Cooper A.M. The balance between protective and pathogenic immune responses in the TB-infected lung. Nat. Immunol., 2015, vol. 16, no. 1, pp. 57–63. doi: 10.1038/ni.3048</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Ramakrishnan L. Revisiting the role of the granuloma in tuberculosis. Nat. Rev. Immunol., 2012, vol. 12, no. 5, pp. 352–366. doi: 10.1038/nri3211</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Sinkov V.V., Orlova E.A., Ogarkov O.B., Suzdalnitsky A.E., Kondratov I.G., Belkova N.L., Rychkova L.V., Kolesnikova L.I. The genome of Staphylococcus epidermidis isolated from caseous tuberculoma. Russ. J. Genet., 2024, vol. 60, no. 10, pp. 1451–1455. doi: 10.1134/S1022795424701011</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
