Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI1790610.15789/2220-7619-EAC-17906ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИResearch ArticleEpidemiology and clinical characteristics of metapneumovirus infection in hospitalized children in Novosibirsk in 2019–2024Эпидемиология и клиническая характеристика метапневмовирусной инфекции у госпитализированных детей г. Новосибирска в 2019–2024 гг.https://orcid.org/0000-0002-1931-2026KurskayaO. G.КурскаяО. Г.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head of the Laboratory of Respiratory Viral Infections; Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Biodiversity of Viruses

к.м.н., руководитель лаборатории респираторных вирусных инфекций, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и биоразнообразия вирусов

kurskaya_og@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7891-5847NokhovaA. R.НоховаА. Р.
Russian Federation

Junior Researcher, Laboratory of Respiratory Viral Infections

младший научный сотрудник лаборатории респираторных вирусных инфекций

alina-nohova@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8071-5425581426115009462-0024SaroyanTereza A.СароянТереза Араевна
Russian Federation

Junior Researcher, Laboratory of Respiratory Viral Infections

младший научный сотрудник лаборатории респираторных вирусных инфекций

111.st.13@rambler.ruSolomatinaM. V.СоломатинаМ. В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Biodiversity of Viruses

к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и биоразнообразия вирусов

mvsolomatina@frcftm.ruKazachkovaE. A.КазачковаЕ. А.
Russian Federation

Junior Researcher

младший научный сотрудник

kazachkova.evgeniya@gmail.comGutovaT. A.ГутоваТ. А.
Russian Federation

Research Laboratory Assistant, Laboratory of Respiratory Viral Infections

лаборант-исследователь лаборатории респираторных вирусных инфекций

theshirskiucot@gmail.comAnoshinaAnjelika V.АношинаАнжелика В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head of the Department of Infectious Diseases

к.м.н., зав. инфекционным отделением

anzhelika.anoshina2010@yandex.ruSimkinaOlga A.СимкинаОльга А.
Russian Federation

epidemiologist GBUZ NSO «DGKB No. 3».

врач-эпидемиолог ГБУЗ НСО ДГКБ№ 3

olgasimkina83@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3946-9872SharshovK. A.ШаршовК. А.
Russian Federation

PhD (Biology), Head of the Laboratory of Molecular Epidemiology and Biodiversity of Viruses

к.б.н., руководитель лаборатории молекулярной эпидемиологии и биоразнообразия вирусов

sharshov@yandex.ruShestopalovA. M.ШестопаловА. М.
Russian Federation

DSc (Biology), Professor, Director

д.б.н., профессор, директор

shestopalov2@mail.ruFederal Research Center for Fundamental and Translational Medicine (FRC FTM)Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медициныChildren’s City Clinical Hospital No. 6, NovosibirskГБУЗ НСО Детская городская клиническая больница № 6 г. НовосибирскаChildren’s City Clinical Hospital No. 3, NovosibirskГБУЗ НСО Детская городская клиническая больница № 3 г. Новосибирска30072025081220251559659763103202525072025Copyright ©; 2025, Kurskaya O.G., Nokhova A.R., Saroyan T.A., Solomatina M.V., Kazachkova E.A., Gutova T.A., Anoshina A.V., Simkina O.A., Sharshov K.A., Shestopalov A.M.Copyright ©; 2025, Курская О.Г., Нохова А.Р., Сароян Т.А., Соломатина М.В., Казачкова Е.А., Гутова Т.А., Аношина А.В., Симкина О.А., Шаршов К.А., Шестопалов А.М.2025Kurskaya O.G., Nokhova A.R., Saroyan T.A., Solomatina M.V., Kazachkova E.A., Gutova T.A., Anoshina A.V., Simkina O.A., Sharshov K.A., Shestopalov A.M.Курская О.Г., Нохова А.Р., Сароян Т.А., Соломатина М.В., Казачкова Е.А., Гутова Т.А., Аношина А.В., Симкина О.А., Шаршов К.А., Шестопалов А.М.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/17906

Introduction. Metapneumovirus frequently causes respiratory tract infections in children worldwide, with clinical manifestations ranging from mild upper respiratory tract disease to severe bronchiolitis and pneumonia. However, not all countries conduct regular metapneumovirus infection monitoring that complicates its infection trend analysis. The aim of the work was to analyze the etiological pattern of acute respiratory diseases by assessing proportion of metapneumovirus infection, as well as comparatively assess clinical characteristics of the main acute respiratory viral infections in children in Novosibirsk. Materials and methods. Between November 2019 and May 2024, from children aged 0–17 years, admitted with symptoms of acute respiratory diseases there were collected and analyzed 6468 samples for metapneumovirus and other respiratory viruses using real-time polymerase chain reaction. Results. Viral etiology of acute respiratory diseases in hospitalized children was confirmed in 63.0% (4077/6468) of cases. The etiological ARVI pattern differed significantly in various epidemic seasons. Thus, in 2019–2020, influenza virus (27.8%) and respiratory syncytial virus (21.1%) dominated in the etiology of acute respiratory viral infections, while metapneumovirus was detected only in as few as 1.6% of children. In contrast, in 2020–2021, we observed a sharp increase in the detection rate of metapneumovirus (28%) paralleled with the absence of influenza virus and RSV. At the same time, in the following season (2021–2022) we did not detect any cases of metapneumovirus infection. In the following two seasons, the detection rate of metapneumovirus was about 5%: in children aged 3–6 years it was significantly higher than in infants and children aged 7–17 years. Clinical signs of metapneumovirus infection included fever, cough, dyspnoea, hypoxia and were similar to the manifestations of respiratory syncytial virus infection. At the same time, fever above 39°C and malaise were significantly more frequent in patients with influenza. Conclusion. Understanding the epidemiology of specific respiratory infections, compared with global trends, can help to develop targeted prevention and control measures.

Введение. Метапневмовирус является частой причиной инфекций дыхательных путей у детей во всем мире. Клинические проявления метапневмовирусной инфекции варьируются от легких заболеваний верхних дыхательных путей до тяжелых случаев бронхиолитов и пневмоний. Однако не все страны проводят регулярный мониторинг метапневмовируса, что затрудняет анализ тенденции распространения этого патогена. Цель работы — анализ этиологической структуры острых респираторных заболеваний с оценкой доли метапневмовирусной инфекции, а также сравнительный анализ клинических характеристик основных ОРВИ у детей в г. Новосибирске. Материалы и методы. В период с ноября 2019 г. по май 2024 г. мы собрали и проанализировали с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени 6468 образцов от детей 0–17 лет, госпитализированных с симптомами острых респираторных заболеваний, на наличие метапневмовируса и других респираторных вирусов. Результаты. Вирусная этиология острых респираторных заболеваний у госпитализированных детей была подтверждена в 63,0% (4077/6468) случаев. Этиологическая структура ОРВИ значительно отличалась в разные эпидемические сезоны. Так, в 2019–2020 гг. в этиологии ОРВИ преобладали вирус гриппа (27,8%) и респираторно-синцитиальный вирус (21,1%), в то время как метапневмовирус был выявлен только у 1,6% детей. Напротив, в 2020–2021 гг. мы наблюдали резкое увеличение частоты выявления метапневмовируса (28%) на фоне отсутствия вируса гриппа и РСВ. При этом в следующем сезоне (2021–2022 гг.) нами не было выявлено ни одного случая метапневмовирусной инфекции. В последующие два сезона уровень выявления метапневмовируса составил около 5%. Уровень выявления метапневмовируса у детей в возрасте 3–6 лет был достоверно выше, чем у детей раннего возраста и детей 7–17 лет. Клинические признаки метапневмовирусной инфекции включали повышение температуры, кашель, одышку, гипоксию и были схожи с проявлениями респираторно-синцитиальной вирусной инфекции. При этом у пациентов с гриппом достоверно чаще наблюдались лихорадка выше 39°С и недомогание. Заключение. Понимание особенностей эпидемиологии конкретных респираторных инфекций и их сопоставление с мировыми тенденциями может помочь в разработке целенаправленных мер профилактики и контроля.

epidemiologymetapneumovirus infectioninfluenzaSARS-CoV-2acute respiratory infectionclinical symptomsco-infectionPCRэпидемиологияметапневмовирусная инфекциягриппSARS-CoV-2ОРВИклинические симптомыкоинфекцияПЦРРоссийский научный фондRussian Science Foundation23-64-00005Министерство науки и высшего образования Российской Федерации госзадание № 075-00485-24-01Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation No 075-00485-24-01125013001100-2Baker R.E., Park S.W., Yang W., Vecchi G.A., Metcalf C.J.E., Grenfell B.T. The impact of COVID-19 nonpharmaceutical interventions on the future dynamics of endemic infections. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 2020, vol. 117, no. 48, pp. 30547–30553. doi: 10.1101/2020.06.22.20137588Belderok S.M., Rimmelzwaan G.F., van den Hoek A., Sonder G.J.B. Effect of travel on influenza epidemiology. Emerg. Infect. Dis., 2013, vol. 19, no. 6, pp. 925–931. doi: 10.3201/eid1906.111864Boivin G., De Serres G., Côté S., Gilca R., Abed Y., Rochette L., Bergeron M.G., Déry P. Human metapneumovirus infections in hospitalized children. Emerg. Infect. Dis., 2003, vol. 9, no. 6, pp. 634–640. doi: 10.3201/eid0906.030017Britton P.N., Hu N., Saravanos G., Shrapnel J., Davis J., Snelling T., Dalby-Payne J., Kesson A.M., Wood N., Macartney K., McCullagh C., Lingam R. COVID-19 public health measures and respiratory syncytial virus. Lancet Child Adolesc. Health, 2020, vol. 4, no. 11, pp. e42-e43. doi: 10.1016/S2352-4642(20)30307-2Centers for Disease Control and Prevention. 2020–2021 Flu Season Summary. URL: https://www.cdc.gov/flu/season/faq-flu-season-2020-2021.htm (28.02.2023)Cho S.J., Kim S.H., Lee H., Lee Y.U., Mun J., Park S., Park J., Park J.S., Lee K., Lee C.M., Seo J., Kim Y., Chung Y.S. Re-Emergence of HMPV in Gwangju, South Korea, after the COVID-19 Pandemic. Pathogens, 2023, vol. 12, no. 10: e1218. doi: 10.3390/pathogens12101218Findlater A., Bogoch I.I. Human mobility and the global spread of infectious diseases: a focus on air travel. Trends Parasitol., 2018, vol. 34, no. 9, pp. 772–783. doi: 10.1016/j.pt.2018.07.004García-García M.L., Pérez-Arenas E., Pérez-Hernandez P., Falces-Romero I., Ruiz S., Pozo F., Casas I., Calvo C. Human Metapneumovirus Infections during COVID-19 Pandemic, Spain. Emerg. Infect. Dis., 2023, vol. 29, no. 4, pp. 850–852. doi: 10.3201/eid2904.230046Hengming Ye, Shuqing Zhang, Kexin Zhang, Yizhe Li, Delin Chen, Yongyao Tan, Linyue Liang, Minjie Liu, Jingyao Liang, Shu An, Jueheng Wu, Xun Zhu, Mengfeng Li, Zhenjian He. Epidemiology, genetic characteristics, and association with meteorological factors of human metapneumovirus infection in children in southern China: A 10-year retrospective study. Int. J. Infect. Dis., 2023, vol. 137, pp. 40–47. doi: 10.1016/j.ijid.2023.10.002Kahn J.S. Epidemiology of human metapneumovirus. Clin. Microbiol. Rev., 2006, vol. 19, no. 3, pp. 546–557. doi: 10.1128/CMR.00014-06Li S., Xue Z., Feng Y., Zhou X., Qi Y., Feng N., Li Y. Epidemiological characteristics of eleven common respiratory viral infections in children. BMC Pediatr., 2024, vol. 24, no. 1: 827. doi: 10.1186/s12887-024-05300-1Min X., Wang Y., Dong X., Dong X., Wang N., Wang Z., Shi L. Epidemiological characteristics of human metapneumovirus among children in Nanjing, China. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 2024, vol. 43, no. 7, pp. 1445–1452. doi: 10.1007/s10096-024-04858-zPiñana M., González-Sánchez A., Andrés C., Abanto M., Vila J., Esperalba J., Moral N., Espartosa E., Saubi N., Creus A., Codina M.G., Folgueira D., Martinez-Urtaza J., Pumarola T., Antón A. The emergence, impact, and evolution of human metapneumovirus variants from 2014 to 2021 in Spain. J. Infect., 2023, vol. 87, no. 2, pp. 103–110. doi: 10.1016/j.jinf.2023.05.004Principi N., Autore G., Ramundo G., Esposito S. Epidemiology of Respiratory Infections during the COVID-19 Pandemic. Viruses, 2023, vol. 15, no. 5: 1160. doi: 10.3390/v15051160Shirato K., Suwa R., Nao N., Kawase M., Sugimoto S., Kume Y., Chishiki M., Ono T., Okabe H., Norito S., Sato M., Sakuma H., Suzuki S., Hosoya M., Takeda M., Hashimoto K. Molecular Epidemiology of Human Metapneumovirus in East Japan before and after COVID-19, 2017-2022. Jpn. J. Infect. Dis., 2024, vol. 77, no. 3, pp. 137–143. doi: 10.7883/yoken.JJID.2023.350Torres A.R., Guiomar R.G., Verdasca N., Melo A., Rodrigues A.P. Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe. Resurgence of Respiratory Syncytial Virus in Children: An Out-of-Season Epidemic in Portugal. Acta Med. Port., 2023, vol. 36, no. 5, pp. 343–352. doi: 10.20344/amp.18589Tulloch R.L., Kok J., Carter I., Dwyer D.E., Eden J.S. An amplicon-based approach for the whole-genome sequencing of human metapneumovirus. Viruses, 2021, vol. 13: 499. doi: 10.3390/v13030499Ujiie M., Tsuzuki S., Nakamoto T., Iwamoto N. Resurgence of Respiratory Syncytial Virus Infections during COVID-19 Pandemic, Tokyo, Japan. Emerg. Infect. Dis., 2021, vol. 27, no. 11, pp. 2969–2970. doi: 10.3201/eid2711.211565Van den Hoogen B.G., de Jong J.C., Groen J., Kuiken T., de Groot R., Fouchier R.A., Osterhaus A.D.M.E. A newly discovered human pneumovirus isolated from young children with respiratory tract disease. Nat. Med., 2001, vol. 7, no. 6, pp. 719–724. doi: 10.1038/89098Wang X., Li Y., Deloria-Knoll M., Madhi S.A., Cohen C., Ali A., Basnet S., Bassat Q., Brooks W.A., Chittaganpitch M., Echavarria M., Fasce R.A., Goswami D., Hirve S., Homaira N., Howie S.R.C., Kotloff K.L., Khuri-Bulos N., Krishnan A., Lucero M.G., Lupisan S., Mira-Iglesias A., Moore D.P., Moraleda C., Nunes M., Oshitani H., Owor B.E., Polack F.P., O’Brien K.L., Rasmussen Z.A., Rath B.A., Salimi V., Scott J.A.G., Simões E.A.F., Strand T.A., Thea D.M., Treurnicht F.K., Vaccari L.C., Yoshida L.M., Zar H.J., Campbell H., Nair H.; Respiratory Virus Global Epidemiology Network. Global burden of acute lower respiratory infection associated with human metapneumovirus in children under 5 years in 2018: a systematic review and modelling study. Lancet Glob. Health, 2021, vol. 9, no. 1, pp. e33-e43. doi: 10.1016/S2214-109X(20)30393-4Wolf D.G., Zakay-Rones Z., Fadeela A., Greenberg D., Dagan R. High seroprevalence of human metapneumovirus among young children in Israel. J. Infect. Dis., 2003, vol. 188, no. 12, pp. 1865–1867. doi: 10.1086/380100World Health Organization. Trends of acute respiratory infection, including human metapneumovirus, in the Northern Hemisphere. URL: https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2025-DON550 (28.02.2023)Yang S.L., Chiu T.Y., Tsai K.L., Li C.H., Yang J.Y., Liu M.T., Wu F.T. Epidemiology of human metapneumovirus in Taiwan from 2013 to 2023. Arch. Virol., 2024, vol. 169, no. 11: 229. doi: 10.1007/s00705-024-06147-8Zhao H., Feng Q., Feng Z., Zhu Y., Ai J., Xu B., Deng L., Sun Y., Li C., Jin R., Shang Y., Chen X., Xu L., Xie Z. Clinical characteristics and molecular epidemiology of human metapneumovirus in children with acute lower respiratory tract infections in China, 2017 to 2019: A multicentre prospective observational study. Virol. Sin., 2022, vol. 37, no. 6, pp. 874–882. doi: 10.1016/j.virs.2022.08.007