COVID-19 weakens the body’s immune system and predisposes to bacterial infections. It has been increasingly evident about changes in the etiological pattern of pneumonia pathogens due to altered lung microbiota after viral pneumonia, the effect of SARS-CoV-2 on the immune system, and antibiotics taking as part of preventing secondary bacterial infection. Our study was aimed to analyze the dynamic change in the pattern of the respiratory tract microbiota in patients with severe pneumonia in the years from 2019 to 2023. There were enrolled 304 patients with pneumonia diagnosed after X-ray examination assessed from January 2019 to December 2023 inclusive. During the pandemic, all the investigated patients had a positive SARS-CoV-2 PCR result, and in the period after the pandemic all the examined patients were negative. Sputum samples delivered to the laboratory, where we performed microbiological culture with identification by MALDI-ToF mass spectrometry. In the pre-COVID-19 pandemic, 62 sputum samples were analyzed, among which Klebsiella pneumoniae and Stenotrophomonas maltophilia were the most common found in 21% and 17.7%, respectively. Both Acinetobacter baumanii and Staphylococcus aureus were isolated in 14.5% cases. Streptococcus pneumoniae was found in 8.1% cases. During the COVID-19 pandemic, 122 samples were evaluated allowing to observe that K. pneumoniae accounted for half of all isolated microorganisms. The second most common was A. baumannii (23.8%). In the post-pandemic period, 120 samples were analyzed, from which K. pneumoniae was mainly identified (31.7%). The next most frequent among pathogens were S. aureus and A. baumannii — 23.3% and 18.3%, respectively. In this way, there was a statistically significant change in the frequency of detection of Gram-positive and Gram-negative microorganisms in ICU patients during the study periods. Before the COVID-19 pandemic, the proportion of Gram-negative microorganisms in the pattern of pathogens was 67.7%, during the pandemic — 91.0%, in the post-pandemic period — approached the values of 2019–2020 and amounted to 70.0% (p < 0.001). K. pneumoniae and A. baumannii were the most frequently found, however, the statistical significance of the changes was observed only for K. pneumoniae (p < 0.005). An insignificant decline in the detection rate of pneumococcus was established as well. The frequency of staphylococcal discharge after coronavirus infection exceeded the pre-pandemic magnitude (p < 0.001).
Введение. COVID-19, ослабляя иммунную систему организма, предрасполагает к присоединению бактериальных инфекций. Увеличивается количество сообщений об изменении этиологической структуры возбудителей пневмонии вследствие изменения микробиоты легких после перенесенной вирусной пневмонии, влияния SARS-CoV-2 на иммунную систему, приема антибиотиков в рамках профилактики вторичной бактериальной инфекции. Целью нашего исследования было проанализировать динамическое изменение структуры микробиоты дыхательных путей у пациентов с тяжелой пневмонией в период с 2019 по 2023 г. Материалы и методы. В исследовании участвовало 304 пациента с диагнозом «пневмония», установленным после рентгенологической диагностики, с января 2019 г. по декабрь 2023 г. включительно. В период пандемии у всех исследованных пациентов был зарегистрирован положительный результат ПЦР-теста на SARS-CoV-2, а в период после пандемии — отрицательный. Образцы мокроты доставляли в лабораторию, где проводили микробиологический посев с идентификацией методом MALDI-ToF масс-спектрометрии. Результаты. В период до пандемии COVID-19 было проанализировано 62 образца мокроты. Наиболее часто встречались Klebsiella pneumoniae и Stenotrophomonas maltophilia — 21 и 17,7%. В равной степени были выделены Acinetobacter baumannii и Staphylococcus aureus — 14,5%. Streptococcus pneumoniae высевался в 8,1% случаев. В пандемию COVID-19 была проведена оценка 122 анализов, по результатам которых половину от всех выделенных микроорганизмов составил K. pneumoniae (50,8%). Вторым по встречаемости являлся A. baumannii — 23,8%. В период после пандемии было проанализировано 120 образцов, из которых преимущественно высевался вид K. pneumoniae (31,7%). Следующими по частоте выявлений были S. aureus и A. baumannii. — 23,3 и 18,3% соответственно. Таким образом, было выявлено статистически значимое изменение частоты обнаружения грамположительных и грамотрицательных микроорганизмов у пациентов ОРИТ в исследуемые периоды. До пандемии COVID-19 доля грамотрицательных микроорганизмов в структуре возбудителей составляла 67,7%, в период пандемии — 91,0%, в постпандемийный — приблизилась к значениям 2019–2020 гг. и составила 70,0% (p < 0,001). Наиболее часто высевались K. pneumoniae и A. baumannii, однако статистическая значимость изменений была установлена только для K. pneumoniae (p ≤ 0,005). Отмечалось снижение частоты обнаружения пневмококка, однако статистическая значимость не была установлена. Частота выделения стафилококков в период после коронавирусной инфекции превысила допандемийные значения (p < 0,001).