Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI1764410.15789/2220-7619-API-17644ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИResearch ArticleArvi pattern in the Northwest federal district during the COVID-19 pandemic (2021–2022)Структура ОРВИ в Северо-Западном федеральном округе в период пандемии COVID-19 (2021–2022 гг.)SbarzagliaV. A.СбарцальяВ. А.
Russian Federation

PhD (Biology), Researcher, Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

к.б.н., научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

sbarzaglia@pasteurorg.ruGladkikhA. S.ГладкихА. C.
Russian Federation

PhD (Biology), Head of the Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

к.б.н., зав. лабораторией молекулярно-генетического мониторинга

sbarzaglia@pasteurorg.ruMilichkinaD. M.МиличкинаД. М.
Russian Federation

Research Laboratory Assistant, Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

лаборант-исследователь лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

sbarzaglia@pasteurorg.ruBachevskayaA. V.БачевскаяА. В.
Russian Federation

Research Laboratory Assistant, Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

лаборант-исследователь лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

sbarzaglia@pasteurorg.ruPopovaМ. R.ПоповаМ. Р.
Russian Federation

PhD Student, Junior Researcher, Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

аспирант, младший научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

sbarzaglia@pasteurorg.ruSharovaA. A.ШароваА. А.
Russian Federation

PhD Student, Junior Researcher, Laboratory of Molecular Genetic Monitoring

аспирант, младший научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

sbarzaglia@pasteurorg.ruCherepanovaE. A.ЧерепановаЕ. А.
Russian Federation

Acting Deputy Head of the Epidemiological Surveillance Department

и.о. зав. отделом обеспечения эпидемиологического надзора

sbarzaglia@pasteurorg.ruDedkovV. G.ДедковВ. Г.
Russian Federation

PhD (Medicine), Deputy Director on Science, Leading Researcher

к.м.н., зам. директора по науке, ведущий научный сотрудник

sbarzaglia@pasteurorg.ruTotolianA. A.ТотолянА. А.
Russian Federation

RAS Full Member, DSc (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Molecular Immunology, Director

академик РАН, д.м.н., профессор, зав. лабораторией молекулярной иммунологии, директор

sbarzaglia@pasteurorg.ruSt. Petersburg Pasteur InstituteФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени ПастераFederal Hygienic and Epidemiological Center of RospotrebnadzorФБУЗ Федеральный центр гигиены и эпидемиологии РоспотребнадзораMartsinovsky Institute of Medical Parasitology, Tropical and Vector-Borne DiseasesИнститут медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний им. Е.И. Марциновского20082024211220241459179262604202409082024Copyright ©; 2024, Sbarzaglia V.A., Gladkikh A.S., Milichkina D.M., Bachevskaya A.V., Popova М.R., Sharova A.A., Cherepanova E.A., Dedkov V.G., Totolian A.A.Copyright ©; 2024, Сбарцалья В.А., Гладких А.C., Миличкина Д.М., Бачевская А.В., Попова М.Р., Шарова А.А., Черепанова Е.А., Дедков В.Г., Тотолян А.А.2024Sbarzaglia V.A., Gladkikh A.S., Milichkina D.M., Bachevskaya A.V., Popova М.R., Sharova A.A., Cherepanova E.A., Dedkov V.G., Totolian A.A.Сбарцалья В.А., Гладких А.C., Миличкина Д.М., Бачевская А.В., Попова М.Р., Шарова А.А., Черепанова Е.А., Дедков В.Г., Тотолян А.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/17644

Acute respiratory viral infections still remain a pressing health problem, causing both seasonal outbreaks and epidemics and global pandemics. The emergence of a new coronavirus infection has become a serious challenge, resulting in more than 776 million cases of disease and more than 7 million deaths worldwide, which could not but affect the circulation of existing seasonal pathogens. This paper provides a retrospective analysis of the structure of acute respiratory viral infections during the height of the COVID-19 pandemic using the example of a single subject (Northwestern Federal District) in the autumn-winter periods of 2021–2022, presents the dynamics of the incidence of acute respiratory viral infections and influenza in Russia and the Northwestern Federal District, cases of co-infections were identified and analyzed. It is shown that between 2021 and 2022, the accession of a new coronavirus infection increased the overall incidence of respiratory viral infections until August 2022, and the decrease in COVID-19 incidence by the end of 2022 compared with the incidence of other respiratory viruses. ARVI pathogens that circulated during the COVID-19 pandemic were identified, namely: influenza A virus, adenoviruses, seasonal coronaviruses, rhinoviruses, bocaviruses, respiratory syncytial virus and type 3 parainfluenza virus. The results of the study showed that influenza A virus, bocaviruses and respiratory syncytial virus are more often detected as monoinfections and can influence the spread of other respiratory viruses. While adenoviruses, rhinoviruses and type 3 parainfluenza viruses are most often found in the form of co-infection with COVID-19, which creates an additional viral load in patients and can complicate the course of the disease.

Острые респираторные вирусные инфекции по-прежнему остаются актуальной проблемой здравоохранения, вызывая как сезонные вспышки и эпидемии, так и глобальные пандемии. Появление новой коронавирусной инфекции стало серьезным испытанием, повлекшим за собой более 776 млн случаев заболевания и более 7 млн смертей во всем мире, что не могло не отразиться на циркуляции уже существующих сезонных патогенов. В данной работе проведен ретроспективный анализ структуры ОРВИ в период разгара пандемии COVID-19 на примере отдельно взятого субъекта (Северо-Западного федерального округа) в осенне-зимние периоды 2021–2022 гг., представлена динамика заболеваемости ОРВИ и гриппом на территории России и СЗФО, выявлены и проанализированы случаи коинфекций. Показано, что в период с января 2021 г. по август 2022 г. присоединение новой коронавирусной инфекции увеличило общую заболеваемость респираторно-вирусными инфекциями, а также снижение заболеваемости COVID-19 к концу 2022 г. в сравнении с заболеваемостью другими респираторными вирусами. Были выявлены возбудители ОРВИ, циркулировавшие на фоне пандемии COVID-19, а именно: вирус гриппа А, аденовирусы, сезонные коронавирусы, риновирусы, бокавирусы, респираторно-синцитиальный вирус и вирус парагриппа 3 типа. Результаты исследования показали, что вирус гриппа А, бокавирусы и респираторно-синцитиальный вирус чаще выявляются в виде моноинфекций и могут влиять на распространение других респираторных вирусов. В то же время аденовирусы, риновирусы и вирусы парагриппа 3 типа чаще других встречаются в виде коинфекции с COVID-19, что создает дополнительную вирусную нагрузку у пациентов и может осложнять течение заболевания.

ARVIinfluenzaCOVID-19 pandemicmorbidityrespiratory virusesco-infectionsОРВИгрипппандемия СОVID-19заболеваемостьреспираторные вирусыкоинфекцииКиселева И.В., Ксенафонтов А.Д. Рино- и РС-вирусы в пандемию COVID-19 // Инфекция и иммунитет. 2022. Т. 12, № 5. C. 624–638. [Kiseleva I.V., Ksenafontov A.D. Rhino- and RS-viruses in the COVID-19 pandemic Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2022, vol. 12, no. 4, pp. 624–638. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-RAR-1826Кузнецов О.К. Условия, способствующие появлению вируса гриппа с пандемическим потенциалом. Профилактические меры // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2003. № 3 (10). С. 5–12. [Kuznetsov O.K. The features of influenza vaccinal prevention. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika = Epidemiology and Vaccine Prevention, 2003, no. 3 (10), pp. 5–12. (In Russ.)]Львов Д.К., Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Федякина И.Т., Бовин Н.В., Игнатьева А.В., Краснослободцев К.Г., Феодоритова Е.Л., Трушакова С.В., Бреслав Н.В., Меркулова Л.Н., Мукашева Е.А., Хлопова И.Н., Воронина О.Л., Аксенова Е.И., Кунда М.С., Рыжова Н.Н., Вартанян Н.В., Кистенева Л.Б., Кириллов И.М., Прошина Е.С., Росаткевич А.Г., Кружкова И.С., Заплатников А.Л., Базарова М.В., Сметанина С.В., Харламов М.В., Карпов Н.Л., Шихин А.В. Особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. в отдельных регионах России // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65, № 6. С. 335–349. [L’vov D.K., Burtseva E.I., Kolobukhina L.V., Fedyakina I.T., Bovin N.V., Ignatjeva A.V., Krasnoslobodtsev K.G., Feodoritova E.L., Trushakova S.V., Breslav N.V., Merkulova L.N., Mukasheva E.A., Khlopova I.N, Voronina O.L., Aksyonova E.I., Kunda M.S., Ryzhova N.N., Vartanjan R.V., Kisteneva L.B., Kirillov I.M., Proshina E.S., Rosatkevich A.G., Kruzhkova I.S., Zaplatnikov A.L., Bazarova M.V., Smetanina S.V., Kharlamov М.V., Karpov N.L., Shikhin A.V. Peculiarities of the influenza and ARVI viruses during epidemic season 2019–2020 in some regions of Russia. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2020, vol. 65, no. 6, pp. 335–349 (In Russ.)]Писарева М.М., Едер В.А., Бузицкая Ж.В., Мусаева Т.Д., Афанасьева В.С., Го А.А., Образцова Е.А., Суховецкая В.Ф., Комиссаров А.Б. Этиологическая структура гриппа и других ОРВИ в Санкт-Петербурге в эпидемические сезоны 2012–2016 гг. // Вопросы вирусологии. 2018. Т. 63, № 5. С. 233–239. [Pisareva M.M., Eder V.A., Buzitskaya Zh.V., Musaeva T.D., Afanaseva V.S., Go A.A., Obraztsova E.A., Sukhovetskaya V.F., Komissarov A.B. Etiological structure of influenza and other ARVI in St. Petersburg during epidemic seasons 2012–2016. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2018, vol. 63, no. 5, pp. 233–239. (In Russ.)]Bai L., Zhao Y., Dong J., Liang S., Guo M., Liu X., Wang X., Huang Z., Sun X., Zhang Z., Dong L., Liu Q., Zheng Y., Niu D., Xiang M., Song K., Ye J., Zheng W., Tang Z., Tang M., Zhou Y., Shen C., Dai M., Zhou L., Chen Y., Yan H., Lan K., Xu K. Coinfection with influenza A virus enhances SARS-CoV-2 infectivity. Cell Res., 2021, vol. 31, no. 4, pp. 395–403. doi: 10.1038/s41422-021-00473-1Bedford T., Riley S., Barr I.G., Broor S., Chadha M., Cox N.J., Daniels R.S., Gunasekaran C.P., Hurt A.C., Kelso A., Klimov A., Lewis N.S., Li X., McCauley J.W., Odagiri T., Potdar V., Rambaut A., Shu Y., Skepner E., Smith D.J., Suchard M.A., Tashiro M., Wang D., Xu X., Lemey P., Russell C.A. Global circulation patterns of seasonal influenza viruses vary with antigenic drift. Nature, 2015, vol. 523, no. 7559, pp. 217–220. doi: 10.1038/nature14460Casalegno J.S., Ottmann M., Duchamp M.B., Escuret V., Billaud G., Frobert E., Morfin F., Lina B. Rhinoviruses delayed the circulation of the pandemic influenza A (H1N1) 2009 virus in France. Clin. Microbiol. Infect., 2010, vol. 16, no. 4, pp. 326–329. doi: 10.1111/j.1469-0691.2010.03167.xChen R., Holmes E.C. The evolutionary dynamics of human influenza B virus. J. Mol. Evol., 2008, vol. 66, no. 6, pp. 655–663. doi: 10.1007/s00239-008-9119-zCountry & Technical Guidance — Coronavirus disease (COVID-19). Geneva: World Health Organization, 2020. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance-publicationsDomenech de Cellès M., Casalegno J.S., Lina B., Opatowski L. Estimating the impact of influenza on the epidemiological dynamics of SARS-CoV-2. Peer J., 2021 vol. 9: e12566. doi: 10.7717/peerj.12566Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., Klyuchnikova E., Sbarzaglia V., Arbuzova T., Forghani M., Ramsay E., Dolgova A., Shabalina A., Tsyganova N., Totolian A. Uninvited guest: arrival and dissemination of omicron lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. Microorganisms, 2022, vol. 10, no. 8: 1676. doi: 10.3390/microorganisms10081676Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., Klyuchnikova E., Sbarzaglia V., Kanaeva O., Arbuzova T., Tsyganova N., Popova A., Ramsay E., Totolian A. Epidemiological Features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021. Viruses, 2022, vol. 14, no. 5: 931. doi: 10.3390/v14050931Goncharova E.A., Dedkov V.G., Dolgova A.S., Kassirov I.S., Safonova M.V., Voytsekhovskaya Y., Totolian A.A. One-step quantitative RT-PCR assay with armored RNA controls for detection of SARS-CoV-2. J. Med. Virol., 2021, vol. 93, no. 3, pp. 1694–1701. doi: 10.1002/jmv.26540Linde A., Rotzén-Ostlund M., Zweygberg-Wirgart B., Rubinova S., Brytting M. Does viral interference affect spread of influenza? Euro Surveill., 2009, vol. 14, no. 40: 19354Lowen A.C., Mubareka S., Steel J., Palese P. Influenza virus transmission is dependent on relative humidity and temperature. PLoS Pathog., 2007, vol. 3, no. 10, pp. 1470–1476. doi: 10.1371/journal.ppat.0030151Mak G.C., Wong A.H., Ho W.Y., Lim W. The impact of pandemic influenza A (H1N1) 2009 on the circulation of respiratory viruses 2009–2011. Influenza Other Respir Viruses, 2012, vol. 6, no. 3: e6-10. doi: 10.1111/j.1750-2659.2011.00323.xOlsen S.J., Azziz-Baumgartner E., Budd A.P., Brammer L., Sullivan S., Pineda R.F., Cohen C., Fry A.M. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic-United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. Am. J. Transplant., 2020, vol. 20, no. 12, pp. 3681–3685. doi: 10.1111/ajt.16381Opatowski L., Baguelin M., Eggo R.M. Influenza interaction with cocirculating pathogens and its impact on surveillance, pathogenesis, and epidemic profile: a key role for mathematical modelling. PLoS Pathog., 2018, vol. 14, no. 2: e1006770. doi: 10.1371/journal.ppat.1006770Petrova V.N., Russell C.A. The evolution of seasonal influenza viruses. Nat. Rev. Microbiol., 2018, vol. 16, no. 1, pp. 47–60. doi: 10.1038/nrmicro.2017.118Smith D.J., Lapedes A.S., de Jong J.C., Bestebroer T.M., Rimmelzwaan G.F., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Mapping the antigenic and genetic evolution of influenza virus. Science, 2004, vol. 305, no. 5682, pp. 371–376. doi: 10.1126/science.1097211Soo R.J.J., Chiew C.J., Ma S., Pung R., Lee V. Decreased Influenza Incidence under COVID-19 Control Measures, Singapore. Emerg. Infect. Dis., 2020, vol. 26, no. 8, pp. 1933–1935. doi: 10.3201/eid2608.201229Stowe J., Tessier E., Zhao H., Guy R., Muller-Pebody B., Zambon M., Andrews N., Ramsay M., Lopez Bernal J. Interactions between SARS-CoV-2 and influenza, and the impact of coinfection on disease severity: a test-negative design. Int. J. Epidemiol., 2021, vol. 50, no. 4, pp. 1124–1133. doi: 10.1093/ije/dyab081Terajima M., Cruz J., Co M.D., Lee J.H., Kaur K., Wrammert J., Wilson P.C., Ennis F.A. Complement-dependent lysis of influenza a virus-infected cells by broadly cross-reactive human monoclonal antibodies. J. Virol., 2011, vol. 85, no. 24, pp. 13463–13467. doi: 10.1128/JVI.05193-11Vijaykrishna D., Holmes E.C., Joseph U., Fourment M., Su Y.C., Halpin R., Lee R.T., Deng Y.M., Gunalan V., Lin X., Stockwell T.B., Fedorova N.B., Zhou B., Spirason N., Kühnert D., Bošková V., Stadler T., Costa A.M., Dwyer D.E., Huang Q.S., Jennings L.C., Rawlinson W., Sullivan S.G., Hurt A.C., Maurer-Stroh S., Wentworth D.E., Smith G.J., Barr I.G. The contrasting phylodynamics of human influenza B viruses. Elife, 2015, vol. 4: e05055. doi: 10.7554/eLife.05055Wang M.H., Hu Z.X., Feng L.Z., Yu H.J., Yang J. [Epidemic trends and prevention and control of seasonal influenza in China after the COVID-19 pandemic]. Zhonghua Yi Xue Za Zhi., 2024, vol. 104, no. 8, pp. 559–565. (In Chinese). doi: 10.3760/cma.j.cn112137-20231220-01430WHO. Coronavirus disease (COVID-19) Epidemiological Updates and Monthly Operational Updates. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports (30.08.2024)WHO. Global Influenza Strategy 2019–2030. URL: https://www.who.int/publications/i/item/9789241515320 (07.01.2024)WHO. Influenza (Seasonal). URL: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal) (20.12.2023)WHO. Statement on the fifteenth meeting of the IHR (2005) Emergency Committee on the COVID-19 pandemic. URL: https://www.who.int/news/item/05-05-2023-statement-on-the-fifteenth-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic (15.03.2024)WHO. Up to 650 000 people die of respiratory diseases linked to seasonal flu each year. URL: https://www.who.int/news/item/13-12-2017-up-to-650-000-people-die-of-respiratory-diseases-linked-to-seasonal-flu-each-year (20.12.2023)Xie Y., Tian X., Zhang X., Yao H., Wu N. Immune interference in effectiveness of influenza and COVID-19 vaccination. Front. Immunol., 2023, no. 14: 1167214. doi: 10.3389/fimmu.2023.1167214