<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="brief-report" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">17555</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-CAP-17555</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>SHORT COMMUNICATIONS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Short Communication</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Comparatively analyzed pattern of Delta and Omicron SARS-CoV-2 genovariant dominated COVID-19 incidence in the population of the Saratov region</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Сравнительный анализ структуры заболеваемости COVID-19 населения Саратовской области в периоды преобладания геновариантов Delta И Omicron</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Zimirova</surname><given-names>A. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Зимирова</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Junior Researcher, Laboratory of Sanitary Protection and Emergency Situations, Epidemiology Department</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>младший научный сотрудник лаборатории санитарной охраны и ЧС отдела эпидемиологии</p></bio><email>zi_749@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kuklev</surname><given-names>V. E.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Куклев</surname><given-names>В. Е.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Sanitary Protection and Emergency Situations, Epidemiology Department</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории санитарной охраны и ЧС отдела эпидемиологии</p></bio><email>zi_749@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Safronov</surname><given-names>V. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Сафронов</surname><given-names>В. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Epidemiological Analysis and Forecasting, Epidemiology Department</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории эпидемиологического анализа и прогнозирования отдела эпидемиологии</p></bio><email>zi_749@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Vyatkin</surname><given-names>I. N.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Вяткин</surname><given-names>И. Н.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Head of the Department of Epidemiological Surveillance and Sanitary Protection of the Territory</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>начальник отдела эпидемиологического надзора и санитарной охраны территории</p></bio><email>zi_749@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФКУН Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">Department of Rospotrebnadzor for the Saratov Region</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Управление Роспотребнадзора по Саратовской области</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="preprint" iso-8601-date="2024-02-29" publication-format="electronic"><day>29</day><month>02</month><year>2024</year></pub-date><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2024-02-28" publication-format="electronic"><day>28</day><month>02</month><year>2024</year></pub-date><volume>14</volume><issue>1</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>181</fpage><lpage>186</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2023-12-14"><day>14</day><month>12</month><year>2023</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2024-02-26"><day>26</day><month>02</month><year>2024</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2024, Zimirova A.A., Kuklev V.E., Safronov V.A., Vyatkin I.N.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2024, Зимирова А.А., Куклев В.Е., Сафронов В.А., Вяткин И.Н.</copyright-statement><copyright-year>2024</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Zimirova A.A., Kuklev V.E., Safronov V.A., Vyatkin I.N.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Зимирова А.А., Куклев В.Е., Сафронов В.А., Вяткин И.Н.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/17555">https://iimmun.ru/iimm/article/view/17555</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Despite the stable decline in SARS-CoV-2 virus-caused COVID-19 incidence in most countries worldwide by the end of 2023, spreading of this infection on a global scale remains relevant. Among all known SARS-CoV-2 genovariants, within the last about two years Omicron remains dominant. The distinctive properties of this genovariant are presented by short incubation period (1–5 days), high contagiousness, and a relatively mild disease course due to largest number of genomic mutations among all SARS-CoV-2 genovariants. The first case of Omicron genovariant-caused infection in Russia was recorded in early December 2021. Over many month-monitoring after active spread of the genovariant in Russia, it is obvious that in a number of key characteristics it differs profoundly from previous SARS-CoV-2 genovariants. Analyzing major patterns inherent in COVID-19 epidemic process particularly uncovering geographic features is one of the most crucial activities in COVID-19 surveillance. Here, we provide a comparatively analyzed pattern of Delta and Omicron SARS-CoV-2 genovariant dominated COVID-19 incidence in the population of the Saratov region. For this, there was used statistical reporting from the Office of Rospotrebnadzor for the Saratov Region. The main research method is based on epidemiological analysis. The study data showed that upon Omicron genovariant dominance, an increased percentage in COVID-19 cases among children of varying age, increased rate of infected subjects with unknown source of infection as well as improved clinical disease course were recorded. Regardless of the circulating genovariant, elderly people remain to be in risk group. Thus, after three years of the COVID-19 pandemic, the mutual adaptation for SARS-CoV-2 and human population can be observed, which is accompanied by altered biological properties of the former and the accumulation of herd immunity. Alleviated disease symptoms and decreased mortality rate among Omicron genovariant-infected individuals evidence in favor of further COVID-19 transformation into a seasonal infection.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Несмотря на стабильное снижение уровня заболеваемости COVID-19, вызываемым вирусом SARS-CoV-2, в большинстве стран мира к концу 2023 г., проблема распространения данной инфекции в глобальном масштабе продолжает оставаться актуальной. Среди всех известных геновариантов SARS-CoV-2 доминирующим на протяжении почти двух лет остается Omicron. Отличительными свойствами данного геноварианта являются короткий инкубационный период (1–5 сут.), высокая контагиозность, относительно легкое течение заболевания, что связано с наибольшим среди всех геновариантов SARS-CoV-2 числом мутаций в геноме. Первый случай заражения геновариантом Omicron в России зафиксирован в начале декабря 2021 г. На протяжении многих месяцев наблюдения за активным распространением геноварианта в России является очевидным, что он существенно отличается от предыдущих геновариантов SARS-CoV-2 по ряду ключевых характеристик. Изучение основных закономерностей, присущих эпидемическому процессу новой коронавирусной инфекции, в частности выявление региональных особенностей, является одним из важнейших направлений эпиднадзора за COVID-19. В настоящей статье проведен сравнительный анализ структуры заболеваемости COVID-19 населения Саратовской области в периоды преобладания геновариантов Delta и Omicron. При анализе использована статистическая отчетность Управления Роспотребнадзора по Саратовской области. Основной метод исследования — эпидемиологический анализ. Результаты исследования показали, что в период доминирования геноварианта Omicron зафиксировано увеличение доли заболевших среди детей разного возраста, увеличение числа инфицированных с неустановленным источником инфекции и облегчение клинического течения болезни. Лица пожилого возраста вне зависимости от циркулирующего геноварианта продолжают оставаться в группе риска. Таким образом, спустя три года пандемии COVID-19 прослеживается взаимная адаптация нового коронавируса к человеческой популяции, что сопровождается изменением биологических свойств возбудителя и накоплением иммунной прослойки населения. Облегчение симптомов заболевания и снижение показателя летальности среди инфицированных геновариантом Omicron свидетельствует в пользу дальнейшего преобразования COVID-19 в сезонную инфекцию.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>COVID-19</kwd><kwd>Delta</kwd><kwd>Omicron</kwd><kwd>incidence</kwd><kwd>genovariants</kwd><kwd>Saratov Region</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>COVID-19</kwd><kwd>Delta</kwd><kwd>Omicron</kwd><kwd>заболеваемость</kwd><kwd>геноварианты</kwd><kwd>Саратовская область</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Горелов А.В., Плоскирева А.А., Музыка А.Д. Эволюция клинико-патогенетических особенностей коронавирусной инфекции COVID-19 // РМЖ. Медицинское обозрение. 2022. Т. 6, № 11. С. 626–634. [Gorelov A.V., Ploskireva A.A., Muzyka A.D. Evolution of clinical and pathogenetic features of coronavirus infection COVID-19. RMZh. Meditsinskoe obozrenie = Russian Medical Inquiry, 2022, vol. 6, no. 11, pp. 626–634. (In Russ.)] doi: 10.32364/2587-6821-2022-6-11-626-634</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Индийский штамм нашли в 90% исследованных российских образцов коронавируса // Известия. [The Indian strain was found in 90% of the Russian coronavirus samples studied. Izvestia. (In Russ.)] 16.06.2021. URL: https://iz.ru/1179239/2021-06-16/indiiskii-shtamm-nashli-v-90-issledovannykh-rossiiskikh-obraztcov-koronavirusa (21.11.2023)</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Объясняем.рф. [Explain.rf (In Russ.)]. URL: https://xn--90aivcdt6dxbc.xn--p1ai/stopkoronavirus (20.11.2023)</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Удовиченко С.К., Никитин Д.Н., Жуков К.В., Топорков А.В., Викторов Д.В., Зубарева О.В., Климина И.А., Таратутина М.Н. Эпидемические проявления COVID-19 в Волгоградской области в период 2020–2021 гг. // Вестник ВолГМУ. 2021. № 4 (80). [Udovichenko S.K., Nikitin D.N., Zhukov K.V., Toporkov A.V., Viktorov D.V., Zubareva O.V., Klimina I.A., Taratutina M.N. Epidemic manifestations of COVID-19 in the Volgograd Region in the period 2020–2021. Vestnik VolGMU = Bulletin of Volgograd State Medical University, 2021, no. 4 (80). (In Russ.)] URL: https://cyberleninka.ru/article/n/epidemicheskie-proyavleniya-covid-19-v-volgogradskoy-oblasti-v-period-2020-2021-gg (18.11.2023)</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Diamond M., Halfmann P., Maemura T., Iwatsuki-Horimoto K., Iida S., Kiso M., Scheaffer S., Darling T., Joshi A., Loeber S., Foster S., Ying B., Whitener B., Floyd K., Ujie M., Nakajima N., Ito M., Wright R., Uraki R., Li R., Sakai Y., Liu Y., Larson D., Osorio J., Hernandez-Ortiz J., Čiuoderis K., Florek K., Patel M., Bateman A., Odle A., Wong L.Y., Wang Z., Edara V.V., Chong Z., Thackray L., Ueki H., Yamayoshi S., Imai M., Perlman S., Webby R., Seder R., Suthar M., Garcia-Sastre A., Schotsaert M., Suzuki T., Boon A., Kawaoka Y., Douek D., Moliva J., Sullivan N., Gagne M., Ransier A., Case J., Jeevan T., Franks J., Fabrizio T., DeBeauchamp J., Kercher L., Seiler P., Singh G., Warang P., Gonzalez-Reiche A.S., Sordillo E., van Bakel H., Simon V. The SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron virus causes attenuated infection and disease in mice and hamsters. Res. Sq. [Preprint]. 2021: rs.3.rs-1211792. doi: 10.21203/rs.3.rs-1211792/v1</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Communicable disease threats report. 2021. Week 35, 29 August-4 September. URL: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Communicable-disease-threats-report4-september-2021.pdf (14.11.2023)</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Guo Y.R., Cao Q.D., Hong Z.S., Tan Y.Y., Chen S.D., Jin H.J., Tan K.S., Wang D.Y., Yan Y. The origin, transmission and clinical therapies on coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak — an update on the status. Mil. Med. Res., 2020, vol. 7, no. 1: 11. doi: 10.1186/s40779-020-00240-0.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Lin L., Liu Y., Tang X., He D. The disease severity and clinical outcomes of the SARS-CoV-2 variants of concern. Front. Public Health, 2021, vol. 9: 775224. doi: 10.3389/fpubh.2021.775224</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Pearson C., Silal S., Li M.W.Z., Dushoff J., Bolker B., Abbott S., van Schalkwyk C., Davies N., Barnard R., Edmunds J., Bingham J., Meyer-Rath G., Jamieson L., Glass A., Wolter N., Govender N., Stevens W., Scott L., Mlisana K., Moultrie H., Pulliam J. Bounding the levels of transmissibility &amp; immune evasion of the Omicron variant in South Africa. MedRxiv. 2021. doi: 10.1101/2021.12.19.21268038</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Saxena S.K., Kumar S., Ansari S., Paweska J.T., Maurya V.K., Tripathi A.K., Abdel-Moneim A.S. Characterization of the novel SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) variant of concern and its global perspective. J. Med. Virol., 2022, vol. 94, no. 4, pp. 1738–1744. doi: 10.1002/jmv.27524</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Shang W., Kang L., Cao G., Wang Y., Gao P., Liu J., Liu M. Percentage of asymptomatic Infections among SARS-CoV-2 Omicron variant-positive individuals: a systematic review and meta-analysis. Vaccines (Basel), 2022, vol. 10, no. 7: 1049. doi: 10.3390/vaccines10071049</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Singhal T. The emergence of Omicron: challenging times are here again! Indian J. Pediatr., 2022, vol. 89, no. 5, pp. 490–496. doi: 10.1007/s12098-022-04077-4</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Tian D., Sun Y., Zhou J., Ye Q. The global epidemic of the SARS-CoV-2 Delta variant, key spike mutations and immune escape. Front. Immunol., 2021, vol. 12: 751778. doi: 10.3389/fimmu.2021.751778</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Yang W., Yang S., Wang L., Zhou Y., Xin Y., Li H., Mu W., Wu Q., Xu L., Zhao M., Wang C., Yu K. Clinical characteristics of 310 SARS-CoV-2 Omicron variant patients and comparison with Delta and Beta variant patients in China. Virol. Sin., 2022, vol. 37, no. 5, pp. 704–715. doi: 10.1016/j.virs.2022.07.014</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
