Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI174710.15789/2220-7619-EPO-1747ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИEtiological pattern of community-acquired pneumonia related to the new coronavirus infection COVID-19 pandemic in the Saratov RegionЭтиологическая структура внебольничных пневмоний в условиях пандемии новой коронавирусной инфекции в Саратовской областиhttps://orcid.org/0000-0002-8334-9173PortenkoS. A.ПортенкоС. А.
Russian Federation

Svetlana A. Portenko - PhD (Biology), Head of the Department of Infectious Diseases Diagnostics, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

410005, Saratov, Universitetskaya str., 46.

Phone: +7 927 223-29-92.

Портенко Светлана Анатольевна - кандидат биологических наук, заведующий отделом диагностики инфекционных болезней.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46.

Тел.: 8 927 223-29-92.

portenko_sa@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8424-3864KazakovaE. S.КазаковаЕ. С.
Russian Federation

PhD (Biology), Head Researcher, Department of Infectious Diseases Diagnostics, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Кандидат биологических наук, главный научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6474-3696NaidenovaE. V.НайденоваЕ. В.
Russian Federation

PhD (Biology), Senior Researcher, Department of Infectious Diseases Diagnostics, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней.

Саратов.

katim2003@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0954-5683OsinaN. A.ОсинаН. А.
Russian Federation

PhD (Biology), Head of the Microbiology Department, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Кандидат биологических наук, заведующий отделом микробиологии.

Саратов.

davidova_n_work@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7171-855XProskuriakovaM. V.ПроскуряковаМ. В.
Russian Federation

Researcher, Department of Infectious Diseases Diagnostics, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней.

Саратов.

proma89@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8260-4670KatyshevA. D.КатышевА. Д.
Russian Federation

Junior Researcher, Microbiology Department, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Младший научный сотрудник отдела микробиологии.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0001-5807-0368SharkovaE. A.ШарковаЕ. А.
Russian Federation

Junior Researcher, Department of Infectious Diseases Diagnostics, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Младший научный отдела диагностики инфекционных болезней сотрудник.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0001-7400-8599KedrovaO. V.КедроваО. В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Academic Secretary, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Кандидат медицинских наук, ученый секретарь.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruChumachkovaE. A.ЧумачковаЕ. А.
Russian Federation

Researcher, Epidemiology Department, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Научный сотрудник отдела эпидемиологии.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruShamyunovM. R.ШамьюновМ. Р.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head Physician, Saratov Polyclinic Hospital No. 5.

Saratov.

Кандидат медицинских наук, главный врач.

Саратов.

gkb5sar@mail.ruKharitonovaV. F.ХаритоноваВ. Ф.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head Physician, Saratov Chlidren’s Infectious Clinical Hospital No. 5.

Saratov.

Кандидат медицинских наук, главный врач.

Саратов.

sar5dikb@mail.ruGurevaL. A.ГурьеваЛ. А.
Russian Federation

Head Physician, Saratov Polyclinic No. 2.

Saratov.

Главный врач.

Саратов.

sekretar@sargp2.ruPopovaN. Yu.ПоповаН. Ю.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head Physician, City Perinatal Center.

Saratov.

Кандидат медицинских наук, главный врач.

Саратов.

guzpcsar@mail.ruMaksimovaL. V.МаксимоваЛ. В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head Physician, Saratov City Clinical Hospital No. 10.

Saratov.

Кандидат медицинских наук, главный врач ГУЗ Саратовская городская клиническая больница № 10.

Саратов.

lpu10gkb@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-7548-4845BugorkovaS. A.БугорковаС. А.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Head of the Immunology Department, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Доктор медицинских наук, заведующий отделом иммунологии.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1143-4069ScherbakovaS. A.ЩербаковаС. А.
Russian Federation

PhD, MD (Biology), Deputy Director for Scientific and Experimental Work, Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Доктор биологических наук., заместитель директора по научной и экспериментальной работе.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3788-3452KutyrevV. V.КутыревВ. В.
Russian Federation

PhD, MD (Medicine), Professor, RAS Full Member, Director of the Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor.

Saratov.

Доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, директор.

Саратов.

rusrapi@microbe.ruRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of RospotrebnadzorРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» РоспотребнадзораSaratov Polyclinic Hospital No. 5Саратовская городская клиническая больница № 5Saratov Children’s Infectious Clinical Hospital No. 5Саратовская детская инфекционная клиническая больница № 5Saratov Polyclinic No. 2Саратовская городская поликлиника № 2City Perinatal CenterПеринатальный центрSaratov City Clinical Hospital No. 10Саратовская городская клиническая больница № 1012032022121951040806202130102021Copyright ©; 2021, Portenko S.A., Kazakova E.S., Naidenova E.V., Osina N.A., Proskuriakova M.V., Katyshev A.D., Sharkova E.A., Kedrova O.V., Chumachkova E.A., Shamyunov M.R., Kharitonova V.F., Gureva L.A., Popova N.Y., Maksimova L.V., Bugorkova S.A., Scherbakova S.A., Kutyrev V.V.Copyright ©; 2021, Портенко С.А., Казакова Е.С., Найденова Е.В., Осина Н.А., Проскурякова М.В., Катышев А.Д., Шаркова Е.А., Кедрова О.В., Чумачкова Е.А., Шамьюнов М.Р., Харитонова В.Ф., Гурьева Л.А., Попова Н.Ю., Максимова Л.В., Бугоркова С.А., Щербакова С.А., Кутырев В.В.2021Portenko S.A., Kazakova E.S., Naidenova E.V., Osina N.A., Proskuriakova M.V., Katyshev A.D., Sharkova E.A., Kedrova O.V., Chumachkova E.A., Shamyunov M.R., Kharitonova V.F., Gureva L.A., Popova N.Y., Maksimova L.V., Bugorkova S.A., Scherbakova S.A., Kutyrev V.V.Портенко С.А., Казакова Е.С., Найденова Е.В., Осина Н.А., Проскурякова М.В., Катышев А.Д., Шаркова Е.А., Кедрова О.В., Чумачкова Е.А., Шамьюнов М.Р., Харитонова В.Ф., Гурьева Л.А., Попова Н.Ю., Максимова Л.В., Бугоркова С.А., Щербакова С.А., Кутырев В.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/1747

Community-acquired pneumonia is a polyetiological infectious disease of bacterial or viral nature. In most cases, it is caused by pathogens such as Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzae, Chlamydophila pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella spp. However, despite that a wide range of modern diagnostic methods have been introduced into laboratory practice, the etiology of the disease can be determined only in 40–60% of cases. Here, we analyzed the causative agents of community-acquired pneumonia and relevant markers samples of clinical material collected from patients undergoing treatment in the medical facilities of the city of Saratov and the Saratov Region during the period from July to August, 2020, coupled to increase number of cases of new coronavirus infection COVID-19. Clinical material (oropharyngeal swabs, saliva, sputum, blood and blood serum) was obtained from 129 patients and investigated by using microbiological, immunoserological and molecular genetic methods. For this, there were used transport and nutrient media, diagnostic drugs, reagents, discs with antibacterial domestic and foreign drugs registered in the Russian Federation. As a result, 82 (63.6%) patients were found to have markers of the pathogen COVID-19 (viral RNA or specific antibodies of IgM and/or IgG classes), whereas 42% of cases had overlapped RT-PCR and ELISA data. There was a predominance of severe clinical forms of the disease in the group of patients with pneumonia caused by SARS-CoV-2 virus (17.1%), compared with pneumonia of another etiology (12.8%). No marked differences in specific pattern of the accompanying microflora and its sensitivity to antibacterial agents were observed in persons with/without markers of COVID-19. While being examined by bacteriological methods, S. aureus, K. pneumoniae, S. pneumoniae, M. pneumoniae, Acinetobacter spp., both in monoculture and in associations, were isolated from samples of clinical material collected from the majority of patients. In 49.6% of cases, pathogenic microflora, including pathogens causing community-acquired pneumonia, has not been identified, which may be due to the use of antibacterial drugs before the collection of clinical material and treatment applied due to comorbid chronic diseases.

Внебольничные пневмонии относятся к полиэтиологическим инфекционным заболеваниям бактериальной или вирусной природы. В большинстве случаев они обусловлены такими возбудителями, как Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzaе, Chlamydophila pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella spp., грамотрицательными палочками, вирусами гриппа А и В, аденовирусами, PC-вирусом, вирусами парагриппа. Однако, несмотря на внедрение в лабораторную практику широкого спектра современных диагностических методов, этиологию заболевания удается установить только в 40–60% случаев. В настоящей статье приведен анализ данных по обнаружению возбудителей внебольничных пневмоний и их маркеров в пробах клинического материала от больных, проходивших лечение в медицинских организациях  г. Саратова и Саратовской области в период с июля по август 2020 г., сопряженный с увеличением количества случаев заболевания новой коронавирусной инфекцией COVID-19. Клинический материал (мазки из ротоглотки, слюна, мокрота, кровь и сыворотка крови) получен от 129 больных и исследован с помощью микробиологических, иммуносерологических и молекулярно-генетических методов. Для исследований применяли транспортные и питательные среды, диагностические препараты, реагенты, диски с антибактериальными препаратами отечественного и зарубежного производства, зарегистрированные на территории Российской Федерации. В результате проведенных исследований у 82 (63,6%) пациентов выявлены маркеры возбудителя COVID-19 (вирусная РНК или специфические антитела классов IgM и/или IgG), при этом в 42% случаев отмечено совпадение результатов ОТ-ПЦР и ИФА. Отмечено преобладание доли тяжелых клинических форм заболевания в группе больных пневмониями, вызванными вирусом SARS-CoV-2 (17,1%), по сравнению с пневмониями другой этиологии (12,8%). Значительных различий в видовом составе сопутствующей микрофлоры и ее чувствительности к антибактериальным препаратам у лиц с маркерами COVID-19 и без таковых не выявлено. При исследовании бактериологическими методами из проб клинического материала большинства больных были выделены S. aureus, K. pneumoniae, S. pneumoniae, M. pneumoniae, Acinetobacter spp., как в монокультуре, так и в ассоциациях. В 49,6% случаев патогенная микрофлора, в том числе возбудители внебольничных пневмоний, не выявлена, что может быть обусловлено приемом антибактериальных препаратов до начала сбора материала на исследование и лечением сопутствующих хронических заболеваний.

community-acquired pneumoniaCOVID-19PCRRT-PCRELISAopportunistic microorganismsantibacterial drugsвнебольничная пневмонияCOVID-19ПЦРОТ-ПЦРИФАусловно-патогенные микроорганизмыантибактериальные препаратыАвторский коллектив выражает свою благодарность за помощь в сборе образцов клинического материала руководителю Управления Роспотребнадзора по Саратовской области О.И. Кожановой и специалистам управления; министру здравоохранения Саратовской области О.Н. Костину и специалистам Министерства; главным врачам и коллективам медицинских организаций г. Саратова и Саратовской области: ГУЗ Областная клиническая больница, ГУЗ Перинатальный центр, ГУЗ Областная детская инфекционная клиническая больница им. Н.Р. Иванова, ГУЗ Саратовская детская инфекционная клиничесsкая больница № 5, ГУЗ Саратовская городская клиническая больница № 1 им. Ю.Я. Гордеева, Клиническая больница им. С.Р. Миротворцева СГМУ, ГУЗ Саратовская городская клиническая больница № 5, ГУЗ Саратовская городская клиническая больница № 10, ГУЗ Саратовская городская поликлиника № 2, ГУЗ Саратовская городская поликлиника № 16, ГУЗ Саратовская городская поликлиника № 20, ГУЗ Энгельсская городская поликлиника № 2.1. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из клинических проб мокроты больных пневмонией, зарегистрированных в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии коронавируса в мае–июне 2020 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2020. Т. 3. С. 43–49. doi: 10.21055/preprints-31117672. Зырянов С.К., Ченкуров М.С., Ивжиц М.А., Батечко Ю.А., Иванова E.Б., Якунина М.А. Исследование структуры сопутствующих заболеваний и этиологии внебольничной пневмонии у пациентов пожилого и старческого возраста // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 3. С. 242–248. doi: 10.36488/cmac.2020.3.242-2483. Катаева Л.В., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б., Бакштановская И.В., Посоюзных О.В., Ташланова В.В., Карпухина Н.Ф., Колотова О.Н., Калашникова Ю.Н., Вакарина А.А. Микробиоценоз нижних дыхательных путей при пневмонии, ассоциированной с SARS-COV-2 [препринт] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-31117554. Мелехина Е.В., Музыка А.Д., Николаева С.В., Горелов А.В., Усенко Д.В., Понежева Ж.Б. Сочетанные респираторные инфекции в период пандемии COVID-19. [препринт] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-31117645. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2019 году по Саратовской области: материалы государственного доклада. Роспотребнадзор: Саратов, 2020. 281 с.6. Савинова Т.А., Ильина Е.Н., Сидоренко С.В. Перспективы применения антипневмококковой вакцинации для сдерживания распространения антибактериальной резистентности среди пневмококков // Антибиотики и химиотерапия. 2011. Т. 56. С. 5–6.7. Cillóniz C., Dominedò C., Torres A. Multidrug resistant gram-negative bacteria in community-acquired pneumonia. Crit. Care, 2019, vol. 23: 79. doi: 10.1186/s13054-019-2371-38. Hackel M., Lascols C., Bouchillon S., Hilton B., Morgenstern D., Purdy J. Serotype prevalence and antibiotic resistance in Streptococcus pneumoniae clinical isolates among global populations. Vaccine, 2013, vol. 31, pp. 4881–4887. doi: 10.1016/j.vaccine.2013.07.0549. Quoc C.H., Phuong T.N.T., Duc H.N., Le T.T., Thu H.T.T., Tuan S.N., Trong L.P. Carbapenemase genes and multidrug resistance of Acinetobacter baumannii: a cross sectional study of patients with pneumonia in Southern Vietnam. Antibiotics (Basel), 2019, vol. 8, no. 3: 148. doi: 10.3390/antibiotics803014810. Rodrigo T.A., Sibila O. The respiratory threat posed by multidrug resistant gramnegative bacteria invited review series: respiratory infections in the Asia-Pacific Region. Respirology, vol. 22, pp. 1288–1299. doi: 10.1111/resp.1311511. Song J.H., Huh K., Chung D.R. Community-acquired pneumonia in the Asia-Pacific Region. Semin. Respir. Crit. Care Med., 2016, vol. 37, no. 6, pp. 839–854. doi: 10.1055/s-0036-159207512. Wang L.M., Qiao X.L., Ai L., Zhai J.J., Wang X.X. Isolation of antimicrobial resistant bacteria in upper respiratory tract infections of patients. 3 Biotech, 2016, vol. 6, no. 2: 166. doi: 10.1007/s13205-016-0473-z13. Zhou Y., Guo S., He Y., Zuo Q., Liu D., Xiao M., Fan J., Li X. COVID-19 is distinct from SARS-CoV-2-negative community-acquired pneumonia. Front. Cell Infect. Microbiol., 2020, vol. 10: 322. doi: 10.3389/fcimb.2020.00322