Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI169510.15789/2220-7619-POG-1695ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИPerformance of GeneXpert MTB/RIF in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in MoroccoЭффективность GeneXpert MTB/RIF в диагностике внелегочного туберкулеза в МароккоAainoussA.АайнусА.
Morocco

Achraf Aainouss - PhD Student, Medical Biology Center, Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis, Morocco Pasteur Institute; PhD Student, Department of Biology, Laboratory of Ecology and Environment, Microbiology Unit, Faculty of Science Ben M’Sik, Hassan II University.

27182, Casablanca, Nouaceur, rue Tarik Ibn Ziad, 19.

Phone: +212 611-42-48-19.

Ашраф Аайнус - аспирант, центр медицинской биологии лаборатории микобактерий и туберкулеза, Институт Пастера; аспирант кафедры биологии, лаборатория экологии и окружающей среды, отделение микробиологии научного факультета Бен М’Сик, Университет Хасана II.

27182, Касабланка, Нуасёр, ул. Тарика ибн Зияда, 19.

Тел.: +212 611-42-48-19.

achraf.aainouss@gmail.comMomenGh.МоменГ.
Morocco

Ghizlane Momen - PhD Student, Medical Biology Center, Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis, Morocco Pasteur Institute; PhD Student, Laboratory of Microbiology, Pharmacology, Biotechnology and Environment, Faculty of Science Ain Chock, Hassan II University.

Casablanca.

Момен Гхизлане - аспирант, центр медицинской биологии лаборатории микобактерий и туберкулеза, Институт Пастера Марокко; лаборатория микробиологии, фармакологии, биотехнологии и окружающей среды, факультет науки Айн Чок, Университет Хасана II.

Касабланка.

Momenghizlane2016@gmail.comBelghitiA.БелгитиА.
Morocco

Ayoub Belghiti - PhD, Laboratory of Ecology and Environment, Microbiology Unit, Faculty of Science Ben M’Sik, Hassan II University.

Casablanca.

Белгити Аёуб - кандидат наук, лаборатория экологии и окружающей среды, отделение микробиологии научного факультета Бен М’Сик, Университет Хасана II.

Касабланка.

Belghiti.ayoub@gmail.comBennaniK.БеннаниК.
Morocco

Kenza Bennani - MD, MPh, Department of Epidemiology and Disease Control, Ministry of Health.

Rabat.

Беннани Кенза - магистр здравоохранения, департамент эпидемиологии и контроля заболеваний, Министерство здравоохранения.

Рабат.

kenzabennani20@gmail.comLamaammalA.ЛамаамалА.
Morocco

Abdelmajid Lamaammal - Engineer, Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis, Morocco Pasteur Institute.

Casablanca.

Ламаамал Абделмайид - инженер-экспериментатор лаборатории микобактерий и туберкулеза, Институт Пастера Марокко.

Касабланка.

abdelmajid.lamaammal@pasteur.maChetiouiF.ШетиуиФ.
Morocco

Fouad Chetioui - Engineer, Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis, Morocco Pasteur Institute.

Casablanca.

Шетиуи Фоуад - инженер-экспериментатор лаборатории микобактерий и туберкулеза, Институт Пастера Марокко.

Касабланка.

chetioui.fouad@gmail.comMessaoudiM.МессаудиМ.
Morocco

Malika Messaoudi - Engineer, Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis, Morocco Pasteur Institute.

Casablanca.

Мессауди Малика - инженер-экспериментатор лаборатории микобактерий и туберкулеза, Институт Пастера Марокко.

Касабланка.

malika.messaoudi@pasteur.maBlaghenM.БлагенМ.
Morocco

Mohamed Blaghen - Head of the Laboratory of Microbiology, Pharmacology, Biotechnology and Environment, Faculty of Science Ain Chock, Hassan II University; Dean of the Faculty of Sciences El Jadida, University Chouaib Doukkali.

Casablanca; El Jadida.

Благен Мохамед - заведующий лабораторией микробиологии, фармакологии, биотехнологии и окружающей среды, факультет науки Айн Чок, Университет Хасана II; декан факультета наук Эль-Джадида, Университет Шуаиба Дукали.

Касабланка; Эль-Джадида.

blaghen@hotmail.comMouslimJ.МуслимД.
Morocco

Jamal Mouslim - PhD, Professor, Laboratory of Ecology and Environment, Microbiology Unit, Faculty of Science Ben M’Sik, Hassan II University.

Casablanca.

Муслим Ямал - кандидат наук, профессор, лаборатория экологии и окружающей среды, отделение микробиологии научного факультета Бен М’Сик, Университет Хасана II.

Касабланка.

jammouslim@yahoo.frKhyattiM.КьяттиМ.
Morocco

Meriem Khyatti - PhD, Leading Researcher, Laboratory of Viral Oncology, Morocco Pasteur Institute.

Casablanca.

Кьятти Мерием - кандидат наук, ведущий научный сотрудник лаборатории вирусной онкологии, Институт Пастера Марокко.

Касабланка.

meriem.khyatti@pasteur.maEl MessaoudiM. D.Эль МессаудиМ. Д.
Morocco

Moulay Driss El Messaoudi - MD, MPh, Head of Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis, Morocco Pasteur Institute.

Casablanca.

Эль Мессауди Моулаы Дрисс - магистр здравоохранения, заведующий лабораторией микобактерий и туберкулеза, Институт Пастера Марокко.

Касабланка.

mydriss.elmessaoudi@gmail.comHassan II UniversityУниверситет Хасана IIMorocco Pasteur InstituteИнститут Пастера МароккоMinistry of HealthМинистерство здравоохраненияUniversity Couaib DoukkaliУниверситет Шуаиба Дукали1203202212178840703202109082021Copyright ©; 2021, Aainouss A., Momen G., Belghiti A., Bennani K., Lamaammal A., Chetioui F., Messaoudi M., Blaghen M., Mouslim J., Khyatti M., El Messaoudi M.D.Copyright ©; 2021, Аайнус А., Момен Г., Белгити А., Беннани К., Ламаамал А., Шетиуи Ф., Мессауди М., Благен М., Муслим Д., Кьятти М., Эль Мессауди М.Д.2021Aainouss A., Momen G., Belghiti A., Bennani K., Lamaammal A., Chetioui F., Messaoudi M., Blaghen M., Mouslim J., Khyatti M., El Messaoudi M.D.Аайнус А., Момен Г., Белгити А., Беннани К., Ламаамал А., Шетиуи Ф., Мессауди М., Благен М., Муслим Д., Кьятти М., Эль Мессауди М.Д.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/1695

Tuberculosis (TB), a chronic bacterial disease caused by Mycobacterium tuberculosis, commonly affects the lung but can also affect other parts of the body (extrapulmonary tuberculosis, EPT). A rapid diagnosis is essential to initiate a specific and effective treatment. Although mycobacterial culture remains the gold standard for EPT diagnosis, molecular tools are attracting increasing interest. GeneXpert MTB/RIF, a rapid automated diagnostic test, allows the detection of Mycobacterium tuberculosis as well as mutations in the hot-spot region of the rpoB gene associated with Rifampicin resistance. The present study was performed to evaluate the performance of the GeneXpert MTB/RIF test for the diagnosis of EPT compared to the standard method. This prospective study was conducted on 304 clinical samples collected from 192 patients attending the Laboratory of Mycobacteria and Tuberculosis of Pasteur Institute of Morocco, between 2016 and 2017. Out of the 304 samples, 113 were pleural f luids decontaminated using the Petroff method and 191 were biopsies (78 lymph nodes and 113 pleural biopsies) decontaminated using the Löwenstein method. Mycobacterium tuberculosis detection and identification were performed on all samples using smear microscopy, Löwenstein–Jensen medium culture and the GeneXpert MTB/RIF test. Our results showed that 54.5 (103/189) were men and 45.5% (86/189) were women. The age of patients ranged from 2–78 years and the majority of patients was in the age group 25–45 years. Extrapulmonary samples were derived from lymph nodes, pleural f luids and pleural tissues, with a percentage of 25.66, 37.17 and 37.17%, respectively. Interestingly, the sensitivity of the GeneXpert was 51.4 for all samples and 83.3% for lymph nodes. In conclusion, the present study revealed that the performance of the GeneXpert test depends highly on the type of sample, with a high sensitivity observed for lymph nodes. Additionally, we clearly showed that the GeneXpert MTB/RIF test presents limitations in the diagnosis of pleural TB. Thus, we recommend the coupled use of the GeneXpert MTB/RIF and the conventional techniques for EPT diagnosis.

Туберкулез (ТБ), хроническое бактериальное заболевание, вызываемое Mycobacterium tuberculosis, обычно поражает легкие, но также может затрагивать и другие анатомические области (внелегочный туберкулез, ВЛТ). Для начала специфического эффективного лечения необходимо проведение быстрой диагностики. Хотя культивирование микобактерий остается золотым стандартом для диагностики ВЛТ, все больший интерес вызывают молекулярные методы. GeneXpert MTB/RIF — быстрый автоматизированный диагностический тест, который позволяет обнаруживать M. tuberculosis, а также мутации в «горячем участке» гена rpoB, связанные с устойчивостью к рифампицину. Настоящее исследование было выполнено для оценки эффективности теста GeneXpert MTB/RIF для диагностики внелегочного туберкулеза в сравнении со стандартным методом. Данное проспективное исследование было проведено на 304 клинических образцах, собранных у 192 пациентов, посещавших лабораторию микобактерий и туберкулеза Института Пастера в Марокко в период с 2016 по 2017 гг. Из 304 образцов 113 составляла плевральная жидкость, очищенная с использованием метода Петрова, а 191 образец биопсии (78 лимфатических узлов и 113 биопсий плевры), деконтаминированные с использованием метода Левейнштейна. Обнаружение и идентификацию Mycobacterium tuberculosis проводили для всех образцов с использованием микроскопии мазка, культивирования на среде Левенштейна–Йенсена и теста GeneXpert MTB/RIF. Наши результаты показали, что 54,5% (103/189) составляли мужчины и 45,5% (86/189) — женщины. Возраст пациентов составлял от 2 до 78 лет, большинство пациентов были в возрастной группе от 25 до 45 лет. Внелегочные образцы были взяты из лимфатических узлов, плевральной жидкости и плевральных тканей с процентным соотношением 25,66, 37,17 и 37,17% соответственно. Интересно, что чувствительность GeneXpert составила 51,4% для всех образцов и 83,3% для лимфатических узлов. Таким образом, настоящее исследование показало, что эффективность теста GeneXpert значительно зависит от типа образца, при этом высокая чувствительность наблюдается для лимфатических узлов. Кроме того, мы показали, что тест GeneXpert MTB/RIF имеет ограничения в диагностике плеврального туберкулеза. Мы рекомендуем совместное использование GeneXpert MTB/RIF и традиционных методов для диагностики внелегочного туберкулеза.

extrapulmonary tuberculosispaucibacillary tuberculosisGeneXpertdiagnosissensitivityвнелегочный туберкулезолигобациллярный туберкулезGeneXpertдиагностикачувствительностьWe would like to thank all the technicians of Mycobacteria and Tuberculosis Laboratory of Pasteur Institute in Casablanca and Dr. Bennani Kenza for her contribution to the achievement of this study.1. Bennani K., Khattabi A., Akrim M., Mahtar M., Benmansour N., Essakalli Hossyni L., Karkouri M., Cherradi N., El Messaoudi M.D., Lahlou O., Cherkaoui I., Khader Y., Maaroufi A., Ottmani S.E. Evaluation of the yield of histopathology in the diagnosis of lymph node tuberculosis in Morocco, 2017. JMIR Public Health Surveill., 2019, vol. 5, no. 4: e14252. doi: 10.2196/142522. Christopher D.J., Schumacher S.G., Michael J.S., Luo R., Balamugesh T., Duraikannan P., Pollock N.R., Pai M., Denkinger C.M. Performance of Xpert MTB/RIF on pleural tissue for the diagnosis of pleural tuberculosis. Eur. Respir. J., 2013, vol. 42, no. 5, pp. 1427–1429. doi: 10.1183/09031936.001032133. Du J., Huang Z., Luo Q., Xiong G., Xu X., Li W., Liu X., Li J. Rapid diagnosis of pleural tuberculosis by Xpert MTB/RIF assay using pleural biopsy and pleural fluid specimens. J. Res. Med. Sci., 2015, vol. 20, no. 1, pp. 26–31.4. Friedrich S.O., von Groote-Bidlingmaier F., Diacon A.H. Xpert MTB/RIF assay for diagnosis of pleural tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 2011, vol. 49, no. 12, pp. 4341–4342. doi: 10.1128/JCM.05454-115. Ghariani A., Jaouadi T., Smaoui S., Mehiri E., Marouane C., Kammoun S., Essalah L., Driss M., Messadi F., Slim-Saidi L. Diagnosis of lymph node tuberculosis using the GeneXpert MTB/RIF in Tunisia. Int. J. Mycobacteriol., 2015, vol. 4, no. 4, pp. 270–275. doi: 10.1016/j.ijmyco.2015.05.0116. GLI. GLI model TB diagnostic algorithms. 2018. 37 p. URL: http://www.stoptb.org/wg/gli/assets/documents/gli_algorithms.pdf7. Hamzaoui G., Amro L., Sajiai H., Serhane H., Moumen N., Ennezari A., Yazidi A.A. Tuberculose ganglionnaire: aspects épidémiologiques, diagnostiques et thérapeutiques, à propos de 357 cas. Pan Afr. Med. J., 2014, vol. 19: 157. doi: 10.11604/pamj.2014.19.157.49168. Ketata W., Rekik W.K., Ayadi H., Kammoun S. Les tuberculoses extrapulmonaires. Rev. Pneumol. Clin., 2015, vol. 71, no. 2–3, pp. 83–92. doi: 10.1016/j.pneumo.2014.04.0019. Lawn S.D., Zumla A.I. Diagnosis of extrapulmonary tuberculosis using the Xpert® MTB/RIF assay. Expert Rev. Anti. Infect. Ther., 2012, vol. 10, no. 6, pp. 631–635. doi: 10.1586/eri.12.4310. Le Ministre de la santé du Maroc. Ensemble pour un Maroc sans tuberculose, 2018. URL: https://www.sante.gov.ma/Pages/Communiques.aspx?IDCom=27711. Lu Y., Zhu Y., Shen N., Tian L, Sun Z. Evaluating the diagnostic accuracy of the Xpert MTB/RIF assay on bronchoalveolar lavage fluid: a retrospective study. Int. J. Infect. Dis., 2018, vol. 71, pp. 14–19. doi: 10.1016/j.ijid.2018.01.03012. Marouane C., Smaoui S., Kammoun S., Slim L., Messadi-Akrout F. Evaluation of molecular detection of extrapulmonary tuberculosis and resistance to rifampicin with GeneXpert® MTB/RIF. Med. Mal. Infect., 2016, vol. 46, no. 1, pp. 20–24. doi: 10.1016/j.medmal.2015.10.01213. Marrakchi C., Maâloul I., Lahiani D., Hammami B., Boudawara T., Zribi M., Ben Jemaâ M. Diagnostic de la tuberculose ganglionnaire périphérique en Tunisie. Méd. Mal. Infect., 2010, vol. 40, no. 2, pp. 119–122. doi: 10.1016/j.medmal.2009.10.01414. Mechal Y., Benaissa E., El Mrimar N., Benlahlou Y., Bssaibis F., Zegmout A., Chadli M., Malik Y.S., Touil N., Abid A., Maleb A., Elouennass M. Evaluation of GeneXpert MTB/RIF System performances in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. BMC Infect. Dis., 2019, vol. 19, no. 1: 1069. doi: 10.1186/s12879-019-4687-715. Moure R., Martin R., Alcaide F. Effectiveness of an integrated real-time PCR method for detection of the Mycobacterium tuberculosis complex in smear-negative extrapulmonary samples in an area of low tuberculosis prevalence. J. Clin. Microbiol., 2012, vol. 50, no. 2, pp. 513–515. doi: 10.1128/JCM.06467-1116. Naveen P., Nirmal C.K., Balbir M., Kuldip K. Role of geneXpert MTB/RIF in diagnosis of extrampulmonary tuberculosis at Gouvernment Medical College, Amritsar. Int. J. Curr. Res. Med. Sci., 2018, vol. 4, no. 3, pp. 134–141. doi: 10.22192/ijcrms.2018.04.03.01717. Nicol M.P., Whitelaw A., Wendy S. Using Xpert MTB/RIF. Curr. Respir. Med. Rev., 2013, vol. 9, no. 3, pp. 187–192. doi: 10.2174/1573398X11309999001518. Peirse M., Houston A. Extrapulmonary tuberculosis. Medicine, 2017, vol. 45, no. 12, pp. 747–752. doi: 10.1016/j.mpmed.2017.09.00819. Porcel J.M., Palma R., Valdés L., Bielsa S., San-José E., Esquerda A. Xpert® MTB/RIF in pleural fluid for the diagnosis of tuberculosis. Int. J. Tuberc. Lung Dis., 2013, vol. 17, no. 9, pp. 1217–1219. doi: 10.5588/ijtld.13.017820. Rakotoarivelo R., Ambrosioni J., Rasolofo V., Raberahona M., Rakotosamimanana N., Andrianasolo R., Ramanampamonjy R., Tiaray M., Razafimahefa J., Rakotoson J., Randria M., Bonnet F., Calmy A.; MadaXpert Study Group. Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of smear-negative pulmonary and extrapulmonary tuberculosis in Madagascar. Int. J. Infect. Dis., 2018, vol. 69, pp. 20–25. doi: 10.1016/j.ijid.2018.01.01721. Sharma B. Polyfunctional T cells as biomarkers in diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. Respir. Med., 2017, vol. 5, no. 1, 2 p.22. Tortoli E., Russo C., Piersimoni C., Mazzola E., Dal Monte P., Pascarella M., Borroni E., Mondo A., Piana F., Scarparo C., Coltella L., Lombardi G., Cirillo D.M. Clinical validation of Xpert MTB/RIF for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. Eur. Respir. J., 2012, vol. 40, no. 2, pp. 442–447. doi: 10.1183/09031936.0017631123. Tripathi K., Tripathi P.C., Nema S., Shrivastava A.K., Dwiwedi K., Dhanvijay A.K. Modified Petroff’s Method: an excellent simplified decontamination technique in comparison with Petroff’s method, IJRTSAT, 2014, vol. 10, no. 3, pp. 461–464.24. WHO. Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children. Geneva: WHO, 2013. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2547370125. WHO. Global tuberculosis report, 2019. Geneva: WHO, 2019, pp. 88–92.26. Wright C.A., van der Burg M., Geiger D., Noordzij J.G., Burgess S.M., Marais B.J. Diagnosing mycobacterial lymphadenitis in children using fine needle aspiration biopsy: Cytomorphology, ZN staining and autofluorescence — making more of less. Diagn. Cytopathol., 2008, vol. 36, no. 4, pp. 245–251. doi: 10.1002/dc.2078827. Zeka A.N., Tasbakan S., Cavusoglu C. Evaluation of the GeneXpert MTB/RIF assay for rapid diagnosis of tuberculosis and detection of rifampin resistance in pulmonary and extrapulmonary specimens. J. Clin. Microbiol., 2011, vol. 49, no. 12, pp. 4138– 4141. doi: 10.1128/JCM.05434-11