Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI1659710.15789/2220-7619-HDR-16597ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИResearch ArticleHCV drug resistance mutations in HIV-infected patientsМутации лекарственной устойчивости вируса гепатита С у ВИЧ-инфицированных лицReingardtD. E.РейнгардтД. Э.
Russian Federation

Doctor of Clinical Laboratory Diagnostic, Department of Diagnostics of HIV Infection and AIDS-related Diseases

врач клинической лабораторной диагностики отделения ВИЧ-инфекции и СПИД-ассоциированных заболеваний

shenna1@yandex.ruOstankovaYu. V.ОстанковаЮ. В.
Russian Federation

PhD (Biology), Head of the Laboratory of Immunology and Virology HIV-Infection, Senior Researcher, Laboratory of Molecular Immunology

к.б.н., зав. лабораторией иммунологии и вирусологии ВИЧ-инфекции, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной иммунологии

shenna1@yandex.ruAnufrievaE. V.АнуфриеваЕ. В.
Russian Federation

Junior Researcher, Laboratory of Immunology and Virology HIV-Infection, Senior Researcher, Laboratory of Molecular Immunology

младший научный сотрудник лаборатории иммунологии и вирусологии ВИЧ-инфекции

shenna1@yandex.ruSemenovA. V.СеменовА. В.
Russian Federation

DSc (Biology), Director

д.б.н., директор

shenna1@yandex.ruLyalinaL. V.ЛялинаЛ. В.
Russian Federation

DSc (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases, Professor of the Department of Epidemiology, Parasitology and Disinfection

д.м.н., профессор, зав. лабораторией эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний, профессор кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии

shenna1@yandex.ruTotolianA. A.ТотолянА. А.
Russian Federation

RAS Full Member, DSc (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Mollecular Immunology, Director, Head of the Department of Immunology

академик РАН, д.м.н., профессор, зав. лабораторией молекулярной иммунологии, директор, зав. кафедрой иммунологии

shenna1@yandex.ruSt. Petersburg Pasteur InstituteФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени ПастераFederal Research Institute of Viral Infections “Virom”ФБУН Федеральный научно-исследовательский институт вирусных инфекций «Виром» РоспотребнадзораI.I. Mechnikov North-Western State Medical UniversityФГБОУ ВО Северо-Западный государственный университет имени И.И. МечниковаPavlov First St. Petersburg State Medical UniversityФГБОУ ВО Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова Министерства здравоохранения РФ131020232802202414186942209202305102023Copyright ©; 2024, Reingardt D.E., Ostankova Y.V., Anufrieva E.V., Semenov A.V., Lyalina L.V., Totolian A.A.Copyright ©; 2024, Рейнгардт Д.Э., Останкова Ю.В., Ануфриева Е.В., Семенов А.В., Лялина Л.В., Тотолян А.А.2024Reingardt D.E., Ostankova Y.V., Anufrieva E.V., Semenov A.V., Lyalina L.V., Totolian A.A.Рейнгардт Д.Э., Останкова Ю.В., Ануфриева Е.В., Семенов А.В., Лялина Л.В., Тотолян А.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/16597

The aim of our work was to assess prevalence in the HCV drug resistance mutations in the NS3, NS5A, NS5B genes in HIV-infected patients. The material of the study was 157 blood plasma samples collected from HIV patients living in the Leningrad Region, with virological inefficiency of antiretroviral therapy. Samples were examined for the presence of anti-HCV antibodies and HCV RNA using commercial test systems in accordance with the manufacturer’s recommendations. In the case of detecting HCV RNA, amplification reaction was carried out using a set of primers co-flanking the NS3, NS5A, and NS5B genes. After sequencing the nucleotide sequences of the above genes, the virus subtype was determined. To assess HCV drug resistance mutations to direct-acting antiviral agents (DAAs), the Geno2pheno HCV resistance software (https:// hcv.geno2pheno.org) was used. The age of the patients varied from 18 to 65 and averaged 34.3±7.27 years. The number of males vs females prevailed comprising 71% and 28%, respectively. Antibodies against HCV were detected in 94.2% cases, whereas HCV RNA — in 98 (61.7%) HIV-infected persons. The distribution of HCV genotypes in this group was as follows: 1a — 7% (n = 7), 1b — 53% (n = 52), 2 — 2% (n = 2), 3a — 38% (n = 37). The results of determining the viral load varied from 5.3 × 103 to 2.3 × 108 IU/ml. The nucleotide sequence of all three regions NS3, NS5A, NS5B was determined in 73 samples. Analysis of drug resistance mutations in the NS3 region was performed for 82 HCV isolates of genotypes 1b (n = 46), 3a (n = 31), 1a (n = 4), 2 (n = 1). In total, the proportion of strains containing mutations in the NS3 region was 9.8%. The presence of significant amino acid substitutions in the NS5A region was tested for 83 HCV isolates of genotypes 1b (n = 47), 3a (n = 30), 1a (n = 6). The percentage of strains containing mutations in the NS5A region was 19.3%. Resistance mutations in the NS5B region were analysed for 87 HCV isolates of genotypes 1b (n = 48), 3a (n = 32), 2 (n = 2), 1a (n = 5). The proportion of strains containing mutations in the NS5B region was 11.5%. In the study group, mutations associated with hepatitis C virus resistance to DAAs in all regions were found in 16.6% (95% CI: 11.11–23.32%) cases (n = 26). In the NS3, NS5A and NS5B, there have been identified 6, 15 and 10 significant amino acid substitutions, respectively.

Целью нашей работы была оценка распространенности мутаций лекарственной устойчивости вируса гепатита С в генах NS5A, NS5B, NS3 у ВИЧ-инфицированных лиц. Материалом исследования служили 157 образцов плазмы крови пациентов с ВИЧ, проживающих на территории Ленинградской области, с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии. Образцы обследовали на наличие анти-HCV-антител и РНК ВГС с помощью коммерческих тест-систем в соответствии с рекомендациями производителя. В случае выявления РНК ВГС осуществляли амплификацию с использованием комплекта праймеров, совместно фланкирующих гены NS3, NS5A, NS5B. После секвенирования нуклеотидных последовательностей указанных генов определяли субтип вируса. Для определения наличия мутаций лекарственной устойчивости ВГС к препаратам прямого противовирусного действия (ПППД) использовали программное обеспечение Geno2pheno HCV resistance (https://hcv.geno2pheno.org). Возраст пациентов варьировал от 18 до 65 и составил в среднем 34,3±7,27 лет. Количество мужчин в группе превосходило количество женщин — 71 и 28% соответственно. Антитела к ВГС были выявлены у 94,2% ВИЧ-инфицированных лиц. РНК ВГС выявили у 98 (61,7%) пациентов. Распределение генотипов ВГС в данной группе было следующим: 1а — 7% (n = 7), 1b — 53% (n = 52), 2 — 2% (n = 2), 3a — 38% (n = 37). Результаты определения вирусной нагрузки варьировали от 5,3 × 103 до 2,3 × 108 МЕ/мл. Нуклеотидная последовательность всех трех участков NS3, NS5A, NS5B определена в 73 образцах. Анализ мутаций лекарственной устойчивости в регионе NS3 проводили для 82 изолятов ВГС генотипов 1b (n = 46), 3a (n = 31), 1a (n = 4), 2 (n = 1). В общей сложности доля штаммов, содержащих мутации в регионе NS3, составила 9,8%. Наличие значимых аминокислотных замен в регионе NS5A проверяли для 83 изолятов ВГС генотипов 1b (n = 47), 3a (n = 30), 1a (n = 6). Процентное количество штаммов, содержащих мутации в регионе NS5A, составило 19,3%. Анализ мутаций резистентности в регионе NS5B проводили для 87 изолятов ВГС генотипов 1b (n = 48), 3a (n = 32), 2 (n = 2), 1a (n = 5). Доля штаммов, содержащих мутаций в регионе NS5B, составила 11,5%. В исследуемой нами группе мутации, ассоциированные с устойчивостью вируса гепатита С к ПППД во всех регионах, были обнаружены в 16,6% (95% ДИ: 11,11–23,32%) случаев (n = 26). В регионе NS3 — 6 значимых аминокислотных замен, в регионах NS5A и NS5B — 15 и 10 значимых аминокислотных замен соответственно.

hepatitis C viruscoinfection HIV+HCVdrug resistance mutationssequencingdirect-acting antiviral agentsgenotypeвирус гепатита Скоинфекция ВИЧ+ВГСмутации лекарственной устойчивостисеквенированиепрепараты прямого противовирусного действиягенотипЗагдын З.М., Кобесов Н.В., Вербицкая Е.В., Денюшенков В.Л. Глобальное бремя ВИЧ/СПИД в России в аспекте общественного здоровья. Часть 1 // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2023. Т. 15, № 2. С. 69–80. [Zagdyn Z.M., Kobesov N.V., Verbitskaya E.V., Denuyshenkov V.L. The global burden of HIV/AIDS in Russia in terms of public health. Part 1. VICh-infektsiya i immunosupressii = HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2023, vol. 15, no. 2, pp. 69–80. (In Russ.)] doi: 10.22328/2077-9828-2023-15-2-69-80Мукомолов С.Л., Левакова И.А. Эпидемиологическая характеристика хронических вирусных гепатитов в Российской Федерации в 1999–2009 гг. // Инфекция и иммунитет. 2011. Т. 1, № 3. C. 255–262. [Mukomolov S.L., Levakova I.A. Epidemiological characteristics of chronic viral hepatitis in the Russian Federation in 1999–2009. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2011, vol. 1, no. 3, pp. 255–262. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-2011-3-255-262Останкова Ю.В., Валутите Д.Э., Зуева Е.Б., Серикова Е.Н., Щемелев А.Н., Boumbaly S., Balde T.A., Семенов А.В. Первичные мутации лекарственной устойчивости вируса гепатита C у пациентов с впервые выявленной ВИЧ-инфекцией // Проблемы особо опасных инфекций. 2020. № 3. С. 97–105. [Ostankova Yu.V., Valutite D.E., Zueva E.B., Serikova E.N., Shchemelev A.N., Boumbaly S., Balde T.A., Semenov A.V. Primary HCV drug resistance mutations in patients with newly diagnosed HIV infection. Problemy osobo opasnykh infektsiy = Problems of Particularly Dangerous Infections, 2020, no. 3, pp. 97–105. (In Russ.)] doi: 10.21055/0370-1069-2020-3-97-105Соболева Н.В., Карлсен А.А., Кожанова Т.В., Кичатова В.С., Клушкина В.В., Исаева О.В., Игнатьева М.Е., Романенко В.В., Ооржак Н.Д., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Распространенность вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации // Журнал инфектологии. 2017. Т. 9, № 2. С. 56–64. [Soboleva N.V., Karlsen A.A., Kozhanova T.V., Kichatova V.S., Klushkina V.V., Isaeva O.V., Ignatieva M.E., Romanenko V.V., Oorzhak N.D., Malinnikova E.Yu., Kuregyan K.K., Mikhailov M.I. The prevalence of the hepatitis C virus among the conditionally healthy population of the Russian Federation. Zhurnal infektologii = Journal Infectology, 2017, vol. 9, no. 2, pp. 56–64. (In Russ.)] doi: 10.22625/2072-6732-2017-9-2-56-64Инфекционные болезни: национальное руководство. Под ред. Н.Д. Ющука, Ю.Я. Венгерова. 2-е изд., перераб. и доп. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2019. 1104 с. [Infectious diseases: national guidelines. Eds. Yushchuk N.D., Vengerov Yu.Ya. Moscow: GEOTAR-Media, 2019. 1104 p. (In Russ.)]Aghemo A., De Francesco R. New horizons in hepatitis C antiviral therapy with direct-acting antivirals. Hepatology, 2013, vol. 58, no. 1, pp. 428–438. doi: 10.1002/hep.26371Borgia S.M., Hedskog C., Parhy B., Hyland R.H., Stamm L.M., Brainard D.M., Subramanian M.G., McHutchison J.G., Mo H., Svarovskaia E., Shafran S.D. Identification of a novel hepatitis C virus genotype from Punjab, India: expanding classification of hepatitis C virus into 8 genotypes. J. Infect Dis., 2018, vol. 218, no. 11, pp. 1722–1729. doi: 10.1093/infdis/jiy401Fried M.W., Shiffman M.L., Reddy K.R., Smith C., Marinos G., Gonçales F.L. Jr., Häussinger D., Diago M., Carosi G., Dhumeaux D., Craxi A., Lin A., Hoffman J., Yu J. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection. N. Engl. J. Med., 2002, vol. 347, no. 13, pp. 975–982. doi: 10.1056/NEJMoa020047Gower E., Estes C., Blach S., Razavi-Shearer K., Razavi H. Global epidemiology and genotype distribution of the hepatitis C virus infection. J. Hepatol., 2014, vol. 1, suppl. 1, pp. S45–S57. doi: 10.1016/j.jhep.2014.07.027Guntipalli P., Pakala R., Kumari Gara S., Ahmed F., Bhatnagar A., Endaya Coronel M.K., Razzack A.A., Solimando A.G., Thompson A., Andrews K., Enebong Nya G., Ahmad S., Ranaldo R., Cozzolongo R., Shahini E. Worldwide prevalence, genotype distribution and management of hepatitis C. Acta Gastroenterol. Belg., 2021, vol. 84, no. 4, pp. 637–656. doi: 10.51821/84.4.015Messina J.P., Humphreys I., Flaxman A., Brown A., Cooke G.S., Pybus O.G., Barnes E. Global distribution and prevalence of hepatitis C virus genotypes. Hepatology, 2015, vol. 61, no. 1, pp. 77–87. doi: 10.1002/hep.27259Ngwaga T., Kong L., Lin D., Schoborg C., Taylor L.E., Mayer K.H., Klein R.S., Celentano D.D., Sobel J.D., Jamieson D.J., King C.C., Tavis J.E., Blackard J.T. Diversity of the hepatitis C virus NS5B gene during HIV co-infection. PLoS One, 2020, vol. 15: e0237162. doi: 10.1371/journal.pone.0237162Nitta S., Asahina Y., Matsuda M., Yamada N., Sugiyama R., Masaki T., Suzuki R., Kato N., Watanabe M., Wakita T., Kato T. Effects of resistance-associated NS5A mutations in hepatitis C virus on viral production and susceptibility to antiviral reagents. Sci. Rep., 2016, vol. 6: 34652. doi: 10.1038/srep34652Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Mol. Biol. Evol., 2021, vol. 38, no. 7, pp. 3022–3027. doi: 10.1093/molbev/msab120Thompson A.J., McHutchison J.G. Antiviral resistance and specifically targeted therapy for HCV (STAT-C). J. Viral. Hepat., 2009, vol. 16, pp. 377–387. doi: 10.1111/j.1365-2893.2009.01124Welzel T.M., Bhardwaj N., Hedskog C., Chodavarapu K., Camus G., McNally J., Brainard D., Miller M.D., Mo H., Svarovskaia E., Jacobson I., Zeuzem S., Agarwal K. Global epidemiology of HCV subtypes and resistance-associated substitutions evaluated by sequencing-based subtype analyses. J. Hepatol., 2017, vol. 67, no. 2, pp. 224–236. doi: 10.1016/j.jhep.2017.03.014WHO. Global health sector strategy on viral hepatitis, 2016–2021: towards ending viral hepatitis. Geneva: WHO Document Production Services, 2016. 53 p. URL: http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/246177/1/WHO-HIV-2016.06-eng.pdf (15.07.2023)