<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="other" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">1482</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-AAM-1482</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>METHODS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>МЕТОДЫ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject></subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">An accelerated method for determining «self/non-self» microorganisms in the agglutination reaction</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Ускоренный метод определения «свой-чужой» микроорганизмов в реакции агглютинации</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6039-5265</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Bukharin</surname><given-names>O. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Бухарин</surname><given-names>О. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p/><p>RAS Full Member, PhD, MD (Medicine), Head Researcher, Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis.</p>Orenburg</bio><bio xml:lang="ru"><p/><p>Доктор медицинских наук, профессор, главный научный сотрудник Института клеточного и внутриклеточного симбиоза.</p>Оренбург</bio><uri>http://prof-ras.ru/index.php?option=com_k2&amp;view=item&amp;id=104-%D0%BF%D0%B5%D1%80%D1%83%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0-%D0%BD%D0%B0%D1%82%D0%B0%D0%BB%D1%8C%D1%8F-%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%81%D0%BE%D0%B2%D0%BD%D0%B0</uri><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6352-8879</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Perunova</surname><given-names>N. B.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Перунова</surname><given-names>Н. Б.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Natalia B. Perunova - PhD, MD (Medicine), Professor of RAS, Leading Researcher (with the Duties of the Head of the Laboratory), Biomonitoring and Molecular Genetic Research Laboratory, Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis.</p><p>460000, Orenburg, Pionerskaya str., 11, Phone: +7 922 555-30-80</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Перунова Наталья Борисовна - доктор медицинских наук, профессор РАН, ведущий научный сотрудник (с исполнением обязанностей зав. лабораторией) лаборатории биомониторинга и молекулярно-генетических исследований Института клеточного и внутриклеточного симбиоза.</p><p>460000, Оренбург, ул. Пионерская, 11, Тел.: 8 922 555-30-80</p></bio><email>perunovanb@gmail.com</email><uri>http://prof-ras.ru/index.php?option=com_k2&amp;view=item&amp;id=104-%D0%BF%D0%B5%D1%80%D1%83%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0-%D0%BD%D0%B0%D1%82%D0%B0%D0%BB%D1%8C%D1%8F-%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%81%D0%BE%D0%B2%D0%BD%D0%B0</uri><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-8923-8829</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Chainikova</surname><given-names>I. N.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Чайникова</surname><given-names>И. Н.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD, MD (Medicine), Professor, Leading Researcher, Biomonitoring and Molecular Genetic Research Laboratory, Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis.</p><p>Orenburg</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Доктор медицинских наук, профессор, ведущий научный сотрудник лаборатории биомониторинга и молекулярногенетических исследований Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН.</p><p>Оренбург</p></bio><email>inchainicova@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-4974-8947</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Ivanova</surname><given-names>E. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Иванова</surname><given-names>Е. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Associate Professor, Leading Researcher, Biomonitoring and Molecular Genetic Research Laboratory, Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis.</p><p>Orenburg</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Доктор медицинских наук, доцент, ведущий научный сотрудник лаборатории биомониторинга и молекулярно-генетических исследований Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН.</p><p>Оренбург</p></bio><email>walerewna13@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1691-7588</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Andryushchenko</surname><given-names>S. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Андрющенко</surname><given-names>С. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD (Medicine), Senior Researcher, Biomonitoring and Molecular Genetic Research Laboratory, Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis.</p><p>Orenburg</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории биомониторинга и молекулярно-генетических исследований Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН.Оренбург</p></bio><email>rattus000@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis, Ural Branch of the Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, ФГБУН Оренбургский федеральный исследовательский центр, УрО РАН</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2020-11-27" publication-format="electronic"><day>27</day><month>11</month><year>2020</year></pub-date><volume>10</volume><issue>4</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>792</fpage><lpage>796</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2020-05-08"><day>08</day><month>05</month><year>2020</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2020-07-04"><day>04</day><month>07</month><year>2020</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2020, Bukharin O.V., Perunova N.B., Chainikova I.N., Ivanova E.V., Andryushchenko S.V.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2020, Бухарин О.В., Перунова Н.Б., Чайникова И.Н., Иванова Е.В., Андрющенко С.В.</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Bukharin O.V., Perunova N.B., Chainikova I.N., Ivanova E.V., Andryushchenko S.V.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Бухарин О.В., Перунова Н.Б., Чайникова И.Н., Иванова Е.В., Андрющенко С.В.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/1482">https://iimmun.ru/iimm/article/view/1482</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>A simple accelerated method for determining «self/non-self» microorganisms by using the agglutination reaction (RA) and therapeutic/prophylactic serum (Immunoglobulin complex preparation, lyophilized IgG, IgA, IgM immunoglobulins, developed by CSC Immuno-Gem, Moscow) is proposed to test for pathogenic, opportunistic and dominant probiotic Bifidobacteria spp. In parallel, all the microbial cell cultures examined were registered in the databases of Russia-wide and international collections and tested by the intermicrobial “self/non-self” recognition method, previously developed by us. 16 collection strains of various microorganisms were assessed by the RA with relevant therapeutic and prophylactic serum. Biological samples were obtained from the collection bacterial strains of Bifidobacterium bifidum 791, Escherichia coli LEGM-18, Klebsiella pneumoniae 278, Lactobacillus fermentum 90T-C4, Bifidobacterium longum MC-42, Escherichia coli M-17, Shigella sonnei 177b, Shigella flexneri 170, Escherichia coli 157, Staphylococcus aureus 209, Candida albicans 10231 and Salmonella serovar Enteritidis ATCC 10708. In addition, cell cultures obtained from the Museum of the Institute of Cellular and Intracellular Symbiosis UB RAS such as Bifidobacterium longum ICIS-505, Lactobacillus acidophilus ICIS-1127, Bifidobacterium bifidum ICIS-202, Bifidobacterium bifidum ICIS-310 were also included into the study. To assess microbial peptidoglycan foreignness, the intermicrobial “self/non-self” recognition method was also used based on inducing metabolites produced by the “dominant” test strain Bifidobacterium longum MC-42 after pre-incubation with metabolites collected from the studied cell cultures (“associates”) followed by established “dominant-associate” feedback loop. The data were evaluated by assessing change-fold in reproduction (growth/replication) and adaptation (biofilm formation and anti-lysozyme test) of microbial cultures in accordance with the described technique followed by comparing these two methods for intermicrobial “self/non-self” recognition. All the RA data were found to fully agree with those obtained after previous studies by using intermicrobial “self/non-self” recognition method coupled to “dominant-associate” system. Moreover, compared to analogous “intermicrobial recognition” method (5 days), ease of use and test timeframe (24 hours) allow to consider RA attractive for screening studies to select strains for scientific and industrial purposes.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Предложен простой ускоренный метод определения «свой—чужой» микроорганизмов в реакции агглютинации (РА) лечебно-профилактической сывороткой отечественного производства (КИП, лиофилизат иммуноглобулинов IgG, IgA, IgM, разработанный ЗАО «Иммуно-Гем», Москва), тестируемых патогенных, условно-патогенных и доминантных бифидобактерий пробиотического ряда. Параллельно все изученные культуры, зарегистрированные в базах отечественных и международных коллекций, были тестированы методом межмикробного распознавания «свой—чужой», ранее разработанным нами. Было протестировано 16 коллекционных штаммов различных микроорганизмов в РА с указанной лечебно-профилактической сывороткой. Материалом для исследования послужили коллекционные штаммы бактерий Bifidobacterium bifidum 791, Escherichia coli ЛЭГМ-18, Klebsiella pneumoniae 278, Lactobacillus fermentum 90Т-С4, Bifidobacterium longum МС-42, Escherichia coli M-17, Shigella sonnei 177б, Shigella flexneri 170, Escherichia coli 157, Staphylococcus aureus 209, Candida albicans 10231 и Salmonella серовар Enteritidis ATCC 10708. Также в работе были использованы культуры из музея ИКВС УрО РАН, Bifidobacterium longum ICIS-505, Lactobacillus acidophilus ICIS-1127, Bifidobacterium bifidum ICIS-202, Bifidobacterium bifidum ICIS-310. Для оценки чужеродности пептидогликана микроорганизмов был также использован метод межмикробного распознавания «свой—чужой» на основе индукции метаболитов тест-штамма Bifidobacterium longum MC-42 как «доминанта», путем предварительного соинкубирования с метаболитами исследуемых культур («ассоциантов») и формирования обратной связи в паре «доминант— ассоциант». Оценка результата проводилась по изменению параметров репродукции (рост/размножение) и адаптации (образование биопленок и антилизоцимный тест) микробных культур в соответствии с описанной методикой, после чего производилось сравнение результатов, полученных с использованием этих двух методов микробного распознавания «свой—чужой». Все полученные результаты в РА полностью совпадали с результатами исследований, проведенных ранее методом межмикробного распознавания «свой—чужой» в паре «доминант—ассоциант». Если к этому добавить простоту постановки РА и затраченное на получение результата время (1 сутки против 5 суток при межмикробном распознавании), то РА становится более предпочтительным методом для скрининговых исследований по отбору штаммов для научных и производственных целей.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>persistence</kwd><kwd>peptidoglycan</kwd><kwd>«self/non-self» determination method</kwd><kwd>agglutination reaction</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>персистенция</kwd><kwd>пептидогликан</kwd><kwd>метод определения «свой—чужой»</kwd><kwd>реакция агглютинации</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>1.	Андрющенко С.В., Перунова Н.Б., Бухарин О.В. Молекулярные механизмы взаимодействия бактерий с лизоцимом и их роль в микросимбиоценозе // Успехи современной биологии. 2015. Т. 135, № 5. С. 453—463.</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>2.	Бухарин О.В. Инфекционная симбиология — новое понимание старых проблем // Вестник РАН. 2016. Т. 86, № 10. С. 915—920. doi: 10.7868/S0869587316070033 (In Russ.)</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>3.	Бухарин О.В. Персистенция патогенных бактерий. М.: Медицина, 1999. 365 с.</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>4.	Бухарин О.В., Перунова Н.Б. Феномен микробного распознавания как медико-биологическая проблема. В кн.: Микросимбиоценоз. Екатеринбург: УрО РАН, 2014. С. 181—217.</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>5. Andryuschenko S.V., Ivanova E.V., Perunova N.B., Bukharin O.V. Genome sequence and biochemical properties of Bifidobacterium longum strain ICIS-505, isolated from the intestine of a healthy woman. Microbiol. Recour. Announc., 2019, vol. 8, no. 33, pp. e00491—19. doi: 10.1128/MRA.00491-19</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>6.	Andryuschenko S.V., Ivanova E.V., Perunova N.B., Zdvizhkova I.A., Bekpergenova A.V., Bukharin O.V. Draft genome sequence of Bifidobacterium bifidum strain ICIS 310 Isolated from а feces of a healthy 5-year-old child from Orenburg. Microbiol. Recour. Announc., 2018, vol. 7, no. 18, pp. e01271—18. doi: 10.1128/MRA.01271—18</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>7.	Andryuschenko S.V., Zdvizhkova I.A., Perunova N.B., Bukharin O.V. Draft genome sequence of Klebsiella pneumoniae strain ICIS-278_PBV, isolated from the feces of a healthy 59-year-old man from Orenburg, Russia. Genome Announc., 2018, vol. 6, no. 27, pp. e00576—18. doi: 10.1128/genomeA.00576-18.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>8.	Bukharin O.V. Adaptive strategies of pathogen-host interrelationships under infection. Her. Russ. Acad. Sci, 2018, vol. 88, no. 4, pp. 294 -299. doi:10.1134/S1019331618040020</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>9.	Lilja E.E., Johnson D.R. Segregating metabolic processes into different microbial cells accelerates the consumption of inhibitory substrates. ISME J., 2016, vol. 10, no. 7, pp. 1568-1578. doi: 10.1038/ismej.2015.243</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>10.	Sakurai T., Hashikura N., Minami J., Yamada A., Odamaki T., Xiao J.Z. Tolerance mechanisms of human-residential bifidobac-terial against lysozyme. Anaerobe, 2017, no. 47, pp. 104-110. doi:10.1016/j.anaerobe.2017.05.001</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
