Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI143910.15789/2220-7619-EOI-1439ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИEtiology of influenza-like illnesses in the population of Novosibirsk city in the 2018–2019 epidemic seasonЭтиология гриппоподобных заболеваний у населения Новосибирска во время эпидемического сезона 2018–2019 гг.https://orcid.org/0000-0002-1931-2026KurskayaO. G.КурскаяО. Г.
Russian Federation

Olga G. Kurskaya,  PhD (Medicine), Senior Researcher, Department of Experimental Modelling and Pathogenesis of Infectious Diseases 

630117, Novosibirsk, Timakov str., 2

Phone: +7 913 741-23-46 (mobile) 

Курская Ольга Григорьевна,  к.м.н., старший научный сотрудник отдела экспериментального моделирования и патогенеза инфекционных заболеваний 

630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, 2

Тел.: 8 913 741-23-46 (моб.)

kurskaya_og@mail.ruAnoshinaA. V.АношинаА. В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head of the Department of Infectious Diseases

Novosibirsk 

к.м.н., зав. инфекционным отделением 

г. Новосибирск 

anzhelika.anoshina2010@yandex.ruLeonovaN. V.ЛеоноваН. В.
Russian Federation

Head Physician

Novosibirsk 

главный врач 

г. Новосибирск 

mbuz_dgb6@mail.ruSimkinaO. A.СимкинаО. А.
Russian Federation

Epidemiologist

Novosibirsk 

врач-эпидемиолог

г. Новосибирск 

olgasimkina83@yandex.ruKomissarovaT. V.КомиссароваТ. В.
Russian Federation

PhD (Medicine), Head Physician

Novosibirsk 

к.м.н., главный врач

г. Новосибирск 

dgkb3@nso.ruEsikovaE. Yu.ЕсиковаЕ. Ю.
Russian Federation

Infectologist

Novosibirsk 

врач-инфекционист

г. Новосибирск 

elenaesikov@yandex.ruPozdnyakovaL. L.ПоздняковаЛ. Л.
Russian Federation

PhD (Medicine), Honored Physician of the Russian Federation, Head Physician

Novosibirsk 

к.м.н., заслуженный врач РФ, главный врач

г. Новосибирск 

gikb1@nso.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4561-6517SobolevI. A.СоболевИ. А.
Russian Federation

PhD (Biology), Researcher

Novosibirsk 

к.б.н., научный сотрудник

г. Новосибирск 

sobolev_i@hotmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-5349-8362ProkopyevaE. A.ПрокопьеваЕ. А.
Russian Federation

PhD (Biology), Senior Researcher

Novosibirsk 

к.б.н., старший научный сотрудник

г. Новосибирск 

e.prokopeva@g.nsu.ruMurashkinaТ. A.МурашкинаТ. А.
Russian Federation

Junior Researcher

Novosibirsk 

младший научный сотрудник

г. Новосибирск 

murashkinatatiana89@gmail.comKazachkovaE. A.КазачковаЕ. А.
Russian Federation

Junior Researcher

Novosibirsk 

младший научный сотрудник

г. Новосибирск 

evgesha_c@mail.ruAlekseevА. Yu.АлексеевА. Ю.
Russian Federation

PhD (Biology), Senior Researcher, Head of the Laboratory of Experimental Modelling and Pathogenesis of Infectious Diseases

Novosibirsk 

к.б.н., старший научный сотрудник, руководитель лаборатории моделирования и мониторинга инфекционных процессов

г. Новосибирск 

al-alexok@ngs.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6174-0836DanilenkoD. M.ДаниленкоД. М.
Russian Federation

PhD (Biology), Deputy Director for Science Work, Head of the Department of Etiology and Epidemiology

St. Petersburg

к.б.н., зам. директора по научной работе, руководитель отдела этиологии и эпидемиологии

Санкт-Петербург 

daria.baibus@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-1733-1255KomissarovA. B.КомиссаровА. Б.
Russian Federation

Head of the Laboratory of Molecular Virology

St. Petersburg 

зав. лабораторией молекулярной вирусологии

Санкт-Петербург 

andrey.komissarov@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1765-2799StolyarovK. A.СтоляровК. А.
Russian Federation

Leading Programmist

St. Petersburg 

ведущий программист

Санкт-Петербург 

kirill@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3558-3261FadeevA. V.ФадеевА. В.
Russian Federation

Researcher

St. Petersburg 

научный сотрудник

Санкт-Петербург 

afadeew@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0001-9671-0629SomininaA. A.СомининаА. А.
Russian Federation

PhD (Medicine), Professor, Honoured Scientist of the Russian Federation, Head of the Laboratory for Studying Risk Factors of Influenza and Acute Respiratory Infections

St. Petersburg 

к.м.н., профессор, заслуженный деятель науки РФ, руководитель лаборатории изучения факторов риска при гриппе и ОРВИ

Санкт-Петербург 

anna.sominina@influenza.spb.ruShestopalovА. M.ШестопаловА. М.
Russian Federation

PhD, MD (Biology), Professor, Head of the Department of Experimental Modelling and Pathogenesis of Infectious Diseases

Novosibirsk 

д.б.н., профессор, зав. отделом экспериментального моделирования и патогенеза инфекционных заболеваний

г. Новосибирск 

shestopalov2@ngs.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3946-9872SharshovK. A.ШаршовК. А.
Russian Federation

PhD (Biology), Senior Researcher, Head of the Laboratory of Developing and Drug Testing

Novosibirsk 

к.б.н., старший научный сотрудник, зав. лабораторией разработки и испытания фармакологических средств

г. Новосибирск 

sharshov@yandex.ruFederal Research Center of Fundamental and Translational MedicineФГБНУ Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медициныNovosibirsk Children’s Municipal Clinical Hospital No. 6ГБУЗ НО Детская городская клиническая больница № 6Novosibirsk Children’s Municipal Clinical Hospital No. 3ГБУЗ НО Детская городская клиническая больница № 3Novosibirsk Municipal Infectious Clinical Hospital No. 1ГБУЗ НО Городская инфекционная клиническая больница № 1Federal Research Center of Fundamental and Translational Medicine ФГБНУ Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медициныSmorodintsev Research Institute of InfluenzaФГБУ Научно-исследовательский институт гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава РФ200920211147237360304202026052020Copyright ©; 2021, Kurskaya O.G., Anoshina A.V., Leonova N.V., Simkina O.A., Komissarova T.V., Esikova E.Y., Pozdnyakova L.L., Sobolev I.A., Prokopyeva E.A., Murashkina Т.A., Kazachkova E.A., Alekseev А.Y., Danilenko D.M., Komissarov A.B., Stolyarov K.A., Fadeev A.V., Sominina A.A., Shestopalov А.M., Sharshov K.A.Copyright ©; 2021, Курская О.Г., Аношина А.В., Леонова Н.В., Симкина О.А., Комиссарова Т.В., Есикова Е.Ю., Позднякова Л.Л., Соболев И.А., Прокопьева Е.А., Мурашкина Т.А., Казачкова Е.А., Алексеев А.Ю., Даниленко Д.М., Комиссаров А.Б., Столяров К.А., Фадеев А.В., Соминина А.А., Шестопалов А.М., Шаршов К.А.2021Kurskaya O.G., Anoshina A.V., Leonova N.V., Simkina O.A., Komissarova T.V., Esikova E.Y., Pozdnyakova L.L., Sobolev I.A., Prokopyeva E.A., Murashkina Т.A., Kazachkova E.A., Alekseev А.Y., Danilenko D.M., Komissarov A.B., Stolyarov K.A., Fadeev A.V., Sominina A.A., Shestopalov А.M., Sharshov K.A.Курская О.Г., Аношина А.В., Леонова Н.В., Симкина О.А., Комиссарова Т.В., Есикова Е.Ю., Позднякова Л.Л., Соболев И.А., Прокопьева Е.А., Мурашкина Т.А., Казачкова Е.А., Алексеев А.Ю., Даниленко Д.М., Комиссаров А.Б., Столяров К.А., Фадеев А.В., Соминина А.А., Шестопалов А.М., Шаршов К.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/1439

Influenza and other acute respiratory viral infections lead to a substantial incidence of severe cases and hospitalizations and so remain a global health problem. Within the frame of the Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN), we assessed the contribution of influenza and other respiratory viruses to severe cases of influenzalike diseases in patients hospitalized to the Novosibirsk infectious hospitals in the years 2018–2019. We analyzed 484 nasopharyngeal swabs collected from patients admitted to the hospitals with acute respiratory infections (ARI) using real-time polymerase chain reaction commercial kits. We confirmed viral etiology of ARI in 69.8% cases. Influenza viruses were detected in 47.1% cases, wherein concomitant circulation of influenza A(H1N1)pdm09 and A(H3N2) viruses was observed in 20.7% and 26% of patients, respectively, whereas influenza B virus was detected only in one sample. All analyzed influenza A viruses were antigenically similar to vaccine strains. Genetically, the Novosibirsk strains were closely related to influenza A viruses distributed in Russia and worldwide. Influenza A(H1N1)pdm09 virus was detected in all patients aged 0 to 14 years and required intensive care. Other respiratory viruses were detected in 36.4% of children and 5.8% of adults, and 8.3% of children had viral coinfection, whereas no cases of coinfection were detected in adults. The most common viruses in children were metapneumovirus — 12.8%, rhinovirus — 9.3% and respiratory syncytial virus — 8.0%. In adults, metapneumovirus, adenovirus, parainfluenza virus and rhinovirus were detected with a detection rate no exceeding 2%. In this study, we found no differences in the detection rate of the influenza virus due to concomitant chronic diseases, pregnancy, or smoking habits. At the same time, the detection rate of other respiratory viruses in non-smokers vs. smokers was significantly lower than in smokers and former smokers (26.15%, 66.67% and 62.50%, respectively). In addition, the level of detection of respiratory viruses in children with vs. without chronic pathology was significantly higher (55.3% and 38.7%, respectively). Thus, our and similar studies are important for monitoring and control of the infection.

Грипп и другие острые респираторные вирусные инфекции, приводя к значительному числу тяжелых случаев заболевания, требующих госпитализации пациентов, остаются глобальной проблемой здравоохранения. В рамках исследований «Глобальной сети по госпитальному надзору за гриппом» (Global Influenza Hospital Surveillance Network, GIHSN) мы оценили вклад вируса гриппа и других респираторных вирусов в развитие тяжелых форм гриппоподобных заболеваний, регистрируемых в условиях инфекционных стацио наров г. Новосибирска в 2018–2019 гг. Методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с помощью коммерческих тест-систем нами было проанализировано 484 назофарингеальных мазка от пациентов, госпитализированных с симптомами острых респираторных вирусных заболеваний. Вирусная этиология заболеваний была подтверждена у 69,8% обследованных пациентов. Вирусы гриппа выявлены в 47,1% случаев, при этом наблюдалась совместная циркуляция вирусов гриппа A(H1N1)pdm09 и A(H3N2) у 20,7 и 26% пациентов соответственно, в то время как вирус гриппа В выявлен только в одном образце. Все проанализированные штаммы вируса гриппа А, выделенные в ходе исследования, антигенно были подобны вакцинным штаммам. Генетически штаммы, циркулировавшие в г. Новосибирске, были родственны вариантам вируса гриппа А, распространенным в России и в мире. Все случаи заболевания гриппом, требовавшие госпитализации в отделение реанимации и интенсивной терапии, отмечались у пациентов в возрасте от 0 до 14 лет и были вызваны вирусом A(H1N1)pdm09. Другие респираторные вирусы были выявлены у 36,4% детей и у 5,8% взрослых, причем у 8,3% детей наблюдалась вирусная коинфекция, в то время как у взрослых случаев коинфекции выявлено не было. Наиболее часто встречающимися вирусами у детей были метапневмовирус — 12,8%, риновирус — 9,3% и респираторно-синцитиальный вирус — 8,0%. У взрослых были выявлены метапневмовирус, аденовирус, вирус парагриппа и риновирус с уровнем детекции не более 2%. В ходе данного исследования нами не было обнаружено различий в частоте выявления вируса гриппа в связи с наличием фоновой патологии, беременности или привычки к курению. В то же время уровень выявления других респираторных вирусов у некурящих пациентов был достоверно ниже, чем у курящих и тех, кто курил ранее (26,15, 66,67 и 62,50% соответственно). Кроме того, уровень детекции респираторных вирусов у детей с хронической патологией был достоверно выше, чем у детей без фоновых состояний (55,3 и 38,7% соответственно). Таким образом, подобные исследования имеют важное значение для отслеживания и контроля инфекции.

epidemiologyacute respiratory infectionsinfluenzainfluenza-like illnessesetiology of ARIGlobal Influenza Hospital Surveillance Networkэпидемиологияострые респираторные вирусные инфекциигриппгриппоподобные заболеванияэтиология ОРВИГлобальная сеть по госпитальному надзору за гриппомСбор материала, выявление генетического материала респираторных вирусов, определение нуклеотидных последовательностей вируса гриппа выполнены в рамках исследования GISHN. Работы по выделению вируса гриппа в культуре клеток и антигенный анализ выполнены при поддержке гранта РНФ № 19-74- 10055.1. Львов Н.И., Писарева М.М., Мальцев О.В., Бузицкая Ж.В., Афанасьева В.С., Михайлова М.А., Го А., Янина М.А., Резниченко Н.А., Грудинин М.П., Жданов К.В., Лобзин Ю.В. Особенности этиологической структуры ОРВИ в отдельных возрастных и профессиональных группах населения Санкт-Петербурга в эпидемический сезон 2013–2014 гг. // Журнал инфектологии. 2014. Т. 6, № 3, C. 62–70. [Lvov N.I., Pisareva M.M., Maltsev O.V., Buzitskaya J.V., Afanasieva V.S., Mikhailova M.A., Go A., Yanina M.A., Reznichenko N.A., Grudinin M.P., Zhdanov K.V., Lobzin Y.V. The features of ARVD etiological structure in different age and professional population groups in Saint-Petersburg during 2013–2014 epidemic season. Zhurnal infektologii = Journal of Infectology, 2014, vol. 6, no. 3, pp. 62–70. (In Russ.)] doi: 10.22625/2072-6732-2014-6-3-62-702. Роспотребнадзор. Итоги прошлого эпидсезона гриппа (2018–2019 гг.) и прогноз на новый сезон 2019–2020 гг. [Russian Federal Service on Surveillance for Consumer Rights Protection and Human Well-being (Rospotrebnadzor). About the results of the epidemic season of influenza (2018–2019), forecast for the 2019–2020 epidemic season. (In Russ.)] URL: http://41.rospotrebnadzor.ru/content/itogi-proshlogo-epidsezona-grippa-2018-2019-gg-i-prognoz-na-novyy-sezon-2019-2020-gg (12.02.2021)3. Asha K., Kumar B. Emerging influenza D virus threat: what we know so far! J. Clin. Med., 2019, vol. 8, no. 2: 192. doi: 10.3390/jcm80201924. Baselga-Moreno V., Trushakova S., McNeil S., Sominina A., Nunes M.C., Draganescu A., Unal S., Koul P., Kyncl J., Zhang T., Kuatbayeva A., Ben-Salah A., Burtseva E., Puig-Barberà J., Díez-Domingo J. for the Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN). Influenza epidemiology and influenza vaccine effectiveness during the 2016–2017 season in the Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN). BMC Public Health, 2019, no. 19: 487. doi: 10.1186/s12889-019-6713-55. Dong W., Chen Q., Hu Y., He D., Liu J., Yan H. Epidemiological and clinical characteristics of respiratory viral infections in children in Shanghai, China. Arch. Virol., 2016, no. 161, pp. 1907–1913. doi: 10.1007/s00705-016-2866-z6. Feng L., Li Z., Zhao S., Nair H., Lai S., Xu W., Li M., Wu J., Ren L., Liu W., Yuan Z., Chen Y., Wang X., Zhao Z., Zhang H., Li F., Ye X., Li S., Feikin D., Yu H., Yang W. Viral etiologies of hospitalized acute lower respiratory infection patients in China, 2009–2013. PLoS One, 2014, vol. 9, no. 6: e99419. doi: 10.1371/journal.pone.00994197. Global Influenza Hospital Surveillance Network. The Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN). GIHSN, 2018. 11 p.8. Ju X., Fang Q., Zhang J., Xu A., Liang L., Ke C. Viral etiology of influenza-like illnesses in Huizhou, China, from 2011 to 2013. Arch. Virol., 2014, vol. 159, no. 8, pp. 2003–2010. doi: 10.1007/s00705-014-2035-19. Kurskaya O., Ryabichenko T., Leonova N., Shi W., Bi H., Sharshov K., Kazachkova E., Sobolev I., Prokopyeva E., Kartseva T., Alekseev A., Shestopalov A. Viral etiology of acute respiratory infections in hospitalized children in Novosibirsk City, Russia (2013–2017). PLoS One, 2018, vol. 13, no. 9: e0200117. doi: 10.1371/journal.pone.020011710. McCauley J.W., Hongo S., Kaverin N.V., Kochs G., Lamb R.A., Matrosovich M.N., Perez D.R., Palese P., Presti R.M., Rimstad E. Virus taxonomy. In: Classification and nomenclature of viruses: ninth report of the international committee on taxonomy of viruses. Ed. by King A.M.Q., Lefkowitz E., Adams M.J., Carstens E.B. San Diego: Elsevier Academic Press, 2012, pp. 749–761.11. Ortiz J.R., Neuzil K.M., Shay D.K., Rue T.C., Neradilek M.B., Zhou H., Seymour C.W., Hooper L.G., Cheng P.Y., Goss C.H., Cooke C.R. The burden of influenza-associated critical illness hospitalizations. Crit. Care Med., 2014, vol. 42, no. 11, pp. 2325– 2332. doi: 10.1097/ccm.000000000000054512. Puig-Barberà J., Mira-Iglesias A., Burtseva E., Cowling B.J., Serhat U., Ruiz-Palacios G.M., Launay O., Kyncl J., Koul P., Siqueira M.M., Sominina A.; Global Influenza Hospital Surveillance. Network Influenza epidemiology and influenza vaccine effectiveness during the 2015–2016 season: results from the Global Influenza Hospital Surveillance Network. BMC Infect. Dis., 2019, vol. 19: 415. doi: 10.1186/s12879-019-4017-013. Puig-Barberà J., Tormos A., Sominina A., Burtseva E., Launay O., Ciblak M.A., Natividad-Sancho A., Buigues-Vila A., Martínez-Úbeda S., Mahé C.; GIHSN Group. First-year results of the Global Influenza Hospital Surveillance Network: 2012– 2013 Northern hemisphere influenza season. BMC Public Health, 2014, vol. 14: 564. doi: 10.1186/1471-2458-14-56414. Puig-Barberà J., Tormos A., Trushakova A., Sominina A., Pisareva M., Ciblak M.A., Badur S., Yu H., Cowling B.J., Burtseva E., on behalf of the GIHSN Group. The Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN): a new platform to describe the epidemiology of severe influenza. Influenza Other Respir. Viruses, 2015, vol. 9, no. 6, pp. 277–286. doi: 10.1111/irv.1233515. WHO. Guidelines for pharmacological management of pandemic influenza A (H1N1) 2009 and other influenza viruses. Revised February 2010. Part I. Recommendations. WHO, 2010. 32 p.16. WIC, WHO CC for Reference and Research on Influenza, FCI. Report prepared for the WHO annual consultation on the composition of influenza vaccines for the Southern Hemisphere 2020. 23rd – 26th September 2019. WIC, WHO CC for Reference and Research on Influenza, FCI, 2019. 149 p.17. Zhou B., Lin X., Wang W., Halpin R.A., Bera J., Stockwell T.B., Barr I.G., Wentworth D.E. Universal Influenza B virus genomic amplification facilitates sequencing, diagnostics, and reverse genetics. J. Clin. Microbiol., 2014, vol. 52, no. 5, pp. 1330–1337. doi: 10.1128/jcm.03265-13