<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="other" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Infection and Immunity</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Инфекция и иммунитет</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2220-7619</issn><issn publication-format="electronic">2313-7398</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">SPb RAACI</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">1261</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.15789/2220-7619-MHC-1261</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>SHORT COMMUNICATIONS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject></subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">HIV-1 CRF63_02A6 models as a tool for evaluating efficacy of developing antiretroviral drugs</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Модели CRF63_02A6 ВИЧ-1 как инструмент для оценки эффективности разрабатываемых антиретровирусных препаратов</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Zyryanova</surname><given-names>D. P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Зырянова</surname><given-names>Д. П.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Junior Researcher, Department of Retroviruses.</p><p>Koltsovo</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Младший научный сотрудник отдела ретровирусов.</p><p>П. Кольцово, Новосибирская область</p></bio><email>zyryanova_dp@vector.nsc.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Bogacheva</surname><given-names>N. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Богачева</surname><given-names>Н. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Junior Researcher, Department of Retroviruses.</p><p>Koltsovo</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Младший научный сотрудник отдела ретровирусов.</p><p>П. Кольцово, Новосибирская область</p></bio><email>unagaeva2009@ngs.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Totmenin</surname><given-names>A. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Тотменин</surname><given-names>А. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>PhD (Biology), Head of the Laboratory, Department of Retroviruses.</p><p>Koltsovo</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Кандидат биологических наук, зав. лабораторией отдела ретровирусов.</p><p>П. Кольцово, Новосибирская область</p></bio><email>tot58@bk.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-0891-0880</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Gashnikova</surname><given-names>N. M.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Гашникова</surname><given-names>Н. М.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Natalya M. Gashnikova - PhD (Biology), Head of the Department of Retroviruses.</p><p>630559, Koltsovo, Novosibirsk region, Phone: +7 (383) 363-47-00, add. 21-40 (office); +7 913 940-54-79</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Гашникова Наталья Матвеевна - кандидат биологических наук, зав. отделом ретровирусов.</p><p>630559, р.п. Кольцово, Новосибирской области, Тел.: 8 (383) 363-47-00, доп. 21-40 (служебн.); 8 913 940-54-79</p></bio><email>nmgashnikova@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">State Research Center of Virology and Biotechnology Vector</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФБУН ГНЦ ВБ Вектор Роспотребнадзора</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2020-11-27" publication-format="electronic"><day>27</day><month>11</month><year>2020</year></pub-date><volume>10</volume><issue>4</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>769</fpage><lpage>774</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2019-08-21"><day>21</day><month>08</month><year>2019</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2020-03-11"><day>11</day><month>03</month><year>2020</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2020, Zyryanova D.P., Bogacheva N.V., Totmenin A.V., Gashnikova N.M.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2020, Зырянова Д.П., Богачева Н.В., Тотменин А.В., Гашникова Н.М.</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Zyryanova D.P., Bogacheva N.V., Totmenin A.V., Gashnikova N.M.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Зырянова Д.П., Богачева Н.В., Тотменин А.В., Гашникова Н.М.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://iimmun.ru/iimm/article/view/1261">https://iimmun.ru/iimm/article/view/1261</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Highly active antiretroviral therapy (HAART) allows not only to control the infection process in certain patient, but also to reduce a risk of HIV infection spreading in general, so that one of the goals for international community fighting against HIV-spread is to maximize coverage of infected subjects with HAART. Antiretroviral therapy in HIV infection is administered lifelong, so that therapeutic efficacy may be lowered due to emergence of resistant HIV-1 variants. Currently, development of new antiretroviral drugs is currently underway throughout the world, therefore standard HIV-1 models are demanded to evaluate antiviral efficacy of promising drugs. To reliably assess drug efficiency regarding Russiawide HIV-1 variants, HIV-1 genovariants widespread in Russia should be used as a virus model. A recently emerged recombinant form of CRF63_02A6 HIV-1 is spread in Russia being currently a dominant variant detected among HIV-infected individuals in an extended region of the Siberian Federal District: in the Novosibirsk, Tomsk, Omsk, Kemerovo Regions, Krasnoyarsk and Altai Krai. We have obtained CRF63_02A6 infectious isolates of HIV-1, one of which contains mutations, reducing the sensitivity to the applied inhibitors of the virus reverse transcriptase. In addition, we constructed infectious molecular clones based on HIV-1 CRF63_02A6 variants with an affinity for CCR5 coreceptors and CXCR4. Infectious isolates and molecular clones CRF63_02A6 tested as models for assessing efficacy of antiretroviral drugs using the example of the drug “Efavirenz”. The fifty percent inhibitory concentration determined on the models of HIV-1 infectious molecular clones and HIV-1 isolate 18RU7056 ranged from 0.00027 pg/ml to 0.00046 pg/ml being in agreement with data published elsewhere. Concentrations of “Efavirenz” used in the study did not suppress the replication of HIV-1 12RU6987, which is resistant to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, which confirms the decrease in the sensitivity of HIV-1 12RU6987 to “Efavirenz” by no less than 10,000 times. Thus, our data demonstrate that CRF63_02A6 HIV-1 isolated strains and infectious molecular clones are relevant and complementary tools for assessing efficacy of developing drugs aimed at suppressing HIV-1, including non-nucleoside-resistant virus reverse transcriptase inhibitors.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Высокоактивная антиретровирусная терапия (АРВТ) позволяет не только контролировать инфекционный процесс у конкретного пациента, но и снижать риск распространения ВИЧ-инфекции в целом, поэтому одной из целей международного сообщества в рамках борьбы с распространением ВИЧ является максимально широкий охват инфицированных лиц АРВТ. Антиретровирусная терапия при ВИЧ-инфекции назначается пожизненно, в связи с этим эффективность лечения может снижаться за счет появления резистентных к терапии форм ВИЧ-1. В настоящее время во всем мире продолжается процесс разработки новых антиретровирусных препаратов, поэтому для оценки противовирусной эффективности перспективных лекарственных средств востребованными являются стандартные модели ВИЧ-1. Для достоверной оценки эффективности препаратов в отношении российских вариантов ВИЧ-1 в качестве модели вируса должны быть использованы геноварианты ВИЧ-1, широко распространенные на территории России. Недавно возникшая рекомбинантная форма CRF63_02A6 ВИЧ-1 за последние годы распространилась на территориях России и в настоящее время является доминирующим вариантом, выявляемым среди ВИЧ-инфицированных лиц на значительной части Сибирского федерального округа: в Новосибирской, Томской, Омской, Кемеровской областях, Красноярском и Алтайском крае. Нами получены инфекционные изоляты CRF63_02A6 ВИЧ-1, один из которых содержит мутации, снижающие чувствительность к применяемым ингибиторам обратной транскриптазы вируса, и инфекционные молекулярные клоны на основе вариантов CRF63_02A6 ВИЧ-1, имеющих сродство к корецепторам CCR5 и CXCR4. Инфекционные изоляты и молекулярные клоны CRF63_02A6 протестированы в качестве моделей для оценки эффективности антиретровирусных препаратов на примере препарата «Эфавиренз». Значение пятидесятипроцентной ингибирующей концентрации, определенной на моделях инфекционных молекулярных клонов ВИЧ-1 и изолята 18RU7056 ВИЧ-1, варьировалось от 0,27 до 0,46 нг/мл, что соответствует данным зарубежных авторов. Для резистентного к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы 12RU6987 ВИЧ-1 подавления репликации для исследованных концентраций «Эфавиренза» не отмечалось, что подтверждает снижение чувствительности 12RU6987 ВИЧ-1 к «Эфавирензу» не менее чем в 10 000 раз. Результаты проведенных исследований показывают, что изолированные штаммы CRF63_02A6 ВИЧ-1 и созданные на основе CRF63_02A6 ВИЧ-1 инфекционные молекулярные клоны являются релевантными и взаимодополняющими инструментами для оценки эффективности разрабатываемых препаратов, направленных на подавление ВИЧ-1, в том числе вирусов, резистентных к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>model of the HIV-1</kwd><kwd>CRF63 02A6HIV-1</kwd><kwd>HIV-1 infectious isolates</kwd><kwd>HIV-1 infectious molecular clones</kwd><kwd>antiretroviral therapy</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>модель ВИЧ-1</kwd><kwd>CRF63_ 02A6ВИЧ-1</kwd><kwd>инфекционные изолят ы ВИЧ-1</kwd><kwd>инфекционные молекулярные клоны ВИЧ-1</kwd><kwd>антиретровирусная терапия</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>1.	Богачева Н.В., Бледных Н.А., Тотменин А.В., Мирджамалова Ф.О., Соколов Ю.В., Гашникова Н.М. Создание коллекции современных изолятов ВИЧ-1, включающей основные российские генетические варианты вируса // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2017. Т. 9, № 1. С. 65—76. doi: 10.22328/2077-9828-2017-9-1-65-76(In Russ.)]</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>2.	ВИЧ-инфекция в Российской Федерации в 2018 г. М.: ФБУН Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, 2018. URL: http://www.aids43.ru/stat</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>3.	Покровский В.В., Юрин О.Г., Кравченко А.В., Беляева В.В., Ермак Т.Н., Канестри В.Г., Шахгильдян В.И., Козы-рина Н.В., Буравцова В.В., Нарсия Р.С., Хохлова О.Н., Покровская А.В., Ефремова О.С., Коннов В.В., Куимова У.А., Попова А.А., Воронин Е.Е., Афонина Л.Ю., Васильева И.А., Зимина В.Н. Национальные рекомендации по диспансерному наблюдению и лечению больных ВИЧ-инфекцией. Клинический протокол // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2017. № 6.</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>4.	Прокофьева М.М., Спирин П.В., Январев Д.В., Иванов А.В., Новиков М.С., Степанов О.А., Готтих М.Б., Кочетков С.Н., Fehse B., Stocking C., Прасолов В.С. Скрининг потенциальных ингибиторов/блокаторов репликации ВИЧ-1 с помощью безопасной лентивирусной системы in vitro // Acta Naturae. 2011. Т. 3, № 4. С. 57—67.</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>5.	Baalwa J., Wang S., Parrish N.F., Decker J.M., Keele B.F., Learn G.H., Yue L., Rugazigira E., Ssemwanga D., Kamali A. Molecular identification, cloning and characterization oftransmitted/founder HIV-1 subtype A, D and A/D infectious molecular clones. Virology, 2013, vol. 436, no. 1,pp. 33—48. doi: 10.1016/j.virol.2012.10.009</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>6.	Cohen M.S., Chen Y.Q., McCauley M., Gamble T., Hosseinipour M.C., Kumarasamy N., Hakim J.G., Kumwenda J., Grinsztejn B., Pilotto J.H., Godbole S.V., Chariyalertsak S., Santos B.R., Mayer K.H., Hoffman I.F., Eshleman S.H., Piwowar-Manning E., Cottle L., Zhang X.C., Makhema J., Mills L.A., Panchia R., Faesen S., Eron J., Gallant J., Havlir D., Swindells S., Elharrar V., Burns D., Taha T.E., Nielsen-Saines K., Celentano D.D., Essex M., Hudelson S.E., Redd A.D., Fleming T.R. HPTN 052 Study Team. Antiretroviral therapy for the prevention of HIV-1 transmission. N. Engl. J. Med., 2016, vol. 375, no. 9, pp. 830— 839. doi:10.1056/nejmoa1600693</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>7.	Global HIV &amp; AIDS statistics — 2018 fact sheet UNAIDS. URL: http://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/UNAIDS_FactSheet_ru.pdf</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>8.	Harman S., Herrera C., Armanasco N., Nuttall J., Shattock R.J. Preclinical evaluation of the HIV-1 fusion inhibitor L’644 as a potential candidate microbicide. Antimicrob. Agents Chemother., 2012, vol. 56, no. 5, pp. 4381—4390. doi: 10.1128/AAC.06108-11</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>9.	Kobayashi M., Yoshinaga T., Seki T., Wakasa-Morimoto C., Brown K.W., Ferris R., Foster S.A., Hazen R.J., Miki S., Suyama-Kagitani A., Kawauchi-Miki S. In vitro antiretroviral properties of S/GSK1349572, a next-generation HIV integrase inhibitor. Antimicrob. Agents Chemother., 2011, vol. 55, no. 2, pp. 813—821. doi: 10.1128/AAC.01209-10</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>10.	Marsden M.D., Avancena P., Kitchen C.M., Hubbard T., Zack J.A. Single mutations in HIV integrase confer high-level resistance to raltegravir in primary human macrophages. Antimicrob. Agents Chemother., 2011, vol. 55, no. 8, pp. 3696—3702. doi: 10.1128/AAC.00566-11</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>11.	Parkin N.T., Hellmann N.S., Whitcomb J.M., Kiss L., Chappey C., Petropoulos C.J. Natural variation of drug susceptibility in wild-type human immunodeficiency virus type 1. Antimicrob. Agents Chemother., 2004, vol. 48, no. 2, pp. 437—443. doi:10.1128/aac.48.2.437-443.2004</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>12. Quashie P.K., Oliviera M., Veres T., Osman N., Han Y.S., Hassounah S., Lie Y., Huang W., Mesplede T., Wainberg M.A. Differential effects of the G118R, H51Y, and E138K resistance substitutions in different subtypes of HIV integrase. J. Virol., 2015, vol. 89, no. 6,pp. 3163-3175. doi: 10.1128/JVI.03353-14</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>13.	Reuman E.C., Bachmann M.H., Varghese V., Fessel W.J., Shafer R.W. Panel of prototypical raltegravir-resistant infectious molecular clones in a novel integrase-deleted cloning vector. Antimicrob. Agents Chemother., 2010, vol. 54, no. 2, pp. 934-936. doi: 10.1128/AAC.01345-09</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>14.	Rodriguez M.A., Chen Y., Craigo J.K., Chatterjee R., Ratner D., Tatsumi M., Roy P., Neogi D., Gupta P. Construction and characterization of an infectious molecular clone of HIV-1 subtype A of Indian origin. Virology, 2006, vol. 345, pp. 328-336. doi: 10.1016/j.virol.2005.09.053</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>15.	Uckun F.M., Cahn P., Qazi S. Stampidine as a promising antiretroviral drug candidate for pre-exposure prophylaxis against sexually transmitted HIV/AIDS. Expert Opin. Investig. Drugs, 2012, vol. 21, no. 4, pp. 489-500. doi: 10.1517/13543784.2012.664635</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
