Russian Journal of Infection and ImmunityRussian Journal of Infection and ImmunityИнфекция и иммунитет2220-76192313-7398SPb RAACI117110.15789/10.15789/2220-7619-ASM-1171ORIGINAL ARTICLESОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИThe antimicrobial susceptibility, resistance mechanisms and phylogenetic structure of S. Typhi isolated in 2005-2018 in the Russian FederationЧувствительность к антибиотикам, механизмы резистентности и филогенетическая структура популяции S.Typhi, выделенных в 2005-2018 гг. в Российской Федерацииhttps://orcid.org/0000-0002-7589-0234EgorovaS. A.ЕгороваС. А.
Russian Federation

Egorova Svetlana Alexanrovna - PhD (Medicine), Senior Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg, SPIN 4000-4122

Егорова Светлана Александровна - кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14, Тел.: 8 (812) 232-48-83, Факс: 8 (812) 232-92-17, SPIN-код 4000-4122egorova72@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5238-7900KuleshovK. V.КулешовК. В.
Russian Federation

Kuleshov Konstantin V. - PhD (Biology), Senior Researcher, Laboratory of Enteric Diseases Epidemiology and Molecular Diagnostic.

Moscow, SPIN: 7404-4080  

Кулешов Константин Валерьевич - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций.

Москва; SPIN-код 7404-4080 konstantinkul@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-0989-1404KaftyrevaL. A.КафтыреваЛ. А.
Russian Federation

Kaftyreva Lidiia A. - PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Enteric Infections, St. PPI.

St. Petersburg, SPIN: 6721-7873  

Кафтырева Лидия Алексеевна - доктор медицинских наук, зав. лабораторией кишечных инфекций ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; профессор кафедры медицинской микробиологии ВО СЗГМУ им. И.И. Мечникова МЗ РФ.

Санкт-Петербург, SPIN-код 6721-7873

kaflidia@mail.ruMatveevaZoya N.МатвееваЗ. Н.
Russian Federation

Matveeva Zoya N. - PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg, SPIN: 5094-5749

Матвеева Зоя Николаевна - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций.

Санкт-Петербург

SPIN-код 5094-5749

egorova72@mail.ruSaint-Petersburg Pasteur InstituteФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени ПастераFederal budget institute of science "Central research institute for epidemiology" Federal service for surveillance consumers' rights protection and human well-being.ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии РоспотребнадзораNorth-Western state medical University named after I.I. MechnikovСЗГМУ им. И.И.Мечникова07042020101991102603201911032020Copyright ©; 2020, Egorova S.A., Kuleshov K.V., Kaftyreva L.A., Matveeva Z.N.Copyright ©; 2020, Егорова С.А., Кулешов К.В., Кафтырева Л.А., Матвеева З.Н.2020Egorova S.A., Kuleshov K.V., Kaftyreva L.A., Matveeva Z.N.Егорова С.А., Кулешов К.В., Кафтырева Л.А., Матвеева З.Н.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://iimmun.ru/iimm/article/view/1171

Here we present current global epidemiological and microbiological trends for typhoid fever, as well as describe antimicrobial susceptibility and resistance mechanisms of S. Typhi. The data on examining 299 S. Typhi isolates collected in 2005—2018 in the Russian Federation were analyzed from the Russian S. Typhi Reference Center. It was found that S. Typhi population consisted of the isolates with different resistance phenotypes and mechanisms as well as genetic heterogeneity. Moreover, antimicrobial susceptibility was detected in as low as 10.4% S. Typhi strains, whereas 89.6% isolates showed fluoroquinolone resistance (including 7.3% high-level resistance) and 3.0% — multidrug resistance to am-picillin, chloramphenicol, trimethoprim/sulfamethoxazole, tetracycline and fluoroquinolones. All strains preserved susceptibility to extended-spectrum cephalosporins and azithromycin. Fluoroquinolone low-level resistance in S. Typhi was due to single nucleotide substitutions in the gyrA: Asp87Asn (78.7%) Ser83Tyr (5.0%) and Ser83Phe (3.2%). In addition, a plasmid-mediated low-level fluoroquinolone resistance (qnrS) was found in one isolate. In contrast, a fluoroquinolone high-level resistance in S. Typhi was due to accumulation of three single nucleotide substitutions in the genes gyrA (Asp87Asn+Ser83Phe) andparC (Ser80Ile). In multidrug resistant S. Typhi isolates, pHCMl plasmids of incompatibility group IncHI1B(R27) (consisted of blaTEM.1, catA1, dfrA7 and tetB) and single nucleotide substitutions Ser83Tyr or Asp87Asn in gene gyrA were detected. The data of phylogenetic reconstruction based on the analysis of core singlenucleotide variations among examined and previously sequenced S. Typhi genomes, demonstrated that more than 80.0% of S. Typhi isolated in Russia were referred to the Asian genotype as they belonged to subclade 4.3.1 (by Wong et al.) or dominant H58 clade (H58 haplotype by Roumagnac et al.). More than 60.0% isolates in this dominant phylogenetic group possessed a fluoroquinolone low-level resistance due to gyrA Asp87Asn. Less than 20.0% of S. Typhi strains isolated in Russia phylogenetically belonged to the subclades other than 4.3.1 (non-H58) and differed from the major S. Typhi population by lacked antibiotic resistance or exerted fluoroquinolone resistance due to gyrA Ser83Phe. The study data allowed to expand our understanding on genetic diversity in S. Typhi strains isolated recently and pinpoint features of phylogenetic structure for S. Typhi population in the Russian Federation.

В статье представлены современные глобальные эпидемиологические и микробиологические тенденции брюшного тифа, описаны чувствительность и механизмы резистентности к антибиотикам. Приведены результаты исследования 299 штаммов S. Typhi, выделенных в 2005—2018 гг. в Российской Федерации, из коллекции российского референс-центра по мониторингу возбудителя брюшного тифа. Популяция штаммов S. Typhi, характеризовалась различными фенотипами и механизмами резистентности к антибиотикам и генетической неоднородностью. Чувствительными к антибиотикам были 10,4% штаммов, 89,6% штаммов характеризовались устойчивостью к фторхинолонам (7,3% штаммов — устойчивостью высокого уровня), 3,0% — множественной устойчивостью к ампициллину, хлорамфениколу, триметоприм/сульфаметоксазолу, тетрациклину и фторхинолонам. Все штаммы сохраняли чувствительность к цефалоспоринам расширенного спектра и азитромицину. Устойчивость низкого уровня к фторхинолонам у штаммов S. Typhi обусловлена однонуклеотидными заменами в гене gyrA: Asp87Asn (78,7%), Ser83Tyr (5,0%) и Ser83Phe (3,2%). У одного штамма выявлена плазмидоопосредованная устойчивость низкого уровня к фторхинолонам (ген qnrS). Устойчивость высокого уровня к фторхинолонам обусловлена сочетанием трех однонуклеотидных замен: в гене gyrA (Asp87Asn+Ser83Phe) и parC (Ser80Ile). У штаммов с множественной устойчивостью выявлены плазмиды pHCMl группы несовместимости IncHI1B(R27), которые включали гены blaTEM-1, catA1, dfrA7 и tetB, и однонуклеотидные замены Ser83Tyr и Asp87Asn в гене gyrA. По результатам филогенетической реконструкции, проведенной на основе анализа коровых однонуклеотидных вариаций среди исследуемых и ранее секвени-рованных геномов S. Typhi из разных регионов мира (порядка 1700 штаммов), показано, что более 80,0% российских штаммов относились к азиатскому генотипу, поскольку принадлежали к филогенетической линии гаплотипа Н58 (Roumagnac et al.) или субкладе 4.3.1 (Wong et al.). Более, чем 60,0% штаммов этого генотипа были идентичны по фенотипу и механизму резистентности: устойчивость низкого уровня к фторхинолонам, обусловленная мутацией gyrA Asp87Asn. Менее 20,0% исследуемых штаммов филогенетически относились к другим субкладам (не 4.3.1) и отличались от основной популяции возбудителя брюшного тифа отсутствием резистентности к антибиотикам, либо имели резистентность к хинолонам, обусловленную однонуклеотидной заменой gyrA Ser83Phe. Результаты исследования позволили расширить представление о генетическом разнообразии штаммов S. Typhi, выделенных за последние годы на территории РФ, и определить особенности популяционной структуры возбудителя брюшного тифа.

typhoid feverS. Typhiantimicrobial resistanceSNVfluoroquinolonesnucleotide substitutionsбрюшной тифS. Typhiустойчивость к антибиотикамSNPфторхинолонынуклеотидные замены1. Accou-Demartin M., Gaborieau V., Song Y., Roumagnac P., Marchou B., Achtman M., Weill F.-X. Salmonella enterica Serotype Typhi with nonclassical quinolone resistance phenotype. Emerg. Infect. Dis., 2011, vol. 17, no. 6, pp. 1091—1094. doi: 10.3201/eid1706.1012422. Achtman M., Wain J., Weill F.-X., Nair S., Zhou Z., Sangal V., Krauland M.G., Hale J.L., Harbottle H., Uesbeck A., Dougan G., Harrison L.H., Brisse S., S. Enterica MLST Study Group. Multilocus sequence typing as a replacement for serotyping in Salmonella enterica. PLoS Pathogens, 2012, vol. 8, no. 6: e1002776. doi: 10.1371/journal.ppat.10027763. Ahamed Riyaaz A.A., Perera V., Sivakumaran S., de Silva N. Typhoid fever due to extended spectrum P-lactamase-producing Salmonella enterica serovar Typhi: a case report and literature review. Case Reports in Infect. Dis., 2018: 4610246. doi: 10.1155/2018/46102464. Akinyemi K.O., Iwalokun B.A., Alafe O.O., Mudashiru S.A., Fakorede C. blaCTX-M-I group extended spectrum beta lactamase-producing Salmonella typhi from hospitalized patients in Lagos, Nigeria. Infect. Drug. Resist., 2015, vol. 11, no. 8, pp. 99—106. doi: 10.2147/IDR.S788765. Akinyemi K.O., Iwalokun B.A., Oyefolu A.O., Fakorede C.O. Occurrence of extended-spectrum and AmpC P-lactamases in multiple drug resistant Salmonella isolates from clinical samples in Lagos, Nigeria. Infect. Drug. Resist., 2017, vol. 10, pp. 19—25. doi: 10.2147/IDR.S1236466. Al Naiemi N., Zwart B., Rijnsburger M.C., Roosendaal R., Debets Ossenkopp Y.J., Mulder J.A., Fijen C.A., Maten W., Vandenbroucke-Grauls C.M., Savelkoul P.H. Extended-spectrum-beta-lactamase production in a Salmonella enterica serotype Typhi strain from the Philippines. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, pp. 2794—2795. doi: 10.1128/JCM.00676-087. Baltazar M., Ngandjio A., Holt K.E., Lepillet E., Pardos de la Gandara M., Collard J.M., Bercion R., Nzouankeu, A., Le Hello S., Dougan G., Fonkoua M.C., Weill F.-X. Multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Typhi, Gulf of Guinea Region, Africa. Emerg. Infect. Dis., 2015, vol. 21, no. 4, pp. 655— 659. doi: 10.3201/eid2104.1413558. CDC. National Antimicrobial Resistance Monitoring System for Enteric Bacteria (NARMS): Human Isolates Surveillance Report for 2015 (Final Report). Atlanta, Georgia: U.S. Department of Health and Human Services, CDC, 2018.9. Chau T.T., Campbell J.I., Galindo C.M., Van Minh Hoang N., Diep T.S., Nga T.T., Van Vinh Chau N., Tuan P.Q., Page A.L., Ochiai R.L., Schultsz C., Wain J., Bhutta Z.A., Parry C.M., Bhattacharya S.K., Dutta S., Agtini M., Dong B., Honghui Y., Anh D.D., Canh do G., Naheed A., Albert M.J., Phetsouvanh R., Newton P.N., Basnyat B., Arjyal A., La T.T., Rang N.N., Phuong le T., Van Be Bay P., von Seidlein L., Dougan G., Clemens J.D., Vinh H., Hien T.T., Chinh N.T., Acosta C.J., Farrar J., Dolecek C. Antimicrobial drug resistance of Salmonella enterica serovar typhi in Asia and molecular mechanism of reduced susceptibility to the fluoroquinolones. Antimicrob. Agents Chemother, 2007, vol. 51, no. 12, pp. 4315—4323. doi: 10.1128/AAC.00294-0710. Crump J.A., Luby S.P., Mintz E.D. The global burden of typhoid fever. Bull. World Health Organ, 2004, vol. 82, pp. 346—353.11. Crump J.A., Kretsinger K., Gay K. Clinical response and outcome of infection with Salmonella enterica serotype Typhi with decreased susceptibility to fluoroquinolones: a United States FoodNet multicentre retrospective study. Antimicrob. Agents Chemother., 2008, vol. 52, pp. 1278-1284. doi: 10.1128/AAC.01509-0712. Dolecek C., Tran T.P., Nguyen N.R., Le T.P., Ha V., Phung Q.T., Doan C.D., Nguyen T.B., Duong T.L., Luong B.H., Nguyen T.B., Nguyen T.A., Pham N.D., Mai N.L., Phan V.B., Vo A.H., Nguyen V.M., Tran T.T., Tran T.C., Schultsz C., Dunstan S.J., Stepniewska K., Campbell J.I., To S.D., Basnya, B., Nguyen V.V., Nguyen V.S., Nguyen T.C., Tran T.H., Farrar J. A multi-center randomised controlled trial of gatifloxacin versus azithromycin for the treatment of uncomplicated typhoid fever in children and adults in Vietnam. PLoS One, 2008, vol. 3, no. 5: e2188. doi: 10.1371/journal.pone.000218813. Effa E.E., Bukirwa H. Azithromycin for treating uncomplicated typhoid and paratyphoid fever (enteric fever). Cochrane Database Syst. Rev, 2011, vol. 10: CD006083. doi: 10.1002/14651858.CD006083.pub314. Effa E.E., Lassi Z.S., Critchley J.A., Garner P., Sinclair D., Olliaro P.L., Bhutta Z.A. Fluoroquinolones for treating typhoid and paratyphoid fever (enteric fever). Cochrane Database Sys.t Rev., 2011, vol. 10: CD004530. doi: 10.1002/14651858.CD004530.pub415. Geetha V.K., Yugendran T., Srinivasan R., Harish B.N. Plasmid-mediated quinolone resistance in typhoidal Salmonellae: a preliminary report from South India. Indian J. Med. Microbiol., 2014, vol. 32:pp. 31-34. doi: 10.4103/0255-0857.12429216. Gokul B.N., Godfred A. Menezes G.A., Belgode N., Harish B.N. ACC-1 P-Lactamase— producing Salmonella enterica Serovar Typhi, India. Emerg. Infect. Dis, 2010, vol. 16, no. 7, pp. 1170-1171. doi: 10.3201/eid1607.09164317. Gonzalez-Lopez J., Piedra-Carrasco N., Salvador F., Rodriguez V., Sanchez-Montalva A., Planes A.M., Molina I., Larrosa M.N. ESBL-producing Salmonella enterica serovar Typhi in traveler returning from Guatemala to Spain. Emerg. Infect. Dis., 2014, vol. 20, no. 11,pp. 1918-1920. doi: 10.3201/eid1607.09164318. Gul D., Potter R.F., Riaz H., Ashraf S.T., Wallace M.A., Munir T., Ali A., Burnham C.-A., Dantas G., Andleeb S. Draft genome sequence of a Salmonella enterica serovar Typhi strain resistant to fourth-generation cephalosporin and fluoroquinolone antibiotics. Genome Announc., 2017, vol. 5, no. 42: e00850—17. doi: 10.1128/genomeA.00850-1719. Gupta R., Gaind R., Wain J., Deb M., Singh L.C., Basir S.F. Characterization of non-classical quinolone resistance in Salmonella enterica serovar Typhi: Report of a novel mutation in gyrB gene and diagnostic challenges. Biomol. Detect. Quantif, 2015, vol. 2, pp. 30-34. doi: 10.1016/j.bdq.2015.01.00320. Hendriksen R.S., Leekitcharoenphon P., Mikoleit M., Jensen J.D., Kaas R.S., Roer L., Joshi H.B., Pornruangmong S., Pulsrikarn C., Gonzalez-Aviles G.D., Reuland E.A., Al Naiemi N., Wester A.L., Aarestrup F.M., Hasman H. Genomic dissection of travel-associated extended-spectrum-beta-lactamase-producing Salmonella enterica serovar typhi isolates originating from the Philippines: a one-off occurrence or a threat to effective treatment of typhoid fever? J. Clin. Microbiol., 2015, vol. 53, no. 2, pp. 677-680. doi: 10.1128/JCM.03104-1421. Holt K.E., Parkhill J., Mazzoni C.J., Roumagnac P., Weill F.-X., Goodhead I., Rance R., Baker S., Maskell D.J., Wain J., Dolecek C., Achtman M., Dougan G. High-throughput sequencing provides insights into genome variation and evolution in Salmonella Typhi. Nat. Genet., 2008, vol. 40, no. 8, pp. 987-993. doi: 10.1038/ng.19522. International Typhoid Consortium, Wong V.K., Holt K.E., Okoro C., Baker S., Pickard D.J., Marks F., Page A.J., Olanipekun G., Munir H., Alter R., Fey P.D., Feasey N.A., Weill F.-X., Le Hello S., Hart P.J., Kariuki S., Breiman R.F., Gordon M.A., Heyderman R.S., Jacobs J., Lunguya O., Msefula C., MacLennan C.A., Keddy K.H., Smith A.M., Onsare R.S., De Pinna E., Nair S., Amos B., Dougan G., Obaro S. Molecular surveillance identifies multiple transmissions of typhoid in West Africa. PLoS Negl. Trop. Dis., 2016, vol. 10, no. 9: e0004781. doi: 10.1371/journal.pntd.000478123. Keddy K.H, Smith A.M, Sooka A., Ismail H., Oliver S. Fluoroquinolone-resistant typhoid, South Africa. Emerg. Infect. Dis., 2010, vol. 16,pp. 879-880. doi: 10.3201/eid1605.09191724. Kidgell C., Reichard U., Wain J., Linz B., Torpdahl M., Dougan G. Salmonella Typhi, the causative agent of typhoid fever, is approximately 50,000 years old. Infect. Genet. Evol., 2002, vol. 2, no. 1, pp. 39-45. doi: 10.1016/S1567-1348(02)00089-825. Kothari A., Pruthi A., Chugh T.D. The burden of enteric fever. J. Infect. Dev. Ctries., 2008, vol. 2, no. 4, pp. 253-259. doi: 10.3855/jidc.21826. Kuijpers L., Phe T., Veng C.H., Lim K., Ieng S., Kham C., Fawal N., Fabre L., Le Hello S., Vlieghe E., Weill F.-X., Jacobs J., Peetermans W.E. The clinical and microbiological characteristics of enteric fever in Cambodia, 2008—2015. PLoS Negl. Trop. Dis., 2017, vol. 11, no. 9: e0005964. doi: 10.1371/journal.Pntd.000596427. Kuleshov K.V., Kostikova A., Pisarenko S.V., Kovalev D.A., Tikhonov S.N., Savelieva I.V., Saveliev V.N., Vasilieva O.V., Zinich L.S., Pidchenko N.N., Kulichenko A.N., Shipulin G.A. Comparative genomic analysis of two isolates of Vibrio cholerae O1 Ogawa El Tor isolated during outbreak in Mariupol in 2011. Infect. Genet. Evol., 2016, vol. 44, pp. 471-478. doi: 10.1016/j.meegid.2016.07.03928. Matono T., Morita M., Yahara K., Lee K., Izumiya H., Kaku M., Ohnishi M. Emergence of resistance mutations in Salmonella enterica serovar Typhi against fluoroquinolones. Open Forum Infect. Dis., 2017, vol. 4, no. 4: ofx230. doi: 10.1093/ofid/ofx23029. Mirza S., Beeching N., Hart C. Multi-drug resistant typhoid: a global problem. J. Med. Microbial, 1996, vol. 44, pp. 317-319. doi: 10.1099/00222615-44-5-31730. Nuesch-Inderbinen M., Abgottspon H., Sagesser G., Cernela N., Stephan R. Antimicrobial susceptibility of travel-related Salmonella enterica serovar Typhi isolates detected in Switzerland (2002—2013) and molecular characterization of quinolone resistant isolates. BMC Infect. Dis., 2015, vol. 15:212. doi: 10.1186/s12879-015-0948-231. Okanda T., Haque A., Ehara T., Huda Q., Ohkusu K., Miah R.A., Matsumoto T. Characteristics of resistance mechanisms and molecular epidemiology of fluoroquinolone-nonsusceptible Salmonella enterica serovar Typhi and Paratyphi A isolates from a Tertiary Hospital in Dhaka, Bangladesh. Microb. Drug. Resist., 2018, vol. 24, no. 10. doi: 10.1089/mdr.2018.003932. Park C.H., Robicsek A., Jacoby G.A., Sahm D., Hooper D.C. Prevalence in the United States of aac(6’)-Ib-cr encoding a ciprofloxacin-modifying enzyme. Antimicrob. Agents Chemother., 2006, vol 50, no. 11, pp. 3953-3955. doi: 10.1128/AAC.00915-0633. Parry C.M., Thieu N.T.V., Dolecek C., Karkey A., Gupta R., Turner P., Dance D., Maude R.R., Ha V., Tran C.N., Thi P.L., Be B.P.V., Phi L.T.T., Ngoc R.N., Ghose A., Dongol S., Campbell J.I., Thanh D.P., Thanh T.H., Moore C.E., Sona S., Gaind R., Deb M., Anh H.V., Van S.N., Tinh H.T., Day N.P., Dondorp A., Thwaites G., Faiz M.A., Phetsouvanh R., Newton P., Basnyat B., Farrar J.J., Baker S. Clinically and microbiologically derived azithromycin susceptibility breakpoints for Salmonella enterica serovars Typhi and Paratyphi A. Antimicrob. Agents Chemother., 2015, vol. 59, no. 5, pp. 2756-2764. doi: 10.1128/AAC.04729-1434. Pfeifer Y., Matten J., Rabsch W. Salmonella enterica serovar Typhi with CTX-M P-lactamase, Germany. Emerg. Infect. Dis., 2009, vol. 15, pp. 1533-1535. doi: 10.3201/eid1509.09056735. Phoba M.F., Barbe B., Lunguya O., Masendu L., Lulengwa D., Dougan G., Wong V.K., Bertrand S., Ceyssens P.J., Jacobs J., Van Puyvelde S., Deborggraeve S. Salmonella enterica serovar Typhi producing CTX-M-15 extended spectrum P-lactamase in the Democratic Republic of the Congo. Clin. Infect. Dis, 2017, vol. 65, no. 7, pp. 1229-1231. doi: 10.1093/cid/cix34236. Pokharel B.M., Koirala J., Dahal R.K., Mishra S.K., Khadga P.K., Tuladhar N.R. Multidrug-resistant and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Salmonella enterica (serotypes Typhi and Paratyphi A) from blood isolates in Nepal: surveillance of resistance and a search for newer alternatives. Int. J. Infect. Dis., 2006, vol. 10, no. 6,pp. 434-438. doi: 10.1016/j.ijid.2006.07.00137. Ramachandran A., Shanthi M., Sekar U. Detection of blaCTX-M extended spectrum beta-lactamase producing Salmonella enterica serotype Typhi in a tertiary care centre. J. Clin. Diagn. Res, 2017, vol. 11, no. 9: DC21-DC24. doi: 10.7860/JCDR/2017/30150.1063738. Robicsek A., Strahilevitz J., Sahm D.F., Jacoby G.A., Hooper D.C. Qnr prevalence in ceftazidime-resistant Enterobacteriacae isolates from the United States. Antim. Agents Chemot., 2006, vol. 50, no. 8, pp. 2872-2874. doi: 10.1128/AAC.01647-0539. Rodrigues C., Kapil A., Sharma A., Devanga Ragupathi N.K., Inbanathan F.Y., Veeraraghavan B., Kang G. Whole genome shotgun sequencing of cephalosporin-resistant Salmonella enterica serovar Typhi. Genome Announc., 2017, vol. 5: e01639-16. doi: 10.1128/genomeA.01639-1640. Rotimi V., Jamal W., Pal T., Sovenned A., John Albert M. Emergence of CTX-M-15 type extended-spectrum b-lactamase-pro-ducing Salmonella spp. in Kuwait and the United Arab Emirates. J. Med. Microbiol., 2008, vol. 57, pp. 881-886. doi: 10.1099/jmm.0.47509-041. Roumagnac P., Weill F.-X., Dolecek C., Baker S., Brisse S., Chinh N.T., Le T.A., Acosta C.J., Farrar J., Dougan G., Achtman M. Evolutionary history of Salmonella Typhi. Science, 2006, vol. 314, no. 5803, pp. 1301—1304. doi: 10.1126/science.113493342. Song Y., Roumagnac P., Weill F.-X., Wain J., Dolecek C., Mazzoni C.J., Holt K.E., Achtman M. A multiplex single nucleotide polymorphism typing assay for detecting mutations that result in decreased fluoroquinolone susceptibility in Salmonella enterica serovars Typhi and Paratyphi A. J. Antimicrob. Chemoth., 2010, vol. 65, no. 8, pp. 1631—1641. doi: 10.1093/jac/dkq17543. Tadesse G., Tessema T.S., Beyene G., Aseffa A. Molecular epidemiology of fluoroquinolone resistant Salmonella in Africa: a systematic review and meta-analysis. PLoS One, 2018, vol. 13, no. 2: e0192575. doi: 10.1371/journal.pone.019257544. Thompson C.N., Karkey A., Dongol S., Arjyal A., Wolbers M., Darton T., Farrar J.J., Thwaites G.E., Dolecek C., Basnyat B., Baker S. Treatment response in enteric fever in an era of increasing antimicrobial resistance: an individual patient data analysis of 2092 participants enrolled into 4 randomized, controlled trials in Nepal. Clin. Infect. Dis., 2017, vol. 64, no. 11, pp. 1522—1531. doi: 10.1093/cid/cix18545. Weill F.-X. La fievre typhoide n’est plus aussi simple a soigner. Med. Sci., 2010, vol. 26, pp. 969—975. doi: 10.1051/med-sci/2010261196946. Wong V.K., Baker S., Pickard, D.J., Parkhill J., Page A.J., Feasey N.A., Kingsley R.A., Thomson, N.R., Keane J.A., Weill F.-X., Edwards D.J., Hawkey J., Harris S.R., Mather A.E., Cain A.K., Hadfield J., Hart P.J., Thieu N.T., Klemm E.J., Glinos D.A., Breiman R.F., Watson C.H., Kariuki S., Gordon M.A., Heyderman R.S., Okoro C., Jacobs J., Lunguya O., Edmunds W.J., Msefula C., Chabalgoity J.A., Kama M., Jenkins K., Dutta S., Marks F., Campos J., Thompson C., Obaro S., MacLennan C.A., Dolecek C., Keddy K.H., Smith A.M., Parry C.M., Karkey A., Mulholland E.K., Campbell J.I., Dongol S., Basnyat B., Dufour M., Bandaranayake D., Naseri T.T., Singh S.P., Hatta M., Newton P., Onsare, R.S., Isaia L., Dance D., Davong V., Thwaites G., Wijedoru L., Crump J.A., De Pinna E., Nair S., Nilles E.J., Thanh D.P., Turner P., Soeng S., Valcanis M., Powling J., Dimovski K., Hogg G., Farrar J., Holt K.E., Dougan G. Phylogeographical analysis of the dominant multidrug-resistant H58 clade of Salmonella Typhi identifies inter-and intracontinental transmission events. Nat. Genet., 2015, vol. 47, no. 6, pp. 632—641. doi: 10.1038/ng.328147. Wong V.K., Baker S., Connor T.R., Pickard D., Page A.J., Dave J., Murphy N., Holliman R., Sefton A., Millar M., Dyson Z.A., Dougan G., Hol K.E., International Typhoid Consortium. An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid. Nat. Commun., 2016, vol. 7:12827. doi: 10.1038/ncomms1282748. World Health Organization (WHO). The diagnosis, treatment and prevention of typhoid fever. WHO/V&B/03.07. Geneva: WHO; 2003